BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg952678
Length=2043
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
ATCG01040.1 | Symbols: YCF5 | Cytochrome C assembly protein | c... 1768 0.0
ATCG01050.1 | Symbols: NDHD | NADH-Ubiquinone/plastoquinone (co... 1491 0.0
> ATCG01040.1 | Symbols: YCF5 | Cytochrome C assembly protein |
chrC:114461-115447 FORWARD LENGTH=987
Length=987
Score = 1768 bits (957), Expect = 0.0
Identities = 977/987 (99%), Gaps = 0/987 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 21 atgattttttcaattttAGAGCATATATTAACTCATATATCTTTTTCGGTCGTTTCAATT 80
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Sbjct 1 ATGATTTTTTCAATTTTAGAGCATATATTAACTCATATATCTTTTTCGGTCGTTTCAATT 60
Query 81 GTACTGACAATTTATTTTGTAACTTTATTAGTTAATTTAGATGAAATCATAGGATTTTTT 140
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Sbjct 61 GTGCTGACAATTTATTTTTTAACTTTATTAGTTAATTTAGATGAAATCATAGGATTTTTT 120
Query 141 GATTCATCAGATAAAGGAATCATAATTACGTTTTTTGGTATAACAGGATTATTATTCACT 200
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Sbjct 121 GATTCATCAGATAAAGGAATCATAATTACGTTTTTTGGTATAACAGGATTATTATTAACT 180
Query 201 CGTTGGATTTATTCAGGACATTTTCCATTAAGTAATTTATATGAATCATTAATTTTTCTT 260
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Sbjct 181 CGTTGGATTTATTCAGGACATTTTCCATTAAGTAATTTATATGAATCATTAATTTTTCTT 240
Query 261 TCGTGGGCTTTTTCAATTATTCATATGGTTTCCTATTTTAATAAAAAACAACAAAATAAC 320
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Sbjct 241 TCGTGGGCTTTTTCAATTATTCATATGGTTTCCTATTTTAATAAAAAACAACAAAATAAG 300
Query 321 TTAAACGCAATAACTGCGCCAAGTGTTATTTTTATTCAGGGTTTTGCTACTTCAGGTCTT 380
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Sbjct 301 TTAAACACAATAACTGCGCCAAGTGTTATTTTTATTCAGGGTTTTGCTACTTCAGGTCTT 360
Query 381 TTAAACAAAATGCCTCAGTCTGCAATATTAGTACCAGCTCTCCAGTCCCAGTGGTTAATG 440
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Sbjct 361 TTAAACAAAATGCCTCAGTCTGCAATATTAGTACCAGCTCTCCAGTCCCAGTGGTTAATG 420
Query 441 ATGCACGTAAGTATGATGATATTAGGCTATGGCGCTCTGTTATGCGGATCATTATTATCA 500
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Sbjct 421 ATGCACGTAAGTATGATGATATTAGGCTATGGCGCTCTGTTATGCGGATCATTATTATCA 480
Query 501 ATAGCTCTTCTAGTGATTACATTTCGCAAAGTTGGACCTACTTTTTGGaaaaagaaaaaa 560
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Sbjct 481 ATAGCTCTTCTAGTGATTACATTTCGCAAAGTCGGACCTACTTTTTGGAAAAAGAATATA 540
Query 561 aaaaaaaaTTTTTTATTAAATGAATTATTTTCTTTTGATGTACTTTACTACATAAATGAA 620
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Sbjct 541 AAAAAAAATTTTTTATTAAATGAATTATTTTCTTTTGATGTACTTTACTACATAAATGAA 600
Query 621 AGAAATTCTATTTTACTACAACAAAACATTAATTTTAGTTTTTCTAGAAATTATTATAGG 680
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Sbjct 601 AGAAATTCTATTTTACTACAACAAAACATTAATTTTAGTTTTTCTAGAAATTATTATAGG 660
Query 681 TATCAACTGATTCAACAATTAGATTTTTGGAGTTTTCGTATTATTAGTCTTGGATTTATC 740
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Sbjct 661 TATCAACTGATTCAACAATTAGATTTTTGGAGTTTTCGTATTATTAGTCTTGGATTTATC 720
Query 741 TTTTTAACCGTCGGCATTCTTTCAGGAGCTGTCTGGGCTAATGAGACATGGGGTTCATAT 800
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Sbjct 721 TTTTTAACCGTCGGCATTCTTTCAGGAGCTGTCTGGGCTAATGAGACATGGGGTTCATAT 780
Query 801 TGGAACTGGGACCCAAAAGAAACTTGGGCATTTATTACTTGGACTATATTCGCAATTTAT 860
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Sbjct 781 TGGAACTGGGACCCAAAAGAAACTTGGGCATTTATTACTTGGACTATATTCGCAATTTAT 840
Query 861 TTACATATTAAAACAAATAGGAATGTTAGGGGTATAAATTCTGCAATTGTGGCTTCGATC 920
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Sbjct 841 TTACATATTAAAACAAATAGGAATGTTAGGGGTATAAATTCTGCAATTGTGGCTTTGATC 900
