BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg950867
Length=6383
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G61140.2 | Symbols: | U5 small nuclear ribonucleoprotein he... 1.053e+04 0.0
> AT5G61140.2 | Symbols: | U5 small nuclear ribonucleoprotein
helicase | chr5:24589906-24603514 FORWARD LENGTH=6770
Length=6770
Score = 1.053e+04 bits (5702), Expect = 0.0
Identities = 6158/6373 (97%), Gaps = 51/6373 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 44 CGACGCCG-TTT--AACGCCAGCGATCGCCTTCTTCCTCGGAGA---G-CC------G-- 88
|||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||| | || |
Sbjct 196 CGACGCCGTTTTAGAACGCAAGCGATCGCCTTCTTCCTCGGAGAGCCGACCAGAGGTGAA 255
Query 89 AA-ACCACAGAGAAGAAGAATCTTAAACGACGCAAGTACAGTGTTTTTGTCATGTTAGCT 147
|| ||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||| | |||||||||||||| |
Sbjct 256 AACACCACAGAGGAGAAGAATCCTAAACGACACAAGTACAGGGATTTTGTCATGTTAGTT 315
Query 148 CAGCTTCCTCGCTTGACAAGCTCTCTTAGAGAGCCTTTCGACATCGATCAGGCTTACCTT 207
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 316 CAGCTTCCTCGCTTGACAAGCTCTCTTAGAGAGCCTTTCGACATCGATCAGGCTTACCTT 375
Query 208 CGCCGCAAAACTATACTCCAAACTCTTAATAAGCCTCGCAGCTCCGGGAATCGCCTTGAT 267
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 376 CGCCGCAAAACTATACTCCAAACTCTTAATAAGCCTCGCAGCTCCGGTAATCGCCTTGAT 435
Query 268 GAATCCGACCTTGCTAAGAGGATAGTTCATCAATGGGAAGGAGCTTCTC-CAGAAGTGCG 326
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 436 GAATCTGACCTTGCTAAGAGGATAGTTCATCAATGGGAAGGAGCTTCTCTC-GAAGTGCG 494
Query 327 ACAAGCATACAAGCAGTTTATTGGAGCTGTAGTGGAGTTAATTGATCGGGAAGTTCCATC 386
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 495 ACAAGCATACAAGCAGTTTATTGGAGCTGTAGTGGAATTGATTGATCGGGAAGTTCCATC 554
Query 387 AGATGAGTTTCGTGAGGTTGCTTTTTCCACTTATCATCTGTTTGGCAAGCCAGTGGAGG- 445
|||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 555 AGATGAGTTTCGCGAGGTTGCTTTTTCCGCTTATCGTCTGTTTAACAATCCAGTGGAGGA 614
Query 446 AG--GACAGTGATATCAATGATAATAAAAGCATTGCCGAAAACAAGTTAGAGTTGCAAAA 503
|| || ||||||||||||||||||| ||||||| ||| || |||||||||||||||||
Sbjct 615 AGATGATAGTGATATCAATGATAATATAAGCATTTCCGGGAAGAAGTTAGAGTTGCAAAA 674
Query 504 TCTTGTTGGGCATGCTGTCTCAGATGCTAATGTAAAGAACGTGGCCTCCTTAGCTCAGGC 563
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 675 TCTTGTCGGGCATGCTGTCTCAGATGCTAATGTAAAAAACGTGGCCTCCTTTGCTCAGGC 734
Query 564 ACTTTACTCAATACAGCCTACTCATCAGTCTGAGACATATGTTAATGAAGTTAATGGGGG 623
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 735 ACTTTACTCAATACAGCCTACTCATCAGTCTGAGACATATGCTGATGAAGTTAATGGGGG 794
Query 624 AGCTGAGTTTGGTGCCGACCTTGTTTTCAATCTACCAGCTCGTTTTTTGGTAGAAGCATC 683
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 795 AGCTGAGTTTGGTGCCGACCTTGTTTTCAATCTACCAGCTCGTTTTTTGGTGGAAGCATC 854
Query 684 TCTTGACGAAAAAGGATTTCTGGATGTGGAAAGCAATGATGCTCATGCATCCTTTTCTGA 743
