BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg950963
Length=2680
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G62000.1 | Symbols: ARF2, ARF1-BP, HSS, ORE14 | auxin respon... 4218 0.0
> AT5G62000.1 | Symbols: ARF2, ARF1-BP, HSS, ORE14 | auxin response
factor 2 | chr5:24910358-24915210 FORWARD LENGTH=3515
Length=3515
Score = 4218 bits (2284), Expect = 0.0
Identities = 2570/2703 (95%), Gaps = 40/2703 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GGATTTGGAGATTTCTTGTTGATATCGTCTGCTTAGAGGCTTATTTGGTACCAGATGAAA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GGATTTGGAGATTTCTTGTTGATATCGTCTGCTTAGAGGCTTATTTGGTACCAGATGAAA 480
Query 61 CAGATCTGAGCTT-GAGAAGGTATGGCGAGTTCGGAGGTTTCAATGAAAGGTAATCGTGG 119
||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 CAGATCTGAGCTTCG-GAAGGTATGGCGAGTTCGGAGGTTTCAATGAAAGGTAATCGTGG 539
Query 120 AGGAGATAACTTCTCCTCCTCCGCTTTTAGTGACCCTAAAGAGACTAGAAA--------- 170
||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 540 AGGAGATAACTTCTCCTCCTCTGGTTTTAGTGACCCTAAGGAGACTAGAAATGTCTCCGT 599
Query 171 ---CGGCGAGGGGCAAAAAAGTAATTCTAGCCGACCCGCTGCGGCTGAGCGTGCTGTCGA 227
|||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 600 CGCCGGCGAGGGGCAAAAAAGTAATTCTACCCGATCCGCTGCGGCTGAGCGTGCTTTGGA 659
Query 228 CCCTGAGGCTGCTCTTTACAGAGAGCTATGGCACGCTTGTGCCGGTCCGCTTGTGACGGT 287
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 660 CCCTGAGGCTGCTCTTTACAGAGAGCTATGGCACGCTTGTGCTGGTCCGCTTGTGACGGT 719
Query 288 TCCTAGACAAGATGACCGAGTCTTCTATTTTCCTCAAGGACACATCGAGCAGGTGGAGGC 347
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TCCTAGACAAGACGACCGAGTCTTCTATTTTCCTCAAGGACACATCGAGCAGGTGGAGGC 779
Query 348 GTCGACGAACCAGGCGGCAGAACAACAGATGCCTCTCTATGATCTTCCATCAAAGCTTCT 407
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 780 TTCGACGAACCAGGCGGCAGAACAACAGATGCCTCTCTATGATCTTCCGTCAAAGCTTCT 839
Query 408 TTGTCGAGTTATTAATGTAGATTTAAAGGCAGAGGCAGATACAGATGAAGTTTATGCCCA 467
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 840 CTGTCGAGTTATTAATGTAGATTTAAAGGCAGAGGCAGATACAGATGAAGTTTATGCGCA 899
Query 468 GATTACACTTCTTCCCGAGGCTAACCAAGACGAGAATGCAATTGAGAAAGAAGCGCCTCC 527
|||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 GATTACTCTTCTTCCTGAGGCTAATCAAGACGAGAATGCAATTGAGAAAGAAGCGCCTCT 959
Query 528 TCCTCCACCTCCGAGGTTCCAGGTGCATTCGTTCTGCAAAACCTTGACTGCATCCGACAC 587
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 TCCTCCACCTCCGAGGTTCCAGGTGCATTCGTTCTGCAAAACCTTGACTGCATCCGACAC 1019
Query 588 AAGTACACATGGTGGATTTTCTGTTCTTAGGCGACATGCTGATGAATGCCTTCCACCTCT 647
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||
Sbjct 1020 AAGTACACATGGTGGATTTTCTGTTCTTAGGCGACATGCGGATGAATGTCTCCCACCTCT 1079
Query 648 GGATATGTCTCGACAACCTCCCACACAAGAGTTAGTTGCAAAGGATTTGCATGCAAATGA 707
||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 GGATATGTCTCGACAGCCTCCCACTCAAGAGTTAGTTGCAAAGGATTTGCATGCAAATGA 1139
Query 708 GTGGCGATTCAGACATATATTCCGAGGTCAACCACGGAGGCATTTGCTTCAGAGTGGGTG 767
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1140 GTGGCGATTCAGACATATATTCCGGGGTCAACCACGGAGGCATTTGCTACAGAGTGGGTG 1199
Query 768 GAGTGTGTTTGTTAGCTCCAAAAGGCTAGTTGCAGGCGATGCGTTTATATTTCTAAGGGG 827
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 GAGTGTGTTTGTTAGCTCCAAAAGGCTAGTTGCAGGCGATGCGTTTATATTTCTAAGGGG 1259
