BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg949395
Length=2806
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G49150.1 | Symbols: ATGEX2, GEX2 | gamete expressed 2 | chr5... 4163 0.0
> AT5G49150.1 | Symbols: ATGEX2, GEX2 | gamete expressed 2 | chr5:19924383-19928527
FORWARD LENGTH=3052
Length=3052
Score = 4163 bits (2254), Expect = 0.0
Identities = 2569/2723 (94%), Gaps = 13/2723 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AGATCTATTTTACTCCAATCATGGTTGGGATCTTCAATATCGTTATAGACGACGAGAATT 60
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||
Sbjct 288 AGATCTATTTTACTCCAATCATGGTTGGTATCTTCAATATTGTTATAGATGAGGAGAATT 347
Query 61 TCAAAGTCCTCGATTCGTCGCTCCATTTCGAAGTCGAACCAGGGTTGATGTACCCATCTG 120
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 348 TCAAAGTCCTCGATTCGTCGCTCCATTTTGAAGTCGAAGCAGGGTTAATGTACCCATCTG 407
Query 121 TTAGTGTTGTTTCTTGGATGGGTCTTGCAAATGTGTTTGAAGCCGGGATGAATGCATCAA 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 408 TTAGTGTTGTTTCTTGGATGGGTCTTGCAAATGTGTTTGAAGCCGGGATGAATGCGTCGA 467
Query 181 TTTTGATTCTTCCGAAGGATGCATTCGGGAATAACATATCTTTTTCCGGGAAGGAGATGG 240
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 468 TTTTGATTCTTCCGAAGGATGCATTCGGGAACAACATATCGTTTTCCGGGAAGAAGATGG 527
Query 241 AGTTTCAGGGGTTTTCTTTGTCTCTTCTTAATGAAAATGGTTCAATTGCTGCTGGTGTTC 300
||||||||| ||||||| |||||||| ||| |||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 528 AGTTTCAGGAGTTTTCTCTGTCTCTTATTAGTGAAAATGGTTC-ATT--TGCTGGTGTTC 584
Query 301 TTAATA-TCACACATATCAGATGGATTGAATCTGGTTATATCTCCATTGAGTTTGTTCTT 359
|||||| | ||||| || |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 585 TTAATAGT-ACACACATTAGATGGATTGTATCTGGTTATATTTCCATTGATTTTGTTCTT 643
Query 360 GTTACTACTGGAAAATTCTTATTGCTTGTGGAGAAGGAGAGCCAAACATTGAATGGTGTT 419
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 644 GTTACTTCTGGAAAATTCTTATTGCTTGTGGAGAAGGAAAGCCAAACATTGAATGGTGGT 703
Query 420 CCGTTACCTCTTGAGGTGAATTCAGGACCTTTGGATGTTTCCAATTGTGTGAGTATATGG 479
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 704 CCATTACCTCTTGAGGTGAATTCAGGACCATTGGATGTTTCCAATTGTGTGAGTATATGG 763
Query 480 AAGTCAGAGTTAAACACATGGCAAATATTTTCCAAAATGGAGATCTTGTTACACCAGAAA 539
||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 764 AAGTCAGAGTTAAGCACATGGCAGATATTTTCCAAAATGGAGATCTTGTTACACCAGAAA 823
Query 540 GATCGATTCGGAAACCTTGTTTCTGGATTCTACGAATTTGATGCTGATGTGGTGGAAATA 599
||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 824 GATCGCTTCGGGAACATTGTTTCTGGATTCTACGAATTTGATGCTGATGTGGTGGAAGTA 883
Query 600 GAGACGGGTTTATCCATACCGGTAGCAGATTTCCAGTTTGAGTATGTAGAGCCAGGGATT 659
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 884 GAGACGGGTTTGTCCATACCGGTAGCAGATTTCCAGTTTGAGTATGTAGAGCCAGGGATT 943
Query 660 CAGTTGATGTCTTTCAGCC-TATCTGAACCAGGAAATTTCTTGCTTACTCTTTCTGATAT 718
|||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 944 CAGTTGATGTCTTTCA-CCTTATCTGAACCTGGAAATTTCTTGCTTACTCTCTCTGATAT 1002
Query 719 GAAACACAATAAGAGCATCGCTAGTATGCCATATTTGTATACAGTATATATAGGTTATTG 778
||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1003 GAAGCACAATAAGAGCATCTCTAGTATGCCATATGTGTATACAGTATATATAGGTTATTG 1062
Query 779 TGATGGATCAAGAAGTATAGTTAATGGTTCAGGGATTAATGCTTCTATTGCTGGGGAGTC 838
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1063 TGATGGATCAAGAAGTATAGTAAATGGTTCAGGGATCAATGCTTCTATTGCTGGGGAGTC 1122