||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 855 TCTTGACGAAACTGGGTTTGTGGATGTAGAAAGCAATGATGCTCATACATCGTTTTCTGA 914
Query 744 AGGATGGAGTGATGTTATCGACACGAAAAATAATCACAGTGCAGGAAAATTCAATTTAAG 803
||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 915 AGGATGGAGTGGTGTTAGCGACACGAAAAATAATCTCAGTGCAGGAAAATTCAATTTAAG 974
Query 804 TTGGCTAAGAGATGCATGTGGTCAGATGGTTAGAGAAACCAATTCACAACTTTCCCGTGA 863
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 975 TTGGCTAAGAGATGCATGTGGTCGGATGGTTAGAGAAACCAATTCACAACTTTCCCGTGA 1034
Query 864 AGAACTGGCTATGGCTATATGCAGATTTTTGGATTCAGATAAACCCGGTGAGGAGATAGC 923
|||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1035 AGAATTGGCTATGGCTATATGCAGATTTCTGGATTCGGATAAACCCGGTGAGGAGATAGC 1094
Query 924 TGGGGATCTGCTGGATCTTGTTGGGGATGGTGCATTTGAGACTGTTCAAGACCTTATTAT 983
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1095 TGGGGATCTGCTGGATCTTGTTGGGGATGGTGCATTTGAGACTGTTCAAGACCTTATTAT 1154
Query 984 GCATCGGAAGGAAATTGTTGATGCTATCCATCATGGTCAAATGATTCTCAAGTCTGACAA 1043
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1155 GCATCGGAAAGAAATTGTTGATGCTATCCATCATGGCCAAATGATTCTCAAGTCTGACAA 1214
Query 1044 AACAGCTTCAAACACCCAATCTCGGATGCCTACCTATGGTACACAGGTTACTGTTCAAAC 1103
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1215 AGCAGCTTCAAACACCCAATCTCGGATGCCTACCTATGGAACACAGGTTACTGTTCAAAC 1274
Query 1104 AGAGTCTGCAAAGCAAATTGAAAAACTTCGGCGCAAGGAGGAAAAGAAAAATAAACGAAA 1163
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1275 AGAGTCTGCAAAGCAAATTGAAAAACTTCGGCGTAAGGAGGAAAAGAAAAATAAACGAAA 1334
Query 1164 TGCCGATCTTGGTTTAGAGAGTGAAATATCAGAGGCCAATTTTTCTTCTTTACTTGAGGC 1223
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1335 TGCTGATCTTGGTTTAGAGAGTGAAATATCAGAGGCCAATTTTTCTTCTTTACTTGAGGC 1394
Query 1224 AAGTGAAAAGAAGACTGCATTTGAGGATCTGATCGGGTCTGGAGAAGCGAATTCTCTGGC 1283
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1395 AAGTGAAAAGAAGACTGCATTTGAGGATCTGATTGGGTCTGGAGAAGCGAATTCTCTTGC 1454
Query 1284 ACTGGCCCTTCCCCAAGGTACTGTAAGGAAGCACTTAAAAGGATATGAGGAAGTGTTTAT 1343
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1455 ACTTGCCCTTCCCCAAGGTACTGTAAGGAAGCACTTAAAAGGATATGAGGAAGTGTTTAT 1514
Query 1344 CCCGCCAACCCCTACTGCACAAATGAAACCTGGCGAGAAGCTGATTGAGATAAAAGAGTT 1403
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1515 CCCGCCAACCCCTACTGCACAAATGAAACCTGGCGAGAAGCTGATTGAGATAAAAGAGTT 1574
Query 1404 AGATGACTTTGCTCAAGCTGCTTTTCATGGTTACAAGTCTTTAAACCGTATTCAGAGTCG 1463
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1575 AGATGACTTTGCTCAAGCTGCTTTTCATGGTTACAAGTCTTTAAACCGTATTCAGAGTCG 1634
Query 1464 CATATTTCAGACAGTTTACCACACCAATGAGAATATATTGGTCTGTGCTCCAACAGGAGC 1523
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1635 CATATTTCAGACAGTTTACCACACCAATGAGAATATATTGGTCTGTGCTCCAACAGGAGC 1694
