BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg950230
Length=2530
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G55740.1 | Symbols: CRR21 | Tetratricopeptide repeat (TPR)-l... 3797 0.0
> AT5G55740.1 | Symbols: CRR21 | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr5:22561941-22564433 REVERSE LENGTH=2493
Length=2493
Score = 3797 bits (2056), Expect = 0.0
Identities = 2343/2482 (94%), Gaps = 17/2482 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 21 ATGGCTTCTCTTCCTTTCAACACTATCCCGATTAATCTTCCATTTTCAGTATCATCAAAA 80
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1 ATGGCTTCTCTTCCTTTCAACACTATCCCGAATAAAGTTCCATTTTCAGTATCATCGAAA 60
Query 81 CCTTCTTCTAAACAGCACGATGACCAAGCTC-TTAATCCTTCTTCCACATCTTACTTTCA 139
|||||||||||||| |||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CCTTCTTCTAAACACCACGATGAACAAGCTCATT-CTCCTTCTTCCACATCTTACTTTCA 119
Query 140 CCGCGTTTCGTCTCTATGTAAGAACGGTGAGATCAAAGAAGCTCTGAGTTTAGTTACAGA 199
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 TCGCGTTTCGTCTCTTTGTAAGAACGGTGAGATCAAAGAAGCTCTGAGTTTAGTTACAGA 179
Query 200 GATGGATTTCAGAAACCTACGCATTGGTCCAGAGATATACGGTGAAATCCTCCAAGGATG 259
|||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 GATGGATTTCAGAAACTTACGCATTGGTCCTGAGATATACGGTGAAATCCTCCAAGGATG 239
Query 260 CGTTTACGAGAGAGATTTATGTACAGGGAAGCAAATTCATGCTCGGATTTTGAAGAATGG 319
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 240 CGTTTACGAGAGAGATTTAAGTACAGGGAAGCAAATTCATGCTCGGATTTTAAAGAACGG 299
Query 320 TGATTTCTACGCCAAAAATGAGTACATCGAGACTAAATTGGTGATATTCTACGCAAAGTG 379
|||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 300 TGATTTCTACGCGAGGAATGAGTACATCGAGACTAAATTGGTGATATTCTACGCCAAGTG 359
Query 380 CGATGCTTTGGATATAGCTGAAGTTCTTTTCACGAAATTGAGGGTTCGTAATGTTTTCTC 439
|||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 CGATGCTTTGGAGATTGCTGAAGTTCTTTTCTCGAAATTGAGGGTTCGTAATGTTTTCTC 419
Query 440 TTGGGCAGCTATTATTGGTGTGAAATGTAGGATTGGGTTATGTGAAGGAGCTTTAATGGG 499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TTGGGCAGCTATTATTGGTGTGAAATGTAGGATTGGGTTATGTGAAGGAGCTTTAATGGG 479
Query 500 TTTTGTTGAGATGCTTGAAAATGAGATTTTTCCTGATAATTTTGTGGTTCCGAATGTTTG 559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 TTTTGTTGAGATGCTTGAAAATGAGATTTTTCCTGATAATTTTGTGGTTCCGAATGTTTG 539
Query 560 TAAGGCTTGTGGTGCGTTGCAATGGAGTAGATTTGGGAGAGGTGTTCATGGGTATGTGGT 619
||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 540 TAAAGCGTGTGGTGCGTTGAAATGGAGTAGATTTGGGAGAGGGGTTCATGGGTATGTGGT 599
Query 620 AAAATCTGGTCTTGAAGATTGTGTGTTTGTGGCTAGTAGTTTAGCTGATATGTATGGGAA 679
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 AAAATCTGGTCTTGAGGATTGTGTGTTTGTGGCTAGTAGTTTAGCTGATATGTATGGGAA 659
Query 680 ATGTGGGGTTTTGGATGATGCGAGGAAGGTGTTCGATGAAATTCCTGAGAGAAATGTTGT 739
|||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 660 ATGTGGTGTTTTGGATGATGCGAGTAAGGTGTTTGATGAAATTCCTGACAGAAATGCTGT 719
Query 740 TGCCTGGAATGCGTTGATGGTTGGTTATGTACAAAATGGGATGAATGAGGAAGCGATTCG 799
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 720 TGCTTGGAATGCGTTGATGGTTGGTTATGTACAAAATGGTAAGAATGAGGAAGCGATTCG 779