Query 839 TCTT-GCGTTCTCTATTTACTTGAAAGATGCTTATGGTTATCCCTCATCAATCCAAGTGG 897
|||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |
Sbjct 1123 TCTTGGC-TTCTCTGTTTACTTGAAAGATGCTTATGGTTATCCCTCACCAGTCCAAGTCG 1181
Query 898 ATAGACTTCAGGTCCGAATCGTACTAGAGACTGATTCCTCATTTATTTTGCCAACTATAC 957
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||
Sbjct 1182 ATAGACTTCAGGTCCGAATCGTACTAGAGATTGATTCCTCAATTATTTTGCCAACCATAC 1241
Query 958 AGCCAAGAGAGGCTCTCAATGGGACTGGATCAAGTCACCAAACTGCTACTCCATTGTACG 1017
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1242 AGCCAAGAGAGGCTCTCAATGGGACTGGATCAAGTCACCAAGCTGCTACTCCATTGTACG 1301
Query 1018 AGAAACATGGCGGAATAGCTTCAGGCAGCCTACCAACTCAAGCGAGTATTTTTGACGTAA 1077
||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1302 AGAAACATGGCGGAAGAGCTTCAGGCAACCTAGTGACTCAAGCGAGTATTTTTGACGTAA 1361
Query 1078 CTTATACTCCAAAAAGGAGTGGGATCTATAGAATTC-TTATATCATCAGGAAACATAGTT 1136
|||||||||| ||||||| ||| || ||||||| || |||||||||| |||||||||||
Sbjct 1362 CTTATACTCCTAAAAGGACTGGAATTTATAGAA-TCTTTATATCATCTGGAAACATAGTC 1420
Query 1137 CTCAATGGAGGCCAGCCTTTCATTAAGGAAGTATATGCAGGTGAAGTGAATGTGGCAGCG 1196
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1421 CTCAATGGAGGCCAGCCTTTCATCAAGGAAGTATATGCAGGTGAAGTGAATGTGGCAGCG 1480
Query 1197 TGTAGTGTGACCCAATTCAATGCAAAAGTGCCAAAGGAAATCAAGAATGACGTTGTGGTG 1256
||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||| |||| |||
Sbjct 1481 TGTAGTGTGACTCAATTCAATGGAAAAGTACCAAAAGAAATCAAGAATGAAATTGTAGTG 1540
Query 1257 TTGCTCTTGGATGGCTTCTACAATCCTGTACCATCTCAGTCATCTCGGTTAAAGTTGGAG 1316
|||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 1541 TTGCTCTTGGATGGTTTCTACAATCCTGTACCGTCACAGCCATCTCGGTTAAAGTTTGAG 1600
Query 1317 ATCACCTCAGCTAATACATCAAGTTTCACTACATGGGAATTTGTAGATAATAATGATGGG 1376
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1601 ATCACCTCAGCTAATACATCAAGTTTCACTACATGGGAATTTGTAGATAATAATGATGGG 1660
Query 1377 ACATATACTGGTAGCTATTTGGCCATGGAGGTCGGTACTTACCGAATGTGCATATCTTTT 1436
|||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1661 ACATATACTGGTAGCTATCTGGCCATGGAGGTTGGTACTTACCGAATGTGCATATCTTTT 1720
Query 1437 GACAATAAACATATCGAACCTTGCCCCTTTGATGTTAATGTGTATAGCAATGGATACTTT 1496
||||||||||||||| ||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1721 GACAATAAACATATCCAACCTTGCCCCTTCGACGTAAATGTGTATAGCAATGGATACTTT 1780
Query 1497 CCAAGAGCGTATGATGATCCAGTCAATGTATGGGAAGATGAGTCAATATCTTTCAATCCA 1556
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1781 CCAAGAGCCTATGATGATCCAGTCAATGTGTGGGAAGATGAGTCAATATCTTTCAATCCA 1840
Query 1557 CTGGAAAACGACTATTTTGCTGGCGACAATGCGAGCATGCTCGGTTTCTCACAACCAGGT 1616
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1841 CTGGAAAACGACTATTTTGCTGGCGACAATGCAAGCATGCTCGGTTTCTCACAACCAGGT 1900
Query 1617 CATGGTTCTCTCCTGAGAGATGGCAACGTCCTTAGATACACGCCAATCAAGGATTTTTCA 1676
||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 1901 CATGGTTCTCTTCTGAGAGATGGAAACCTCCTTAGATACACGCCAATGAAGAATTTTTCA 1960
Query 1677 GGAAATGACTCCTTTCTCTATACAATAGCTGATATCAATGGAAACTTAGCCGCAGCTACA 1736
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1961 GGAAATGACTCCTTTCTTTATACAATAGCTGATATCAATGGAAACTTAGCCGCAGCTACA 2020
Query 1737 GTATACATCTTTGTTCTTACTGCTCCTCCTCAGTTTGTCTCGTTTTCCGGCGGCTTGCAA 1796
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||
Sbjct 2021 GTATACATCTTTGTTCTTACTGCTCCTCCTCAGTTTGTTTCATTTTCGGGCGGATTGCAA 2080