Query 1524 TGGTAAAACAAATATAGCTATGATTTCTGTTCTACATGAGATCAAACAACATTTCAGGGA 1583
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1695 TGGTAAAACAAATATAGCTATGATTTCTGTTCTACATGAGATCAAACAACACTTCAGGGA 1754
Query 1584 TGGCTACTTGCACAAAAACGAGTTTAAGATTGTTTATGTAGCTCCTATGAAGGCGTTAGC 1643
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1755 TGGCTACTTGCACAAAAATGAGTTTAAGATTGTTTATGTAGCTCCTATGAAGGCGTTAGC 1814
Query 1644 AGCAGAGGTCACGTCAGCATTTAGCCGTCGTCTAGCTCCATTAAATATGGTTGTTAAAGA 1703
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1815 AGCAGAGGTCACGTCAGCATTTAGCCGTCGTCTAGCTCCATTAAATATGGTTGTGAAGGA 1874
Query 1704 GCTTACAGGGGATATGCAACTCACGAAGAGTGAACTTGAAGAAACTCAGATGATAGTGAC 1763
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1875 GCTTACAGGGGATATGCAACTCACGAAGACTGAACTTGAAGAAACTCAGATGATAGTGAC 1934
Query 1764 AACACCAGAGAAATGGGATGTCATTACTCGCAAAAGCAGTGACATGTCATTATCAATGCT 1823
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 1935 AACACCAGAGAAATGGGATGTCATTACTCGCAAAAGCAGTGACATGTCAATGTCAATGCT 1994
Query 1824 AGTAAAACTATTGATCATTGATGAAGTGCATCTTCTGAATGATGATAGAGGTGCAGTGAT 1883
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1995 AGTAAAACTATTGATCATTGATGAAGTGCATCTTCTGAATGATGATAGAGGTGCAGTGAT 2054
Query 1884 AGAGGCGCTAGTTGCTCGGACCCTCCGTCAGGTGGAGTCAACACAGACAATGATAAGAAT 1943
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2055 AGAGGCGCTAGTTGCTCGGACCCTCCGTCAGGTGGAGTCAACTCAGACAATGATAAGAAT 2114
Query 1944 TGTGGGCCTGTCAGCCACTTTACCTAGCTACCTACAGGTTGCTCAGTTTCTACGAGTGAA 2003
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2115 TGTAGGCCTGTCAGCCACTTTACCTAGCTACCTACAGGTTGCTCAGTTTCTACGAGTGAA 2174
Query 2004 TCCAGACACTGGCCTCTTCTATTTTGATTCAAGTTATCGCCCAGTTCCCTTAGCTCAACA 2063
| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2175 TACAGACACTGGCCTATTCTATTTTGATTCAAGTTATCGCCCAGTTCCCTTAGCTCAACA 2234
Query 2064 GTACATAGGCATCACTGAGCATAACTTTGCTGCTAGAAACGAATTGTTAAATGAGATATG 2123
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2235 ATACATAGGCATCACTGAGCATAACTTTGCTGCTAGAAACGAATTATTAAATGAGATATG 2294
Query 2124 CTACAAAAAGGTTGTTGATTCAATTAAACAAGGTCATCAAGCAATGATTTTTGTTCATTC 2183
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2295 CTACAAAAAGGTTGTTGATTCAATTAAACAAGGTCATCAAGCAATGATATTTGTTCATTC 2354
Query 2184 CCGAAAAGACACTTCAAAAACAGCTGAGAAACTGGTTGATCTTGCTCGGCAGTATGAAAC 2243
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 2355 CCGAAAAGACACTTCAAAAACAGCTGAGAAACTGGTTGATCTTGCCCGGCAATATGAAAC 2414
Query 2244 TCTGGATTTGTTCGCGAATGAGACTCATCCTCAGTGTCAACTGATGAAGAAAGACGTTAT 2303
||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2415 TCTGGATTTGTTCACGAATGAGACTCATCCTCAATTTCAACTGATGAAGAAAGACGTTAT 2474
Query 2304 GAAGTCCAGAAATAAGGATCTTGTCAAATTTTTTGAAGCTGGCTTCGGAATTCATCATGC 2363
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2475 GAAGTCCAGAAATAAGGATCTTGTCAAATTCTTTGAAGCTGGCTTCGGAATTCATCATGC 2534
