BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg951457
Length=1906
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G67570.1 | Symbols: EMB246, DG1, EMB1408 | Tetratricopeptide... 3009 0.0
> AT5G67570.1 | Symbols: EMB246, DG1, EMB1408 | Tetratricopeptide
repeat (TPR)-like superfamily protein | chr5:26952352-26955543
FORWARD LENGTH=2460
Length=2460
Score = 3009 bits (1629), Expect = 0.0
Identities = 1753/1814 (97%), Gaps = 4/1814 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 21 ATGGATGCTTCGGTGGTGAGATTTTCCCAATCGCCGGCAAGAGTGCCGCCGGAATTTGAA 80
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 ATGGATGCTTCGGTGGTGAGATTTTCCCAATCGCCGGCAAGAGTGCCACCGGAATTTGAA 60
Query 81 CCAGATATGGAGAAGATTAAACGGAGGCTGCTCAAGTACGGTGTTGATCCCACCCCCAAA 140
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 61 CCAGATATGGAGAAGATTAAACGGAGGCTGCTCAAGTACGGTGTTGATCCAACCCCCAAA 120
Query 141 ATCCTGAACAATCTCCGAAAGAAAGAAATTCAAAAACACAACCGTAGAACCAAGCGCGAA 200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 ATCCTGAACAATCTCCGAAAGAAAGAAATTCAAAAACACAACCGTAGAACCAAGCGCGAA 180
Query 201 ACCGAGTCAGAGGCGGAGGTGTATACGGAGGCGCAGAAGCAGTCTATGGAGGAAGAAGCT 260
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||
Sbjct 181 ACCGAGTCCGAGGCGGAGGTGTATACGGAGGCGCAGAAACAATCAATGGAGGAAGAAGCT 240
Query 261 CGTTTCCAAACCCTAAGACGGGAATACAAGCAATTCACGAGGTCAATTTCTGGAAAAAGT 320
||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CGTTTTCAAACCCTTAGACGGGAATACAAGCAATTCACGAGGTCAATTTCTGGAAAAAGG 300
Query 321 GGCGGCGATGTTGGTTTGATGGTGGGGAATCCATGGGAAGGAATCGAGAGAGTGAAGCTG 380
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GGCGGCGATGTTGGTTTGATGGTTGGGAATCCATGGGAAGGAATCGAGAGAGTGAAGCTG 360
Query 381 AAGGAGCTCGTTAGTGGTG-TCAGGAGAGAAGAAGTTAGTGGTGGTGAATTGAAGAAAGA 439
||||||||||||||||| | || |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 361 AAGGAGCTCGTTAGTGGCGTTC-GGAGAGAAGAGGTTAGTGCTGGTGAATTGAAGAAAGA 419
Query 440 GAATCTAAAAGAGCTGAAGAAGATACTTGAGAAGGATCTTCGCTGGGTTCTAGAAGACGA 499
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 420 GAATCTAAAAGAGTTGAAGAAGATACTTGAGAAGGATCTTCGTTGGGTTCTAGACGACGA 479
Query 500 CGTTGATGTGGAAGAGTATGATATGGACAAAGAATTTGATCCTGCGAGACGGTGGCGTAA 559
||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 480 CGTTGATGTGGAAGAATTTGATTTGGACAAAGAATTTGATCCTGCGAAACGGTGGCGTAA 539
Query 560 CGAAGGAGAAGCAGTCAGAGTTCTCGTTGACAGATTGAGTGGTAGAGAAATCACTGAGAA 619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 540 CGAAGGAGAAGCAGTCAGAGTTCTCGTTGACAGATTGAGTGGTAGAGAAATCAATGAGAA 599
Query 620 GCATTGGAAGTTTGTGAGGATGATGAATCAATCAGGGCTTCAGTTCACTGAAGATCAGAT 679
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GCATTGGAAGTTTGTGAGAATGATGAATCAATCAGGGCTTCAGTTCACTGAAGATCAGAT 659
Query 680 GCTTAAGATTGTTGATCGATTGGGACGTAAAAACAGCTGGAAACAAGCTTCAGCTGTTGT 739
||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 GCTTAAGATCGTTGATCGATTGGGACGTAAACAGAGCTGGAAACAAGCTTCAGCTGTTGT 719
Query 740 TCATTGGGTGTATTCTGATAAGAAGCGTAAACA-CAATAGGAGCAGATTTGTTTACACCA 798
||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TCATTGGGTGTATTCTGATAAAAAGCGTAAACATC-TTAGGAGCAGATTTGTTTACACCA 778
Query 799 AGCTTTTGTCCGTTCTTGGGTTTGCGAGGAGGCCTCAGGAAGCTCTTCAGATATTCAATC 858
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 AGCTTTTGTCCGTTCTTGGGTTTGCGAGGAGGCCACAGGAAGCTCTTCAGATATTCAATC 838
Query 859 AGATGCTTGGTGATCGCCAGTTGTATCCTGATATGGCGGCGTACCACAGTATTGCTGTAA 918