Query 800 GCTTTTTTCTGATATGAGGAAGGAAGGTGTTGAGCCTACTCGTGTCACTGTCTCGACTTG 859
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 GCTTTTTTCTGATATGAGGAAGCAAGGTGTTGAGCCTACTCGTGTCACTGTCTCGACTTG 839
Query 860 CTTATCTGCTTCGGCTAATATGGGTGGGGTTGAAGAGGGGAAACAGTCTCATGCCATTGC 919
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 840 CTTATCTGCTTCTGCTAATATGGGTGGGGTTGAAGAGGGGAAACAGTCGCATGCCATTGC 899
Query 920 TATTGTAAATGGACTGGAGCTGGATAATATCCTGGGGACATCTTTATTGAATTTCTATTG 979
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 TATTGTAAATGGAATGGAGCTGGATAATATCTTGGGGACATCTTTATTGAATTTCTATTG 959
Query 980 CAAAGTTGGTTTGATAGAGTATGCTGAGATGGTTTTTGATCGGATGATTGATAAAG-ATG 1038
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||
Sbjct 960 CAAAGTGGGTTTGATAGAGTATGCTGAGATGGTTTTTGATCGGATGTTTGA-AAAGGATG 1018
Query 1039 TGGTAACATGGAATCTGATTATCTCCGGGTATGTTCAACAAGGGCTAGTTGAAAATGCTA 1098
|||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1019 TGGTTACATGGAATCTGATTATTTCTGGGTATGTTCAACAAGGGCTAGTTGAAGATGCTA 1078
Query 1099 TATACATGTGTCAATTAATGAGACGAGAGAAGCTGAAATATGATTGTGTCACTTTAGCGA 1158
| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 TCTACATGTGTCAATTAATGAGACTAGAGAAGCTGAAATATGATTGTGTCACTTTAGCGA 1138
Query 1159 CGTTAATGTCGGCAGCTGCACGTAC-GAAGAATCTAAAACTTGGGAAAGAGGTGCAGTGT 1217
| |||||||| || ||||||||||| || ||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1139 CATTAATGTCTGCTGCTGCACGTACTGA-GAATCTAAAGCTCGGGAAAGAGGTGCAGTGT 1197
Query 1218 TATTGCATTAGACACAGTTTTGAATCTGATATCGTTTTAGCCAGCACTGTGATGGATATG 1277
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 TATTGCATTAGACATAGTTTTGAATCTGATATCGTTTTAGCCAGCACTGTGATGGATATG 1257
Query 1278 TATACCAAGTGTGGTAGCATCGTTGATGCTAAGAAAGTGTTTGATTCCACAGTAGAGAGA 1337
||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
Sbjct 1258 TATGCCAAGTGTGGCAGCATTGTTGATGCTAAGAAAGTGTTTGATTCTACAGTAGAGAAA 1317
Query 1338 GACTTGATACTGTGGAATACGTTACTTGCAGCCTATGCAGAGTCTGGTCTTAGTGGAGAG 1397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1318 GACTTGATACTGTGGAATACGTTACTTGCAGCCTATGCAGAATCTGGTCTTAGTGGAGAG 1377
Query 1398 GGCTT-GAGATTGTTCTATGGGATGCAGCTAGAAGGTGTACCACCAAATCTGATAACATG 1456
| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 1378 G-CTTTGAGATTGTTCTATGGGATGCAGCTAGAAGGTGTACCTCCAAATGTGATAACATG 1436
Query 1457 GAATTTGATCATTCTAAGTCTTCTAAGGAATGGTGAGGTAAATGAGGCCAAGGATATGTT 1516
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1437 GAATTTGATCATTCTAAGTCTTCTAAGGAATGGTCAGGTAGATGAGGCCAAGGATATGTT 1496
Query 1517 CTTGCAGATGCAATCCTCAGGCATA-TCTCCAAATCTAATCTCCTGGACGACTATGATGA 1575
||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1497 CTTGCAGATGCAATCCTCAGGGATAAT-TCCAAATCTTATCTCATGGACGACTATGATGA 1555
Query 1576 ATGGTATGGTTCAAAATGGTTGCAGTGAGGAGGCAATTCTTTTTCTCAGAAAGATGCAAG 1635
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1556 ATGGTATGGTTCAAAATGGTTGCAGTGAGGAGGCAATTCTGTTTCTTAGAAAGATGCAAG 1615
Query 1636 AATCAGGGC-TGAGACCAAATGCCTTTAGCATCACTGTAGCTCTCTCTGCTTGCGCA-AG 1693