Query 2364 TGGGATGTTGCGATCTGATAGAACACTTACGGAGAGGCTGTTTTCTGATGGTCTCTTGAA 2423
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2535 TGGGATGTTGAGATCTGATAGAACACTTACGGAGAGGCTGTTTTCTGATGGTCTCTTGAA 2594
Query 2424 GGTGCTTGTTTGCACTGCAACTCTTGCGTGGGGTGTAAATCTGCCTGCACACACAGTCGT 2483
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2595 GGTGCTTGTTTGCACTGCAACTCTTGCGTGGGGTGTAAATCTGCCTGCACACACAGTCGT 2654
Query 2484 AATTAAGGGAACTCAATTGTATGATGCCAAGGCTGGTGGGTGGAAAGACTTGGGAATGCT 2543
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2655 AATTAAGGGAACACAATTGTATGATGCCAAGGCTGGTGGGTGGAAAGACTTGGGAATGCT 2714
Query 2544 TGATGTCATGCAGATCTTTGGAAGGGCTGGGAGACCCCAATTTGATAAGAGTGGTGAGGG 2603
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2715 TGATGTCATGCAGATCTTTGGAAGGGCAGGGAGACCACAATTTGATAAGAGTGGTGAGGG 2774
Query 2604 AATTATCATCACATCCCATGACAAGCTGGCATACTATCTCCGGCTGCTGACGAGTCAGCT 2663
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2775 AATTATCATCACATCCCATGACAAGCTGGCATACTATCTCCGGCTGCTGACTAGTCAGCT 2834
Query 2664 TCCCATAGAAAGTCAGTTCATAAGCTCCTTGAAAGATAACTTAAACGCAGAAGTGGTTTT 2723
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2835 TCCCATAGAAAGTCAGTTCATAAGCTCCTTGAAAGATAACTTAAACGCAGAAGTGGTTTT 2894
Query 2724 GGGAACTGTGACTAATGTAAAGGAAGCCTGTGCTTGGCTTGGATATACATATTTGTCAAT 2783
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2895 GGGAACTGTAACTAATGTAAAGGAAGCCTGTGCTTGGCTTGGATATACATATTTGTCAAT 2954
Query 2784 TCGGATGAAGTTGAATCCTTTGGCTTATGGCATTGGATGGGACGAGATAATTGCCGATCC 2843
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2955 TCGGATGAAGTTAAATCCTTTGGCTTATGGCATTGGATGGGAAGAGATAATTGCCGATCC 3014
Query 2844 TTCTTTATCGTTGAAGCAACGAGCCCTTGTGGCTGATGCTGCACGTTCACTGGACAAAGC 2903
||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3015 TTCTTTATCCTTGAAGCAACGAGCCCTTGTTGCTGATGCTGCCCGTTCACTGGACAAAGC 3074
Query 2904 TAAGATGATGAGGTTCGATGAGAAAAGTGGGAACTTTTACTGTACCGAGCTTGGACGGGT 2963
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3075 TAAGATGATGAGGTTCGATGAGAAAAGTGGAAACTTTTACTGTACCGAGCTTGGACGGGT 3134
Query 2964 TGCAAGTCACTTCTATATTCAATATTCTAGTGTTGAAACATACAACGAGATGTTGAAGCG 3023
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3135 TGCAAGTCACTTCTATATTCAATATTCTAGTGTTGAAACATACAACGAAATGTTGAAGCG 3194
Query 3024 GCACATGAATGAAAGCGAGATAATTAATATGGTTGCCCATTCTTCTGAATTTGAAAATAT 3083
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3195 GCACATGAATGAAAGCGAGATAATTAATATGGTTGCCCATTCTTCTGAATTTGAAAATAT 3254
Query 3084 TGTGGTAAGAGAGGAAGAGCAGCATGAACTTGAGTCTCTTGCACGCTCTTGCTGTCCCTT 3143
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3255 TGTGGTAAGAGAGGAAGAGCAGCATGAACTTGAGACTCTTGCACGCTCTTGCTGTCCCTT 3314
Query 3144 AGAAGTTAAGGGAGGCCCTTCTAACAAACATGGAAAAATTTCGATTCTTATTCAGTTGTA 3203