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 839 AGATGCTTGGTGATCGCCAGTTATATCCTGATATGGCGGCGTACCACTGTATTGCTGTAA 898
Query 919 CACTTGGACAAGCGGGCTTATTGAAGGAGTTGCTTAAAGTAATCGAGCGTATGAGGCAGA 978
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 CACTTGGGCAAGCGGGTTTATTGAAGGAGTTGCTTAAAGTAATCGAGCGTATGAGGCAGA 958
Query 979 AACCGACTAAACTAATTAAGAATTTGCGGCAAAAGAACTGGGATCCTGTGCTTGAACCCG 1038
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 959 AACCGACTAAACTAACTAAGAATTTGCGGCAAAAGAACTGGGATCCTGTGCTTGAACCTG 1018
Query 1039 ACTTGGTTGTATACAATGCTATTCTTAACGCTTGTGTTCCAACACTCCAATGGAAGGCTG 1098
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 ACTTGGTTGTATACAACGCTATTCTTAACGCTTGTGTTCCAACACTCCAATGGAAGGCTG 1078
Query 1099 TTTCATGGGTATTTGTAGAGTTAAGAAAAAATGGTTTGAGGCCTAATGGAGCTACATATG 1158
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 TTTCATGGGTATTTGTAGAGTTAAGAAAAAATGGTTTGAGGCCTAATGGAGCTACATATG 1138
Query 1159 GGCTTGCGATGGAGGTTATGCTGGAGTCAGAGAAGTATGATCGTGTTCACGAtttttttA 1218
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 GGCTTGCGATGGAGGTTATGCTGGAGTCAGGGAAGTTTGATCGTGTTCACGATTTTTTTA 1198
Query 1219 GGAAGATGAAAAGCAGTGGCGAAGCTCCAAAAGCAATTACATACAAGGTTCTTGTCCGAG 1278
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 GGAAGATGAAAAGCAGTGGCGAAGCTCCAAAAGCAATCACATACAAGGTTCTTGTCCGAG 1258
Query 1279 CTCTTTGGAGAGAAGGCAAAATCGAGGAAGCTGTTGAAGCAGTCAGAGATATGGAACAAA 1338
|||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 CTCTCTGGAGAGAAGGCAAGATCGAAGAAGCTGTTGAAGCAGTCAGAGATATGGAACAAA 1318
Query 1339 AGGGAGTTATAGGAACGGGTTCAGTTTACTATGAATTGGCATGCTGTCTGTGCAACAACG 1398
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 AGGGAGTTATAGGAACGGGTTCAGTTTACTATGAATTGGCATGCTGTCTGTGCAACAACG 1378
Query 1399 GGCGTTGGCGCGATGCAATGCTTGAAGTGGGGAGGATGAAAAGACTTGAAAATTGCAGGC 1458
|||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 GGCGTTGGTGCGATGCAATGCTCGAAGTGGGGAGGATGAAAAGACTTGAAAATTGCAGGC 1438
Query 1459 CGCTTGAGATTACCTTCACAGGACTCATAGCGGCTTCATTGAACGGTGGTCATGTTGATG 1518
|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 CGCTCGAGATTACCTTCACAGGACTCATAGCCGCTTCATTGAACGGTGGTCATGTTGATG 1498
Query 1519 ATTGCATGGCTATATTCCAATATATGAAAGATAAATGCGACCCGAATATAGGAACTGCGA 1578
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 1499 ATTGCATGGCTATATTCCAATATATGAAAGATAAATGTGATCCGAATATAGGAACTGCGA 1558
Query 1579 ACATGATGCTTAGAGTTTACGGAAGGAATGATATGTTTTCGGAAGCTAAAGAATTGTTTG 1638
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1559 ACATGATGCTTAAAGTTTACGGAAGGAATGATATGTTTTCAGAAGCTAAAGAATTGTTTG 1618
Query 1639 AAGAGATTGTCAGCAGAAAAGAGACTCATCTAGTTCCAAACGAGTATACATACAACTTCA 1698
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1619 AAGAGATTGTCAGCAGAAAAGAGACTCATTTAGTTCCAAACGAGTATACATACAGCTTCA 1678
Query 1699 TGCTTGAAGCTTCAGCTAGATCACTGCAATGGGAATACTTTGAGCATGTTTATCAGACGA 1758
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||
Sbjct 1679 TGCTTGAAGCTTCAGCTAGATCACTGCAATGGGAATACTTTGAACATGTGTATCAAACGA 1738
Query 1759 TGATTCTTTCTGGTTACCAAATGGATCAAACAAAACATGCATCAATGCTTATAGAAGCAT 1818
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1739 TGGTTCTTTCTGGTTACCAAATGGATCAAACAAAACATGCATCAATGCTGATAGAAGCAT 1798
Query 1819 CCAGAGCCGGGAAG 1832
| ||||||||||||
Sbjct 1799 CAAGAGCCGGGAAG 1812
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 94377024600
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5