BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg951404
Length=2790
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G65560.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 4372 0.0
> AT5G65560.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr5:26200014-26203778 REVERSE LENGTH=3588
Length=3588
Score = 4372 bits (2367), Expect = 0.0
Identities = 2643/2778 (95%), Gaps = 11/2778 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 20 CGATGATCCGTCGAATACAATCACGGTGCGAA-TCGGGTTTGACTGGTTCAATCTCCGCC 78
|||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 18 CGATGATCCGTCGAATACAACCACGGTGC-AATTCGGGTTTGACTGGTTCAGTATCCGCC 76
Query 79 GTCGAAGTCGTGAAGAAGAAATTCTCGGCGGATGTTAAGATTCCTTCTCCGTTCACTCGC 138
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||
Sbjct 77 TTCGAAGTCCTGAAGAAGAAATTCTCGACGGATGTTACGGTTCCTTCTCCGGTCACTCGC 136
Query 139 CGGCAGTTTTGCTCGGTGTCTCCGCTGA-TTCGCAATCTTCCAGAGGACGAATCTGATCC 197
|||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||| |
Sbjct 137 CGGCAGTTTTGCTCCGTGTCTCCGCT-ACTTCGCAATCTTCCGGAGGAAGAATCTGATTC 195
Query 198 AACGAGTGTTCCACACCGTATACTCTCAATTCTCTCTAAACCCAATTGGCATAAATGTCC 257
|| |||||||||||||||| | || |||||||| |||||||| ||||||||||||| |||
Sbjct 196 AATGAGTGTTCCACACCGTCTGCTATCAATTCTTTCTAAACCTAATTGGCATAAATCTCC 255
Query 258 GTCCTTGAAATCAATGGTTCCTGCGATAAGCCCTTCTCACGTCTCTTCGCTGTTCTCACT 317
|||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 256 GTCCTTGAAATCTATGGTTTCTGCGATAAGCCCTTCTCACGTCTCTTCACTATTCTCACT 315
Query 318 CGATCTAGATCCCAAAACAGCTCTTAATTTCTCTCATTGGATCTCACAGAATCCGAGATA 377
|||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 316 CGATCTAGATCCGAAAACAGCTCTTAATTTTTCTCACTGGATCTCACAGAATCCGAGATA 375
Query 378 CAAGCACAGTGTATATTCCTATGCGTCCCTTCTTACTCTTCTCATCAACAATGGATATGT 437
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 376 CAAGCACAGTGTATATTCCTATGCATCCCTTCTTACTCTTCTCATCAACAATGGATATGT 435
Query 438 GGGTGTTGTGTTTAAGATCAGGTTATTGATGATTAAGAGCTGTGATTCAGTGGCAGACAC 497
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 436 GGGTGTTGTGTTTAAGATCAGGTTATTGATGATTAAGAGCTGTGATTCAGTGGGAGACGC 495
Query 498 TTTGTTTGTTTTGGATTTGTGTAGGAAGATGAATAAAGACGAAAGCTTTGAGCTTAAGTA 557
||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 496 TTTGTATGTTTTAGATTTGTGTAGGAAGATGAATAAAGACGAAAGATTTGAGCTTAAGTA 555
Query 558 TAAGCTTATTATTGGGTGTTACAACACATTGTTGAATTCGTTGGCTAGATTTGGATTGGT 617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 556 TAAGCTTATTATTGGGTGTTACAACACATTGTTGAATTCGTTGGCTAGATTTGGATTGGT 615
Query 618 CGATGAAATGAAGCAGGTTTATATGGAAATGTTGGAGGATAAGGTTTGTCCCAACATTTA 677
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 616 CGATGAAATGAAGCAGGTTTATATGGAAATGTTGGAGGATAAGGTTTGTCCCAACATTTA 675
Query 678 CACATATAATAAAATGGTTAATGGTTATTGCAAGGTGGGTGATGTGGAAGAGGCGAATCA 737
|||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 676 CACATATAATAAAATGGTTAATGGGTATTGCAAGCTGGGTAATGTGGAAGAGGCGAATCA 735
Query 738 GTATGTGAGTAAGATATTTGAGGCTGGGTTGGATCCTGATTTTTTCACATATACGTCTTT 797
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 736 GTATGTGAGTAAGATAGTTGAGGCTGGGTTGGATCCTGATTTTTTCACATATACGTCTTT 795
Query 798 GATTATGGGCTATTGTCAAAGGAAGGATTTAGATTCTGCTTTTAAGGTCTTTAAGGAGAT 857
||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||
Sbjct 796 GATTATGGGTTATTGTCAAAGGAAAGATTTAGATTCGGCTTTTAAGGTCTTCAATGAGAT 855
Query 858 GCCTTTGAAGGGTTGCCGTAGAAATGAGGTTGCTTACACTCACCTTATACATGGTCTTTG 917
