BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg950279
Length=2960
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G56220.1 | Symbols: | P-loop containing nucleoside triphosp... 4852 0.0
> AT5G56220.1 | Symbols: | P-loop containing nucleoside triphosphate
hydrolases superfamily protein | chr5:22754818-22757920
FORWARD LENGTH=3103
Length=3103
Score = 4852 bits (2627), Expect = 0.0
Identities = 2860/2971 (96%), Gaps = 22/2971 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 6 GAAGTAAAAGGAGTAATGAAGGGAATAGAAGAAGAAGCAGAAGCAAGTTTAGTTGGATTA 65
|||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| |||
Sbjct 39 GAAGTAAAAGGAGTAATGAAGGGAAT---AGAAG-A--AGAAGCAAGTTTAGTTGGTTTA 92
Query 66 ACCATAAGAACTTCATCACCAGCAAGCTCTTCAAGTAAGAAAGGT--A-AAGATCTTCTT 122
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 93 ACCATAAGAACTTCATCACCAGCAAGCTCTTCAAGTAAGAAAGGTAAAGAAGATCTTCTT 152
Query 123 CAAACAAATAACAATGCTTCAGATTCATCTCCAAGTATCAAAAACTCTCCTTTCAATTCA 182
||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 153 CAAGCAAATAATAATGCTTCAGATTCATCTCCAAGTATCAAAAACTCTCCTTTCTATTCA 212
Query 183 CCTTCTCTTGTGTCCCCACCATCTTCTGCTTTTGTTTCCGCTTTGCAATCTCCTTATATA 242
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 213 CCTTCTCTTGTGTCCCCACCATCTTCTGCTTTTGTTTCCGCTTTGCAATCTCCTTATATA 272
Query 243 TCCCCAAGAGCTACTACA--C-CCATTACCACTCACAAGCCATCACCGCCTCTCTCTTAC 299
|||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 273 TCCCCAAGAGCTACAACACCCTCCATTACCACTCACAAGCCATCACCGCCTCTTTCTTAC 332
Query 300 AAAGGCTCACAATCTGAAGATGTACCTAGCAGCTCCTACACTCCTCCCTCTGACCAGTAC 359
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 333 AAAGGCTCACAATCTGATGATGTACCAAGCAGCTCCTACACTCCTCCTTCTGACCAGTAC 392
Query 360 GAGTTTTCTGATGAACAACCATCAGATCGGAAGCTCAAGTTATCAG---CTTGTACTCCA 416
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 393 GAGTTTTCTGATGAACAACCATCAGATCGGAAGCTCAAGTTATCAGCATCTTGTACTCCA 452
Query 417 GATCCTGCTCCTCCAAGGATCTCTTTCTCTTTCCCTGTTCCTAGGGTTTCTTTGGCTAAA 476
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 453 GATCCTGCTCCTCCAAGGATCTCTTTCTCTTTCCCTGTTCCTAGGGTTTCTTTGGCTAAA 512
Query 477 GTTTCTGTTTCTTCACCTGCAACTAACACCAAGCTCAGGAGCTCTGATGTCTTCATTGGG 536
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 513 GTCTCTGTTTCTTCACCTGCAACTAACACCAAGCTCAGGAGCTCTGATGTCTTCATAGGG 572
Query 537 TTTCATGGACAAAACCCAAACTTGGTGAGATTCTGCAAATGGTTAAAGTCAGAGCTTGAG 596
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 573 TTTCATGGACAAAACCCAAACTTGGTGAGATTCTGCAAATGGTTAAAGTCAGAGCTTGAG 632
Query 597 CTTCAGGGAATCGCTTGTTTCGTTGCTGACAGAGCTAAGTATTCGGACACACAGAGTCAT 656
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 633 CTTCAGGGAATCGCTTGTTTCGTTGCTGACAGAGCTAAGTATTCGGACACACAGAGTCAT 692
