BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg949673
Length=1804
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G51280.1 | Symbols: | DEAD-box protein abstrakt, putative |... 2911 0.0
AT4G33370.1 | Symbols: | DEA(D/H)-box RNA helicase family prot... 1945 0.0
> AT5G51280.1 | Symbols: | DEAD-box protein abstrakt, putative
| chr5:20841245-20843806 FORWARD LENGTH=2148
Length=2148
Score = 2911 bits (1576), Expect = 0.0
Identities = 1725/1798 (96%), Gaps = 5/1798 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GAATTCTCGAAATTGAAT-CA--ATGGAAGAAGATGATAGTTACGTTGAGTATGTACCAG 57
|||||||||| || |||| || |||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 201 GAATTCTCGATATGGAATCCATCATGGAAGAAGCTGATAGTTACATTGAGTATGTATCAG 260
Query 58 TGGCGGAGCGCAGAGCTATGGAAGCGCAGAAGATACTTCAGCGGAAGGGAAAAGCTTCAG 117
|||||||||| ||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 261 TGGCGGAGCGGAGAGCGATTGCAGCGCAGAAGATACTTCAGCGGAAGGGAAAAGCTTCGG 320
Query 118 AATTGGAGGAAGAAGCTGAAAAGGAAAAGCTCGCTGAAGCTAAACCTAGTTTACTTGTTC 177
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 321 AATTGGAAGAAGAAGCTGACAAGGAAAAGCTCGCTGAAGCTAAACCTAGTTTACTTGTTC 380
Query 178 AAGCAACTCAGCTCAAGCGTGATGTTCCCCAAGTTAGTGCTACTGAGCAAATCATCTTAC 237
||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 381 AAGCAACTCAGCTCAAGCGAGATGTACCCGAAGTTAGTGCTACTGAGCAAATCATCTTAC 440
Query 238 AAGAGAAAGAGATGATGGAGCATTTATCTGATAAGAAGACGCTTATGTCTGTTCGTGAGC 297
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 441 AAGAGAAAGAGATGATGGAGCATTTATCTGATAAGAAGACGCTTATGTCTGTTCGTGAAC 500
Query 298 TTGCCAAAGGTATCACTTATACAGAGCCTCTTTTAACTGGGTGGAAACCTCCTTTGCATA 357
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 501 TTGCCAAAGGTATCACTTATACAGAGCCTCTCTTAACTGGGTGGAAACCTCCTTTGCATA 560
Query 358 TTAGG-AGAATGTCGAATAAACAGAGAGATTTGATTAGGAAGCAATGGCATATTATTGTT 416
||||| || ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 561 TTAGGAAG-ATGTCTAGTAAGCAGAGAGATTTGATTAGGAAGCAATGGCATATTATTGTT 619
Query 417 AATGGTGATGATATTCCTCCTCCTATCAAGAACTTCAAGGATATGAAGTTTCCTAGACCT 476
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 620 AATGGTGATGATATTCCTCCTCCTATTAAGAACTTTAAGGATATGAAGTTTCCTAGACCT 679
Query 477 GTTCTTGATACGCTCAAGGAGAAGGGGATTGTGCAACCTACTCCTATTCAAGTTCAGGGT 536
||||| ||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 680 GTTCTCGATACTCTCAAGGAGAAAGGTATTGTGCAGCCTACTCCTATTCAAGTTCAGGGT 739
Query 537 CTTCCTGTGATTTTGGCTGGGAGAGATATGATTGGGATTGCGTTCACCGGTTCAGGAAAG 596
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||
Sbjct 740 CTTCCTGTGATTTTGGCTGGGAGAGATATGATTGGGATTGCTTTCACTGGTTCCGGAAAG 799
Query 597 ACTTTGGTTTTCGTGCTTCCTATGATCATGATTGCTCTTCAAGAAGAGATGATGATGCCT 656
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 800 ACTTTGGTTTTCGTGCTTCCCATGATCATGATTGCTCTCCAAGAAGAGATGATGATGCCT 859
Query 657 ATTGCTGCTGGAGAAGGTCCCATTGGGCTTATTGTTTGCCCTTCTAGAGAGCTTGCTAGG 716
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 860 ATTGCTGCTGGTGAAGGTCCCATTGGGCTTATTGTTTGCCCTTCTAGAGAGCTTGCTAGG 919
Query 717 CAGACTTATGAAGTGGTTGAGCAGTTTGTTGCTCCTTTGGTTGAGGCTGGATACCCGCCA 776