Query 828 CGAGAATGGAGAATTAAGAGTGGGTGTAAGGCGTGCGATGCGACAACAAGGAAATGTGCC 887
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1260 CGAGAATGGAGAATTAAGAGTTGGTGTAAGGCGTGCGATGCGACAACAAGGAAACGTGCC 1319
Query 888 GTCTTCTGTTATATCTAGCCATAGCATGCATCTTGGAGTACTGGCTACCGCATGGCATGC 947
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1320 GTCTTCTGTTATATCTAGCCATAGCATGCATCTTGGAGTACTGGCCACCGCATGGCATGC 1379
Query 948 CATTTCAACGGGGACTATGTTTACAGTGTACTACAAACCAAGGACCAGCCCATCTGAGTT 1007
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1380 CATTTCAACAGGGACTATGTTTACAGTCTACTACAAACCCAGGACGAGCCCATCTGAGTT 1439
Query 1008 TATTGTTCCGTTTGATCAGTATATGGAGTCTGTGAAGAATAACTACTCCATTGGCATGAG 1067
|||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1440 TATTGTTCCGTTCGATCAGTATATGGAGTCTGTTAAGAATAACTACTCTATTGGCATGAG 1499
Query 1068 ATTTAAAATGAGATTTGAAGGCGAAGAGGCTCCTGAGCAGAGGTTTACTGGCACAATTGT 1127
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1500 ATTCAAAATGAGATTTGAAGGCGAAGAGGCTCCTGAGCAGAGGTTTACTGGCACAATCGT 1559
Query 1128 TGGGATTGAAGACTCTGA-CATCACTAGGTGGCCAAAATCAAAGTGGAGATCCCTCAAGG 1186
|||||||||||| ||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 TGGGATTGAAGAGTCTGATCCT-ACTAGGTGGCCAAAATCAAAGTGGAGATCCCTCAAGG 1618
Query 1187 TGAGATGGGATGAGACTTCTAGTATTCCTCGACCTGATAGAGTATCTCCGTGGAAAATAG 1246
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1619 TGAGATGGGATGAGACTTCTAGTATTCCTCGACCTGATAGAGTATCTCCGTGGAAAGTAG 1678
Query 1247 AGCCAGCTCTTGCTCCTCCTGCGTTGAGTCCTGTTCCAATGCCTAGGCCTAAGAGGCCCA 1306
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 AGCCAGCTCTTGCTCCTCCTGCTTTGAGTCCTGTTCCAATGCCTAGGCCTAAGAGGCCCA 1738
Query 1307 GATCTAATATAGCACCTTCATCTCCTGACTCTTCAATGCTTACTAGAGAAGGCACAACTA 1366
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 1739 GATCAAATATAGCACCTTCATCTCCTGACTCTTCGATGCTTACCAGAGAAGGTACAACTA 1798
Query 1367 AAACAAACATGGACCCTTTACCAGCAAGCGGACTTTCAAGGGTCTTGCAAGGTCAAGAAT 1426
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 AGGCAAACATGGACCCTTTACCAGCAAGCGGACTTTCAAGGGTCTTGCAAGGTCAAGAAT 1858
Query 1427 ACCCGACCTTGAGGACGAAACATACTGAGAGTGTAGAGTGTGATGCTCCTGAGAATTCTG 1486
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 ACTCGACCTTGAGGACGAAACATACTGAGAGTGTAGAGTGTGATGCTCCTGAGAATTCTG 1918
Query 1487 TTGTTTGGCAATCCTCAGCGGATGATGATAAGGTTGACGTGGTTTCGGGTTCTAGAAGAT 1546
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 TTGTCTGGCAATCTTCAGCGGATGATGATAAGGTTGACGTGGTTTCGGGTTCTAGAAGAT 1978
Query 1547 ATGGATCTGAGAACTGGATGCCCTCAGCCAGGCATGAACCTACTTACACGGATTTGCTTT 1606
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1979 ATGGATCTGAGAACTGGATGTCCTCAGCCAGGCATGAACCTACTTACACAGATTTGCTCT 2038
Query 1607 CCGGCTTTGGGGCTAACATAGAACCATCCCATGGTCAGCGGATACCTTTTTATGACCATT 1666
||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 CCGGCTTTGGGACTAACATAGATCCATCCCATGGTCAGCGGATACCTTTTTATGACCATT 2098
Query 1667 CATCATCACCTTCTATGCCTGCAAAGA-ATATATTGAGTGATCCGGAGGGCAAGTTCGAT 1725
||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||| | || ||||||||||||
Sbjct 2099 CATCATCACCTTCTATGCCTGCAAAGAGA-ATCTTGAGTGATTCAGAAGGCAAGTTCGAT 2157
Query 1726 TTTCTTGCTAACCAGTGGCAGATGATGCACTCTGGCCTCTCCCTGAAGTTACATGAATCT 1785
| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2158 TATCTTGCTAACCAGTGGCAGATGATACACTCTGGTCTCTCCCTGAAGTTACATGAATCT 2217
