BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G01220.1
Length=3532
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg470155 jgi|Araly1|470155|fgenesh2_kg.1__109__AT1G01220.1 5046 0.0
> Ahg470155 jgi|Araly1|470155|fgenesh2_kg.1__109__AT1G01220.1
Length=3212
Score = 5046 bits (2732), Expect = 0.0
Identities = 3031/3178 (95%), Gaps = 9/3178 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 266 ATGTCTAAGCAGAGGAAGAAAGCTGACTTAGCCACCGTTTTGCGCAAGTCATGGTACCAC 325
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTCTAAGCAGAGGAAGAAAGCTGACTTAGCCACCGTTTTGCGCAAGTCATGGTACCAC 60
Query 326 TTAAGGCTCTCGGTGCGCCATCCCACTCGGGTCCCGACTTGGGATGCGATTGTGCTCACA 385
|||||||||||||| |||||||||||| ||||||| || |||||||||||||| ||||||
Sbjct 61 TTAAGGCTCTCGGTTCGCCATCCCACTAGGGTCCCAACCTGGGATGCGATTGTTCTCACA 120
Query 386 GCGGCTAGTCCTGAACAAGCGGAGCTCTACGACTGGCAGCTCCGGCGAGCGAAACGTATG 445
||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 121 GCGGCTAGTCCTGAACAGGCAGAGCTCTACGAGTGGCAGCTCCGGCGAGCGAAACGGATG 180
Query 446 GGACGAATAGCTAGCTCCACTGTCACTTTGGCCGTTCCTGATCCAGATGGCAAACGGATC 505
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GGACGAATAGCTAGCTCCACTGTCACTTTAGCTGTTCCTGATCCAGATGGCAAACGGATC 240
Query 506 GGGTCTGGTGCTGCTACTCTCAACGCCATTTATGCTCTCGCTCGTCATTATGAGAAATTG 565
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 241 GGGTCTGGTGCTGCTACTCTCAACGCCATTTATGCTCTCGCTCGCCATTATGAGAAATTG 300
Query 566 GGTTTTGATCTTGGTCCCGAGATGGAAGTTGCGAATGGTGCTTGCAAATGGGTTAGATTC 625
|||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GGTTTTGATCCTGGTCCCGAGGTGGAAGTTGCAAATGGTACTTGCAAATGGGTTAGATTC 360
Query 626 ATCTCTGCAAAGCATGTATTGATGCTTCATGCTGGAGGTGACTCCAAAAGGGTTCCATGG 685
||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 361 ATCTCTGGAAAGCATGTATTGATGCTTCATGCTGGTGGTGACTCCAAAAGGGTTCCTTGG 420
Query 686 GCAAATCCTATGGGCAAAGTATTCCTCCCACTTCCTTATCTTGCAGCTGATGACCCTGAT 745
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GCAAATCCTATGGGGAAAGTATTCCTCCCACTTCCTTATCTTGCAGCTGATGACCCTGAT 480
Query 746 GGTCCTGTTCCTCTCCTTTTTGATCATATTCTTGCTATCGCTTCATGTGCAAGACAAGCT 805
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GGTCCTGTTCCTCTTCTTTTTGATCATATACTTGCAATCGCTTCATGTGCAAGACAAGCT 540
Query 806 TTCCA-AGACCAAGGTGGATTATTTATTATGACTGGAGACGTCCTTCCTTGTTTTGATGC 864
|| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TT-GAGAGACCAAGGTGGATTATTCATTATGACTGGAGACGTCCTTCCTTGTTTTGATGC 599
Query 865 TTTTAAAATGACTCTCCCTGAAGACGCAGCTTCCATAGTTACTGTGCCTATTACTCTCGA 924
||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 600 TTTTAGAATGACTCTCCCTGAAGACGCAGCTTCTATAGTTACTGTGCCTATCACTCTCGA 659
Query 925 TATTGCCTCCAACCATGGTGTTATTGTCACATCAAAATCTGAGTCACTTGCTGAAAGCTA 984
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 660 TATTGCTTCCAACCATGGTGTTATTGTCACATCCAAATCTGAGTCCCTTGCTGAAAGCTA 719
