BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G01040.2
Length=5877
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg333551 jgi|Araly1|333551|fgenesh1_pg.C_scaffold_1000116 6115 0.0
> Ahg333551 jgi|Araly1|333551|fgenesh1_pg.C_scaffold_1000116
Length=5889
Score = 6115 bits (3311), Expect = 0.0
Identities = 3632/3784 (96%), Gaps = 34/3784 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 119 GAGCCTAGAGAAGCCACAATAAAGCCTTCTTATTGGCTAGATGCTTGCGAGGACATCTCT 178
|||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4 GAGCCTAGGGAAGACATAATAAAGCCTTCTTATTGGCTAGATGCTTGCGAGGACATCTCT 63
Query 179 TGTGATCTTATCGATGATCTCGTGTCTGAATTTGATCCTTCCTCTGTTGCTGTCAATGAA 238
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 64 TGTGATCTTATTGATGATCTCGTGTCTGATTTTGATCCTTCCTCTGTTGCTGTCAATGAA 123
Query 239 TCCACTGATGAAAACGGCGTCATCAATGATTTTTTCGGTGGGATTGATCACATTTTAGAT 298
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 124 TCCACTGATGACAACGGCGTCATCAATGATTTTTTCGGTGGGATTGATCACATTTTAGAT 183
Query 299 AGTATCAAGAACGGTGGAGGCTTACCAAACAATGGCGTTTCTGATACCAATTCTCAAATC 358
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |
Sbjct 184 AGTATCAAGAACGGTGGAGGCTTACCAAACAATGGCGTTTCTGAT----A----C----C 231
Query 359 AACGAGGTTACTGTAACTCCTCAGGTTATTGCTAAGGA-G--ACA------GTGAAGGAG 409
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||
Sbjct 232 AACGAGGTTAGTGTAACTCCTCAGGTTATTGCTAAGGAGGTTACAGTCTCGGTGAAGGAG 291
Query 410 AATGGGTTGCAAAAGAATGGCGGTAAGAGAGACGAATTCTCGAAAGAGGAAGGAGACAAG 469
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 292 AATGGGTTGCAAAAGAATGGCGGTAAGAGAGACGAATTGTCGAAAGAGGAAGGAGAGAAG 351
Query 470 GATAGGAAGAGAGCTAGGGTTTGTAGTTATCAGAGTGAAAGGAGTAACCTTTCAGGTAGA 529
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 352 GATAGGAAGAGAGCTAGGGTTTGTAGTTATCAGAGTGAAAGGAGTAACCTTTCAGGTAGA 411
Query 530 GGGCATGTTAATAATTCTAGGGAGGGAGATAGGTTTATGAATAGGAAACGTACTCGTAAT 589
|| || | | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 412 GGACA-GGT--TAATTCTAGGGAGAGAGATAGGTTTATGAATAGGAAACGCCCTCGTAAT 468
Query 590 TGGGACGAGGCGGGTAACAATAAGAAGAAAAGGGAATGTAACAATTACAGAAGAGATGGT 649
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 469 TGGGACGAGGCGGGTAACAAT---AAGAAAAGGGAATGTTACAATTACAGAAGAGATGGT 525
Query 650 AGAGATAGAGAAGTTAGGGGTTATTGGGAGAGGGATAAAGTTGGTTCCAATGAGTTGGTT 709
||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 526 AGAGATAGAGAAGGTAGGGGTTACTGGGAGAGGGATAAAGTTGGTTCCAATGAGTTGGTC 585
Query 710 TATAGGTCAGGGACTTGGGAAGCTGATCATGAAAGAGATGTTAAGAAAGTGAGTGGTGGA 769
||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 586 TATCGGTCAGGGACTTGGGAAGCTGATCACGAAAGAGATGTTAAGAAAGAGAGTGGTCGA 645
Query 770 AACCGCGAATGCGATGTCAAGGCAGAGGAGAACAAGAGTAAGCCTGAAGAACGTAAAGAG 829
|| |||||||| ||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 646 AATCGCGAATGTGATGTGAAGGTTGAGGAGAATAAGAGTAAGCCTGAAGAACGTAAAGAG 705
Query 830 AAGGTTGTGGAAGAGCAAGCAAGGCGATACCAGTTGGATGTTCTTGAACAAGCTAAAGCG 889
