BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg951374
Length=2242
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G65290.1 | Symbols: | LMBR1-like membrane protein | chr5:26... 3794 0.0
> AT5G65290.1 | Symbols: | LMBR1-like membrane protein | chr5:26089556-26094548
FORWARD LENGTH=2671
Length=2671
Score = 3794 bits (2054), Expect = 0.0
Identities = 2182/2245 (97%), Gaps = 4/2245 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTCTCTGCATCGAG--AGA--GAGATGTGGGTTTTCTATCTGATCTCGTTGCCTCTAACC 56
|||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 235 TTCTCTGCATCGAGATAGAGGGAGATGTGGGTTTTCTATCTGATCTCGTTGCCTCTAACC 294
Query 57 CTAGGATTAGTTGTTTTCACGCTCCGTTACTTCGCCGGACCGGAGATTCCTCGGTACGTT 116
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 295 CTAGGATTAGTTGTTTTCACGCTCCGATACTTCGCCGGACCGGAGATTCCTCGGTACGTT 354
Query 117 CTTATCACCGTTGGATACACCTGGTTCTGCTCTGTCTCCGTTATCATCCTCGCTCCTGCC 176
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 355 CTTATCACCGTTGGATACACCTGGTTCTGCTCTGTCTCCGTTATCATCCTCGCTCCTGCC 414
Query 177 GACATTTGGACGACACTATCTCTGCAACCTGATCATCCTGAGAATGGTGCCATTTCCTTC 236
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 415 GACATTTGGACGACACTATCTCTGCAACCTGATCATCCTGAGAATGGCGCCATTTCCTTC 474
Query 237 TTATGGAGTTGGTCATACTGGAGTACGTTTCTACTCACCTGGGCTGTGGTGCCCCTTATT 296
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 475 TTATGGAGTTGGTCATACTGGAGTACGTTTCTACTCACCTGGGCTGTGGTGCCCCTTATT 534
Query 297 CAGGGTTTCGAAGATGCTGGAGACTTTACCGTGTCAGAGCGATTGAAGACTAGCGTCCAT 356
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 535 CAGGGTTTCGAAGATGCTGGAGACTTTACCGTGTCTGAGCGATTGAAGACTAGCGTGCAT 594
Query 357 GTCAACTTAGTTTTCTATCTAGTACTGGGATTTATTGGTCTTCTCGGTCTTATCCTTCTC 416
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 GTCAACTTAGTTTTCTATCTAGTACTGGGATTCATTGGTCTTCTCGGTCTTATCCTTCTC 654
Query 417 GTCATGATGCACAGGAACTGGAAAGGTAGCATTTTGGGTTATGCTATGGCATGTTCAAAT 476
||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 655 ATCATGATGCACAGAAACTGGACAGGAAGCATTTTGGGTTATGCTATGGCATGCTCAAAT 714
Query 477 ACTTTTGGGCTGGTCACTGGTGCATTTCTTCTAGGCTTTGGCTTGAGCGAAATACCTAAG 536
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 715 ACTTTTGGGCTGGTCACTGGTGCATTTCTCCTTGGCTTTGGCTTGAGCGAAATACCTAAG 774
Query 537 ACCCTTTGGAAGAATGCAGATTGGACCACCCGCCAAAAAGTTCTCTCGCACAAAATTGCC 596
||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 775 ACCCTCTGGAAGAATGCAGACTGGACCACACGCCAAAAAGTTCTCTCGCACAAAATTGCT 834
Query 597 AAAATTGCTGTGAAACTTGACAATGCCCATCAAGAACTTTCAAATGCGATTGTAGTTGCT 656
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 835 AAAATTGCTGTGAAACTTGATAATGCCCATCAAGAACTTTCAAATGCGATTGTAGTTGCT 894
Query 657 CAAGCGACTTCAACTCAAATGTCCAAGCGTGATCCTATGAGACCATACATGAATGTTATA 716