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3315 AGAAGTTAAGGGAGGCCCTTCTAACAAACATGGAAAAATTTCGATTCTTATTCAGTTGTA 3374
Query 3204 CATATCCCGTGGATCAATTGATGCATTTTCTCTGGTCTCTGATGCTTCATACATTAGTGC 3263
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3375 CATATCCCGTGGATCAATTGATGCATTTTCTCTGGTCTCTGATGCTTCATACATTAGTGC 3434
Query 3264 TAGTTTAGCACGTATAATGCGTGCTCTGTTTGAGATATGCTTGCGAAAAGGCTGGTGTGA 3323
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3435 TAGTTTAGCACGTATAATGCGTGCTCTGTTTGAAATATGCTTGCGAAAAGGCTGGTGTGA 3494
Query 3324 GATGACTTTATTTATGTTGGAATACTGCAAGGCAGTTGATCGTCAACTATGGCCTCATCA 3383
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3495 GATGACTTTATTTATGTTGGAATACTGCAAGGCAGTTGATCGTCAACTATGGCCTCATCA 3554
Query 3384 GCATCCTCTTCGGCAATTCGATAGGGATCTACCTTCTGAT------------C--GA-G- 3427
||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| | || |
Sbjct 3555 GCATCCTCTTCGGCAATTCGAAAGGGATCTGCCTTCTGATATATTAAGAAAACTTGAAGA 3614
Query 3428 G-G--GC--TGACTTAGACCGTTTGTATGAGATGGAGGAAAAAGACATTGGAGCGCTGAT 3482
| | | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 3615 GCGAAGGGATGACTTAGACCATTTGTATGAGATGGAGGAAAAGGAAATTGGAGCGCTGAT 3674
Query 3483 TCGTTATAATCCTGGGGGAAGG-----CAA-CA---TCTAGGATATTTTCCTTCAATTCA 3533
|||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3675 TCGTTATAATCCTGGGGGAAGGTTGGTCAAGCAGCATCTAGGATATTTTCCTTCAATTCA 3734
Query 3534 GTTGGCAGCTACTGTTAGTCCAATCACCCGCACTGTATTGAAGGTGGATGTGCTTATAAC 3593
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3735 GTTGGCAGCTACTGTTAGTCCAATCACCCGCACTGTATTGAAGGTGGATTTGCTTATAAC 3794
Query 3594 TCCAGATTTCATATGGAAGGATCGTTTTCATGGTGCTGCTCTTCGTTGGTGGATTCTCAT 3653
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3795 TCCAAATTTCATATGGAAGGATCGTTTTCATGGTACTGCTCTTCGTTGGTGGATTCTCAT 3854
Query 3654 TGAGGACACAGAGAATGATTATATCTACCACTCAGATCTTTTCACACTAACGAAACGGAT 3713
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3855 TGAGGACACAGAGAATGATTATATCTATCACTCAGATCTTTTCACACTAACGAAGCGGAT 3914
Query 3714 GGCTAGAGGGGAACCGCAGAAGCTTTCTTTTACCGTACCGATATTTGAACCACACCCACC 3773
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3915 GGCTAGAGGGGAACCACAGAAGCTTTCTTTTACCGTACCGATATTTGAACCACACCCACC 3974
Query 3774 ACAATACTATGTTCATGCAGTTTCTGATTCTTGGTTGCATGCAGAGTCTTTCTTCACAAT 3833
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 3975 ACAATACTATGTTCATGCGGTTTCTGATTCTTGGTTGCATGCAGAGACTTACTTCACAAT 4034
Query 3834 CTCTTTCCACAATCTTGCACTACCAGAGGCACGAACATCTCACACAGAGCTTTTAGACTT 3893
|||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4035 CTCTTTTCACAATCTTGCACTACCAGAGGCGCGGACGTCTCACACAGAGCTTTTAGACTT 4094
Query 3894 AAAACCTCTTCCTGTGACTTCTCTTGGGAATAAGTTGTATGAATCGCTTTACAAATTTTC 3953
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4095 AAAACCTCTTCCTGTGACTTCTCTTGGGAATAAGTTGTATGAATCGCTTTACAAATTTTC 4154
