BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg949543
Length=2191
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G50210.1 | Symbols: QS, OLD5, SUFE3 | quinolinate synthase |... 3437 0.0
> AT5G50210.1 | Symbols: QS, OLD5, SUFE3 | quinolinate synthase
| chr5:20442647-20445991 FORWARD LENGTH=2598
Length=2598
Score = 3437 bits (1861), Expect = 0.0
Identities = 2098/2211 (95%), Gaps = 22/2211 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTCAACCTTTAGT---TACTTCCAATGGCGTTAGCTTTCTCCGTCGCACCTTCATCATCG 57
|||||||||| || | |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||
Sbjct 133 TTCAACCTTTTGTAACTGCTTCCAATGGCGTTAGCTCTCTCCGTCGCACCTACATCTTCT 192
Query 58 TCTTCT-TCTTCCCTCCTCTCTCGAAACCCTAACCCTTCTCCCAATTTCAGAACAACCCA 116
|||| | ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 193 TCTT-TGTCTTCCCTCCTCTCTCGGACCCCTAACCCTTCTCCTAATTTCAGAACAACTCA 251
Query 117 TCTGAATTTCGGGTCTCAAAGGAGGATTTTCACCATCAATCCTCTTCTTAGATCCTTTAA 176
|||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 252 TCTGAATTTCGGTTCTCAAAGGAGGATTTACACAATCAATCCTCTCCTTAGATCCTTTAA 311
Query 177 ATGTCTTCAATCATCATCAAAAGACCTAAATGCGTCACCTTTCTCAATCTCAGCTATTG- 235
||| ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 312 ATGCCTTCAATCATCTTCAAGAGACGTAAATGCGTCACCTTTCTCAATCTCAGCTATTGC 371
Query 236 --------CTTCATCATCACAAACCACAGAGCTTGTACCAC-ATAAGCTTCAGAGATTAG 286
|||| |||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 372 TTCTTCTTCTTCTTCATCACAGACCACAGAGCTTGTACC-CTATAAGCTTCAGAGATTAG 430
Query 287 TCAAGGAATTCAAATCCTTGACAGAGCCAATTGATAGACTCAAATGGGTTCTTCATTACG 346
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 431 TCAAGGAATTCAAATCCTTGACAGAGCCAATTGATCGACTCAAATGGGTTCTCCATTACG 490
Query 347 CGAGTCTCATTCCTCCGATGCCCGAGTTGTCCAAGACTGAATCAAACCGAGTTATGGGCT 406
| |||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 491 CTAGTCTCCTTCCTCAAATGCCCGAGTCGTCCAAGACTGAATCAAACAGAGTTATGGGCT 550
Query 407 GCACGGCTCGTGTTTGGCTAGAGGCTGAGTTAGGTCAAGATGGGAAGATGAGGTTTTGGG 466
|||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 551 GCACAGCTCGTGTTTGGCTAGATGCTGAGTTAGGTCAAGATGGGAAGATGAGGTTTTGTG 610
Query 467 CAGATAGTGATTCAGATGTGTCGAAAGGGATGTGTTCTTGTTTGATTCAAGTTCTTGATG 526
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 611 CAGATAGTGATTCAGATGTGTCGAAAGGGATGTGTTCTTGTTTGATTCAAGTTCTTGATG 670
Query 527 AGGCTTCTCCTGAAGAAGTTATGGAATTGAAGACTGAGGATTTAGCTGAGCTTAATGTTG 586
|||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 671 AGGCTTCTCCTGTAGAAGTTATGGAGTTGAAGACTGAGGATTTAGCTGAGCTTAATGTTG 730
Query 587 GATTGTTGGGTGGAGAGAGATCGAGAGTTAACACTTGGTATAATGTTCTGGTGAGTATGC 646
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 731 GTTTGTTGGGTGGAGAGAGATCGAGAGTTAACACTTGGTATAATGTTCTTGTGAGTATGC 790