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 706 AAGGTTGTGGAAGAGCAAGCAAGGCGATACCAGTTGGATGTGCTTGAACAAGCTAAAGCG 765
Query 890 AAAAACACGATTGCTTTCCTTGAGACCGGTGCTGGAAAGACACTTATCGCGATTCTTCTT 949
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 766 AAAAACACGATTGCTTTCCTTGAGACCGGTGCTGGAAAGACACTTATCGCTATTCTTCTT 825
Query 950 ATTAAAAGTGTTCATAAGGATCTGATGAGCCAGAACAGAAAAATGCTCTCGGTGTTCTTG 1009
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 826 ATTAAAAGTGTTCATAAGGATTTGATGAGCCAGAACAGAAAAATGCTCTCGGTGTTCTTG 885
Query 1010 GTTCCCAAAGTGCCTTTGGTTTATCAGCAAGCAGAAGTGATCCGTAATCAAACTTGTTTT 1069
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 886 GTTCCTAAAGTGCCTTTGGTTTATCAGCAAGCAGAAGTGATCCGTAATCAAACTTGTTTT 945
Query 1070 CAAGTTGGACATTATTGTGGTGAGATGGGACAGGACTTTTGGGATTCTCGAAGGTGGCAA 1129
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||
Sbjct 946 CAAGTTGGGCATTACTGTGGTGAGATGGGACAGGACTTTTGGGATGCTCGAAGATGGCAA 1005
Query 1130 CGAGAGTTTGAGTCTAAGCAGGTTCTAGTTATGACAGCACAAATTCTGTTGAATATACTG 1189
|||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1006 CGAGAGTTTGAGTCTAAGCAGGTTTTAGTAATGACAGCACAAATTCTGTTGAATATACTG 1065
Query 1190 AGACACAGTATCATTAGAATGGAAACAATTGATCTTCTTATTCTCGACGAGTGTCACCAC 1249
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1066 AGACACAGTATCATTAGAATGGAAACAATTGATCTTCTTATTCTCGATGAATGTCACCAC 1125
Query 1250 GCTGTCAAGAAACATCCATACTCTTTAGTGATGTCAGAGTTTTACCATACAACTCCTAAA 1309
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1126 GCTGTCAAGAAACATCCATACTCTTTAGTGATGTCAGAGTTTTACCATACAACTCCTAAA 1185
Query 1310 GATAAAAGACCTGCCATCTTTGGAATGACTGCTTCGCCTGTTAATTTAAAGGGTGTTTCA 1369
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 1186 GATAAAAGACCTGCCATCTTTGGAATGACTGCTTCGCCCGTTAATCTAAAGGGTGTTTCA 1245
Query 1370 AGCCAAGTAGATTGTGCGATAAAGATACGTAACCTCGAGACCAAGTTGGATTCTACGGTT 1429
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1246 AGCCAAGTAGATTGTGCGATAAAAATACGCAACCTTGAGACCAAGTTGGATTCTACGGTT 1305
Query 1430 TGTACTATAAAAGATCGAAAAGAATTAGAGAAACATGTGCCTATGCCTTCAGAGATAGTC 1489
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1306 TGTACAATAAAAGATCGAAAAGAATTAGAGAAGCATGTGCCTATGCCTTCAGAGATAGTC 1365
Query 1490 GTCGAGTATGACAAAGCTGCTACTATGTGGTCTCTTCATGAGACAATAAAGCAAATGATT 1549
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1366 GTCGAGTATGACAAAGCTGCTACTATGTGGTCTCTTCATGAGACAATAAAGCAAATGATT 1425
Query 1550 GCAGCTGTTGAAGAAGCGGCACAAGCAAGTTCAAGGAAAAGCAAGTGGCAATTTATGGGG 1609
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1426 GTAGCTGTTGAAGAAGCGGCACAAGCAAGTTCAAGGAAAAGCAAGTGGCAATTTATGGGG 1485
Query 1610 GCTAGGGATGCTGGAGCAAAGGATGAATTGAGACAGGTTTATGGCGTCTCTGAAAGAACG 1669
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1486 GCTAGGGATGCTGGAGCAAAGGATGAACTGAGACAGGTTTATGGCGTCTCTGAAAGAACG 1545
Query 1670 GAGAGCGATGGTGCTGCCAATTTGATTCATAAACTTAGAGCTATCAATTATACTCTTGCT 1729