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 920 CAGACTTATGAAGTGGTTGAGCAGTTTGTGGCTCCTTTGGTTGAGGCTGGGTACCCGCCA 979
Query 777 TTGAGGTCGTTGCTATGTATTGGAGGAATTGATATGAGATCACAGTTGGAGGTTGTCAAG 836
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 980 TTGAGGTCGTTGCTATGTATTGGAGGTATTGATATGAGATCCCAGTTGGAGGTTGTCAAG 1039
Query 837 AGAGGGGTACACATCGTTGTTGCAACCCCTGGGAGGTTAAAGGATATGCTCGCCAAGAAA 896
||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1040 AGAGGTGTCCATATTGTTGTTGCAACCCCTGGGAGGTTAAAGGATATGCTCGCCAAGAAA 1099
Query 897 AAGATGAGCTTAGATGCTTGCAGGTACCTGACACTAGATGAGGCAGATAGGTTGGTTGAT 956
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1100 AAGATGAGCTTAGATGCTTGCAGGTACCTGACACTAGATGAGGCAGATAGGTTGGTTGAT 1159
Query 957 TTGGGTTTCGAAGATGACATAAGGGAAGTCTTTGACCACTTTAAGTCTCAACGTCAAACA 1016
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1160 TTGGGTTTCGAAGATGACATAAGGGAAGTCTTTGACCACTTTAAGTCTCAACGTCAAACA 1219
Query 1017 CTTTTGTTTTCTGCCACAATGCCCACAAAAATTCAAATCTTTGCCAGAAGTGCTCTGGTG 1076
|| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1220 CTATTGTTCTCTGCCACAATGCCCACAAAGATTCAAATCTTTGCCAGAAGTGCTCTGGTG 1279
Query 1077 AAACCTGTGACAGTTAATGTAGGAAGAGCTGGAGCTGCGAATCTTGATGTGATCCAGGAG 1136
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1280 AAACCTGTGACAGTTAATGTAGGAAGAGCTGGAGCTGCGAATCTGGATGTGATCCAGGAG 1339
Query 1137 GTAGAATATGTCAAACAAGAAGCAAAGATTGTTTACCTCCTTGAGTGTCTACAGAAAACC 1196
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1340 GTAGAATACGTCAAACAAGAAGCAAAGATTGTTTACCTCCTCGAGTGTCTACAGAAAACC 1399
Query 1197 TCTCCACCGGTTTTAATATTCTGTGAGAACAAAGCTGATGTTGATGATATTCACGAGTAC 1256
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1400 TCTCCGCCGGTTTTGATATTCTGTGAGAACAAAGCTGATGTTGATGATATTCACGAGTAC 1459
Query 1257 TTGTTACTGAAAGGAGTGGAAGCAGTGGCCATCCATGGAGGAAAAGATCAAGAAGACAGA 1316
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1460 TTGTTACTGAAAGGAGTGGAAGCAGTGGCCATCCATGGAGGAAAAGATCAAGAAGACAGA 1519
Query 1317 GAGTATGCAATATCTTCGTTTAAAGCTGGGAAAAAAGATGTCTTGGTCGCGACTGATGTT 1376
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1520 GAGTACGCAATCTCTTCGTTTAAAGCTGGGAAAAAAGATGTGTTGGTTGCGACTGATGTT 1579
Query 1377 GCTTCAAAGGGTCTAGATTTCCCAGATATACAACATGTAATCAACTACGACATGCCAGCA 1436
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1580 GCTTCAAAGGGTCTAGATTTCCCTGATATACAACACGTAATCAACTACGACATGCCAGCA 1639
Query 1437 GAGATTGAGAACTATGTGCATAGGATAGGACGAACAGGTCGGTGTGGTAAAACTGGGATA 1496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1640 GAGATTGAGAACTATGTGCATAGGATAGGACGAACAGGTCGGTGTGGTAAAACTGGGATA 1699
Query 1497 GCAACAACATTTATAAACAAGAATCAAAGCGAAACCACGCTGCTCGATTTGAAACACTTG 1556
||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 1700 GCAACGACGTTTATAAACAAGAATCAAAGCGAAACCACTCTGCTGGATTTGAAACACTTG 1759
Query 1557 TTGCAAGAAGCTAAACAGAGGATTCCACCTGTCCTTGCTGAGCTGAATGATCCAATGGAA 1616
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1760 TTGCAAGAAGCTAAACAGAGGATTCCACCTGTCCTTGCTGAGCTGAATGATCCAATGGAA 1819
Query 1617 GAAGCAGAGACCATTGCTAATGCAAGTGGTGTCAAAGGTTGTGCGTATTGTGGTGGTCTT 1676
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1820 GAAGCAGAGACCATTGCTAATGCAAGTGGTGTCAAGGGTTGTGCCTATTGTGGTGGTCTT 1879