Query 3954 ACATTTCAATCCAATACAGACTCAGATTTTCCATGTGTTATATCACACAGACAACAATGT 4013
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4155 ACATTTCAATCCAATACAGACTCAGATTTTTCATGTGTTATATCACACAGACAACAATGT 4214
Query 4014 TCTTGTAGGAGCTCCAACTGGAAGTGGGAAAACTATATCTGCTGAACTTGCAATGTTGCG 4073
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4215 TCTTGTAGGAGCTCCAACTGGAAGTGGGAAAACTATATCTGCTGAACTTGCAATGTTGCG 4274
Query 4074 TCTCTTCAGTACCCAGCCTGATATGAAGGTTGTTTACATAGCACCACTGAAGGCTATTGT 4133
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4275 TCTCTTCAGTACCCAGCCTGATATGAAGGTTGTTTACATAGCACCACTGAAGGCTATTGT 4334
Query 4134 TCGAGAAAGGATGAATGATTGGAAAAAGCATCTTGTTGCTCCACTTGGAAAAGAAATGGT 4193
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4335 TCGAGAAAGGATGAATGATTGGAAAAAGCATCTTGTTGCTCCACTTGGAAAAGAAATGGT 4394
Query 4194 TGAAATGACTGGAGATTACACTCCAGATTTAGTAGCTCTCTTGTCCGCAGACATTATCAT 4253
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 4395 TGAAATGACTGGAGATTACACTCCAGATTTAGTAGCTCTCTTGTCCGCGGACATCATCAT 4454
Query 4254 ATCTACCCCTGAAAAATGGGATGGCATTAGTCGTAATTGGCATACTCGAAGTTATGTCAA 4313
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4455 ATCTACCCCTGAAAAATGGGATGGCATTAGTCGTAATTGGCATACTCGAAGTTATGTCAA 4514
Query 4314 AAAGGTCGGCCTTGTTATTTTGGATGAGATTCACTTGCTTGGAGCCGACAGAGGACCCAT 4373
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4515 AAAGGTCGGCCTTGTTATTTTGGATGAGATTCACTTGCTTGGAGCCGACAGAGGACCGAT 4574
Query 4374 ACTTGAGGTTATTGTGTCTAGGATGAGATATATATCATCACAGACAGAGCGCTCGGTCCG 4433
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4575 TCTTGAGGTTATTGTATCTAGGATGAGATATATATCATCACAGACAGAGCGCTCCGTCCG 4634
Query 4434 GTTTGTTGGTCTTTCTACAGCTTTGGCAAATGCAGGTGATTTGGCTGACTGGTTGGGTGT 4493
||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4635 GTTTGTTGGGCTTTCTACAGCTCTGGCAAATGCAGGTGATTTGGCTGACTGGTTGGGTGT 4694
Query 4494 TGGGGAGATCGGACTTTTCAATTTTAAACCAAGCGTCAGGCCTGTACCAATTGAAGTTCA 4553
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4695 TGGGGAGATCGGACTTTTCAATTTTAAACCAAGCGTCAGGCCTGTACCAATTGAAGTTCA 4754
Query 4554 TATTCAGGGTTATCCTGGGAAGTATTACTGCCCACGGATGAATAGCATGAACAAGCCAGC 4613
|||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4755 TATTCAGGGTTATCCTGGAAAGTATTACTGCCCAAGGATGAATAGCATGAACAAGCCAGC 4814
Query 4614 ATATGCAGCCATATGTACCCATTCACCTACAAAACCAGTTCTTATCTTTGTTTCATCCCG 4673
|||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4815 ATATGCAGCCATATGTACTCATTCACCTACGAAACCTGTTCTTATCTTTGTTTCATCCCG 4874
Query 4674 TAGGCAGACAAGGCTTACCGCACTGGATCTTATTCAGTTTGCTGCCTCCGACGAACATCC 4733
|||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4875 TAGGCAGACAAGGCTTACTGCATTGGATCTTATTCAGTTTGCTGCCTCCGACGAACATCC 4934
Query 4734 GCGGCAATTTCTAAGTGTGTCAGAGGAAGACTTGCAGATGGTCCTCTCACAGATAACTGA 4793
