BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg951497
Length=1645
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G67250.1 | Symbols: SKIP2, VFB4 | SKP1/ASK1-interacting prot... 2499 0.0
> AT5G67250.1 | Symbols: SKIP2, VFB4 | SKP1/ASK1-interacting protein
2 | chr5:26831373-26833333 REVERSE LENGTH=1961
Length=1961
Score = 2499 bits (1353), Expect = 0.0
Identities = 1559/1654 (94%), Gaps = 32/1654 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 3 CGAAACCATTCGG-TGGTGATGGGCCAAGCGCCGTCGTCTACGGCGGAATCGAACGGACG 61
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 55 CGAAACCATTCGGTTGGTGATGGGCCAAGCGCCGTCGTCTACGGCGGAATCGAACGGACG 114
Query 62 AGAGATT-GATTTGAGGTTATGGTCTCCGGTGATTGTTGCTGGAGGAGAATGGATGGCTT 120
|||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
Sbjct 115 AGAG-TTAGATTTGAGGTTATGGTCTCCGGTGATTGTTGCTGGAGGTGAATCGATGGCTG 173
Query 121 TGGGAAATGTCGTGGCGGTTAGAGATCGGGATTTCACCGGAGATCTACCGGATGAGTGTT 180
|||| ||||| | | | | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 174 TGGGGAATGT--T----G-T-G-GATCGGGATTTCACCGGAGATCTGCCGGATGAGTGTT 224
Query 181 TAGCTCATGTGTTTCAGTTTCTTGGAGCTGGAGATCGGAAGCGATGCTCTCTTGTTTGTA 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 225 TAGCTCATGTGTTTCAGTTTCTTGGAGCTGGAGATCGGAAGCGATGCTCTCTTGTTTGTA 284
Query 241 AACGGTGGTTGTTCGTTGACGGTCAGAATCGTCATCGGTTATCTCTTGATGCTAAGGATG 300
||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 285 AACGGTGGTTGCTCGTCGACGGTCAGAGTCGTCATCGGTTATCTCTAGATGCTAAGGATG 344
Query 301 AGATCTTCC-CTTTCCTGACTTCTATGTTCAATCGATTCGATTCGGTGACTAAGCTTGCT 359
||||| ||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 345 AGATC-TCCTCTTTCCTTACCTCTATGTTCAATCGATTCGATTCGGTGACGAAGCTTGCT 403
Query 360 CTCCGATGTGATCGGAAGTCTGTTAGCTTGAGCGATGAAGCTTTGGCTATGATCTCTGTT 419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 404 CTCCGATGTGATCGGAAGTCTGTTAGCTTGAGCGATGAAGCTTTGGCTATGATCTCTGTT 463
Query 420 CGTTGTTTGAATCTGACTCGTGTTAAGCTTCGTGGTTGTCGCGAGATTACGGATCTGGGA 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 464 CGTTGTTTGAATCTGACTCGTGTTAAGCTTCGTGGTTGTCGCGAGATTACGGATCTGGGA 523
Query 480 ATGGAAGAGTTTGCTAGGAATTGTAAAAATCTAAAGAAGCTATCTGTTGGATCTTGCAAT 539
|||||||| || |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 524 ATGGAAGACTTCGCTAAGAATTGTAAAAATCTTAAGAAGCTATCTGTTGGATCTTGCAAT 583
Query 540 TTTGGAGCTAAAGGCGTGAACGCGATGCTCGAACATTGTAAGCTTCTGGAGGAATTGTCG 599
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 584 TTCGGAGCTAAAGGCGTGAACGCGATGCTCGAACATTGTAAGCTTCTGGAGGAATTGTCG 643
Query 600 GTGAAGCGACTTCGAGGAATTCATGAAGCAGCCGAGTTGATTCACCTGCCTGCTG--G-T 656
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| || | |
Sbjct 644 GTGAAGCGACTTCGAGGAATTCATGAAGCAGCTGAGTTGATTCACCTACCTGATGATGCT 703
Query 657 TCATCTTCTTCGCTCAGGTCGATTTGCTTGAAGGAGCTCGTTAATGGCCAGGTATTTGAA 716
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 704 TCATCTTCTTCGCTCAGGTCTATTTGCTTGAAGGAGCTCGTTAATGGCCAGGTATTTGAA 763
Query 717 CCATTGGTTGCTACTACAAGAACACTGAAAACACTTAAAATCATTCGTTGTTTGGGTGAT 776
|| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 764 CCGTTGCTTGCTACTACAAGAACACTGAAAACACTGAAAATCATTCGTTGTTTGGGTGAT 823