||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1546 GAGAGCGATGGAGCCGCCAATTTGATTCATAAACTTAGAGCTATTAATTATACTCTTGCT 1605
Query 1730 GAATTGGGTCAATGGTGTGCTTACAAGGTGGGACAATCATTCTTGTCTGCTTTGCAAAGT 1789
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||||
Sbjct 1606 GAATTGGGTCAATGGTGTGCTTACAAGGTGGGGCAATCGTTTTTGACTGCTTTGCAAAGT 1665
Query 1790 GATGAGAGGGTGAATTTCCAAGTCGACGTGAAGTTTCAAGAATCATACCTCAGTGAGGTG 1849
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1666 GATGAGAGGGTGAATTTCCAAGTCGACGTGAAGTTTCAAGAATCATACCTCAGTGAGGTG 1725
Query 1850 GTGTCACTCTTGCAATGTGAGCTTCTGGAAGGCGCTGCTGCTGAAAAAGTCGCGGCGGAA 1909
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1726 GTGTCACTATTGCAATGTGAACTTCTGGAAGGCGCTGCTGCTGAAAAGGTCGCAGCGGAA 1785
Query 1910 GTTGGCAAACCAGAAAATGGTAATGCACATGACGAGATGGAGGAGGGAGAGCTCCCTGAT 1969
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1786 TTTAGCAAACCAGAAAATGGTAATGCAAATGACGAGATGGAGGAGGGAGAGCTCCCTGAT 1845
Query 1970 GATCCTGTGGTCTCGGGAGGGGAGCACGTTGATGAAGTAATAGGCGCCGCAGTGGCTGAT 2029
|||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1846 GATCATGTGGTCTCGGGAGGGGAACACGTTGATGAAGTAATAGGTGCCGCAGTGGCTGAT 1905
Query 2030 GGGAAAGTTACTCCAAAAGTACAATCATTGATCAAACTACTCCTCAAATATCAGCACACA 2089
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1906 GGGAAAGTTACTCCAAAAGTTCAATCATTGATCAAACTACTCCTCAAGTATCAGCACACA 1965
Query 2090 GCTGATTTTCGAGCTATTGTTTTCGTTGAGAGGGTGGTTGCTGCTTTGGTTCTTCCTAAG 2149
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1966 TCTGATTTTCGAGCTATTGTTTTTGTTGAGAGGGTGGTTGCTGCTTTGGTTCTTCCTAAG 2025
Query 2150 GTTTTTGCGGAGCTGCCTTCGCTTAGTTTTATACGGTGTGCCAGCATGATTGGACACAAT 2209
|||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2026 GTTTTTGCAGAGCTGCCTTCGCTTGGTTTTATACGGTGTGCCAGCATGATTGGACACAAT 2085
Query 2210 AACAGCCAGGAGATGAAATCATCTCAAATGCAGGATACAATTTCCAAATTCCGAGATGGG 2269
||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2086 AACAGCCAGGAAATGAAATCTTCTCAAATGCAAGATACAATTTCCAAATTCCGAGATGGG 2145
Query 2270 CATGTGACACTG-TTAGTTGCCACAAGCGTTGCTGAGGAAGGACTTGATATTAGGCAATG 2328
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2146 CATGTGACACTGCTT-GTTGCCACAAGCGTTGCTGAGGAAGGACTTGATATTAGGCAATG 2204
Query 2329 TAACGTTGTTATGCGTTTCGACCTTGCAAAGACGGTGCTGGCATACATTCAGTCTCGTGG 2388
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2205 TAACGTTGTTATGCGCTTCGACCTTGCAAAGACGGTGCTGGCATATATTCAGTCTCGTGG 2264
Query 2389 CCGGGCAAGAAAGCCTGGATCAGACTACATACTCATGGTTGAGAGAGGAAATGTATCTCA 2448
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2265 TCGGGCAAGAAAGCCTGGATCAGACTACATACTCATGGTTGAGAGGGGAAATGTATCTCA 2324
Query 2449 CGCAGCGTTCCTAAGGAATGCTAGGAACAGTGAGGAGACACTTCGAAAAGAAGCAATAGA 2508
|||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 2325 CGCAGCGTTCCTTAGGAATGCTCGGAACAGTGAGGAGACGCTTCGAAAAGAAGCAATTGA 2384
Query 2509 AAGGACTGATCTTAGTCATCTCAAAGATACATCGAGATTAATCTCAATTGATGCTGTGCC 2568
