BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg950741
Length=2764
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G59900.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 4274 0.0
> AT5G59900.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr5:24123983-24126706 REVERSE LENGTH=2724
Length=2724
Score = 4274 bits (2314), Expect = 0.0
Identities = 2585/2720 (95%), Gaps = 2/2720 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 21 ATGAAGCTCCCTTGCACGATTCGATCATTATCAAGCTCTCATTTGCGCTATAGCTTTAGA 80
||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 1 ATGAAGCTCCCTTGCACGATTCGATCAATAACAAGCTCTCATTTTCGCAATAGCTTTAGA 60
Query 81 AATCTAAGCTCTGTGATCGATTCTTCTCAAGAAGCATGTAGAATCGGTGAAGATAAGCAA 140
||| | |||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 61 AATGTGAGCTCTGTGATCGATTCTGCACAAGAAGAATGTAGAATCGCTGAAGATAAGCAA 120
Query 141 TTTGTTGATTCCGTCAGAAGAATCGTGCGAGGGAAACGGAGCTGGGAGATCGCATTGAGC 200
|| || ||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TTCGTCGATGCTGTCAAAAGAATCGTGCGAGGGAAACGGAGCTGGGAGATCGCATTGAGC 180
Query 201 AATGAGCTAGTCTCGAGAAGATTGAAGACTATTCATGTTGAAGAGATTTTAATCGGAACC 260
| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || ||||||
Sbjct 181 AGTGAGCTAGTCTCGAGAAGATTGAAGACTGTTCATGTTGAAGAGATTCTGATTGGAACC 240
Query 261 ATTGATGATCCCAAATTGGGTTTGAGGTTTTTCAATTTCCTCGGTTTACATCGTGGATTC 320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 241 ATTGATGATCCCAAATTGGGTTTGAGGTTTTTCAATTTCCTCGGTTTGCATCGAGGATTC 300
Query 321 GACCACTCTACGGCGTCGTTTTGTATCTTGATTCACGCTCTAGTCCAAGCTAATCTCTTC 380
||||| || ||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 301 GACCATTCCACGGCGTCGTTTTGTATTTTGATCCATGCTCTGGTCAAAGCTAATCTCTTC 360
Query 381 TGGCCTGCTTCATCACTGTTACAGACGCTTCTACTTCGTGCGCTGAAGCCAAGTGAGGTT 440
|||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 361 TGGCCTGCTTCATCACTGTTGCAGACGCTTCTGCTTCGTGCGCTGAAGCCAAGTGACGTT 420
Query 441 TTTGATGCGCTTTTTAGTTGTTATGAAAAATGTAAGCTTAGTTCAAGCTCGAGTTTTGAT 500
||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TTTAATGTGCTTTTTAGTTGTTATGAAAAATGTAAGCTTAGTTCAAGCTCGAGTTTTGAT 480
Query 501 TTGTTGATTCAGCATTATGTACGAAGTAGGAGAGTTTTAGATGGGGTTTTGGTGTTTAAG 560
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
Sbjct 481 TTGTTGATTCAGCATTATGTACGAAGTAGGAGAGTTCTAGATGGAGTTTTGGTGTTTAAG 540
Query 561 ATGATGATGACGAAAGTTAGTTTACTACCTGAAGTGAGAACTTTGAGTGCTCTTTTACAT 620
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 ATGATGATAACGAAAGTTAGTTTACTGCCTGAAGTGAGAACTTTGAGTGCTCTTTTACAT 600
Query 621 GGATTGGTTAAGTTTAGGCATTTTGGTTTGGCAATGGAGTTGTTTAACGATATTATCAGT 680
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 601 GGGTTGGTTAAGTTTAGGCATTTTGGTTTGGCAATGGAGTTGTTCAACGATATGGTCAGC 660
Query 681 GTGGGGATTCGTCCTGATGTATACATTTACACAGGAGTGATACGTAGCTTGTGTGAGTTG 740
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GTGGGGATTCGTCCTGATGTTTACATTTACACAGGAGTTATACGTAGCTTGTGTGAGTTG 720
Query 741 AAAGATCTCTCTCGAGCTAAAGAAATGATTGTTCATATGGAGGCAACAGGATGTGATGTG 800
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 AAAGATCTCTCTCGAGCTAAAGAAATGATTGCTCATATGGAGGCAACAGGATGTGATGTG 780
Query 801 AATATAGTTCCATATAATGTGTTGATAGATGGGCTTTGTAAGAAGCAGAAGGTTTGGGAG 860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 AATATAGTTCCATATAATGTGTTGATAGATGGGCTTTGTAAGAAGCAGAAGGTTTGGGAG 840
