BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg951276
Length=1865
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G64440.1 | Symbols: AtFAAH, FAAH | fatty acid amide hydrolas... 3057 0.0
> AT5G64440.1 | Symbols: AtFAAH, FAAH | fatty acid amide hydrolase
| chr5:25765750-25770500 FORWARD LENGTH=2227
Length=2227
Score = 3057 bits (1655), Expect = 0.0
Identities = 1781/1844 (97%), Gaps = 0/1844 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 20 AGATGGGTAAGTATGAGGTCATGAAACGGGCAAGTGAGGTTGATCTTTCTACTGTCAAAT 79
|||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 162 AGATGGGTAAGTATCAGGTCATGAAACGTGCAAGTGAGGTTGATCTTTCTACTGTCAAAT 221
Query 80 ATAAAGCTGAAAACATCAAAGCTCCTCATTTGACTGGCTTTTCGTTCAAGTTGTTCGTTA 139
|||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 222 ATAAAGCTGAAACCATGAAAGCTCCTCATTTGACTGGCCTTTCCTTCAAGTTGTTCGTTA 281
Query 140 ATTTGCTTGAAGCACCACTTATTGGCTCTTTGATTGTTAATTCTTTGAAGAAAGACAATG 199
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 282 ATTTGCTTGAAGCACCACTTATAGGCTCTTTGATTGTTGATTATTTGAAGAAAGACAATG 341
Query 200 GCATGACAAAGATTTTTCGCAACACAGTTATACCAGAAGAGCCCATGTTTAGACCGGAGT 259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 342 GCATGACAAAGATTTTTCGCAACACAGTTATACCAGAAGAGCCCATGTTTAGACCGGAGT 401
Query 260 TCCCATCTCAAGAACCGGAGCATGATGTTGTTGTTGTTGGCGAAGATGAAAGTCCTATAG 319
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 402 TCCCATCTCAAGAACCGGAGCATGATGTTGTCATTGTTGGCGAAGATGAAAGTCCTATAG 461
Query 320 ATAGATTGGAAACAGCCTTGAAATGTCTTCCTCAGTATGATCCTTCTCGTAGCTTGCACA 379
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 462 ACAGATTGGAAACAGCCTTGAAATGTCTTCCTCAGTATGATCCTTCTCGTAGCTTGCATG 521
Query 380 CAGAACCAATGTCATCTTTCCGGTACTGGAAGATTCGTGATTATGCATATGCCTATAGAT 439
|||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 522 CAGATCCAGTGTCATCTTTCCGGTACTGGAAGATTCGTGATTATGCATATGCCTATAGAT 581
Query 440 CTAAGCTGACAACTCCATTGCAGGTAGCGAAAAGAATAATCTCAATCATAGAGGAGTTTG 499
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 582 CTAAGCTGACAACTCCATTGCAGGTAGCAAAAAGAATAATCTCAATCATAGAGGAGTTTG 641
Query 500 GCTATGACAAGCCTCCAACACCATTTTTGATTAGCTTTGATGCCAATGAAGTCATAAAGC 559
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 642 GCTATGACAAGCCTCCAACACCATTTTTGATTAGATTTGATGCCAATGAAGTCATAAAGC 701
Query 560 AAGCTGAAGCTTCTACACAGAGGTTTGAACAAGGAAATCCAATATCTGTTTTGGATGGAA 619
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 702 AAGCTGAAGCTTCTACACGGAGGTTTGAACAAGGAAATCCAATATCTGTTTTGGATGGAA 761
Query 620 TTTTTGTGACAATCAAGGATGATATTGATTGTTTACCCCATCCGACAAACGGTGGAACAA 679
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 762 TATTTGTGACAATCAAGGACGATATTGATTGTTTACCCCATCCGACAAATGGTGGAACAA 821
Query 680 CATGGCTGCATGAGGATCGTTCTGTGGAGAAGGATTCAGCTGTTGTTTCAAAACTGCGCT 739
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 822 CATGGCTGCATGAGGATCGTTCTGTGGAGAAGGATTCAGCTGTTGTTTCAAAACTGCGTT 881
Query 740 CTTGTGGTGCAATCTTACTTGGCAAGGCAAATATGCATGAGTTAGGCATGGGGACCACCG 799
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 882 CTTGTGGTGCAATCTTACTTGGCAAGGCAAATATGCATGAGTTAGGCATGGGGACCACCG 941
Query 800 GGAACAATTCGAATTATGGAACCACAAGAAACCCACATGATCCTAAAAGGTACACAGGCG 859
|||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 942 GGAACAATTCAAATTACGGAACCACAAGAAACCCGCATGATCCTAAAAGGTACACGGGCG 1001
Query 860 GATCTTCCTCAGGTTCAGCAGCTATTGTAGCCGCTGGACTATGTTCAGCTGCTCTAGGAA 919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1002 GATCTTCCTCAGGTTCAGCAGCTATTGTAGCCGCTGGACTATGTTCAGCTGCTCTAGGAA 1061