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 856 GCCTTTGAAGGGTTGCCGTAGAAATGAGGTTGCGTACACTCACCTTATACACGGTCTTTG 915
Query 918 TGTAGAGAGAAGGATCGATGAAGCGATGGACTTGTTTGTGAAAATGAAGGATGACGACTG 977
||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 916 TGTAGCGAGAAGGATTGATGAAGCGATGGACTTGTTTGTAAAAATGAAGGATGACGAATG 975
Query 978 TTATCCAACAGTTCGTACTTATACAGTTCTTATAAAGGCTCTGTGTGGATCAGAACGGAA 1037
|| |||||||||||||||||||||||| || |||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 976 TTTTCCAACAGTTCGTACTTATACAGTGCTCATAAAGTCTTTGTGTGGATCAGAACGGAA 1035
Query 1038 GTCTGAAGCTCTTAACTTGGTTAAGGAGATGGAAGAGAAAGGCATTAAGCCGAATATTCA 1097
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1036 GTCTGAAGCTCTTAACTTGGTTAAGGAGATGGAAGAGACAGGCATTAAGCCGAATATTCA 1095
Query 1098 CACTTATACCGTGTTAATTGATAGTTTATGCAGTCAATGTAAGCTCGAGAAAGCAAGAGA 1157
||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 1096 CACTTATACGGTGCTAATTGATAGTTTATGCAGCCAATGTAAGTTCGAGAAAGCTAGAGA 1155
Query 1158 GTTGCTAGGTCAGATGCTAGAGAAAGGGTTGATGCCAAATGTAATCACTTACAATGCATT 1217
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1156 GTTGCTAGGTCAGATGCTAGAGAAAGGGTTGATGCCAAATGTAATCACTTACAATGCATT 1215
Query 1218 GATTAACGGGTATTGTAAGCGGGGGATGATTGAAGATGC-GCTAGACGTTGTGGAGTTGA 1276
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 1216 GATTAATGGGTATTGTAAGCGGGGGATGATTGAAGATGCTG-TAGACGTTGTGGAGTTGA 1274
Query 1277 TGGAGTCACGTAACCTCCGGCCGAATACACGCACGTACAATGAGTTGATAAAGGGGTATT 1336
|||| |||||||| ||| | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1275 TGGAATCACGTAAACTCAGCCCGAATACACGCACATACAATGAATTGATAAAGGGGTATT 1334
Query 1337 GTAAAAGGAATGTGCACAAAGCAATGGGAGTGCTTAATAAAATGCTGGAGCGTAAAGTGC 1396
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1335 GTAAAAGTAATGTTCACAAAGCAATGGGAGTGCTTAATAAAATGCTGGAGCGTAAAGTGC 1394
Query 1397 TTCCAGATGTGGTCACCTACAATTCATTAATCGATGGGCAGTGTAGATCTGGTAATTTTG 1456
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1395 TTCCAGATGTGGTCACTTACAATTCATTAATCGATGGGCAGTGTAGATCTGGTAATTTTG 1454
Query 1457 ATAGTGCATATAGATTACTTAGTTTGATGAATGATAGAGGATTAGTTCCAGACCAGTGGA 1516
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1455 ATAGTGCATATAGATTACTTAGTTTGATGAATGATAGAGGATTAGTTCCAGACCAGTGGA 1514
Query 1517 CATATACTAGTATGATAGATTCTTTGTGTAAAAGCAAACGAGTGGAAGAAGCCTGCGACC 1576
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1515 CATATACTAGTATGATAGATTCTTTGTGTAAAAGCAAAAGAGTGGAAGAAGCCTGCGACC 1574
Query 1577 TGTTTGATTCTCTCGAGCAGAAAGATGTAATTCCAAATGTGGTGATGTACACTGCATTGA 1636
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1575 TGTTTGATTCTCTCGAGCAGAAAGGTGTAAATCCAAATGTGGTGATGTACACTGCATTGA 1634
Query 1637 TTGATGGATACTGCAAGGCGGGTAAAGTAAACGAAGCTCATCTTATGCTTGAGAAAATGT 1696
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1635 TTGATGGATACTGCAAGGCGGGTAAAGTAGACGAAGCTCATCTTATGCTTGAGAAAATGT 1694
Query 1697 TGAGTAAGAATTGCTTGCCAAATTCGTTGACTTTTAATGCCCTGATTCATGGGTTATGTA 1756
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1695 TGAGTAAGAATTGCTTGCCAAATTCGTTGACTTTTAATGCCCTGATTCACGGGTTATGTG 1754
Query 1757 CCGATGGAAAATTGAAAGAAGCAACGTTGTTGGAGGAAAAAATGGTGAAGATTGGTCTAC 1816
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1755 CCGATGGAAAATTGAAAGAAGCGACGTTGTTGGAGGAAAAAATGGTTAAGATTGGTCTAC 1814
Query 1817 AGCCTACAGTTAGTACGGATACAATATTGATTCATAGATTGCTAAAGGACGGGGATTTTG 1876