Query 1677 GGACATCGTATCCGAGACTGTCCAAAACTTGAGCACCAGAAGAGTGTGGCTATATCTAAT 1736
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||
Sbjct 1880 GGACATCGTATCCGAGACTGTCCAAAACTTGAGCACCAGAAGAGTGTCGCCATTTCTAAC 1939
Query 1737 TCGAGAAAAGACTATTTTGGCTCTGGTGGCTACAGAGGAGAAATATAATCTTGTTTTG 1794
|| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1940 TCAAGAAAAGATTATTTTGGCTCGGGTGGCTACAGAGGAGAAATATAATCTTGTTTTG 1997
> AT4G33370.1 | Symbols: | DEA(D/H)-box RNA helicase family protein
| chr4:16069669-16071405 REVERSE LENGTH=1629
Length=1629
Score = 1945 bits (1053), Expect = 0.0
Identities = 1380/1539 (90%), Gaps = 18/1539 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 248 GATGATGGAGCATTTATCTGATAAGAAGACGCTTATGTCTGTTCGTGAGCTT-GCCAAAG 306
||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||| || |||| ||
Sbjct 93 GATGATGGAGCATTTATCTGACAAGAAGAAGCTTATGTCTGTTGGTGA-ATTAGCCAGAG 151
Query 307 GTATCACTTATACAGAGCCTCTTTTAAC-TGGGTGGAAACCTCCTTTGCATATTAGG-AG 364
|||||||||||||||||||||| | ||| | |||||||||| ||| |||| ||||| ||
Sbjct 152 GTATCACTTATACAGAGCCTCTCTCAACAT-GGTGGAAACCCCCTCTGCACGTTAGGAAG 210
Query 365 AATGTCGAA-TAAACAGA-GAGATTTGATTAGGAAGCAATGGCATATTATTGTTAATGGT 422
||||| || ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 211 -ATGTC-AACCAAACAGATG-GATTTGATTAGGAAGCAATGGCATATTACAGTTAACGGT 267
Query 423 GATGATATTCCTCCTCCTATCAAGAACTTCAAGGATATGAAGTTTCCTAGACCTGTTCT- 481
|| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||| || || ||||
Sbjct 268 GAAGATATTCCTCCTCCAATCAAAAACTTCATGGATATGAAATTTCCGAGTCCACTTCTC 327
Query 482 TGATACGCTCAAGGAGAAGGGGATTGTGCAACCTACTCCTATTCAAGTTCAGGGTCTTCC 541
| || ||||||||| || || || |||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 328 CG-TATGCTCAAGGATAAAGGAATAATGCACCCTACTCCTATCCAAGTTCAGGGTCTTCC 386
Query 542 TG-TGATTTTGGCTGGGAGAGATATGATTGGGATTGCGTTCACCGGTTCAGGAAAGACTT 600
|| || ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |
Sbjct 387 TGTTG-TTTTGTCTGGCAGAGATATGATTGGGATTGCGTTCACTGGTTCCGGAAAGACGT 445
Query 601 TGGTTTTCGTGCTTCCTATGATCATGATT-GCTCTTCAAGAAGAGATGATGATGCCTATT 659
||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || || ||||| |||||||||||
Sbjct 446 TGGTTTTCGTGCTTCCTATGATCAT-ATTAGCTCTGCAGGAGGAGATAATGATGCCTATA 504
Query 660 GCTGCTGGAGAAGGTCCCATTGGGCTTATTGTTTGCCCTTCTAGAGAGCTTGCTAGGCAG 719
|||||||||||||||||||||| |||| || |||| || |||||||||||||||| ||||
Sbjct 505 GCTGCTGGAGAAGGTCCCATTGCGCTTGTTATTTGTCCGTCTAGAGAGCTTGCTAAGCAG 564
Query 720 ACTTATGAAGTGGTTGAGCAGTTTGTTGC-TCCTTTGGTTGAGGCTGGATACCCGCCATT 778
||||| || |||||||| |||||||| || | |||| || |||| ||||||||||| ||
Sbjct 565 ACTTACGATGTGGTTGAACAGTTTGTGGCAT-CTTTAGTCGAGGATGGATACCCGCGGTT 623
Query 779 GAGGTCGTTGCTATGTATTGGAGGAATTGATATGAGATCACAGTTGGAGGTTGTCAAGAG 838
||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 624 GAGGTCGTTGCTATGCATTGGAGGAGTGGATATGAGATCACAGTTGGACGTTGTTAAGAA 683
Query 839 AGGGGTACACATCGTTGTTGCAACCCCTGGGAGGTTAAAGGATATGCTCGCCAAGAAAAA 898
||| || |||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 684 AGGTGTTCACATCGTTGTTGCTACTCCTGGAAGGTTGAAGGATATCCTCGCCAAGAAAAA 743
Query 899 GATGAGCTTAGATGCTTGCAGGTACCTGACACTAGATGAGGCAGATAGGTTGGTTGATTT 958