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4935 GCGGCAATTTCTGAGTGTGTCAGAGGAAGACTTGCAGATGGTCCTCTCACAGATAACTGA 4994
Query 4794 CCAGAACCTCCGACATACGTTGCAATTCGGCATCGGACTGCATCATGCAGGTTTAAACGA 4853
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4995 TCAAAACCTTCGACATACGTTGCAATTCGGCATCGGACTGCATCATGCAGGTTTAAACGA 5054
Query 4854 CCACGATAGATCTGCAGTCGAAGAGCTTTTCACGAACAACAAGATTCAGGTTTTGGTCTC 4913
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5055 CCACGATAGATCTGCAGTCGAAGAGCTTTTCACGAACAACAAGATTCAGGTTTTGGTCTC 5114
Query 4914 AACAAGTACCTTGGCATGGGGAGTGAACCTACCAGCTCACTTAGTTATTATAAAGGGAAC 4973
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5115 AACAAGTACCTTGGCATGGGGAGTGAACCTACCAGCTCACTTAGTTATTATAAAGGGAAC 5174
Query 4974 TGAATATTTCGACGGGAAAACCAAAAGATATGTTGACTTCCCTCTTACAGAGATCTTGCA 5033
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5175 AGAATATTTCGACGGGAAAACCAAAAGATATGTTGACTTCCCTCTTACAGAGATCTTGCA 5234
Query 5034 AATGATGGGACGTGCAGGGCGTCCACAGTTTGACCAACATGGGAAAGCGGTCATTCTTGT 5093
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 5235 AATGATGGGACGTGCAGGGCGACCACAGTTTGACCAACATGGGAAAGCGGTTATTCTTGT 5294
Query 5094 ACATGAACCTaaaaaaaGCTTTTACAAAAAGTTCTTGTACGAACCATTCCCCGTAGAAAG 5153
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5295 ACATGAACCTAAAAAAAGCTTTTACAAAAAGTTCTTGTACGAACCATTCCCCGTAGAAAG 5354
Query 5154 TAGTTTGAAAGAGAAGCTGCACGATCACTTCAACGCAGAAATAGTCTCTGGAACAATAGG 5213
||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 5355 TAGTTTGAAAGAGAAGCTGCACGATCACTTCAATGCGGAAATCGTCTCTGGAACAATAGG 5414
Query 5214 CAACAAAGAAGATGCGGTGCATTATCTTACATGGACGTATTTGTTTCGCAGACTGATGGC 5273
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 5415 CAACAAAGAAGATGCAGTGCATTATCTTACATGGACGTATTTGTTTCGTAGACTGATGGC 5474
Query 5274 TAATCCTGCTTACTATGGGCTAGAAGGTACTCAAGACGAAACGATCTGTTCCTACTTATC 5333
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 5475 TAATCCTGCTTACTATGGGCTAGAAGGTACTCAAGACGAAACAATCTGTTCCTACTTATC 5534
Query 5334 AAGATTGGTGCAAACCACATTTGAGGATCTTGAAGACAGTGGATGCCTCAAAGTAAATGA 5393
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 5535 AAGATTGGTGCAAACCACATTTGAGGATCTTGAAGACAGTGGTTGCCTCAAAGTAAATGA 5594
Query 5394 AGATAGTGTGGAGCCTACGATGCTGGGTACAATAGCGTCACAATATTACCTTTGCTACAT 5453
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 5595 AGATAGTGTGGAGCCTACGATGCTGGGTACAATAGCGTCACAGTATTACCTTTGCTACAT 5654
Query 5454 GACCGTGTCTATGTTTGGCTCTAATATAGGTCCTGACACATCACTTGAAGCATTTTTGCA 5513
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 5655 GACCGTGTCTATGTTTGGCTCTAATATAGGTCCTGACACATCGCTTGAAGCATTTTTGCA 5714
Query 5514 TATCTTGGCTGGTGCTTCTGAGTATGATGAACTTCCTGTGCGGCACAATGAGGAAAATTA 5573
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5715 TATCTTGGCTGGTGCTTCTGAGTATGATGAACTTCCTGTGCGGCACAATGAGGAAAATTA 5774
Query 5574 CAACAAAACACTGTCAGATAAAGTTCGGTATCCCGTGGATAATAACCATCTAGATGATCC 5633