Query 657 GAGATCGCCGACAGAGTTATCTGTTCTGTTACTTATGGGATTGTGGTTGTCTCTTGTTCC 716
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 693 GAGATCGCCGACAGAGTTATCTGTTCTGTTACTTATGGGATTGTGGTTGTCTCTTGTTCC 752
Query 717 AGCTTGCTCAACTACCTTAGCTTGGAGGAGGTTAGGTTCTTTGCTCAAAAGAAGAACTTG 776
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 753 AGCTTGCTCAACTACCTTAGCTTGGAGGAAGTTAGGTTCTTTGCTCAAAAGAAGAACTTG 812
Query 777 ATTCCAATTTTCTATGGAACTGGTCCTTCTGAGATAATGGGTCTTCTCAACTGCAATGCC 836
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 813 ATTCCTATTTTCTATGGAACTGGTCCTTCTGAGATTATGGGTCTTCTCAACTGCAATGCC 872
Query 837 ATAGATAAAGAGTGTAAAGAAGCCATTGATGGGTTGATTAAGTCACATGAGTTTAAACTT 896
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 873 ATAGATAAAGAGTGTAAAGAAGCCATTGATGGGTTGATTAAGTCTCATGAGTTTAAACTA 932
Query 897 GAAGCTAATGAGAGTAACTGGAGAAGCTGTGTGGGAAAGACCGCGACGATTCTCAGGGCA 956
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 933 GAAGCTAATGAGAGTAACTGGAGAAGCTGTGTGGGAAAGACTGCGACGATTCTCAGGGCA 992
Query 957 AAGCTTGGGAGGAAGAGTGTGGCTGATAAAGAGATAGTGGAAGGGATTGATGAGCTTCCA 1016
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 993 AAGCTTGGGAGGAAGAGTGTGGCTGATAAAGAGATTGTGGAAGGGATTGATGAGCTTCCA 1052
Query 1017 TTTCCAAGGAACAGATATTTTCTTGGAAGAGAAAAGGAGATAATTGAAATGGAAATGGCT 1076
||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1053 TTTCCGAGGAACAGATCTTTTCTTGGAAGAGAAAAGGAGATCATTGAAATGGAGATGGCT 1112
Query 1077 TTATTTGGTAATGGAGAGTATCTTGAATCTACAACACCAAGCACCAGAGGAGAAGCAAGT 1136
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1113 TTATTTGGTAATGGAGAGTATCTTGAGTCTACAACACCAAGTACCAGAGGAGAAGCAAGT 1172
Query 1137 GGACAATCTGAAGGACTTGCAGATGAGGAATCAGATGTTGTATCAACTCGAAATGGGAAA 1196
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1173 GGACAATCTGAAGGACTTGCAGATGAGGAATCAGATGTTGTACCAACTCGAAATGGGAAG 1232
Query 1197 TTTATCAGCTTGGAGCTTGGAAAATGTTCAGAGCCAAGAAGTGAGGCTTGGAGTGATCCA 1256
||||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1233 TTTATTAGCTTGGAGCTTGGAAGATGCTCAGATTCAAGAAGTGAGGCTTGGAGTGATCCA 1292
Query 1257 AATGGTGGGAAAAACTCGCTTAAAAGACTGTTGAAGAGTAAGAAGTATAGAAACAATAGT 1316
||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 1293 AATGGTGGGAAAAACTCTCTTAAAAGATTGTTGAAGACTAAGAAGTGTAGAAACAATAGT 1352
Query 1317 AACTGCAAAAGTAGCACAAGTGTTGTTTGCGTGAATGGAGTTCCCGGGATTGGGAAGACA 1376
||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1353 AACTGCAAAAGTAGCACAAGTGTTGTTTGTGTAAATGGAGTTCCAGGGATTGGGAAGACA 1412
Query 1377 GAGTTAGCCCTTGAATTCGCTTACCGGTATTCTCAGAGATATAAGATGGTTTTGTGGGTC 1436
|||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1413 GAGTTAGCTCTTGAATTCGCTTACAGGTATTCTCAGAGGTATAAGATGGTTTTGTGGGTC 1472