Query 1786 CCTAAGGTACCTGCGGCAACTGATGCCTCT-TGCCAAGGGCGAGGCAATGTTAAATACAG 1844
|||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2218 CCTAAGGTACCTGCAGCAACTGATGCGTCTCT-CCAAGGGCGATGCAATGTTAAATACAG 2276
Query 1845 TGAATATCCAGTGCTTAATGGTCTATCGACTGAAAATGCTGGCGGTAACTGGCCAATACG 1904
|||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2277 CGAATATCCTGTTCTTAATGGTCTATCGACTGAGAATGCTGGTGGTAACTGGCCAATACG 2336
Query 1905 TCCACGTGCTTTGAATTATTTTGAGGAAGTGGTTCA-TGCTCAAGCACAAGCTCAGGCGC 1963
|||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||| || |
Sbjct 2337 TCCACGTGCTTTGAATTATTATGAGGAAGTGGT-CAATGCTCAAGC----GC--A----- 2384
Query 1964 AAGCTCAGGCTAGGGAGCAAGTAACAAAACAACCCGTCACAATACAAGAGGAGACAGCAA 2023
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2385 A-GCTCAGGCTAGGGAGCAAGTAACAAAACAACCCTTCACGATACAAGAGGAGACAGCAA 2443
Query 2024 AGTCAAGAGAAGGGAACTGCAGACTTTTTGGCATTCCTCTGTCCAACAACATGAATGGGA 2083
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2444 AGTCAAGAGAAGGGAACTGCAGGCTCTTTGGCATTCCTCTGACCAACAACATGAATGGGA 2503
Query 2084 CAGACTCAACCATGTCTCAGAGAAGCAACTTGAATGATGCTGCGGGGCTTGCACAGATAG 2143
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2504 CAGACTCAACCATGTCTCAGAGAAACAACTTGAATGATGCTGCGGGGCTTACACAGATAG 2563
Query 2144 CATCACCAAAGGTTCAAGACCTTCCCGATCAGTCAAAAGGGTCAAAATCGACAAACGATC 2203
|||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2564 CATCACCAAAGGTTCAGGACCTTTCAGATCAGTCAAAAGGGTCAAAATCAACAAACGATC 2623
Query 2204 ATCGTGAACAGGGAAGACCGTTCCAGACTAATAATTCTCATCCGAAGGATGCTCATACGA 2263
||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2624 ATCGTGAACAGGGAAGACCATTCCAGACTAATAATCCTCATCCGAAGGATGCTCAAACGA 2683
Query 2264 AAACCAACTCAAGTAGGAGTTGCACAAAGGTTCACAAGCAGGGAATTGCACTTGGCCGTT 2323
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2684 AAACCAACTCAAGTAGGAGTTGCACAAAGGTTCACAAGCAGGGAATTGCACTTGGCCGTT 2743
Query 2324 CAGTGGATCTTTCAAAGTTCCAAAACTATGAGGAGTTAATCGCGGAGCTGGACAGGCTGT 2383
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 2744 CAGTGGATCTTTCAAAGTTCCAAAACTATGAGGAGTTAGTCGCTGAGCTGGACAGGCTGT 2803
Query 2384 TTGAGTTTAATGGAGAGTTGATGGCTCCTAAGAAAGATTGGCTGATAGTTTACACAGATG 2443
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2804 TTGAGTTCAATGGAGAGTTGATGGCTCCTAAGAAAGATTGGTTGATAGTTTACACAGATG 2863
Query 2444 ATGAGAATGATATGATGCTTGTTGGAGACGATCCTTGGCAGGAGTTTTGTTGCATGGTTC 2503
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2864 AAGAGAATGATATGATGCTTGTTGGTGACGATCCTTGGCAGGAGTTTTGTTGCATGGTTC 2923
Query 2504 GCAAAATCTTCATATACACGAAAGAGGAAGTGAGGAAGATGAACCCGGGGACTTTAAGCT 2563
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2924 GCAAAATCTTCATATACACGAAAGAGGAAGTGAGGAAGATGAACCCGGGGACTTTAAGCT 2983
Query 2564 GTAGGAGCGAGGAAG--G-AGTTGTTGGGGAAGGATCAGATGCAAAGGACGCCAAGTCTG 2620
||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2984 GTAGGAGCGAGGAAGAAGCAGTTGTTGGGGAAGGATCAGATGCAAAGGACGCCAAGTCTG 3043
Query 2621 CATCAAATCCTTCATTGTCCAGTGCCGGGAACTCTTAAACAAACAAAA---CCAGCAACC 2677
|||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 3044 CATCAAATCCTTCATTGTCCAGCGCTGGGAACTCTTAAACAAACAAAATAACCAACAACC 3103
Query 2678 CTT 2680
|||
Sbjct 3104 CTT 3106
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 133092899779
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5