BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg952683
Length=1647
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
ATCG01110.1 | Symbols: NDHH | NAD(P)H dehydrogenase subunit H |... 2145 0.0
ATCG01100.1 | Symbols: NDHA | NADH dehydrogenase family protein... 752 0.0
> ATCG01110.1 | Symbols: NDHH | NAD(P)H dehydrogenase subunit H
| chrC:122011-123192 REVERSE LENGTH=1182
Length=1182
Score = 2145 bits (1161), Expect = 0.0
Identities = 1175/1182 (99%), Gaps = 0/1182 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 52 ATGAAGAGACCAGTTACAGGAAAAGATCTTATGATAGTCAATATGGGACCTCACCACCCA 111
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Sbjct 1 ATGAAGAGACCAGTTACAGGAAAAGATCTTATGATAGTCAATATGGGACCTCACCACCCA 60
Query 112 TCCATGCATGGTGTTCTTCGCTTAATTGTTACTCTAGATGGTGAGGATGTTGTTGACTGT 171
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Sbjct 61 TCCATGCATGGTGTTCTTCGCTTAATTGTTACTCTAGATGGTGAGGATGTTGTTGACTGT 120
Query 172 GAACCCATATTAGGTTATTTACACAGAGGAATGGAAAAAATTGCAGAAAACCGAGCAATT 231
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Sbjct 121 GAACCCATATTAGGTTATTTACACAGAGGAATGGAAAAAATTGCAGAAAACCGAGCAATT 180
Query 232 ATACAATATTTACCTTATGTAACGCGATGGGATTATTTAGCTACTATGTTTACAGAAGCA 291
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Sbjct 181 ATACAATATTTACCGTATGTAACGCGATGGGATTATTTAGCTACTATGTTTACAGAAGCA 240
Query 292 ATAACAGTAAATGGACCAGAACAATTGGGAAATATTCAAGTTCCTAAAAGGGCCAGCTAT 351
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Sbjct 241 ATAACAGTAAATGGACCAGAACAATTGGGAAATATTCAAGTTCCTAAAAGGGCCAGCTAT 300
Query 352 ATCAGAGTAATTATGCTGGAATTGAGTCGTATAGCTTCTCATCTGTTATGGCTCGGCCCT 411
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Sbjct 301 ATCAGAGTAATTATGCTGGAATTGAGTCGTATAGCTTCTCATCTGTTATGGCTCGGCCCT 360
Query 412 TTTATGGCAGATATTGGTGCACAGACTCCCTTTTTCTATATTTTCAGAGAACGAGAATTT 471
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Sbjct 361 TTTATGGCAGATATTGGTGCACAGACTCCCTTTTTCTATATTTTCAGAGAACGAGAATTT 420
Query 472 GTATATGATCTATTCGAAGCTGCCACCGGTATGAGAATGATGCATAAtttttttCGTATT 531
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Sbjct 421 GTATATGATCTATTCGAAGCTGCCACCGGTATGAGAATGATGCATAATTTTTTTCGTATT 480
Query 532 GGAGGAATAGCGGCTGATTTACCTTATGGTTGGATAGATAAATGCTTGGATTTTTGTGAT 591
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Sbjct 481 GGAGGAATAGCGGCTGATTTACCTTATGGTTGGATAGATAAATGCTTGGATTTTTGTGAT 540
Query 592 TATTTTTTAACAGAGGTTGTTGAATATCAAAAACTCATTACACGAAATCCTAtttttttA 651
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Sbjct 541 TATTTTTTAACAGAGGTTGTTGAATATCAAAAACTCATTACACGAAATCCTATTTTTTTA 600
Query 652 GAACGGGTTGAAGGAATTGGGATTATTGGTGGGGAAGAAGCAATAAATTGGGGTTTATCC 711
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Sbjct 601 GAACGGGTTGAAGGAGTTGGGATTATTGGTGGGGAAGAAGCAATAAATTGGGGTTTATCC 660
Query 712 GGACCAATGCTACGCGCATCCGGAATACCATGGGATCTTCGTAAAGTTGATCGTTATGAG 771
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Sbjct 661 GGACCAATGCTACGCGCATCCGGAATACCATGGGATCTTCGTAAAATTGATCGTTATGAG 720
Query 772 TCTTACGATGAATTTGAATGGGAAATTCAGTGGCAAAAACAAGGAGATTCATTAGCTCGT 831
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Sbjct 721 TCTTACGATGAATTTGAATGGGAAATTCAATGGCAAAAACAAGGAGATTCATTAGCTCGT 780