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2385 AAGGACTGATCTTAGTCATCTCAAAGATACATCGAGATTAATCTCCATTGATGCTGTGCC 2444
Query 2569 TGGTACAGTTTATAAGGTGGAGGCAACTGGTGCCATGGTTAGCTTGAATTCCGCGGTTGG 2628
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2445 GGGTACAATTTATAAGGTGGAGGCAACTGGTGCCATGGTTAGCTTGAATTCGGCGGTTGG 2504
Query 2629 TCTTGTACATTTCTACTGCTCTCAGCTTCCTGGTGACAGGTATGCAATCCTTCGTCCTGA 2688
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2505 TCTTGTACATTTCTACTGCTCTCAGCTTCCCGGTGACAGGTATGCAATCCTTCGTCCTGA 2564
Query 2689 GTTTAGCATGGAGAAGCATGAAAAGCCTGGGGGCCACACGGAATATTCATGTAGGCTTCA 2748
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 2565 GTTTAGCATGGAGAAGCATGAAAAGCCTGGGGGCCACACAGAGTATTCATGTAGGCTTCA 2624
Query 2749 GCTTCCTTGCAATGCACCGTTTGAAATACTTGAGGGTCCTGTTTGCAGTTCAATGCGTCT 2808
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2625 GCTTCCTTGCAATGCACCTTTTGAAATACTCGAGGGTCCTGTTTGCAGTTCAATGCGTCT 2684
Query 2809 TGCACAACAGGCTGTATGTTTAGCTGCTTGCAAGAAACTGCATGAGATGGGTGCATTTAC 2868
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2685 TGCACAACAGGCTGTATGTCTAGCTGCTTGCAAGAAACTGCATGAGATGGGTGCATTTAC 2744
Query 2869 CGATATGCTATTACCGGACAAAGGAAGTGGTCAAGACGCTGAGAAGGCTGACCAAGATGA 2928
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2745 CGATATGCTATTACCGGACAAGGGAAGTGGTCAAGACGCTGAGAAGGTTGACCAAGATGA 2804
Query 2929 TGAAGGTGAGCCTGTTCCTGGAACTGCTAGACATAGAGAGTTCTATCCTGAAGGTGTGGC 2988
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2805 TGAAGGTGAGCCTGTTCCTGGAACTGCTAGACATAGAGAGTTCTATCCTGAAGGTGTGGC 2864
Query 2989 GGATGTACTTAAGGGAGAATGGGTTTC-ATCTGGAAAGGAAGTTTGTGAGAGCTCAAAGC 3047
||||||||| |||||||||| || ||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 2865 GGATGTACTGAAGGGAGAAT-GGATTCTATCTGGAAAGGAAATATGTGAGAGCTCAAAGC 2923
Query 3048 TATTCCATTTATACATGTATAATGTCAGATGTGTAGATTTTGGCTCTTCAAAAGATCCAT 3107
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2924 TATTCCATTTATACATGTATAGTGTCAGATGTGTAGATTTAGGCTCTTCAAAAGATCCAT 2983
Query 3108 TCCTAAGCGAAGTTTCAGAGTTCGCGATTCTTTTTGGCAATGAGCTGGATGCAGAGGTTG 3167
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 2984 TCCTAACCGAAGTTTCAGAGTTCGCGATTCTTTTTGGCAATGAGCTGGATGCAGA-G--G 3040
Query 3168 TATTATCGATGTCTATGGATCTTTATGTTGCTCGGGCCATGATCACTAAAGCATCTCTTG 3227
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3041 TATTATCGATGTCTATGGATCTTTATGTTGCTCGGGCCATGATCACTAAAGCATCTCTTG 3100
Query 3228 CTTTCAAGGGATCACTTGATATTACAGAAAACCAGCTATCATCTCTAAAAAAGTTTCATG 3287
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3101 CTTTCAAGGGATCACTTGATATTACAGAAAACCAGCTATCATCTCTAAAAAAGTTTCATG 3160
Query 3288 TGAGGTTAATGAGTATCGTGTTGGATGTTGATGTTGAACCCTCCACGACACCATGGGATC 3347
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3161 TGAGATTAATGAGTATCGTGTTGGATGTTGATGTTGAACCCTCCACGACACCATGGGATC 3220
Query 3348 CTGCAAAGGCCTACCTGTTTGTCCCTGTTACTGACAATACGTCTATGGAACCCATAAAAG 3407
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 3221 CTGCAAAGGCCTACTTGTTTGTCCCTGTTTCTGACAATACGTCAATTGAACCCATAAAAG 3280