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1815 AGCCTACAGTTAGTACGGATACAATATTGATTCATAGATTGCTAAAAGACGGGGATTTTG 1874
Query 1877 ATAACGCTTATA-TACGTTTTCAGCAAATGTTGTCCTCCGGAACAAAGCCCGATGCACAT 1935
|| | ||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1875 ATCATGCTTATAGT-CGTTTTCAGCAAATGTTGTCCTCTGGAACAAAGCCCGATGCACAT 1933
Query 1936 ACTTACACAACATTTATTCAAACCTATTGTAGGGAAGGGAGACTGCAAGACGCTGAGGAT 1995
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 1934 ACTTACACAACATTTATTCAAACCTATTGTAGGGAAGGGAGACTACTAGACGCTGAGGAT 1993
Query 1996 ATGATGGCAAAGATGAAGGAAAATGGTGTTTCCCCAGATTTGTTCACTTATTCTTCTCTG 2055
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1994 ATGATGGCAAAGATGAGGGAAAATGGTGTTTCCCCAGATTTGTTCACTTATTCTTCTCTG 2053
Query 2056 ATTAAAGGTTATGGGGATCTAGGGCAGACCAATTCCGCATTTGTTGTCCTCAAGCGCATG 2115
||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2054 ATTAAAGGTTATGGGGATCTAGGGCAGACAAATTTTGCATTTGATGTCCTCAAGCGCATG 2113
Query 2116 CGTGATACTGGTTGTGAACCTTCTCAACATACGTTTTTGTCTCTTATCAAACATCTGCTA 2175
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 2114 CGTGATACTGGTTGTGAACCTTCTCAACATACGTTTTTGTCTCTGATCAAACATCTGTTA 2173
Query 2176 GAGATGAGATATGGAAAAGTGAAAGGCGGTGAACCAGGAGTCTGTGTGATGTCTAATATG 2235
|| |||| |||||||||| ||||||| ||||||||| | |||||| ||||||||||||
Sbjct 2174 GAAATGAAATATGGAAAACAGAAAGGCAGTGAACCAGAACTCTGTGCAATGTCTAATATG 2233
Query 2236 ATGGAGTTTGATATTGTTGTTGAGCTTCTTGAGAAGATGGTTGAACACTGTGTAACTCCC 2295
||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2234 ATGGAGTTTGATACTGTTGTTGAGCTTCTTGAGAAAATGGTTGAACACAGTGTAACTCCC 2293
Query 2296 AACGCCAAATCCTACGAGAAACTGATGCTAGGGATTTGTGAAATTGGAAATCTCAGAGTT 2355
|||||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 2294 AACGCCAAATCCTATGAAAAACTGATACTAGGGATCTGTGAAGTTGGGAATCTCAGAGTT 2353
Query 2356 GCGGAAAAGGTGTTTGACCACATGCAACAAAACGAAGGAATATCTCCTAGTGAGTTGGTT 2415
||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2354 GCGGAAAAGGTGTTTGATCACATGCAACGAAACGAAGGAATATCTCCTAGTGAGTTGGTT 2413
Query 2416 TTCAATACGCTTCTCAGCTGTTGCCGCAAGCTGGAAAAGCATAACGAAGCAGCAAAGGTT 2475
|||||| ||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2414 TTCAATGCGCTTCTTAGCTGTTGCTGCAAGCTGAAAAAGCATAACGAAGCAGCAAAGGTT 2473
Query 2476 GTAGATGATGTGATTTGTGTTGGTCACTTACCGCAACTAGAGTCTTGCAAAATCTTGATT 2535
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2474 GTAGATGATATGATTTGTGTTGGTCACTTACCGCAACTAGAGTCTTGCAAAGTCTTGATT 2533
Query 2536 TGCGGGCTATATAAAAAAGGAGAAAAAGAGAGAGGGACTTCGGTTTTCCAGAATTTGCTT 2595
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2534 TGCGGGCTGTATAAAAAAGGAGAAAAAGAGAGAGGTACTTCGGTTTTCCAGAATTTGCTT 2593
Query 2596 CAATGTGGTTATTATGACGATGAATTGGCTTGGAAGATCATCATTGATGGCGTGGGGAAG 2655
||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2594 CAATGTGGTTATTATGAGGATGAATTAGCTTGGAAGATCATCATTGATGGTGTGGGGAAG 2653
Query 2656 CAGGGACTTGTAGAGGCATTTTATGAACTATTCAACGTTATGGAGAAAGATGGCTGCAAG 2715
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2654 CAGGGACTTGTAGAGGCATTTTATGAACTATTCAACGTTATGGAGAAAAATGGCTGCAAG 2713
Query 2716 TTTAGCTCTCAGACATATTCACTGCTAATCGAAGGACCTCCTGCTAGCACATAAAGGGC- 2774
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2714 TTTAGCTCTCAGACATATTCACTGCTAATCGAAGGACCTCCTGATAGCACATAAAGGGGT 2773
Query 2775 --CTATATTATATCAATT 2790
||||||||||||||||
Sbjct 2774 TTCTATATTATATCAATT 2791
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 138611263509
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5