BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg950974
Length=2491
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G62090.1 | Symbols: SLK2 | SEUSS-like 2 | chr5:24934963-2493... 3951 0.0
> AT5G62090.1 | Symbols: SLK2 | SEUSS-like 2 | chr5:24934963-24939060
REVERSE LENGTH=3229
Length=3229
Score = 3951 bits (2139), Expect = 0.0
Identities = 2378/2493 (95%), Gaps = 17/2493 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 7 TTGGGACCTACCCTTAAATGGCTTCTTCAACTTCTGGGATTTTCTTTCAAGGAGATGATG 66
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 504 TTGGGACCTACCCTTTAATGGCTTCTTCAACTTCTGGGATTTTCTTTCAAGGAGATGATG 563
Query 67 AATCTCAAAGTTTCATTAACTCTCACTTGACTTCCTCTTATGGGAATTCATCTAACTCTG 126
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 564 AATCTCAAAGCTTCATTAACTCTCACTTGACTTCCTCTTATGGGAATTCATCTAACTCTG 623
Query 127 TC-CCTGGA--T-GTGGACCTACTGGTGGTTATCATAATCTCAGTATGGTTTCTGGTGAT 182
| |||||| | |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 624 -CTCCTGGATGTGGTGGACCTACTGGTGGCTATCACAATCTCAGTATGGTTTCTGGTGAT 682
Query 183 ATGCATAATCCGGTTATGATGACTGTTTCGAC-CCCGGGTCCAAGCGCTGGAGCTAGTTC 241
|||||||||||||||||||||| |||||| || ||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 683 ATGCATAATCCGGTTATGATGAGTGTTTCAACACCC-GGTCCAAGCGCAGGAGCTAGTTC 741
Query 242 GCTTGTCACAGATGCTAATTCTGGGCTCTCTGGAGGTGGTCCTCATTTGCAGCGTAGTGC 301
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 742 GCTTGTCACAGATGCTAATTCAGGGCTCTCTGGAGGTGGTCCTCATTTGCAGCGTAGTGC 801
Query 302 TAGTATCAATAATGAGTCGTATATGCGTTTACCGGCGTCTCCAATGTCGTTTTCCTCTAA 361
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||
Sbjct 802 TAGTATCAATAATGAGTCATATATGCGTTTACCGGCGTCTCCTATGTCGTTCTCTTCTAA 861
Query 362 CAATATCAGTATTTCTGGGTCATCAGCTGTAGACGGGTCAACTGTGGTACAACGGCATGA 421
|||||||| || ||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 862 TAATATCAGCATATCTGGTTCATCAGTTGTAGATGGGTCGACTGTGGTACAACGGCATGA 921
Query 422 TCCAAGTGTTCAGCTAGGAGGTTCCAGTGCTACATCACTGCCTACATCACAAACTAATCA 481
||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 922 TCCTAGTGTTCAGCTAGGTGGCTCTAGTGCTACATCACTGCCTACATCACAAACTAATCA 981
Query 482 AATCCCGCTTTCCATGGCTCGTCGTGCTTCTGAATCGTTCTTTCAGGACCCAAACAACTT 541
|||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 982 AATCCCGCTTTCTATGGCTCGGCGTGCTTCTGAATCGTTCTTTCAGGATCCAAACAACTT 1041
Query 542 AAATCAAGCACGGAAAAAACCTAGATTAGATTCAAAGCAGGATGATGCTTTGCAGCAGCA 601
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1042 AACTCAAGCACGGAAAAAACCTAGATTAGATTCAAAGCAGGATGATGCTTTGCAGCAGCA 1101
Query 602 GATTTTACGTCAGTGGCTTCAGAGACAGGATATATTGCAGCAGCAGCAACATCAACAACA 661
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1102 GATTTTACGTCAGTGGCTTCAGAGACAGGATATATTGCAGCAGCAGCAGCAACAACAACA 1161
Query 662 ACAAGGCCAAAATCCACAGTTCCAACTTTTGCTTCAACAACAAAAGCTGAGGCAACAGCA 721
||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1162 ACAAGGCCAAAATCCACAGTTCCAAATCTTGCTTCAGCAACAAAAGCTGAGGCAACAGCA 1221
Query 722 ACAATATCTTCAGTCCCTCCCACCATTGCAACGGGTTcagctgcagcaccagcaacaagt 781