Query 832 TATTTAGTACGACTTAGCGAAATGACAGAATCCATAAAAATTATTCAACAGGCTCTGGAA 891
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Sbjct 781 TATTTAGTACGACTTAGCGAAATGACAGAATCCATAAAAATTATTCAACAGGCTCTGGAA 840
Query 892 GGACTTCCAGGGGGTCCCTATGAGAATTTAGAAAGCAGGGGCTTTGATAGAAAAAGGAAT 951
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Sbjct 841 GGACTTCCAGGGGGTCCCTATGAGAATTTAGAAAGCAGGGGCTTTGATAGAAAAAGGAAT 900
Query 952 CCAGAATGGAATGATTTTGAATATCGATTCATTAGTAAAAAACCTTCTCCTACTTTTGAA 1011
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Sbjct 901 CCAGAATGGAATGATTTTGAATATCGATTCATTAGTAAAAAACCTTCTCCTACTTTTGAA 960
Query 1012 TTATCGAAACAAGAACTTTATGTAAGAGTTGAAGCTCCCAAAGGGGAGTTGGGAATTTTT 1071
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Sbjct 961 TTATCAAAACAAGAACTTTATGTAAGAGTTGAAGCTCCAAAAGGGGAGTTGGGAATTTTT 1020
Query 1072 CTCATAGGAGATCAAAGCGGTTTTCCTTGGAGATGGAAAATCCGACCACCGGGTTTTATT 1131
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Sbjct 1021 CTCATAGGAGATCAAAGCGGTTTTCCTTGGAGATGGAAAATACGACCACCGGGTTTTATT 1080
Query 1132 AATTTGCAAATTCTTCCTGAACTAGTTAAAAGAATGAAATTGGCTGATATTATGACGATA 1191
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Sbjct 1081 AATTTGCAAATTCTTCCTGAACTAGTTAAAAGAATGAAATTGGCTGATATTATGACGATA 1140
Query 1192 CTCGGTAGCATAGATATAATTATGGGAGAAGTTGATCGTTAA 1233
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Sbjct 1141 CTCGGTAGCATAGATATAATTATGGGAGAAGTTGATCGTTAA 1182
> ATCG01100.1 | Symbols: NDHA | NADH dehydrogenase family protein
| chrC:119847-122009 REVERSE LENGTH=1083
Length=1083
Score = 752 bits (407), Expect = 0.0
Identities = 411/413 (99%), Gaps = 0/413 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1235 ATGATAATTTATGCAACAGCAGTCCAAACTATAAATTCTTTTGTTAAATTGGAATCTTTA 1294
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Sbjct 1 ATGATAATTTATGCAACAGCAGTCCAAACTATAAATTCTTTTGTTAAATTGGAATCTTTA 60
Query 1295 AAAGAGGTCTATGAACTCATATGGATATTTGTCCCTATATTTTCTCTTGTATTGGGAATC 1354
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Sbjct 61 AAAGAGGTCTATGGACTCATATGGATATTTGTCCCTATATTTTCTCTTGTATTGGGAATC 120
Query 1355 ATAACAGGTGTACTAGTAATTGTGTGGTTAGAAAGAGAAATATCTGCAGGGATACAACAA 1414
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Sbjct 121 ATAACAGGTGTACTAGTAATTGTGTGGTTAGAAAGAGAAATATCTGCAGGGATACAACAA 180
Query 1415 CGTATTGGACCTGAATACGCCGGCCCGTTGGGAATTCTTCAAGCTCTAGCCGACGGGACA 1474
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Sbjct 181 CGTATTGGACCTGAATACGCCGGCCCGTTGGGAATTCTTCAAGCTCTAGCCGATGGGACA 240
Query 1475 AAACTACTTTTCAAAGAAAATCTTCGTCCATCTAGAGGAAATACTCCTTTATTTAGTATT 1534
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Sbjct 241 AAACTACTTTTCAAAGAAAATCTTCGTCCATCTAGAGGAAATACTCCTTTATTTAGTATT 300
Query 1535 GGACCATCTATAGCAGTTATCTCTATTTTACTAAGTTATTCAGTAATTCCCTTTAGCAAT 1594
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Sbjct 301 GGACCATCTATAGCAGTTATCTCTATTTTACTAAGTTATTCAGTAATTCCCTTTAGCAAT 360
Query 1595 CACCTTGTTTTAGCGGATCTCAATATCGGTAtttttttATGGATTGCCATCTC 1647
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Sbjct 361 CACCTTGTTTTAGCGGATCTCAATATCGGTATTTTTTTATGGATTGCCATCTC 413
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 81375083445
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5