Query 1437 GGAGGGGAAGCTCGATACTTCAGACAGAACCTGTTGAATCTGTCATTCAGCTTGGGGCTT 1496
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1473 GGAGGGGAAGCTCGATACTTTAGACAGAACCTGTTAAATCTGTCATTCAGCTTGGGGCTT 1532
Query 1497 GATGTTAGTGCAGATGCTGAGAAGGATAGAGGTAGGCTAAGGAGCTTTGATGAGCAAGAG 1556
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1533 GATGTTAGTGCAGATGCTGAGAAGGATAGAGGTAGACTAAGGAGCTTTGATGAACAAGAG 1592
Query 1557 TTTGAAGCTTTCAAGAGAATAAAGCGTGAGTTATTCAGAGACATGCCCTATCTGTTGATC 1616
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1593 TTTGAAGCTTTCAAGAGAATAAAGCGTGAGTTATTCAGAGACATGCCTTATCTGTTGATC 1652
Query 1617 ATTGATAATCTTGAGATAGAGAAGGATTGGTGGGAAGGGAAAGATCTAAATGATCTGATT 1676
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1653 ATTGATAATCTTGAGATAGAGAAGGATTGGTGGGAAGGGAAAGATCTAAATGATTTGATT 1712
Query 1677 CCGAGGAACACCGGAGGAACACATGTCCTGATCACTACTAGACTTCCTAAAGTAATGACC 1736
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1713 CCGAGGAACACCGGAGGAACACATGTTTTGATCACTACTAGACTTCCTAAAGTCATGACC 1772
Query 1737 TTTGACACTGTGCAGCTTTCTGTATTGCCTTCGTCTGATGCAATGGTTTTACTGAGAGGA 1796
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1773 TTTGACACTGTGCAGCTTTCTATATTGCCTTCGTCTGATGCAATGGTGTTACTGAGAGGA 1832
Query 1797 AGAAGAAAGAAAGATTACCCGGTGGAGGAGGTTGAGGTCCTCAAGCTTTTCGATGAGAAA 1856
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1833 AGAAGAAAGAAAGATTACCCGGTGGAGGAGGTGGAGGTCCTCAAGCTTTTCGATGAGAAA 1892
Query 1857 TTGGGACGGTTGAGCTATGGTCTTTGGGTGGTTGGATCATTGCTTTCAGAGCTTGCAATT 1916
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1893 TTGGGAAGGTTGAGCTATGGTCTTTGGGTGGTTGGATCATTGCTTTCAGAGCTTGCAATT 1952
Query 1917 CCGCCTTCTGCACTCTTTGAAGCTGTAAACAAAATTCAAATCGAAGAACGTTCAGCATCG 1976
| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1953 CTGCCTTCTGCTCTCTTTGAAGCTGTAAACAAAGTTCAAATCGAAGAACGTTCGGCCTCG 2012
Query 1977 CCTTTTCTAAACGTAATTGATGAACAATACTGCAAGTCCAATCCATTTGTTGCAAAGGTC 2036
|||||||| ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2013 CCTTTTCTGAACTTAAATGATGAGCAATACTGCAAGTCCAATCCATTTGTTGCAAAGGTT 2072
Query 2037 TTAGCATTCAGTTTGGCTGTTTTGGAGCAAGCTGAGGGAAACAGAAACCTTCTCTCATTA 2096
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073 TTAGCTTTCAGTTTGGCTGTTTTGGAGCAAGCTGAGGGAAACAGAAACCTTCTCTCATTG 2132
Query 2097 AAAATGCTACTCGTGGGAGCTTGGTTTGCTCCTGTCCCTATTCCGGTTAACTTGTTAGCT 2156
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 2133 AAAATGCTACTCGTGGGAGCTTGGTTTGCTCCTGTCCCTATACCGGTTAACTTATTAGCT 2192
Query 2157 GCAGCTGCTAAGAACATGCCCACAGGTGGCAACCGGTTCAGCAAATGGAACAAATGTCTG 2216
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2193 GCAGCTGCTAAGAACATGCCCACAGGTGGAAACCGGTTCAGCAAATGGAACAAGTGTCTG 2252