Query 861 GCTGTTGGGATAAAGAAGGATTTAGCCGGAAAAGAGCTGAAACCAGATGTTGTGACATAT 920
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GCTGTTGGGATAAAGAAGGATTTAGCTGGAAAAGATCTGAAACCAGATGTTGTGACATAT 900
Query 921 TGTACATTAGTCTGCGGGTTATGTAAAGTGCAAGAATTTGATG-TCGGATTGGAGATGAT 979
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 901 TGTACATTAGTCTACGGGTTATGTAAAGTGCAAGAATTTGA-GATCGGATTGGAGATGAT 959
Query 980 TGATGAAATGTTACGCTTGAGGTTCAGTCCTAGTGAAGCTGCGGTTTCAAGTTTGGTAGA 1039
||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GGATGAGATGTTATGTTTGAGGTTCAGTCCTAGTGAAGCTGCGGTTTCAAGTTTGGTAGA 1019
Query 1040 GGGATTAAGGAAGAGGGGAAAGATTGAAGAGGCACTTAACTTGGTTAAAAGAGTAGCAGA 1099
||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1020 GGGGTTAAGGAAGAGGGGAAAGATTGAAGAGGCGCTTAACTTGGTTAAAAGAGTAGTAGA 1079
Query 1100 ATTTGGTTTGTCACCTAATCTATTTGTGTATAACGCATTGATTGACTCATTGTGCAAAGG 1159
|||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 TTTTGGTGTCTCACCTAATTTATTTGTGTATAACGCATTGATTGACTCATTGTGCAAAGG 1139
Query 1160 TAGAAATTTTGATGAAGCTGAGTTGCTATTTGATAGGATGGGGAAAATTGGGTTGTGTCC 1219
|||||| || | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1140 TAGAAAGTTCCACGAAGCTGAGTTGCTTTTTGATAGGATGGGGAAAATTGGGTTGCGTCC 1199
Query 1220 GAATGATGTGACCTATTCAATTTTGATAGATATGTTTTGCAGAAGAGGAAAACTGGATAC 1279
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1200 TAATGATGTGACCTATTCAATTTTGATTGATATGTTTTGCAGAAGAGGGAAACTGGATAC 1259
Query 1280 GGCTCTTAGTTTCCTGGGGGAAATGATTGATATGGGTTTGAGACCAAGTGTATATCCATA 1339
||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| || |||||| ||||||||
Sbjct 1260 GGCACTTAGTTTCCTGGGGGAAATGGTTGATACGGGTTTGAAACTAAGTGTGTATCCATA 1319
Query 1340 CAATTCTTTGATTAACGGGCACTGCAAGTTTGGTGACATTAGTGCAGCAGAGAGTTTCAT 1399
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1320 CAATTCTTTGATTAACGGGCACTGCAAGTTCGGTGACATTAGTGCAGCAGAGGGTTTCAT 1379
Query 1400 GGCAGAGATGATTAATAAAAAGTTGGAGCCAACAGTGGTAACATACACATCATTAATGGG 1459
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 GGCAGAGATGATTAATAAAAAGTTGGAGCCAACAGTGGTAACATACACATCATTAATGGG 1439
Query 1460 TGGATATTGCAGCAAAGGTAAAATAAACAAGGCCCTTAGGCTCTATCATGAGATGACAGG 1519
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 TGGATATTGCAGCAAAGGGAAAATAAACAAGGCCCTTAGGCTCTATCATGAGATGACAGG 1499
Query 1520 GAAGGGTATTGTGCCGAGTATCTATACATTCACCACGCTTTTATCGGGTCTATTCCGTGC 1579
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 GAAGGGTATTGCGCCGAGTATCTATACATTCACCACGCTTTTATCGGGTCTATTCCGTGC 1559
Query 1580 TGGGTTGATTCGTGATGCAGTAAAGCTGTTTACCGAGATGGCAGAATGGAACGTTACGCC 1639
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 1560 TGGGTTGATTCGTGATGCAGTAAAGCTGTTTAACGAGATGGCAGAATGGAATGTTAAGCC 1619
Query 1640 AAACAGAGTGACTTATAATGTCATGATTGAAGGTTATTGCGAGGAAGGAAACATGTCTAA 1699
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1620 AAACAGAGTGACTTATAATGTCATGATTGAAGGTTATTGCGAGGAAGGAGACATGTCTAA 1679
Query 1700 AGCCTTTGAGTTCCTGAATGAAATGATCGAGAAAGGTATTGTGCCTGATACATACAGTTA 1759
|||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 AGCCTTTGAGTTCCTGAAAGAAATGACCGAGAAAGGTATTGTGCCTGATACATACAGTTA 1739
Query 1760 TAGACCGTTGATACATGGGCTATGTATCACAGGTCAAGCTTCGGAAGCCAAAGTGTTCGT 1819
||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 TAGACCGTTGATACACGGGCTATGTCTCACAGGTCAAGCTTCGGAAGCCAAAGTGTTCGT 1799