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 1222 ACAATATCTCCAGTCCCTCCCACCATTGCAACGGGTTCAACTGCAGCAGCAGCAACAAGT 1281
Query 782 gcagcaacagcaacagttgcagcagcagcaccaacagcaacagcaacagttgcaacaaca 841
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1282 GCAGCAACAGCAACAGTTGCAGCAGCAGCACCAACAGCAACAGCAACAGTTGCAACAACA 1341
Query 842 aggaatgcaactgcaacTAACCGGTGGGCCAAGACCTTACGAAAATAGCGTTTGCGCTCG 901
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1342 AGGAATGCAAATGCAACTAACCGGTGGGCCAAGACCTTATGAAAATAGCGTTTGCGCTCG 1401
Query 902 AAGATTGATGCAGTACCTATATCATCAGCGACAGAGGCCTTCTGAGAGCAGTATTGTTTA 961
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1402 AAGATTGATGCAGTACCTATATCATCAGCGACAAAGGCCTTCTGAGAGCAGTATTGTTTA 1461
Query 962 TTGGAGGAAATTTGTGACGGAGTATTTTTCTCCCCGTGCAAAGAAAAGATGGTGTCTTTC 1021
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1462 CTGGAGGAAATTTGTGACGGAGTATTTTTCTCCCCGGGCAAAGAAAAGATGGTGTCTTTC 1521
Query 1022 TCATTATGATAATGTGGGGCATAGCGCACTTGGTGTTTCTCCTCAGGCAGCCACGGATGA 1081
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1522 TCATTATGATAATGTGGGGCATAGTGCACTTGGTGTTTCTCCTCAGGCAGCCACGGATGA 1581
Query 1082 ATGGCAGTGTGATCTTTGCGGTTCTAAATCGGGAAGAGGATTTGAAGCAACTTTTGATGT 1141
||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1582 ATGGCAGTGTGATCTATGTGGTTCTAAATCGGGAAGAGGATTTGAAGCAACTTTTGATGT 1641
Query 1142 CTTACCAAGGCTTAACGAAATCAAATTCGCAAGTGGTGTCCTTGACGAGCTTCTTTATCT 1201
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1642 CTTGCCAAGGCTTAACGAAATCAAATTCGCAAGTGGTGTCCTGGACGAGCTTCTTTATCT 1701
Query 1202 GGGCGTACCGTCTGAACGCAGATATGGTTCTGGAATTATGGTGTTAGAGTACGGAAAAGC 1261
||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1702 GGGTGTACCGTCTGAACGCAGATATGGATCTGGAATTATGGTGTTAGAGTATGGAAAAGC 1761
Query 1262 AGTTCAGGAGAGTGTGTATGAACATATCCGTGTTGTTCGTGAAGGCCATCTTCGGATTAT 1321
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1762 AGTTCAGGAGAGTGTGTACGAACATATCCGTGTTGTTCGCGAAGGCCATCTTCGGATTAT 1821
Query 1322 ATTCTCCCAAGAGCTGAAGATTATCTCATGGGAGTTCTGTACTCGCCGACATGAAGAGCT 1381
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1822 ATTCTCCCAAGAGCTGAAGATTCTCTCATGGGAGTTCTGTACTCGTCGACATGAAGAACT 1881
Query 1382 ACTTCCTCGTCGCCTAGTAGCTCCACAGGTGAACCAACTGCTTCAGGTTGCAGAGAAATG 1441
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1882 ACTTCCTCGTCGCCTAGTAGCTCCACAGGTGAACCAATTGCTTCAGGTTGCAGAGAAATG 1941
Query 1442 TCAGAGCACAATCGATCAAAGTGGATCAGATGGGATTCATCAGCAGGATTTGCAAGCTAA 1501
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1942 TCAGAGCACAATTGATCAAAGTGGATCAGATGGGATTCATCAACAAGATTTGCAAGCTAA 2001
Query 1502 TAGCAACATGGTCATGGCTGCTGGACGTCAACTAGCAAAAAGCTTGGAGTCACATTCACT 1561
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2002 TAGCAACATGGTCATGGCTGCTGGACGTCAACTAGCAAAAAGCTTGGAGTCACATTCACT 2061
Query 1562 CAATGACTTAGGCTTCTCCAAACGATATGTTCGGTGTTTGCAGATTTCTGAGGTTGTCAG 1621
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2062 CAATGACTTAGGCTTCTCAAAACGATATGTTCGGTGTCTGCAGATTTCTGAGGTTGTCAG 2121
Query 1622 CAGCATGAAAGATATGATTGACTTTTGCCGTGACCAAAAAGTGGGTCCAATCGAGGCTTT 1681