Query 920 CAGATGGTGGAGGCTCTGTTCGCATCCCTTCAGCACTTTGTGGTATAACGGGACTGAAAA 979
||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1062 CAGATGGTGGAGGTTCCGTTCGCATTCCTTCAGCACTTTGTGGTATAACGGGACTGAAGA 1121
Query 980 CAACATATGGTCGGACAGATATGACAGGGTCATTATGTGAAGGTGGAACAGTGGAGATAA 1039
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1122 CAACATATGGTCGGACAGATATGACAGGGTCATTATGTGAAGGTGGAACAGTGGAAATAA 1181
Query 1040 TTGGTCCACTTGCTTCATCTATGGAAGATGCATTTTTGGTGTATGCTGCAATCTTGGGTT 1099
|||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1182 TTGGTCCACTTGCTTCATCTCTGGAAGATGCCTTCTTGGTGTATGCTGCAATCTTGGGTT 1241
Query 1100 CTTCATCTGCTGATAGATTTAATCTGAAACCGAGCCCACCCTGTTTTCCAAAGTTATTGT 1159
|||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1242 CTTCATCTGCTGATAGATATAATTTGAAACCGAGCCCACCGTGTTTTCCAAAGTTATTGT 1301
Query 1160 CTCACAACGGAAGCAATGCTATAGGATCTCTACGACTAGGAAAATATACAAAGTGGTTTA 1219
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1302 CTCACAACGGAAGCAATGCAATAGGATCTCTACGACTAGGGAAATATACAAAGTGGTTTA 1361
Query 1220 ATGATGTCAATTCAAGTGACATCTCTGACAAATGCGAAGACATCCTTAAGCTCTTGTCAA 1279
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 1362 ATGATGTCAGTTCAAGTGACATCTCTGACAAATGCGAAGACATCCTTAAGCTCCTATCAA 1421
Query 1280 ACAATCACGGTTGCAAAGTGGTGGAGATTGTGGTTCCTGAACTGGAAGAGATGCGTGCAG 1339
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1422 ACAATCACGGTTGCAAAGTGGTGGAGATAGTGGTTCCTGAACTGGAAGAGATGCGTGCAG 1481
Query 1340 CCCATGTTATTTCGATTGGGTCTGCAACACTGTCTTCTCTTACTCCTTACTGTGAAGCTG 1399
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1482 CCCATGTTATTTCGATTGGGTCTCCAACACTGTCTTCTCTTACTCCCTACTGTGAAGCTG 1541
Query 1400 GGAAAAACTCAAAACTAAGTTATGACACTCGTACCAGCTTTGCAATTTTCCGTTCATTCT 1459
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1542 GGAAAAATTCAAAACTAAGTTATGACACTCGTACCAGCTTTGCAATTTTCCGTTCATTCT 1601
Query 1460 CTGCTTCAGACTATATCACTGCTCAATGTCTAAGGAGAAGATTGATGGAGTATCACTTGA 1519
||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1602 CTGCTTCAGACTATATCGCTGCTCAATGTCTTAGGCGAAGATTGATGGAGTATCACTTGA 1661
Query 1520 ATATCTTCAAAGACGTTGATGTCATTGTGACCCCTACAACTGGTATGACAGCTCCAGTGA 1579
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1662 ATATCTTCAAAGACGTTGATGTCATTGTGACCCCTACAACTGGAATGACAGCTCCAGTGA 1721
Query 1580 TACCTCCTGATGCTCTCAAAAATGGAGAAACCAATTTTCAAGTGACAACTGATTTAATGC 1639
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1722 TACCTCCTGATGCTCTCAAAAATGGAGAAACCAATATTCAAGTGACAACTGATTTAATGC 1781
Query 1640 GCTTCGTTTTAGCCGCAAATCTCCTCGGCTTCCCGGCCATATCTGTCCCGGTCGGTTATG 1699
|||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 1782 GCTTCGTTCTAGCTGCAAATCTCCTCGGCTTCCCTGCCATATCAGTCCCGGTTGGTTATG 1841
Query 1700 ATAAGGAAGGGCTTCCGATAGGATTACAAATAATGGGAAGACCTTGGGCCGAAGCTACCG 1759
|||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1842 ATAAAGAGGGGCTTCCTATAGGATTACAAATAATGGGAAGACCTTGGGCCGAAGCTACCG 1901
Query 1760 TCCTTAGTTTAGCTGCCGCAGTCGAGGAACTGGCTCCAGTTACCAAGAAACCTGCTATCT 1819
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1902 TCCTTGGTTTAGCTGCCGCAGTCGAGGAACTGGCTCCAGTTACCAAGAAACCTGCAATCT 1961
Query 1820 TTTATGATATTCTCAATACAAACTGAATTCTTAAGGATCTTCCA 1863
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1962 TTTATGATATTCTCAATACAAACTGAATTCATAAGGATCTTCCA 2005
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 92318802255
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5