Query 647 AGAAGAAGACTCGACGATTAGTAGCGGAGAGGGAAGGTAAAGTTCCGTCCTTTGAGCCAT 706
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 791 AGAAGAAGACTCGACGATTAGTAGCGGAGAGGGAAGGTAAAGTTCCTTCCTTTGAGCCAT 850
Query 707 TTCCTTCACTTGTGTTAACGGCTCATGGCATTGAAGCTAAAGGAAGCTTCGCTGAAGCTC 766
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 851 TTCCTTCACTTGTGTTAACGGCTCATGGCATTGAAGCTAAAGGAAGCTTTGCTCAAGCTC 910
Query 767 AGGCGAAATATTTGTTTCCGGAGGAGACACGGGTTGAAGAACTTGTCAATGTGTTGAAAG 826
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 911 AGGCGAAATATTTGTTTCCGGAGGAGTCACGGGTTGAAGAACTTGTCAATGTGTTGAAGG 970
Query 827 AAAAGAAGATAGGAGTGGTTGCTCATTTCTATATGGATCCAGAAGTGCAAGGGGTCTTGA 886
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 971 AAAAGAAGATAGGAGTGGTTGCTCATTTCTATATGGATCCAGAAGTGCAAGGGGTCTTGA 1030
Query 887 CTGCTGCTCAAAAGCATTGGCCACATATCTCTATATCTGATTCTCTTATCATGGCGGATT 946
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |
Sbjct 1031 CTGCTGCTCAAAAGCATTGGCCACATATCTCTATATCTGATTCTCTTGTCATGGCAGACT 1090
Query 947 CAGCTGTCACGATGGCTAAAGCTGGATGTCAGTTTATAACAGTTCTTGGTGTTGATTTCA 1006
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1091 CAGCTGTCACGATGGCTAAAGCTGGATGTCAGTTTATAACAGTTCTTGGTGTTGATTTCA 1150
Query 1007 TGTCTGAAAATGTCCGAGCCATCCTAGATCAAGCTGGATTTGAAGAGGTTGGTGTATACA 1066
|||| |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||
Sbjct 1151 TGTCCGAAAATGTTCGTGCCATCCTAGATCAAGCTGGGTTTGAAAAGGTTGGTGTGTACA 1210
Query 1067 GGATGTCAGATGAGACCATTGGTTGTTCACTGGCTGATGCTGCTTCTGCTCCTGCTTACT 1126
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1211 GGATGTCAGATGAGACCATTGGTTGTTCACTTGCTGACGCTGCTTCTGCTCCTGCTTACT 1270
Query 1127 TGAATTATCTTGAAGCTGCTTCTCTTTCACCTCCTTCATTGCATGTTGTTTATATAAATA 1186
|||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1271 TGAATTATCTTGAAGCTGCTTCTCGTTCTCCTCCTTCACTGCATGTTGTTTATATAAATA 1330
Query 1187 CATCTTTGGAGACAAAAGCTTTTGCTCACGAGCTTGTACCCACCATTACTTGCACCTCAT 1246
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1331 CATCTTTGGAGACAAAAGCTTTTGCTCATGAGCTTGTACCTACCATTACTTGCACTTCAT 1390
Query 1247 CTAATGTTGTACAGACGATTTTGCAGGCGTTTGCTCAAATGCCGGAGTTAACTGTTTGGT 1306
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1391 CTAATGTTGTACAGACGATTCTGCAGGCGTTTGCTCAAATGCCAGAGTTAACTGTTTGGT 1450
Query 1307 ATGGTCCTGATTCTTACATGGGAGCGAATATTGTAAAGTTATTCCAGCAGATGACATTGA 1366
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1451 ATGGTCCTGATTCTTACATGGGAGCGAATATTGTAAAGTTATTCCAGCAGATGACATTGA 1510
Query 1367 TGACTGATGAAGAAATCGCCAATATTCACCCTAAACACAGCTTAGATTCCATTAAATCAT 1426
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1511 TGACTAATGAAGAAATCGCCAATATTCACCCTAAACACAGCTTAGATTCCATTAAATCAT 1570
Query 1427 TGCTTCCCCGTCTTCACTATTTCCAGGAAGGAACTTGCATTGTACATCATCTTTTCGGTC 1486