|||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 1616 AATC-GGGCCTGAGACCAAATGCATTTAGCATCACTGTCGCTCTCTCTGCTTGCGCACA- 1673
Query 1694 TCTAGCATCACTGCATTTCGGAAGATCAATCCACGGTTACATCATAAGAAATCTACAGCA 1753
|||||||||| ||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1674 TCTAGCATCATTGCATATCGGAAGAACAATCCACGGATACATCATAAGAAATCTACAGCA 1733
Query 1754 TTCCTCTTCGGTCTCTATTGAAACTTCTTTGGTTGACATGTATGCTAAATGTGGAGATAT 1813
|||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1734 TTCCTCTTTGGTTTCTATTGAAACTTCTTTGGTTGACATGTATGCTAAATGTGGAGATAT 1793
Query 1814 AAACAAAGCAGAGAAGGTTTTTGGAAGTAAGTTATACAGCGAGTTGCCTCTCTACAATGC 1873
||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1794 AAACAAAGCAGAGAAGGTTTTCGGAAGTAAGCTATACAGCGAGTTGCCTCTCTCCAATGC 1853
Query 1874 CATGATCTCGGCGTATGCGTTATATGGTAAGTTAAAAGAAGCAATCGCTCTATACAGAAG 1933
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1854 CATGATCTCGGCGTATGCATTATATGGTAACTTAAAAGAAGCAATCGCTCTATACAGAAG 1913
Query 1934 CTTAGAAGGCGTGGGTCTTAAACCAGACAACATAACAATCACAAATGTCTTATCAGCATG 1993
||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1914 CTTAGAAGGTGTAGGTCTTAAACCAGACAACATCACAATCACAAATGTCTTATCAGCATG 1973
Query 1994 TAACCACGTAGGGGATAATAACCAAGCTACCGAGATTGTCACTGAGATGGTTTCAAAACA 2053
|||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||| ||||||| || |||||||| |
Sbjct 1974 TAACCACGCAGGGGATATTAACCAGGCTATCGAGATTTTCACTGATATCGTTTCAAAGCG 2033
Query 2054 TGGCATGAAACCATGCTTGGAACATTATGGACTGATGGTAGATCTTCTTGCATCAGCTGG 2113
| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2034 TAGTATGAAACCATGCTTGGAACATTATGGACTTATGGTAGATCTTCTTGCATCAGCTGG 2093
Query 2114 AGAAACAGACAAGGCATTAAGGTTAATCGAGGAAATGCCATACAAGCCAGATGCACGAAT 2173
||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2094 AGAAACAGAAAAAGCTTTAAGGTTAATCGAGGAAATGCCATTCAAGCCAGATGCACGAAT 2153
Query 2174 GATCCAATCTTTGGTTGCTTCTTGCAACAAGCAGCATAAGACAGAGCTTGTAGACTACTT 2233
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 2154 GATCCAATCTTTGGTTGCTTCTTGCAACAAACAGCGTAAGACTGAGCTTGTGGACTACTT 2213
Query 2234 ATCAAGGCAATTGATCGAATCCGAGCCTGACAACTCTGGTAATTACGTGACGATATCGAA 2293
||||||| ||||| | |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||
Sbjct 2214 ATCAAGGAAATTGCTTGAATCCGAGCCTGAAAACTCCGGTAACTATGTGACGATATCGAA 2273
Query 2294 TGCTTATGCAGTTGAAGGAAGTTGGGATGAAGTTGTGAAGATGAGAGAGATAATGAAAGC 2353
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2274 TGCTTATGCGGTTGAAGGAAGTTGGGATGAAGTTGTGAAGATGAGAGAGATGATGAAAGC 2333
Query 2354 TAAAGGTTTGAAGAAAAAGCCTGGATGTAGTTGGATTCAGATTAAAGGAGAAG--G-AGT 2410
||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||| | |||
Sbjct 2334 TAAGGGTTTGAAGAAAAAACCTGGATGTAGTTGGATACAGATTACAGGAGAAGAAGGAGT 2393
Query 2411 CCATGTGTTTGTTGCTAATGATAAGACACATATTAGGATCAATGAGATACAAAGGATTTT 2470
||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 2394 CCATGTGTTTGTTGCCAATGATAAGACACATACTAGGATCAATGAGATACAAATGATGTT 2453
Query 2471 AGCATTGTTACTATATGATATG 2492
|||||||||| |||||||||||
Sbjct 2454 AGCATTGTTATTATATGATATG 2475
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 125567858329
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5