Query 3408 GGATCAACTGGGAATTGGTTGAAAAGATTACGAAAACCACAGCGTGGGACAACCCTCTTC 3467
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3281 GGATCAACTGGGAATTGGTTGAAAAGATTACGAAAACCACTGCGTGGGACAACCCTCTTC 3340
Query 3468 AGAGAGCTCGTCCCGATGTATATCTCGGGACTAATGAGAGAACTCTTGGTGGGGACAGAA 3527
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3341 AGAGAGCTCGTCCCGATGTATATCTCGGGACTAATGAGAGAACTCTTGGTGGGGACAGAA 3400
Query 3528 GGGAATATGGGTTTGGTAAACTTCGTCACAACATTGTATTTGGGCAGAAATCTCACCCAA 3587
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3401 GGGAATATGGGTTTGGTAAACTTCGTCACAACATTGTCTTTGGGCAGAAATCTCACCCAA 3460
Query 3588 CTTATGGTATTAGAGGAGCTGTTGCATCCTTCGATGTTGTGAGAGCTTCTGGATTGTTAC 3647
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3461 CTTATGGTATTAGAGGAGCTGTTGCATCTTTCGATGTTGTGAGAGCTTCTGGATTGTTAC 3520
Query 3648 CTGTGAGAGATGCTTTTGAGAAGGAAGTAGAAGAGGATTTATCAAAAGGAAAATTGATGA 3707
|||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3521 CTGTAAGAGATGCGTTTGAGAAGGAAGTAGAAGAGGATCTATCAAAAGGAAAATTGATGA 3580
Query 3708 TGGCTGATGGGTGCATGGTTGCAGAAGATCTTATTGGGAAAATAGTGACAGCCGCACATT 3767
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3581 TGGCTGATGGGTGCATGGTTGCAGAAGATCTTGTTGGGAAAATAGTGACAGCCGCACATT 3640
Query 3768 CCGGGAAGCGGTTTTACGTAGATTCAATTTGTTATGACATGAGTGCAGAAACATCTTTCC 3827
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3641 CCGGGAAGCGGTTTTACGTAGATTCAATTTGTTATGATATGAGTGCAGAAACATCATTCC 3700
Query 3828 CTAGGAAAGAGGGATATCTTGGTCCCCTAGAGTACAACACGTACGCTGACTATTACAAGC 3887
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3701 CAAGGAAAGAGGGATATCTTGGTCCCCTAGAGTACAACACGTATGCTGACTATTACAAGC 3760
Query 3888 AAAA 3891
||||
Sbjct 3761 AAAA 3764
Score = 3099 bits (1678), Expect = 0.0
Identities = 1859/1948 (95%), Gaps = 6/1948 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3892 GTATGGAGTTGATTTGAACTGTAAGCAACAACCTTTGATTAAAGGACGTGGTGTTTCGTA 3951
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 3945 GTATGGAGTTGATTTGAACTGTAAGCAACAACCTTTGATCAAAGGACGGGGTGTTTCGTA 4004
Query 3952 TTGCAAGAACCTTCTTTCTCCTCGGTTTGAACAGTCAGGTGAATCTGAGACAGTCCTTGA 4011
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 4005 TTGCAAGAACCTTCTTTCTCCTCGGTTTGAACAGTCAGGTGAATCTGAGACAATCCTTGA 4064
Query 4012 TAAGACATATTACGTGTTTCTTCCACCTGAACTATGCGTTGTGCATCCGCTTTCGGGTTC 4071
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 4065 TAAAACATATTACGTGTTTCTTCCACCTGAACTATGCGTTGTCCATCCACTTTCGGGTTC 4124
Query 4072 ACTTATCCGAGGTGCTCAGAGGTTACCCTCTATAATGAGAAGAGTTGAGAGCATGTTACT 4131
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 4125 ACTTGTCCGAGGTGCTCAGAGGTTACCCTCTATAATGAGAAGAGTTGAGAGCACGTTGCT 4184
Query 4132 CGCTGTTCAACTCAAAAATTTGATTAGTTATCCTATTCCCACATCAAAGATTCTTGAAGC 4191
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 4185 CGCTGTTCAACTCAAAAATTTGATTAGTTATCCTATTCCCACATCTAAGATTCTGGAAGC 4244