Query 985 TACAGTTAGTTTAGTCAATGATCTTCTGCAGAAGCCTACAGTAGAGGATCTTGTCAAGAA 1044
||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 720 TACTGTCAGTTTAGTGAATGATCTTCTGCAGAAGCCTACAGTAGAAGAGCTTGTCAAGAA 779
Query 1045 AGATGCAATTTTACATGATGGACGGACACTCCTTGACACTGGGATAATATCTGCTAGGGG 1104
|||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| | |||
Sbjct 780 AGATGCTATCTTACATGATGGACGGACGCTCCTTGACACTGGAATAATATCTGCAAAGGG 839
Query 1105 CAGAGCATGGTCGGACCTGGTCGCTCTTGGATGCTCGTGCCAACCCATGATCTTAGAGCT 1164
|||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 TAGAGCATGGTTGGACCTAGTCGCTCTTGGATGCTCGTGCCAACCCATGATCTTAGAGCT 899
Query 1165 TATAGGTAGTAAGAAAGAGATGAGTTTGTATGAAGATTTGGTGGCTGCTTGGGTTCCTTC 1224
|||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 TATAAGCAGTAAGAAAGAGATGAGTTTGTACGAAGATTTGGTGGCTGCTTGGGTTCCTTC 959
Query 1225 AAGGCATGATTGGCTGCGAACCAGACCTTTGGGTGAACTTCTTGTTAACAGTCTGGGGAG 1284
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 AAGGCATGATTGGCTGCGAACCAGACCTTTGGGTGAACTTCTTGTTAACAGTCTGGGGAG 1019
Query 1285 GCAAAAGATGTACAGCTACTGCACCTATGATTTGCAGTTTTTGCATTTTGGAACATCAAG 1344
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 GCAAAAGATGTACAGCTACTGCACCTATGATTTGCAGTTTTTGCATTTTGGAACATCAAG 1079
Query 1345 TGAGGTATTGGATCATTTAAGCGGGGATGCTTCAGGAATTGTTGGTCGGAGACACTTATG 1404
||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||
Sbjct 1080 TGAGGTATTGGATCACTTAAGCGGAGATGCTTCAGGAATCGTCGGTCGAAGACACTTATG 1139
Query 1405 TTCCATCCCTGCAACTACGGTTTCTGATATTGCAGCATCTTCCGTTATTTTGTCTAGTGA 1464
||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1140 TTCCATCCCTGCAACCACCGTTTCTGATATTGCAGCATCTTCTGTTATTTTGTCTAGTGA 1199
Query 1465 AATTGCACCTGGTGTCTCCATTGGTGAAGATTCACTTATATATGATTCAACAGTTTCTGG 1524
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 AATTGCACCTGGTGTCTCCATTGGTGAAGATTCACTTATATATGATTCAACAGTTTCTGG 1259
Query 1525 TGCTGTACAAATTGGTTCTCAGTCCATAGTTGTTGGTATTCACATCCCGAGCGAAGATCT 1584
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TGCTGTACAAATTGGTTCTCAGTCAATAGTTGTTGGTATTCACATCCCGAGCGAAGATCT 1319
Query 1585 TGGAACTCCAGAGAGTTTCAGGTTCATGCTTCCTGATAGGCATTGTCTTTGGGAGGTCCC 1644
||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 TGGAACTCCAGAGAGGTTCAGGTTCATGCTTCCGGATAGGCATTGTCTTTGGGAGGTCCC 1379
Query 1645 ACTAGTGGGACATAAGGGAAGAGTGATTGTGTATTGTGGTCTCCATGACAATCCAAAGAA 1704
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 ACTGGTGGGACATAAGGGAAGAGTGATTGTGTATTGTGGTCTCCATGACAATCCAAAGAA 1439
Query 1705 CTCAATTCATAAAGATGGAACTTTTTGCGGTAAACCCTTGGAGAAGGTATTGTTTGATCT 1764
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 CTCAATTCATAAAGATGGAACTTTTTGCGGTAAACCCTTAGAGAAGGTATTGTTTGATCT 1499
Query 1765 TGGCATTGAGGAAAGCGACCTCTGGAGCTCGTATGTTGCACAAGATAGATGTTTGTGGAA 1824
||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1500 TGGCATTGAGGAAAGTGACCTTTGGAGCTCGTATGTTGCACAAGATAGGTGTTTGTGGAA 1559