Query 2217 AGTCACACATTTGCTTGGTGTGGTGGTTGTGGTTTAGGACGCAGAAGCGAAGAGGATGCT 2276
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2253 AGTCACACATTTGCTTGGTGTGGTGGTTGTGGTTTAGGACGCAGAAGCGAAGAGGATGCT 2312
Query 2277 GCATTTTTACTAGTCAGATTAGGACTAGCGAGGATAACAAATAGACAACCTGGATGTTGG 2336
|| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2313 GCTTTTTTACTAGTCAGATTAGGACTAGCGAGGTTAACAAATAGACAACCTGGATGTTGG 2372
Query 2337 ATTCAGTTCCATCCGATAACTCAAACTTTCGCGAGGAGACGAGACTACATACTTGCACCA 2396
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2373 ATTCAGTTCCATCCGATAACTCAAACTTTCGCGAGGAGACGAGACTACATCCTTGCACCA 2432
Query 2397 AAGGCGACGGTTCAAGGCGTGAGGAAAATCGATAACCCGTTGTTGAATCTCGATCACCTA 2456
||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2433 AAGGCAACAGTTCAAGGCGTGAGGAAAATCGATAACCCGTTGTTGAATCTTGATCACCTA 2492
Query 2457 TGGGCTTCAGCTTTCTTAGTATTTGGATTCAAATCAGAACCTCCTTTGGTCCAACTACAA 2516
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2493 TGGGCTTCAGCTTTCTTAGTATTCGGATTCAAATCAGAACCTCCTTTGGTTCAACTACAA 2552
Query 2517 GCCATGGATATGGTACTTTACATCAAGAGAACAGCTCTTCCTTTAGCAATCACAGCTTTC 2576
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2553 GCCATGGATATGGTACTTTACATCAAGAGAACAGCTCTTCCTTTAGCAATCACAGCTTTC 2612
Query 2577 ACAACCTTCTCGAGGTGCAACTCCGCGCTGGAGCTCTTAAAAGTATGCACCAACGTGTTA 2636
||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2613 ACAACCTTCTCAAGGTGCAACTCCGCGCTGGAGCTCCTAAAAGTATGCACCAACGTGTTA 2672
Query 2637 GAGGAAGTGGAGAAATCATTTGTGTCTCAGATACAAGATTGGCGCCAAGGCTCGCTCTGT 2696
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2673 GAGGAAGTGGAGAAATCATTTGTGTCTCAGATACAAGATTGGCGCCAAGGCTCGCTCTGT 2732
Query 2697 TGGAAGAAGAAGACTAACAAGAAGGTCGATGAATACGTGTGGCAAGATGTTACATTGTTA 2756
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2733 TGGAAGAAGAAGACTAACAAGAAAGTCGATGAATACGTGTGGCAGGATGTTACATTGTTG 2792
Query 2757 AAAGCTTTATTGCTGGAGACAAGAGCTAAGCTGCTGCTACGAGGCGGGCATTTCGATAGT 2816
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2793 AAAGCTTTATTGCTGGAGACCAGAGCAAAGCTGCTGCTACGAGGCGGACATTTCGATAGT 2852
Query 2817 GGAGAGGAACTATGCAGGACTTGTATCAGTATCAGGACAGTGATGCTTGGCCATAACCAT 2876
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2853 GGAGAGGAACTTTGCAGGACTTGTATCAGTATCAGGACAGTGATGCTTGGCCATAACCAT 2912
Query 2877 GATCTCACATTGGCTGCTCAAGAAACACTAGCAAAGTTAGTCAGAATGAGAAGCAAGATA 2936
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2913 GATCTCACTTTGGCTGCTCAAGAAACACTAGCAAAGTTAGTCAGAATGAGAAGCAAGATA 2972
Query 2937 TGA--AA-C-AGAC-CAAA--CATTTCTCCT 2960
||| || | | || |||| ||||||||||
Sbjct 2973 TGATGAAACCACACACAAAAACATTTCTCCT 3003
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 147139643819
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5