||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5775 CAATAAAACACTGTCAGATAGAGTTCGGTATCCCGTGGATAATAACCATCTAGATGATCC 5834
Query 5634 TCATGTCAAAGCAAATCTGCTCTTCCAGGCACATTTTTCTCAGTTGGCACTCCCAATCAG 5693
|||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 5835 TCATGTGAAAGCGAATCTGCTCTTCCAGGCACATTTTTCTCAATTGGCACTTCCAATCAG 5894
Query 5694 TGATTATAACACGGATTTAAAGTCAGTACTGGATCAAAGCATTCGGATCCTCCAGGCCAT 5753
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5895 TGATTATAACACGGATTTAAAGTCAGTACTGGATCAAAGCATTCGGATCCTCCAGGCCAT 5954
Query 5754 GATTGATATCTGCGCAAACAGTGGATGGCTCTCAAGCTCACTGACGTGTATGCGCCTTTT 5813
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5955 GATTGATATCTGCGCAAACAGTGGATGGCTCTCAAGCTCACTGACGTGTATGCGCCTTTT 6014
Query 5814 GCAAATGGTTATGCAGGGCATGTGGTCCGATCAAGATTCGTCATTATGGATGATCCCATG 5873
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6015 GCAAATGGTCATGCAGGGCATGTGGTCTGATCAAGATTCGTCATTATGGATGATCCCATG 6074
Query 5874 CATGAATGATGATCTTCTAGGATCTCTGACCGCAAGAGGAATTCACACGCTGCATCAGCT 5933
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 6075 CATGAATGACCTTCTTCTAGGATCTCTGACCGCAAGAGGGATTCACACGCTACATCAGCT 6134
Query 5934 ATTAGATCTTCCAAAGGAAACTCTACAAAGTGTAACCGGAAACTTCCCTGCATCAAGATT 5993
|||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 6135 ATTAAATCTTCCAAGGGAAACTCTACAAAGTGTAACCGAAAACTTCCCTGCATCAAGATT 6194
Query 5994 ATCTCAGGATCTCCAACGCTTTCCACGGATCCAAATGAATGTGAGACTTCAAAAGAAGGA 6053
|||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 6195 ATCTCAGGATCTCCAACGATTCCCACGGATCCAAATGAATGTGAGACTCCAAAAGAAGGA 6254
Query 6054 TTCGGATGGCAAGAAAAAGCCTTCAACGCTGGAAATCAGATTGGAAAAGACATCAAAGAG 6113
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6255 TTCCGATGGCAAGAAAAAGCCTTCAACGCTGGAAATCAGATTGGAAAAGACATCAAAGAG 6314
Query 6114 GAATAGCTCGAGGGCGTTGGCCCCTCGATTCCCAAAGGTGAAAGACGAAGCGTGGTGGTT 6173
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6315 GAATAGCTCGAGGGCATTGGCCCCTCGATTCCCAAAGGTGAAAGACGAAGCGTGGTGGTT 6374
Query 6174 GGTTCTTGGTGATACTTCAACTTCTGAGCTCTTTGCTGTGAAGAGGGTTTCGTTCACTGG 6233
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 6375 GGTTCTTGGTGATACTTCAACTTCTGAGCTCTTTGCTGTGAAGAGAGTTTCGTTCACTGG 6434
Query 6234 TCGTCTGATCACACGCATGGAGTTACCTCCCAATATAACCTCGTTTCAGGATACGAAACT 6293
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 6435 TCGTCTGATCACACGCATGGAGTTACCTCCCAATATAACCTCTTTTCAGGATACGAAACT 6494
Query 6294 CATCTTAGTTTCGGATTGTTATTTGGGGTTTGAGCAAGAACACTCCATTGAACAACCTGC 6353
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 6495 CATCTTAGTTTCGGATTGTTATTTGGGGTTTGAACAAGAACACTCCATTGAACAACTTGC 6554
Query 6354 ACGTCGCGGATGA 6366
||| |||||||||
Sbjct 6555 ACGACGCGGATGA 6567
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 318597382055
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5