BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg950808
Length=2266
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G60600.1 | Symbols: GCPE, ISPG, CSB3, CLB4, HDS | 4-hydroxy-... 3836 0.0
> AT5G60600.1 | Symbols: GCPE, ISPG, CSB3, CLB4, HDS | 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl
diphosphate synthase | chr5:24358966-24363485
FORWARD LENGTH=2650
Length=2650
Score = 3836 bits (2077), Expect = 0.0
Identities = 2198/2258 (97%), Gaps = 2/2258 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTTGATTCACTGAGaaaaaaaTGGCGACTGGAGTATTGCCAGCTCCGGTCTCCGGGGTTA 60
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |
Sbjct 196 TTTGATTCACTGAG--AAAAATGGCGACTGGAGTATTGCCAGCTCCGGTTTCTGGGATCA 253
Query 61 AGATCCCGGATTCGAAACTCGGGTTTGGTAAAAGCATGAATCTTGCGAGGATTTGTGATG 120
|||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 254 AGATACCGGATTCGAAAGTCGGGTTTGGTAAAAGCATGAATCTTGTGAGAATTTGTGATG 313
Query 121 TTAGGAGTCTAAGATCTGCTAGAAGAAGAGTTTCGGTTATCCGGAATTCAAACCAAGGCT 180
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 314 TTAGGAGTCTAAGATCTGCTAGGAGAAGAGTTTCGGTTATCCGGAATTCAAACCAAGGCT 373
Query 181 CTGATTTAGCCGAGCTTCAACCTGCATCAGAAGGAAGCCCTCTCTTAGTGCCAAGACAGA 240
|||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 374 CTGATTTAGCTGAGCTTCAACCTGCATCCGAAGGAAGCCCTCTCTTAGTGCCAAGACAGA 433
Query 241 AATATTGTGAATCATTGCATAAGACGGTGAGAAGGAAGACTCGTACTGTTATGGTTGGAA 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 434 AATATTGTGAATCATTGCATAAGACGGTGAGAAGGAAGACTCGTACTGTTATGGTTGGAA 493
Query 301 ATGTCGCCCTTGGAAGTGAACATCCGATAAGGATTCAAACGATGACTACTTCGGATACAA 360
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 494 ATGTCGCCCTTGGAAGCGAACATCCGATAAGGATTCAAACGATGACTACTTCGGATACAA 553
Query 361 AAGATGTTGCTGGAACTGTTGATGAGGTTATGAGGATAGCGGATAGAGGAGCTGATATTG 420
||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 554 AAGATATTACTGGAACTGTTGATGAGGTTATGAGAATAGCGGATAAAGGAGCTGATATTG 613
Query 421 TGAGGATAACTGTTCAAGGGAAGAAAGAGGCGGATGCGTGCTTCGAAATAAAAGATAAAC 480
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 614 TAAGGATAACTGTTCAAGGGAAGAAAGAGGCGGATGCGTGCTTTGAAATAAAAGATAAAC 673
Query 481 TTGTTCAGCTTAATTACAATATACCGCTGGTTGCAGATATTCATTTTGCCCCTGCTGTAG 540
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 674 TCGTTCAGCTTAATTACAATATACCGCTGGTTGCAGATATTCATTTTGCCCCTACTGTAG 733
Query 541 CCTTACGAGTCGCTGAATGCTTTGACAAGATCCGTGTCAACCCCGGAAATTTTGCGGACA 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 734 CCTTACGAGTCGCTGAATGCTTTGACAAGATCCGTGTCAACCCAGGAAATTTTGCGGACA 793
Query 601 GGCGGGCCCAGTTTGAGACGATAGAATATACAGAAGATGAATATCAGAAAGAACTCCAGC 660
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 794 GGCGGGCCCAGTTTGAGACGATAGATTATACAGAAGATGAATATCAGAAAGAACTCCAGC 853