Query 4192 CTTGACTGCCGCCTCGTGCCAGGAAACGTTCTGCTACGAGAGAGCTGAGCTTTTAGGAGA 4251
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4245 CTTGACTGCCGCCTCGTGCCAGGAAACGTTCTGCTACGAGAGAGCTGAGCTTTTAGGAGA 4304
Query 4252 TGCGTATCTAAAATGGGTTGTTAGTCGTTTTCTGTTTCTCAAGTATCCTCAAAAGCACGA 4311
||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 4305 TGCTTATCTAAAATGGGTTGTTAGTCGTTATCTGTTTCTGAAGTATCCGCAAAAGCACGA 4364
Query 4312 GGGTCAGCTTACAAGGATGAGGCAACAAATGGTTAGTAATATGGTTCTTTATCAGTTTGC 4371
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 4365 GGGTCAGCTTACAAGGATGAGACAACAAATGGTTAGTAACATGGTTCTTTATCAGTTTGC 4424
Query 4372 TCTGGTTAAAGGGCTTCAGTCATATATCCAGGCGGATCGATTCGCCCCGTCTAGGTGGTC 4431
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 4425 TCTGGTTAAAGGGCTTCAGTCATATATCCAGGCGGATCGTTTCGCCCCGTCTAGGTGGTC 4484
Query 4432 TGCTCCTGGTGTGCCTCCGGTTTTCGACGAGGACACAAAAGATGGAGGATCTTCGTTTTT 4491
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4485 TGCTCCTGGAGTGCCTCCGGTTTTCGACGAGGACACAAAAGATGGAGGATCTTCGTTTTT 4544
Query 4492 CGATGAAGAGCAAAAACCTGTTTCCGAGGAAAACAGCGATGTGTTTGAAGATGGGGAGAT 4551
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4545 CGATGAAGAGCAAAAACCTGTTTCCGAGGAAAACAGCGATGTGTTTGAAGATGGGGAGAT 4604
Query 4552 GGAGGATGGTGAACTAGAGGGTGATTTGAGTTCGTACCGAGTTTTATCTAGCAAAACGTT 4611
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4605 GGAAGATGGTGAACTAGAGGGTGATTTGAGTTCTTACCGAGTTTTATCTAGCAAAACGTT 4664
Query 4612 AGCTGATGTTGTTGAGGCTTTGATTGGTGTTTATTACGTCGAAGGGGGTAAGATTGCAGC 4671
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4665 AGCTGATGTTGTTGAAGCTTTGATTGGTGTTTATTACGTCGAAGGGGGTAAGATTGCAGC 4724
Query 4672 TAATCATTTGATGAAATGGATTGGGATTCACGTGGAGGATGATCCTGATGAAGTCGATGG 4731
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4725 AAATCATTTGATGAAATGGATTGGGATTCATGTGGAGGATGATCCTGATGAAGTCGAAGG 4784
Query 4732 AACATTGAAAAATGTTAATGTTCCAGAGAGTGTGCTCAAGAGCATCGACTTTGTTGGTCT 4791
||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 4785 AACGGTGAAAAATGTAAATGTTCCAGAGAGTGTGCTCAAGAGTATTGACTTTGTTGGTCT 4844
Query 4792 TGAGAGAGCTCTTAAATATGAGTTTAAAGAGAAAGGTCTTCTTGTTGAAGCTATAACACA 4851
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4845 TGAGAGAGCTCTTAAATTTGAGTTTAAAGAGAAAGGTCTTCTTGTTGAAGCTATAACACA 4904
Query 4852 TGCTTCAAGACCATCTTCAGGTGTTTCGTGTTACCAGAGATTGGAATTTGTTGGTGACGC 4911
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4905 TGCTTCAAGACCATCTTCAGGTGTTTCGTGTTACCAAAGATTGGAATTTGTTGGTGATGC 4964
Query 4912 GGTCTTGGATCATCTCATCACAAGACATCTATTTTTCACATACACAAGCCTTCCTCCTGG 4971
||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4965 GGTCTTGGATCATCTTATCACAAGACACCTGTTTTTCACATACACAAGCCTTCCTCCTGG 5024
Query 4972 TCGGTTAACAGATCTTCGAGCTGCAGCGGTTAACAACGAGAATTTTGCTCGCGTTGCGGT 5031
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 5025 TCGGTTAACTGATCTTCGAGCTGCAGCGGTTAACAACGAGAATTTTGCTCGTGTTGCGGT 5084
Query 5032 TAAACATAAACTCCACTTGTACCTTCGTCACGGTTCAAGCGCCCTCGAAAAACAGATTCG 5091