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 895 CAAGCGACTTCAACTCAAATGTCCAAGCGTGATCCTATGAGACCATACATGAATGTTATA 954
Query 717 GATGCTATGCTGGCTAAAATGTTCAGGGAAGACCCATCATTTAAGCCACAAGGTGGTCAA 776
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 GATGCTATGCTGGCTAAAATGTTCAGGGAAGACCCATCATTTAAGCCACAAGGTGGTCAA 1014
Query 777 TTGGGCGAAAATGATATGGACTATGACACAGATGAGAAATCAATGGCAACGTTAAGGCGG 836
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1015 TTGGGCGAAAATGATATGGACTATGACACAGATGAGAAATCTATGGCGACGTTAAGGCGG 1074
Query 837 CACCTTCGAAATGCTAAGGATGAATATTATAGATATAAAAGTGAGTATCTAACTTATGTC 896
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1075 CACCTTCGAAATGCTAAGGATGAATATTATAGATATAAAAGTGAATATCTAACTTATGTT 1134
Query 897 ACGGAGGCCCTTGTTCTTGAAGACACAATGAAGAATTATGAACGCCGTGATGCAACTGGA 956
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1135 ACGGAGGCCCTTGTTCTTGAAGATACAATGAAGAATTATGAACGTCGTGATGCAACTGGA 1194
Query 957 TGGAAATACATTTCAAGCTTCAGAGCCACTCGAACTGGGAAAATGGGAAATCTTCTCGAT 1016
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1195 TGGAAATACATTTCGAGCTTCAGAGCCACTCGAACTGGGAAAATGGGGAATCTTCTCGAT 1254
Query 1017 ACATTGGAATTTATGTGGAGGTGTATATTGAAGAAACAAATTCAGATGGTGTTGGCAGTA 1076
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 TCATTAGAATTTATGTGGAGGTGTATATTGAAGAAACAAATTCAGATGGTGTTGGCAGTA 1314
Query 1077 GTTATGGGGATTATGTCTGCTGCAATTCTTTTAGCAGAGGCAACTCTCCTTCTTAGTAAA 1136
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1315 GTTATGGGGATTATGTCTGCTGCAATTCTTTTAGCAGAGGCAACTCTCCTTCTTAGTAAA 1374
Query 1137 CTGGACTTGTCCCTCTTCTCAATACTTATAAGCTCTGTCAAATCCGATGAACTGCTAGTG 1196
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1375 CTGGACTTGTCCCTCTTCTCAATACTTATAAGCTCTGTGAAATCCGATGAACTGCTAGTG 1434
Query 1197 CAGGCATTTGCTTTTGTACCTTTGGTGTATATGTGCGTCTGCACATATTATTCACTTTTC 1256
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1435 CAGGCATTTGCTTTTGTACCTTTGGTGTATATGTGTGTCTGTACATATTATTCACTTTTC 1494
Query 1257 AAAATTGGGATGCTGATGATTTATTCCTTGACTCCTCGACAAACAAGTTCTGTGAATCTA 1316
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1495 AAAATTGGGATGCTGATGATTTATTCCTTGACTCCTCGACAAACAAGTTCTGTGAATCTG 1554
Query 1317 CTAATGATTTGCTCGATGATTGCTCGATATGCGCCACCAATATCTTACAATTTTATTAAT 1376
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 CTAATGATTTGCTCGATGATTGCTCGATATGCGCCACCAATATCTTACAATTTTATTAAT 1614
Query 1377 CTCATTCAACTTCATTCCGAGACTATATTTGAGAAGAAAATGGGTAGAATTGATGATGCT 1436
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1615 CTCATTCAACTTCATTCTGAGACTATATTTGAGAAGAAAATGGGTAGAATCGATGATGCT 1674
Query 1437 GTCCCGGTATTTGGACAACGGTTCAATGAAATCTATCCTCTCATAATGGTTATCTACACA 1496
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1675 GTCCCGGTCTTTGGACAACGGTTCAATGAGATCTATCCTCTCATAATGGTTATCTACACA 1734