||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 744 GATGAGCTTAGATGCTTGCAGGTTGTTGACACTGGATGAAGCAGATAGGTTGGTTGATTT 803
Query 959 GGGTTTCGAAGATGACATAAGGGAAGTCTTTGACCACTTTAAGTCTCAACGTCAAACACT 1018
||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 804 GGGTTTCGAAGATGACATAAGACATGTCTTTGACCACTTTAAGTCTCAGCGTCAAACACT 863
Query 1019 TTTGTTTTCTGCCACAATGCCCACAAAAATTCAAATCTTTGCCAGAAGTGCTCTGGTGAA 1078
||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 864 TTTGTTTTCTGCCACAATGCCTGCAAAAATCCAAATCTTTGCCACAAGTGCTCTGGTGAA 923
Query 1079 ACCTGTGACAGTTAATGTAGGAAGAGCTGGAGCTGCGAATCTTGATGTGATCCAGGAGGT 1138
|||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||
Sbjct 924 ACCTGTAACTGTTAATGTAGGAAGAGCTGGAGCTGCGAATCTCGATGTCATACAGGAGGT 983
Query 1139 AGAATATGTCAAACAAGAAGCAAAGATTGTTTACCTCCTTGAGTGTCTACAGAAAACCTC 1198
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||| |
Sbjct 984 TGAATACGTCAAGCAAGAAGCAAAGATTGTTTACCTTCTGGAGTGTCTGCAGAAAACCAC 1043
Query 1199 TCCACCGGTTTTAATATTCTGTGAGAACAAAGCTGATGTTGATGATATTCACGAGTACTT 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1044 TCCACCGGTTTTAATATTCTGTGAGAACAAAGCTGATGTTGATGATATTCACGAGTACTT 1103
Query 1259 GTTACTGAAAGGAGTGGAAGCAGTGGCCATCCATGGAGGAAAAGATCAAGAAGACAGAGA 1318
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1104 GTTACTGAAAGGAGTGGAAGCAGTGGCTATCCATGGAGGAAAAGATCAAGAAGACAGAGA 1163
Query 1319 GTATGCAATATCTTCGTTTAAAGCTGGGAAAAAAGATGTCTTGGTCGCGACTGATGTTGC 1378
|| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1164 TTACGCAATATCTTTGTTCAAAGCTGGGAAAAAAGACGTTTTGGTCGCGACCGATGTTGC 1223
Query 1379 TTCAAAGGGTCTAGATTTCCCAGATATACAACATGTAATCAACTACGACATGCCAGCAGA 1438
|||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1224 TTCAAAGGGTTTAGATTTCCCTGATATACAACATGTAATCAACTACGACATGCCTGGGGA 1283
Query 1439 GATTGAGAACTATGTGCATAGGATAGGACGAACAGGTCGGTGTGGTAAAACTGGGATAGC 1498
|||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1284 GATTGAGAACTACGTGCATAGGATAGGAAGAACAGGTCGCTGTGGGAAAACTGGGATAGC 1343
Query 1499 AACAACATTTATAAACAAGAATCAAAGCGAAACCACGCTGCTCGATTTGAAACACTTGTT 1558
||| || |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1344 AACTACGTTTATAAACAAGAACCAAAGCGAAATCACGCTGCTCGATTTGAAACACTTGTT 1403
Query 1559 GCAAGAAGCTAAACAGAGGATTCCACCTGTCCTTGCTGAGCTGAATGATCCAATGGAAGA 1618
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 1404 GCAAGAAGCTAAACAGAGGATTCCACCTGTCCTTGCTGAGCTTAATGGTCCAATGGAAGA 1463
Query 1619 AGCAGAGACCATTGCTAATGCAAGTGGTGTCAAAGGTTGTGCGTATTGTGGTGGTCTTGG 1678
| |||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1464 AACAGAAACCATTGCTAATGCAAGCGGTGTCAAGGGTTGTGCTTATTGTGGTGGTCTCGG 1523
Query 1679 ACATCGTATCCGAGACTGTCCAAAACTTGAGCACCAGAAGAGTGTGGCTATATCTAATTC 1738
||||| || | | | ||||||||| |||| || ||||||||||| |||||||||| |||
Sbjct 1524 GCATCGGATTCTACAGTGTCCAAAATTTGAACATCAGAAGAGTGTAGCTATATCTAGTTC 1583
Query 1739 GAGAAAAGACTATTTTGGCTCTGGTGGCTACAGAGGAGA 1777
|| |||||| |||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 1584 TAGGAAAGACCATTTTGGCTCTGATGGATACAGAGGAGA 1622
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 89256569010
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5