Query 661 ATATCGAGCAGGTCTTCACTCCTTTGGTTGAGAAATGCAAAAAGTACGGGAGAGCAATGC 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 854 ATATCGAGCAGGTCTTCACTCCTTTGGTTGAGAAATGCAAAAAGTACGGGAGAGCAATGC 913
Query 721 GTATAGGGACAAATCATGGAAGTCTTTCTGATCGTATCATGAGTTATTACGGGGATTCTC 780
|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 914 GTATTGGGACAAATCATGGAAGTCTTTCTGACCGTATCATGAGCTATTACGGGGATTCTC 973
Query 781 CGCGAGGAATGGTTGAATCTGCGTTTGAGTTTGCAAGGATATGTCGGAAATTAGACTATC 840
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 974 CCCGAGGAATGGTTGAATCTGCGTTTGAGTTTGCAAGAATATGTCGGAAATTAGACTATC 1033
Query 841 ACAACTTTGTTTTCTCAATGAAAGCGAGCAACCCAGTGATCATGGTCCAGGCGTACCGTT 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1034 ACAACTTTGTTTTCTCAATGAAAGCGAGCAACCCAGTGATCATGGTCCAGGCGTACCGTT 1093
Query 901 TACTTGTGGCTGAGATGTATGTTCATGGATGGGATTATCCTTTGCATTTGGGAGTTACTG 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1094 TACTTGTGGCTGAGATGTATGTTCATGGATGGGATTATCCTTTGCATTTGGGAGTTACTG 1153
Query 961 AGGCAGGAGAAGGCGAAGATGGACGGATGAAATCTGCGATTGGAATTGGGACGCTTCTTC 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1154 AGGCAGGAGAAGGCGAAGATGGACGGATGAAATCTGCGATTGGAATTGGGACGCTTCTTC 1213
Query 1021 AGGACGGGCTCGGTGACACAATAAGAGTTTCACTGACGGAGCCACCAGAAGAGGAGATAG 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1214 AGGACGGGCTCGGTGACACAATAAGAGTTTCACTGACGGAGCCACCAGAAGAGGAGATAG 1273
Query 1081 ATCCCTGCAGGCGATTGGCCAACCTGGGGACAAAAGCTGCCGAACTTCAACAAGGCGTTG 1140
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1274 ATCCCTGCAGGCGATTGGCTAACCTCGGGACAAAAGCTGCCAAACTTCAACAAGGCGTTG 1333
Query 1141 CACCGTTTGAAGAAAAGCATAGGCATTACTTTGATTTTCAGCGTCGGACGGGTGATCTAC 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1334 CACCGTTTGAAGAAAAGCATAGGCATTACTTTGATTTTCAGCGTCGGACGGGTGATCTAC 1393
Query 1201 CTGTACAAAAAGAGGGAGAAGAGGTTGATTACAGAAATGTCCTTCACCGTGATGGTTCTG 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1394 CTGTACAAAAAGAGGGAGAAGAGGTTGATTACAGAAATGTCCTTCACCGTGATGGTTCTG 1453
Query 1261 TTCTGATGTCGATTTCTTTGGATCAACTAAAGACACCTGAACTCCTCTACAGATCGCTCG 1320
||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1454 TTCTGATGTCGATTTCTCTGGATCAACTAAAGGCACCTGAACTCCTCTACAGATCACTCG 1513
Query 1321 CTACAAAACTTGTCGTGGGTATGCCATTCAAGGATCTGGCAACTGTTGATTCAATCTTAT 1380
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1514 CTACAAAGCTTGTCGTGGGTATGCCATTCAAGGATCTGGCAACTGTTGATTCAATCTTAT 1573
Query 1381 TAAGAGAGCTACCGCCTGTAGATGATCATGTGGCTCGTTTGGCTCTAAAACGGTTGATTG 1440
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1574 TAAGAGAGCTACCGCCTGTAGATGATCAAGTGGCTCGTTTGGCTCTAAAACGGTTGATTG 1633
Query 1441 ATGTCAGTATGGGAGTTATAGCACCGTTATCGGAGCAACTAACAAAGCCATTTCCCAATG 1500
||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1634 ATGTCAGTATGGGAGTTATAGCACCTTTATCAGAGCAACTAACAAAGCCATTGCCCAATG 1693