Query 1797 GCAACTGAAGATCTAATCAGTCCTAGATATGGTGGCTTCTCTGGGCTGGAGATAAGCTAC 1856
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2081 GCAACTGAAGATCTAATCAGTCCTAGATATGGTGGCTTCTCTGGCCTGGAGATAAGCTAC 2140
Query 1857 TCAGACCTGCTGGAGAACATTTCAGTAACAGTACAAGCCCTTTCGGGATCGGTCATTTTG 1916
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| ||
Sbjct 2141 TCAGACCTGCTGGAGAACATTTCAGTAATGGTACAAGCACTTTCGGGATCAGTCATTCTG 2200
Query 1917 TCTCCCATGTTGATGCAGTTTAGACCTCCTGCAAGTGGAAGACTCTCAGTTAGCAATGGA 1976
||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2201 TCTCCGATGTTGATGCAGTTTAGACCTCCTGGAAGTGGAAAACTCTCAGTTAGCAATGGA 2260
Query 1977 GGTGAAGATGGAAAAGTCTTAATCTTAGAGGGACAAATAGGAGTTATCAATCCCGCACTT 2036
||||||||| ||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2261 GGTGAAGATAGAAGGGTCTTAATCTTAGAAGGACAAGTAGGAGTTATCAATCCCGCACTT 2320
Query 2037 CAGTCGATTCAATATCTCGGAAATGAGAATTTTGCTGGTGTTGATTCTCTTCGGCTGTCC 2096
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2321 CAGTCGATTCAATATCTCGGAAATGAGAATTTTGCTGGTGTTGATTCTCTTCGGCTGTCT 2380
Query 2097 ACAAAGAACAAGAATGGGATCAATCATCTGGATGTCCCAGTTTTCGTTGAACCCGTAAAT 2156
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||
Sbjct 2381 ACAAAGAACAAGAATGGGATCAACCATCTGGATGTTCCGGTTTTCGTTGAACCTGTAAAT 2440
Query 2157 GATCCACCGTTTATTAATGTTCCTCAATATATAATGCTGGAGAGTAATGGGAGTGAGTCA 2216
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2441 GACCCACCGTTTATTAATGTTCCTCAATATATAATGCTGGAGAGTAATGGGAGTGAGTCA 2500
Query 2217 CTTATCTTTCACCCGGAAAGAGACAAGTTCAACTTCTCAGTTGGAGATCCAGATCTTGTT 2276
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2501 CTTATATTTCACCCCGAAAGAGACAAGTTCAACTTCTCAGTTGGAGATCCAGATCTTGTT 2560
Query 2277 AATTTCCCTGGTGGTGAATCTCATTTCTTAGTAACGTTTTCCGTTG-AAGTCACTGACGG 2335
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 2561 AATTTCCCCGGTGGTGAATCTCATTTCTTAGTAACATTTTCC-TTGGAAGTCACTGACGG 2619
Query 2336 GCTTCTGCTGACAAACTTACCGTCAGAGCTTATAAACTCAACAGAGCTTAAGTTCAAAAA 2395
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2620 ATTTCTGCTGACAAACTTACCGTCAGAGCTTATAAACTCAACAGAGCTGAAGTTCAAAAA 2679
Query 2396 CATGTTCCAATGGCAGCCAATTCAGACTTACGCCGCCATTTCTAAACACGTGAATGTCAA 2455
| ||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2680 CTTGTTCCAATGGCAGCCAATTCAGACGTATGCTGCCATTTCTAAACACGTGAATGTCAA 2739
Query 2456 AGCTAGCGGGATTAGGTTTCGTGGAACCATAAAGCAATGCAACGACCTTATGCAACAGCT 2515
|||||| ||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2740 AGCTAGTGGGATCAGGTTTCGTGGAACTATAAGGCAATGCAACGACCTCATGCAACAGCT 2799
Query 2516 GCTCCATCGCGGAGGAGAGAACGGAGCGGTCTTGACCCTGAAACTTAGTGACATGGGGAA 2575
||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2800 GCTCCATCGCGGAGGAGAGAATGGTGCGGTCTTGACTTTGAAACTGAGTGACATGGGGAA 2859
Query 2576 CTATGGGTGCTTCCTAGACTGCACCGAGAGAATTTCATTGCCTCTTCATGCAAAAGCTCG 2635
||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||
Sbjct 2860 CTACGGGTGCTTCCTTGACTGTACCGAGAGAATTTCACTGCCTCTTCACGCAGAAGCTCG 2919
Query 2636 CGTAAACCTCATTAGGAAGAGACCCTTGAGTTCCCTTGGAGCCCATGGTACGTTTATGAA 2695
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2920 CGTAAACCTCATTAGGAAGAGACCCTTGAGTTCCCTTGGAGCCCACGGTACGTTTATGAA 2979
Query 2696 ACACTTGGTAGTGGTTCCATTCA 2718
| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 2980 ATACTTGGTTGTGGTTCCATTCA 3002
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 139413934597
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5