Query 1825 TGCAAAACTGTTCCCGATTCTTACGTATAGTGAAATGCTGAAGTTAGCGTCGTGGTTGAT 1884
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 TGCAAAACTGTTCCCGATTCTTACTTATAGTGAAATGCTGAAGTTAGCGTCGTGGTTGAT 1619
Query 1885 GGGTTTAGATGATAGTAGAAACAAGGAGAAGATTAAGTTGTGGAGAAGCTCACAACGTGT 1944
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 GGGTTTAGATGATAGTAGAAACAAGGAGAAGATTACCTTGTGGAGAAGCTCACAACGTGT 1679
Query 1945 AAGCTTAGAAGAGTTGCATGGATCAATCAACTTTCCTGAGATGTGCAATGGTTCCAGCAA 2004
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1680 AAGCTTAGAAGAGTTGCACGGATCAATAAACTTTCCTGAGATGTGCAATGGCTCCAGCAA 1739
Query 2005 TCATCAAGCTGATCTTGCGGGTGGAATCGCTAAAGCATGTATGAACTATGGTATGCTTGG 2064
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 TCATCAAGCTGATCTTGCGGCTGGAATCGCTAAAGCATGTATGAACTATGGTATGCTTGG 1799
Query 2065 GCGTAATTTGTCTCAGCTGTGCCATGAGATTTTACAGAAAGAGTCATTAGGATTGGAAAT 2124
||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 GCGAAATTTTTCTCAGCTGTGCCATGAGATTTTACAGAAAGAGTCATTAGGATTGGAAAT 1859
Query 2125 ATGCAAGAATTTTCTGGATCAATGTCCCAAATTTCAGGAGCAGAACTCCAAAATTCTTCC 2184
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 1860 ATGCAAGAATTTTCTGGATCAATGTCCCAAATTTCAGGAGCAAAACTCCAAAATTCTTTC 1919
Query 2185 AAAGAGTCGAGCATACCAGGTAGAAGTTGATCTTCTTCGAGCATGTGGGGATGAAGC-AA 2243
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1920 AAAGAGTCGGGCATACCAGGTAGAAGTTGATCTTCTTCGAGCATGTGGGGATGA-GCCAA 1978
Query 2244 AAGCTATAGAGTTGGAGCATAAAGTATGGGGAGCAGTTGCAGAAGAAACTGCTTCAGCTG 2303
||||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 AAGCTATCGACTTGGAGCATAAAGTCTGGGCAGCAGTTGCAGAAGAAACTGCTTCAGCTG 2038
Query 2304 TGAGATATGGTTTTAGAGAACATCTGTTGGAATCAAGTGGCAAGTCTCATTCTGAGAATC 2363
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| ||||| |
Sbjct 2039 TGAGATATGGTTTTAGAGAACATCTGTTGGAATCAAGTGGAAAGCCCCATTCCGAGAA-C 2097
Query 2364 A-TATTTCTCATCCGGATCGAGTTTTTCAACCAAGAAGGACAAAAGTTGAACTACCAGTT 2422
| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 AATATTTCTCATCCGGATCGAGTTTTTCAACCAAAAAGGACAAAAGTTGAACTACCAGTT 2157
Query 2423 CGGGTAGATTTTGTAGGAGGTTGGAGTGATACACCTCCATGGAGCTTAGAGCGTGCAGGT 2482
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2158 CGGGTAGATTTTGTAGGAGGTTGGAGTGATACACCTCCATGGAGTTTAGAGCGTGCAGGT 2217
Query 2483 TACGTCCTGAACATGGCTATAACCTTAGAAGGTTCACTTCCAATTGGCACAATCATTGAA 2542
| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2218 TGCGTCCTGAACATGGCTATAACTTTAGAAGGTTCACTTCCAATTGGCACAATCATCGAA 2277
Query 2543 ACAACAAATCAGATGGGAATCTCAATCCAAGACGACGCTGGAAACGAGCTACACATCGAA 2602
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2278 ACAACAAATCAGATCGGAATCTCAATCCAAGACGACACTGGAAATGAGCTACACATCGAA 2337
Query 2603 GATCCAATAAGCATTAAGACACCATTTGAAGTCAATGATCCATTCAGGCTTGTTAAATCT 2662
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2338 GATCCAATAAGCATCAAGACACCATTTGAAGTCAATGATCCATTCAGGCTTGTTAAATCT 2397