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 5085 TAAACATAAACTCCACTTATACCTTCGTCACGGTTCTAGTGCCCTCGAAAAACAGATTCG 5144
Query 5092 GGAATTTGTGAAGGAGGTTCAAACCGAGTCATCGAAACCGGGGTTTAACTCTTTTGGTTT 5151
||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5145 GGAATTTGTGAAGGAAGTTCAAACCGAGTCGTCAAAACCGGGGTTTAACTCTTTTGGTTT 5204
Query 5152 GGGAGACTGCAAAGCACCAAAAGTTCTTGGAGACATTGTTGAATCTATTGCAGGTGCTAT 5211
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5205 GGGAGACTGTAAAGCACCAAAAGTTCTTGGAGATATTGTTGAATCTATTGCAGGTGCTAT 5264
Query 5212 TTTTCTTGATAGTGGAAAAGATACAACTGCTGCTTGGAAGGTTTTTCAACCTTTGCTTCA 5271
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5265 TTTTCTTGATAGTGGAAAAGATACAACTGCTGCTTGGAAGGTTTTTCAACCTTTGCTTCA 5324
Query 5272 GCCCATGGTGACACCAGAGACACTTCCAATGCATCCGGTGCGAGAGCTACAAGAGCGGTG 5331
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 5325 GCCCATGGTGACACCAGAGACACTTCCAATGCATCCGGTTCGAGAGCTACAAGAGCGTTG 5384
Query 5332 CCAGCAACAAGCAGAAGGGTTAGAATACAAAGCGAGTAGGAGTGGTAACACAGCGACTGT 5391
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 5385 CCAGCAACAAGCAGAAGGATTAGAATACAAAGCGAGTAGAAGTGGTAACACAGCGACTGT 5444
Query 5392 GGAAGTTTTCATCGACGGTGTTCAAGTTGGAGTAGCGCAAAACCCGCAGAAGAAAATGGC 5451
||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 5445 GGAAGTTTTCATCGATGGTGTTCAAGTTGGAGTGGCACAAAACCCACAGAAGAAAATGGC 5504
Query 5452 TCAAAAGCTAGCTGCGAGGAACGCACTTGCAGCTTTGAAAGAGAAAGAAATAGCAGAATC 5511
|||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5505 TCAAAAGCTAGCGGCTAGGAACGCGCTCGCAGCTTTGAAAGAGAAAGAAATAGCAGAATC 5564
Query 5512 AAAGGAGAAGCATATCAACAACGGTAATGCGGGAGAGGATCAAGGCGA-GA-A-TGAGAA 5568
||||||||||| | ||| || ||||| | |||| |||||| ||| || | || |||
Sbjct 5565 AAAGGAGAAGCGCGTGAACG--GG-AATGCTGTAGAGAATCAAGACGATGAGAATGGGAA 5621
Query 5569 TGGGAACAAGAAGAATGGGCATCAGCCGTTTACGAGACAAACGTTGAATGATATTTGTTT 5628
| ||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 5622 CGCGAACAAGAAGAATGGAAATCAGACGTTCACGAGACAAACGTTGAATGATATTTGCTT 5681
Query 5629 GAGGAAGAATTGGCCAATGCCTTCTTACAGATGTGTGAAAGAAGGAGGACCGGCTCATGC 5688
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 5682 GAGGAAGAATTGGCCAATGCCTTCTTACAGATGTGTGAAAGAAGGAGGACCGGCTCACGC 5741
Query 5689 AAAGAGATTTACGTTTGGGGTAAGAGTTAATACGAGCGATAGAGGATGGACCGATGAGTG 5748
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5742 AAAGAGGTTTACGTTTGGGGTTAGAGTTAATACGAGCGATAGAGGATGGACCGATGAGTG 5801
Query 5749 TATTGGCGAGCCAATGCCGAGTGTTAAGAAAGCTAAGGATTCAGCTGCGGTTCTTCTACT 5808
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 5802 TATTGGCGAGCCAATGCCGAGTGTTAAGAAAGCCAAGGATTCAGCTGCAGTTCTTCTACT 5861
Query 5809 TGAGCTTTTAAATAAAACTTTTTCTTGA 5836
| |||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 5862 TCAGCTTTTAAATAAAACCTATTCTTGA 5889
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 222636802050
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5