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1571 TGCTTCCCCGTCTTCACTATTTCCAGGAAGGAACCTGCATTGTACATCATCTATTCGGTC 1630
Query 1487 ACGAGGTTGTGGAGAGAATAAAGTACATGTACTGTGATGCCTTTCTTACCGCGCATCTTG 1546
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||
Sbjct 1631 ACGAGGTAGTGGAGAGAATAAAGTACATGTACTGTGACGCCTTTCTTACAGCACATCTTG 1690
Query 1547 AGGTTCCAGGTGAAATGTTTTCACTAGCAATGGAAGCAAAGAAACGAGAGATGGGTGTTG 1606
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1691 AGGTTCCAGGTGAAATGTTTTCACTAGCAATGGAAGCAAAGAAAAGAGAGATGGGTGTTG 1750
Query 1607 TTGGATCAACACAAAACATACTAGACTTCATCAAGCAGAAGGTTCAGGAAGCAGTGGATC 1666
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1751 TTGGATCAACACAAAACATACTAGACTTCATCAAGCAGAAGGTTCAGGAAGCAGTGGACC 1810
Query 1667 GGAATGTCGATGACCACCTCCAGTTTGTTCTAGGAACAGAGTCAGGAATGGTAACATCGA 1726
||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1811 GGAATGTTGATGACCACCTCCAGTTTGTTCTTGGAACAGAGTCAGGAATGGTAACATCGA 1870
Query 1727 TTGTCGCGGTGATCAGAAGTTTGCTAGGTTCTTCTGTTAACTCGAAATTGAAGGTTGAAG 1786
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1871 TTGTCGCGGTGATCAGAAGTCTGCTAGGTTCTTCTGCTAACTCGAAATTGAAGGTGGAAG 1930
Query 1787 TAGTGTTTCCTGTATCGTCAGACTCGATGACAAAAACTTCTTCAGATAGTTCAAACTCCA 1846
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1931 TAGTGTTTCCTGTCTCATCAGACTCGATGACAAAAACTTCTTCAGATAGTTCAAACTCCA 1990
Query 1847 TTAAAGTTGGTGATGTGGCACTACCTGTTGTACCGGGAGTAGCAGGTGGTGAAGGCTGCT 1906
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1991 TTAAAGTTGGTGATGTGGCACTACCGGTTGTACCGGGAGTAGCAGGTGGTGAAGGTTGCT 2050
Query 1907 CTATTCATGGTGGATGTGCATCATGTCCATATATGAAGATGAACTCGCTTAGCTCGCTCT 1966
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2051 CTATTCATGGCGGATGTGCATCATGCCCATATATGAAGATGAACTCGCTTAGCTCGCTCT 2110
Query 1967 TGAAAGTTTGCCACAAACTACCTGACCTGGAAAACGTATACGGGGGATTCGTAGCGGAGC 2026
|||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| || |||||| |||||||||
Sbjct 2111 TGAAAGTTTGCCACAAACTACCTGACTTGGAAAATGTATATGGAGGATTCATAGCGGAGC 2170
Query 2027 GATTTAAAAGACAAACTCCTCAAGGAAAACTCATCGCGGATGTAGGGTGCGAGCCAATAC 2086
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||
Sbjct 2171 GATTTAAAAGACAAACTCCTCAAGGAAAACTCATCGCGGATGTCGGGTGTGAGCCGATAC 2230
Query 2087 TTCACATGAGGCACTTCCAAGCGAATAAGGAGCTACCAGAGAAGCTTGTTCGTCAGGTAT 2146
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 2231 TTCACATGAGGCACTTCCAAGCGAATAAGGAGCTGCCAGACAAGCTTGTTCATCAGGTAT 2290
Query 2147 TAAGTTGTGAGAGCAAGAGATGACCA--A----GTTGCCCTGAAAAGCTAT 2191
|||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||
Sbjct 2291 TAAGTTGTGAGAGCAAGAGATGACCATGACCAAGTTGCCCTTAAAAGCTAT 2341
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 108684179925
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5