Query 1501 CAATGGTTCTTGTCAACCTCAAGGAACTATCTGGTGGCGCTTACAAGCTTCTCCCTGAAG 1560
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1694 CCATGGTTCTTGTCAACCTCAAGGAACTATCTGGTGGCGCTTACAAGCTTCTCCCTGAAG 1753
Query 1561 GTACACGCTTGGTTGTCTCTCTACGAGGCGATGAGCCTTATGAGGAGCTTGAAATACTCA 1620
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1754 GTACACGCTTGGTTGTCTCTCTACGAGGCGATGAGCCTTACGAGGAGCTTGAAATACTCA 1813
Query 1621 AAAACATCGATGCTACTATAATTCTCCATGATGTACCCTTCACTGAAGACAAAGTTAGCA 1680
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1814 AAAACATTGATGCTACTATGATTCTCCATGATGTACCTTTCACTGAAGACAAAGTTAGCA 1873
Query 1681 GAGTACATGCAGCTCGGAGGCTATTCGAGTTCCTATCCGAGAATTCAGTTAACTTTCCTG 1740
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1874 GAGTACATGCAGCTCGGAGGCTATTCGAGTTCTTATCCGAGAATTCAGTTAACTTTCCTG 1933
Query 1741 TTATTCACCACATAAATTTCCCAACCGGAATCCACAGAGACGAATTGGTGATTCATGCAG 1800
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1934 TTATTCATCACATAAACTTCCCAACCGGAATCCACAGAGACGAATTGGTGATTCATGCAG 1993
Query 1801 GGACTTATGCTGGAGCCCTTCTTGTGGATGGACTCGGTGATGGCGTAATGCTCGAAGCAC 1860
|||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1994 GGACATATGCTGGAGGCCTTCTTGTGGATGGACTAGGTGATGGCGTAATGCTCGAAGCAC 2053
Query 1861 CTGACCAAGATTTTGATTTTCTTCGGAATACTTCCTTCAACTTATTACAAGGCTGCAGAA 1920
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2054 CTGACCAAGATTTTGATTTTCTTAGGAATACTTCCTTCAACTTATTACAAGGATGCAGAA 2113
Query 1921 TGCGTAACACTAAGACGGAATATGTATCGTGCCCGTCTTGTGGAAGAACGCTTTTCGACT 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2114 TGCGTAACACTAAGACGGAATATGTATCGTGCCCGTCTTGTGGAAGAACGCTTTTCGACT 2173
Query 1981 TGCAAGAAATCAGCGCCGAGATTCGAGAAAAGACTTCACATTTACCTGGCGTTTCGATCG 2040
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2174 TGCAAGAAATCAGCGCCGAGATCCGAGAAAAGACTTCCCATTTACCTGGCGTTTCGATCG 2233
Query 2041 CAATCATGGGTTGCATTGTGAATGGACCAGGAGAAATGGCAGATGCTGATTTCGGATATG 2100
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2234 CAATCATGGGATGCATTGTGAATGGACCAGGAGAAATGGCAGATGCTGATTTCGGATATG 2293
Query 2101 TAGGTGGTTCTCCTGGAAAAATCGATCTTTATGTTGGAAAGACGGTGGTGAAGCGTGGGA 2160
||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2294 TAGGTGGTTCTCCCGGAAAAATCGACCTTTATGTCGGAAAGACGGTGGTGAAGCGTGGGA 2353
Query 2161 TAGCTATGACGGAGGCAACAGATGCTCTGATCGGTCTGATCAAAGAACATGGTCGTTGGG 2220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2354 TAGCTATGACGGAGGCAACAGATGCTCTGATCGGTCTGATCAAAGAACATGGTCGTTGGG 2413
Query 2221 TCGACCCGCCTGTGGCTGATGAGTAGATTTCAAAACGG 2258
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2414 TCGACCCGCCCGTGGCTGATGAGTAGATTTCAAAACGG 2451
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 112449220800
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5