Query 2663 GCTCTAT-TGGTAACCGGCATTGTCCAAGAAAATTTTGTTGACTCCACAGGGTTAGCAAT 2721
||||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 2398 GCTCT-TCTGGTAACAGGCATTGTCCAAGAAAACTTTGTCGACTCCACGGGGTTAGCAAT 2456
Query 2722 AAAGACATGGGCCAATGTTCCTCGTGGCAGTGGTCTAGGAACCTCGAGCATTCTAGCTGC 2781
|||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2457 AAAGACATGGGCAAATGTTCCTCGTGGTAGTGGTCTAGGAACCTCGAGTATTCTAGCTGC 2516
Query 2782 AGCTGTTGTGAAAGGACTTCTCCAGATATCTAATGGAGATGAAAGCAATGAAAACATTGC 2841
||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2517 AGCTGTTGTGACAGGACTTCTCCAGATATCTGATGGAGATGAAAGCAATGAAAACGTTGC 2576
Query 2842 AAGACTTGTCTTGGTTCTGGAGCAACTCATGGGTACAGGAGGTGGCTGGCAAGATCAGAT 2901
|| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2577 GAGGCTCGTCTTGGTTCTGGAGCAACTCATGGGTACTGGAGGTGGCTGGCAAGATCAGAT 2636
Query 2902 TGGTGGATTATATCCAGGAATCAAATTCACTTCAAGTTTTCCAGGAATCCCTATGCGTCT 2961
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 2637 TGGTGGATTATACCCAGGAATCAAATTCACTTCAAGTTTTCCAGGAATTCCTTTGCGTCT 2696
Query 2962 TCAAGTTGTTCCTTTACTCGCCTCGCCACAGCTAATTTCAGAGTTGGAGCAACGCCTCCT 3021
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2697 CCAAGTTGTTCCTTTACTCGCCTCGCCACAGCTAATCTCAGAGTTGGAGAAACGCCTCCT 2756
Query 3022 TGTTGTTTTCACGGGTCAAGTCAGGCTAGCTCATCAAGTCCTACACAAGGTCGTTACAAG 3081
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2757 CGTAGTTTTCACGGGTCAAGTCAGGCTTGCTCATCAAGTCCTACACAAGGTCGTTACAAG 2816
Query 3082 GTATTTGCAAAGAGATAATCTCCTAATTTCAAGCATTAAGCGATTGACGGAGCTGGCGAA 3141
|||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2817 GTATCTGCAAAGAGATAATCTCTTGATTTCAAGCATTAAGCGATTGACCGAGCTGGCGAA 2876
Query 3142 ATCCGGTAGAGAAGCGTTGATGAACTGTGAAGTTGACGAGGTAGGCGACATAATGTCAGA 3201
|||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2877 ATCCGGGAGAGAAGCTTTAATGAACTGTGAAGTTGACGAGCTAGGCGACATAATGTCAGA 2936
Query 3202 AGCTTGGAGACTGCATCAAGAGCTGGATCCGTATTGCAGCAATGAGTTTGTGGATAAGCT 3261
|||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2937 AGCTTGGAGATTGCATCAAGAGCTCGACCCGTATTGCAGCAATGAGTTTGTGGATAAGCT 2996
Query 3262 TTTTGAGTTTTCGCAACCTTATAGCTCAGGATTCAAGCTGGTAGGTGCAGGTGGTGGTGG 3321
||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 2997 TTTCGCGTTTTCGCAACCTTATAGCTCAGGATTCAAGCTTGTAGGTGCAGGTGGTGGAGG 3056
Query 3322 ATTCTCACTTATATTGGCTAAGGACGCAGAGAAAGCCAAGGAGTTAAGACAGAGATTGGA 3381
|||||| |||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3057 ATTCTCTCTTATATTGGCTAAAGACACAGAGAAAGCTAAGGAGTTAAGACAGAGATTGGA 3116
Query 3382 AGAACATGCAGAGTTTGATGTCAAAGTTTACAACTGGAGCATCTGTATTTGAAAGATA 3439
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||| |||
Sbjct 3117 AGAACATGCAGAGTTTGATGTCAAAGTTTATAACTGGAGCGTCTGTATTT-AAATATA 3173
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 133391793365
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5