Query 1497 TTGCTAGTTGCAAGCAAtttttttGATCGCATATTTAATTACTTCGGTAGCTGGAAAAGA 1556
|||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1735 TTGCTAGTTGCAAGCAATTTCTTCGATCGCATATTTAATTACTTTGGTAGCTGGAAAAGA 1794
Query 1557 TTTAGATTTCAAACAGAGACCGAGGATACGGATGGATTTGATCCTTCGGGGTTAATGATT 1616
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1795 TTTAGATTTCAAACAGAGACCGAAGATACGGACGGATTTGATCCTTCGGGGTTAATGATT 1854
Query 1617 CTTAAAAAAGAACGAACCTGGCTCGAAGAAGGACAAAAAGTCGGCGAGCATGTTCTTCCA 1676
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1855 CTTAAAAAAGAACGAACCTGGCTCGAAGAAGGACAAAAAGTCGGCGAGCATGTTCTTCCA 1914
Query 1677 CTAGCGAGGAACTTCAACGATGTTGACATTGAACCAGGAAGCAATTTTTCTGAAAATTCT 1736
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1915 TTAGCGAGGAACTTCAACGATGTTGACATTGAACCAGGAAGCAATTTCTCTGAAAATTCT 1974
Query 1737 TCTGTTGAAATGAAGATGTCGTCAAGCTATGACATAGACACAGTAAAAGGAAGTTCATCA 1796
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1975 TCTGTTGAAATGAAGATGTCGTCGAGCTATGACATAGACACACTAAAAGGAAGTTCATCA 2034
Query 1797 AAAGACCATATGTCCCGTAAATACGGATCAGCTAGAGAAGCAATCACTAACAAATACGCA 1856
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2035 AAAGACGATATGTCCCGTAAATACGGATCAGCTAGAGAAGCAATCACTAACAAATATGCA 2094
Query 1857 GCCATTAGAGAACAACAGAACAAACACTCGCCATCTTCTATGACAAAGCCAGAGAACATG 1916
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2095 GCCATTAGAGAACAACAGAACAAACACTCGCCATCTTCTATGACAAAGCCAGAGAACATG 2154
Query 1917 GCTTCAGCTAAAGTGTCCTTACTGGAAACAGACAATTCGGGTCCAAGTAATGGTCAAGGA 1976
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 2155 GCTTCAGCTAAAGTGTCCTTACTCGAAACAGACAATTCAGGTCCAAGTAACGGTCAAGGA 2214
Query 1977 TCAGGAGAGCCATCTTCTCGTCTGGCTTCCACATGGAGAAACATGAAACTAGGAATCCAG 2036
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2215 TCTGGAGAGCCATCTTCTCGTCTGGCTTCCACATGGCGAAACATGAAACTAGGAATCCAG 2274
Query 2037 AGTTTTAAAGAGAATGTAGCTACCAAGAAGTTTCTTCCATTAAGACAAAGCCCAGAGACA 2096
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2275 AGTTTTAAAGAGAATGTAGCTACCAAGAAGTTTCTTCCATTAAGACAAAGCCCAGAAACA 2334
Query 2097 ACAACACTAACAAGCACAAGAGTAGTGACTTCATCAGTGCCACAGTCGCTAGATGAGATA 2156
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2335 ACAGCACTAACAAGCACAAGAGTAGTGACTTCATCAGTGCCACAGTCGCTAGATGAGATA 2394
Query 2157 TTCCAGAGACTGAAAAACCGGTCTGTAGAACACGGGCACTACCTCGATGATGATGATGAA 2216
||||||||||| ||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2395 TTCCAGAGACTTAAAAACCGGTCTGTAGAACACAGCCCCTACCTCGATGATGATGATGAA 2454
Query 2217 GTTTGACTATGAAGATGATGTTCAT 2241
|||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 2455 GTTTGATTATGAAGATGGTGTTCAT 2479
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 111244407720
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5