Query 777 TGGGATAGAGTTCTTCAGATGATTGGAGATGGTAAGAGTTCTTTAAGTGAAATTCACCTA 836
||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 824 TGGGATAAAGTTCTTCAGATGATTGCAAATGGTAAGAGTTCTTTAAGTGAAATTCACTTA 883
Query 837 GAGAGGCTCCAAGTGAGTGACATTGGGCTATCTGCGATATCTAAATGCTCAAATGTAGAG 896
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 884 GAGAGGCTCCAAGTTAGTGACATTGGGCTATCTGCGATATCTAAATGCTCAAATGTTGAG 943
Query 897 ACATTGCATATAGTGAAAACTCCAGAATGCTCAAACTATGGTCTGATTAATGTAGCTGAG 956
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 944 ACATTGCATATAGTGAAAACTCCAGAATGTTCAAACTTTGGTCTGATTTATGTAGCTGAG 1003
Query 957 AGATGTAAGCTGCTGAGGAAACTTCATATTGATGGTTGGAGGACTAATAGGATTGGTGAT 1016
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1004 AGATGTAAGCTGCTGAGGAAGCTTCATATTGATGGTTGGAGGACTAATAGGATAGGTGAT 1063
Query 1017 GAGGGTCT-CATGTCTGTAGCTAAACACTGCTTAAACTTACAAGAACTTGTGCTGATTGG 1075
|| ||| | | | |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1064 GAAGGTTTACTT-TCTGTAGCCAAACACTGTTTAAACTTGCAAGAACTTGTGCTGATTGG 1122
Query 1076 TGTTAATGCAACACATATGAGTTTAGCAGCCATTGCTTCAAACTGTGAGAAGCTTGAACG 1135
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1123 TGTTAATGCAACACATATGAGTTTAGCAGCCATTGCTTCAAACTGTGAGAAACTCGAACG 1182
Query 1136 ATTAGCACTTTGTGGAAGTGGAACAATAGGCGATACAGAGATCGCTTGCATCGCTAGGAA 1195
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1183 GTTAGCACTTTGCGGAAGTGGAACAATAGGCGATACAGAGATTGCTTGCATCGCTAGGAA 1242
Query 1196 ATGTGGAGCATTGAGGAAATTCTGTATCAAAGGATGTCCTGTTTCGGATCGAGGGATTGA 1255
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1243 ATGTGGAGCATTGAGGAAATTCTGTATTAAAGGATGTCCTGTTTCGGATCGAGGGATTGA 1302
Query 1256 GGCGCTCGCTGTGGGTTGTCCTAATCTGGTGAAATTGAAGGTGAAGAAATGTAAAGTGGT 1315
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1303 GGCGCTCGCTGTTGGTTGTCCTAATCTGGTTAAATTGAAGGTGAAGAAATGTAAAGTTGT 1362
Query 1316 AACTGGAGAGATTGGAGATTGGCTGCGTGAACAAAGGAGGACACTTGTGGTGAGTATGGA 1375
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1363 GACTGGAGAGATTGGAGATTGGCTGCGTGAACAAAGGAGGACACTAGTGGTGAGTATGGA 1422
Query 1376 TAGTGATGAAACCGAAGCGGTGGTGGTGGTGGATGGTGAGGTTGAAACCGTTGTCGAGGA 1435
| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1423 TGGTGATGAAACCGAAGCAGTGGTGGTGGTGGATGGTGAGGTTGAAACCGTTGTGGAGGA 1482
Query 1436 GCCGAGGGTGGTTCAAGCAGGTGGAATTGTGGCAGAGATTGGTTCAGGTAATAGTGGTGG 1495
||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | | |||
Sbjct 1483 GCCAAGGGTGGCTCAAGCAGGTGGAATTGTGGCAGAGATTGGTTCAAGTAAT-G-G-TGG 1539
Query 1496 CAACAATGGAGGAAGTAGATTAGCAACGATTAGGTCAAAGTTAGGGTTTCTTGCTGGAAG 1555
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1540 ------TGGAGGAAGTAGATTAGCGATGATTAGGTCAAAGTTAGGGTTTCTTGCTGGAAG 1593
Query 1556 AAACTTGGTAACTTGCACATTCAGAAGATGGTCTCATAATGATAATGCTAGTAGTTCTAC 1615
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1594 AAACTTGGTAACTTGCACATTCAGAAGATGGTCTCACAATGATAATGCTAGTAGTTCTAC 1653
Query 1616 T-GA---GCTATAACTATAAAAACGGTAATTGTC 1645
| || ||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 1654 TTGATCAGCTATAACTATGAAAGCGGTAATTGTC 1687
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 81274682355
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5