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2122 CAGCATGAAAGATATGATTGACTTTTGCCGTGACCAAAAAGTGGGTCCAATCGAGGCTTT 2181
Query 1682 GAAGAGCTATCCATATCGAATGAAGGCTGGTAAACCGCAGATGCAGGAGATGGAGCAACT 1741
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2182 GAAGAGCTATCCATATCGAATGAAGGCTGGTAAACCTCAGATGCAGGAGATGGAGCAACT 2241
Query 1742 AGCAAATGCTGCTCGAGGACTTCCACCTGATAGGAGCAGTCTCAACAAGCTAATGGCCTT 1801
||| ||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2242 AGCG---GCTGCCCGAGGGCTTCCACCTGATAGGAACAGTCTCAACAAGCTAATGGCCTT 2298
Query 1802 ACGCAATTCCGGGATAAACATACCGATGAACAATATGAGCGGTCAAGG-TACTCTACCCG 1860
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| | |||| ||||
Sbjct 2299 GCGCAATTCCGGGATAAACATACCAATGAACAACATGAGCGGTCAAGGAT-CTCTTCCCG 2357
Query 1861 GCTCTGCACAAGCCGCTGCCTTTGCGCTTACCAATTACCAGACCATGCTCATGAAACAAA 1920
||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2358 GCTCTGCACAAGCTGCCGCTTTTGCGCTTACCAACTACCAGAGCATGCTCATGAAACAAA 2417
Query 1921 ACCATCTGAATTCAGACCCGAACAACACCACAATCCAACAAGAACCATCAAGAAACCGAA 1980
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 2418 ACCATCTGAATTCAGACCTAAACAACACCACAATCCAGCAAGAACCATCAAGAAACCGGA 2477
Query 1981 GTGCATCCCCTAACTATCAAGGAACTAGTCCTTTGTTACCTGGTTTTGTGCATAGCCCAT 2040
|||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2478 GTGCATCCCCGAGCTATCAAGGAACTAGTCCCTTGTTACCTGGTTTTGTGCATAGCCCAT 2537
Query 2041 CAATAAGTGGTGTTTCTTCCCATTTATCTCCTCAGCGGCAAATGCCAAGCTCCAGTTATA 2100
||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2538 CAATAAGTGGTGTATCTTCCCATCTATCTCCTCAGCGGCAAATGCCAAGCTCCAGTTATA 2597
Query 2101 ATAGCTCAGCCCAGCAATACCACCAACAACCACCTTCATGTAGTAGCGGTAATCAAACAT 2160
|| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 2598 ATGGCTCAACCCAGCAATACCACCAACAGCCACCTTCCTGTAGTAGCGGTAACCAAACAT 2657
Query 2161 TGGAACAACAAATGATTCACCAAATATGGCAACAGATGGCAAACAGCAATGGAGGCACCG 2220
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2658 TGGAACAACAAATGATTCATCAAATATGGCAACAGATGGCAAACAGCAATGGAGGCTCCG 2717
Query 2221 GTCAACAACATCAGTCACTTTCTGGTCAGAACATGATGAATTGCAATGCCAACATGGGAA 2280
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2718 GTCAACAACAACAGTCACTTTCTGGTCAGAACATGATGAATTGCAATACCAACATGGGAA 2777
Query 2281 GAAACAGAACTGATTATGTTCCCGCAGCAGCTGAAACACCAAGCACCTCCAACAGATTCA 2340
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2778 GAAACAGAACAGATTATGTTCCCGCAGCAGCTGAAACACCAAGCACCTCCAACAGATTCA 2837
Query 2341 GAGGCATCAAGGGGTTAGACCAGAGCCAAAATCTGGAAGGTATTATCTCGAATACATCGC 2400
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2838 GAGGCATCAAGGGGTTAGACCAAAGCCAAAACCTGGAAGGTATTATCTCTAATACATCGC 2897
Query 2401 TCAACTTTGGGACTAACGGGTTTTTTAGCAATGAGGTTGATGAAAACATGGGA---TATT 2457
|||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
Sbjct 2898 TCAACTTTGGGAATAACGGGGTTTTTAGCAATGAGGTTGATGAAAGCATGGGAGGATATT 2957
Query 2458 CTTGGAAGTCATGAGAGGTC-TTTTGATAGTTA 2489
|||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 2958 CTTGGAAGTCATGAGAGG-CATTTTGATAGTTA 2989
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 123611347552
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5