Query 921 GGTTTTCTTTTAATTTGGATATGCTATTTTGGCGTCAATCTTTTAGGAATAGGTTTACAT 980
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Sbjct 901 GGTTTTATTTTAATTTGGATATGCTATTTTGGCGTCAATCTTTTAGGAATAGGTTTACAT 960
Query 981 AGTTATGGTTCATTTACATCGAATTAA 1007
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Sbjct 961 AGTTATGGTTCATTTACATCGAATTAA 987
> ATCG01050.1 | Symbols: NDHD | NADH-Ubiquinone/plastoquinone (complex
I) protein | chrC:115665-117185 REVERSE LENGTH=1521
Length=1521
Score = 1491 bits (807), Expect = 0.0
Identities = 826/835 (99%), Gaps = 2/835 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 1211 CTATCCATAAAAATAATTAGATAAAATGGATTCGACCTTGTCACTTGCTAATGAGAGCAC 1270
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Sbjct 1521 CTATCCATAAAAATAATTAGATAAAATGGATTCGACCTTGTCACTTGCTAATGAGAGCAC 1462
Query 1271 AAAATCAGGATAAATCCCAATACCAATTATGGGTAGAAGAATAGAGATTGAAAGAAATAA 1330
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Sbjct 1461 AAAATCAGGATAAATCCCAATACCAATTATGGGTAAAAGAATAGAGATTGAAAGAAATAA 1402
Query 1331 CTCTCGGGGTCCAGAATCaaaaaaaGAAAAGTTTTTGACATTAATTAACTTGTATCCATA 1390
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Sbjct 1401 CTCTCGGGGTCCAGAATCAAAAAAAGAAAAGTTTTTGATATTAATTAACTTGTATCCATA 1342
Query 1391 GAACATTTGGCGTGACATAGATAATAAATATATAGGAGTTAATATCATTCCAATTGCCAT 1450
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Sbjct 1341 GAACATTTGGCGTAACATAGATAATAAATATATAGGAGTTAATATCATTCCAATTGCCAT 1282
Query 1451 TACAAAAATAATGAAAATTTTGGAAATTAAGAAATATTTTTGGCTGGTAATTATTCCaaa 1510
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Sbjct 1281 TACAAAAATAATGAAAATTTTGGAAATTAAGAAATATTTTTGGCTGGTAATTATTCCAAA 1222
Query 1511 aaaaaCAATTAATTCTGCAATAAAACCACTCATGCCCGGCAATGCAAGGGAAGCCATCGA 1570
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Sbjct 1221 AAAAACAATGAATTCTGCAATAAAACCACTCATGCCCGGCAATGCAAGGGAAGCCATCGA 1162
Query 1571 TAAAATAGTGAACATTGTAAATATTTTTGGAATGGAGATAGCCATTCCACCCATTTCATC 1630
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Sbjct 1161 TAAAATAGTGAACATTGTAAATATTTTTGGAATGGAGATAGCCATTCCACCCATTTCATC 1102
Query 1631 AAGATAAACAAGCCTAATTCTATCATAACTCGTTCCTGCCAAGaaaaaaaGTGCAGCGCC 1690
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Sbjct 1101 AAGATAAACAAGCCTAATTCTATCATAACTCGTTCCTGCCAAGAAAAAAAGTGCAGCGCC 1042
Query 1691 TATAAATCCATGAGAAATTATTTGTAAAATAGCTCCATTAAGTCCAGGATCCG--ATAGA 1748
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Sbjct 1041 AATAAATCCATGAGAAATTATTTGTAAAATAGCTCCATTAAGTCCAGGATCCGTTATAGA 982
Query 1749 ACTAATACCTATAATTATAAAACCCATATGAGATACAGAAGAATAGGCTATTCTCTTTTT 1808
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Sbjct 981 ACTAATACCTATAATTATAAAACCCATATGAGATACAGAAGAATAGGCTATTCTCTTTTT 922
Query 1809 TAAATTACGTTGACCGGGAGATGTTGAAGCTGCATAAATTATTTGGATTGTACCGACTAC 1868
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Sbjct 921 TAAATTACGTTGACCGGGAGATGTTGAAGCTGCATAAATTATTTGGATTGTACCGACTAC 862
Query 1869 CATCAACCAAGGAGAAAACATAGAATGAGCGTGGGGTAATAATTCCATATTGATTCGAAC 1928
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Sbjct 861 CAACAACCAAGGAGAAAACATAGAATGAGCGTGGGGTAATAATTCCATATTGATTCGAAC 802
Query 1929 CAACCCATATGCTCCCATTTTTAATAAGATTCCAGCGAGAAGCATACAGGTACTGTAATG 1988
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Sbjct 801 CAACCCATAGGCTCCCATTTTTAATAAGATTCCAGCGAGAAGCATACAGGTACTGTAATG 742
Query 1989 TGCCTCACCGTGGGTGTCAGGTAACCAAGTATGTAAAGGTATAATCGGTGATTTG 2043
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Sbjct 741 TGCCTCACCGTGGGTGTCAGGTAACCAAGTATGTAAAGGTATAATCGGTGATTTG 687
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 101254499265
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5