Query 1820 GGATGGCCTTCACAAGGGAAACTGTGAGCTGAATGAGATATGTTATACCGCACTCTTACA 1879
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1800 GGATGGCCTTCACAAGGGAAATTGTGAGCTGAATGAGATATGTTATACCGGACTCTTACA 1859
Query 1880 CGGATTTTGCAGAGAAGGAAGATTAGAGGAGGCATTAAGCGTTTGTCAGGAGATGGTACA 1939
|||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 CGGATTTTGCAGAGAAGGAAAATTAGAAGAGGCGTTAAGCGTTTGTCAGGAGATGGTACA 1919
Query 1940 AAGAGGGGTGGATTTGGACCTTGTATGTTATGGTGTTCTTATAGATGGAAGTTTAAAGCA 1999
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 AAGAGGGGTGGATTTGGACCTTGTGTGCTATGGTGTTCTTATAGATGGAAGTTTAAAGCA 1979
Query 2000 AAAAGATCGAAAGATGTTTCTTGGACTTTTAAAGGAGATGCATGATAGAGGACTCAAGCC 2059
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1980 CAAAGATCGAAAGTTGTTTTTTGGACTTTTAAAGGAGATGCATGATAGAGGACTAAAGCC 2039
Query 2060 TGATGATGTGATTTATACAAGTATGATTGATGCAAAGAGCAAAACCGGAGATTTCAAGGA 2119
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 TGATGATGTGATTTATACAAGTATGATTGATGCAAAGAGCAAAACCGGAGATTTCAAGGA 2099
Query 2120 AGCATTTGGAATATGGGATTTGATGATAAACGAAGGGTGTGTACCTAATGAAGTCACTTA 2179
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2100 AGCATTTGGAATATGGGATTTGATGATAAACGAAGGGTGTGTACCTAATGAAGTCACGTA 2159
Query 2180 CACTGCTGTTATCAACGGATTATGCAAAGCCGGATTTGTTAATGAAGCTGAGATTCTTTG 2239
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 2160 CACTGCTGTTATCAACGGATTATGCAAAGCCGGGTTTGTTAATGAAGCCGAGGTTCTTTG 2219
Query 2240 TTCGAAAATGCGGCCTGGCAATTCGGTTCCTAACCAAGTAACATACGGTTGTTTTCTCGA 2299
||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 2220 TTCAAAAATGCAGCCTGTCAGTTCGGTTCCTAACCAAGTAACGTATGGTTGTTTTCTCGA 2279
Query 2300 CATTCTCACCAAAGGAGTAGGAGACATGCAGAAAGCTGTGGAGCTCCATAATGCGATATT 2359
||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 2280 CATTCTCACCAAAGGAGAAGTAGACATGCAGAAAGCTGTGGAGCTCCATAATGCAATCTT 2339
Query 2360 GAAAGGGCTTTTGGCAAACACCGCTACATACAATATGTTGATCCGCGGTTTTTGTAGACA 2419
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2340 GAAAGGGCTTTTAGCAAACACCGCTACATATAATATGTTGATCCGCGGTTTTTGTAGACA 2399
Query 2420 AGGGAGAATGGAAGAAGCTTCTGAGCTCATAACAAGGATGATAAGCGATGGTGTTTCCCC 2479
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 2400 AGGGAGAATAGAAGAAGCTTCTGAGCTCATCACAAGGATGATAGGCGATGGAGTTTCCCC 2459
Query 2480 TGATTGTATAACCTACACAACAATGATCAATGAGCTTTGTAGGAGGAACGATGTGAAGAA 2539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2460 TGATTGTATAACCTACACAACAATGATCAATGAGCTTTGTAGGAGAAACGATGTGAAGAA 2519
Query 2540 AGCGATTGAGTTATGGAACTCGATGACCGAAAAAGGCATAAGGCCAGATAGAGTAGCGTA 2599
||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2520 AGCGATTGAGTTATGGAACTCGATGACGGAAAAGGGTATAAGGCCAGATAGAGTAGCGTA 2579
Query 2600 TAACACCCTAATACATGGTTGTTGTGTAGCGGGAGAAATGGGGAAGGCAACCGAGCTGAG 2659
||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 2580 TAACACCCTAATACACGGTTGTTGTGTGGCGGGAGAAATGGGGAAGGCGACCGAGTTGAG 2639
Query 2660 GAATGAGATGTTGAGACAAGGCTTAAAACCTAACACCAAAACCAGTGGAACAACTATTTC 2719
|||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 2640 GAATGAGATGTTGAGACAAGGCTTGATACCTAACAACAAAACCAGTAGAACAACTACTTC 2699
Query 2720 GAATGACTCTAGTTCGAAAT 2739
||||||| ||||||| ||||
Sbjct 2700 GAATGACACTAGTTCTAAAT 2719
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 137306922991
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5