BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G01650.1
Length=2140
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg470110 jgi|Araly1|470110|fgenesh2_kg.1__64__AT1G01650.1 3241 0.0
> Ahg470110 jgi|Araly1|470110|fgenesh2_kg.1__64__AT1G01650.1
Length=2006
Score = 3241 bits (1755), Expect = 0.0
Identities = 1891/1955 (97%), Gaps = 15/1955 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 33 ttttttttccctcttctcttctcttctctctctctcgttcattgtaccttcctcca-ttt 91
|||||||||||||||||| ||| |||||||||| | |||| |||||||||||| || |||
Sbjct 1 TTTTTTTTCCCTCTTCTC-TCT-TTCTCTCTCT-T-GTTCCTTGTACCTTCCTGCATTTT 56
Query 92 tttctccatctttcctctctaatctttttatcttctttttcttcttccctccttttAACG 151
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 57 TTTCTCCATCTTTCCTCTCTAATCTTTTTATCTTCTTCTTCTTCTCCCCTCCTTTTAACG 116
Query 152 ATTCCGTGGAGTCTGGA--A--TATGATCTTGTGGAAATCTCTCAGTTGTTTCTCGTTCG 207
|||| |||||| || | | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 117 ATTCTGTGGAGAGTGTATCAGTTATGATCTTGTGGAAATCTCTCAGCTGTTTCTCGTTCG 176
Query 208 TCTTCGGGTTGTTGTTGTACAGTGCTAGTTTCGTTTGTGCTGGAGACATAGTTCACCACG 267
||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 177 TCTTCGGCTTGTTGTTGTACAGTGCTAGTTTCGTTTCTGCTGGAGACATAGTTCACCACG 236
Query 268 ACGATTCGCTTCCGCAGAGACCTGGTTGCAACAACAATTTCGTTCTGGTGAAAGTCCCAA 327
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 237 ACGATTCGCTTCCCCAGAGACCTGGTTGCAACAACAATTTCGTACTGGTGAAAGTCCCAA 296
Query 328 CTCGAGTCAATGGGTCGGAGTACACGGAGTATGTTGGTGTTGGTGCTAGGTTTGGCCCAA 387
||||||| |||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 CTCGAGTTAATGGGTCCGAATACACGGAGTTTGTTGGTGTTGGTGCTAGGTTTGGCCCAA 356
Query 388 CCTTGGAATCTAAGGAGAAACATGCTACCCTCATCAAACTTGCTATTGCTGACCCTCCTG 447
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 357 CCTTGGAATCTAAGGAGAAACGTGCTACCCTCATCAAACTTGCTATTGCAGACCCTCCTG 416
Query 448 ATTGTTGCAGCACTCCCAAAAATAAGCTTACAGGAGAGGTCATTCTTGTTCATCGTGGTA 507
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 417 ATTGTTGCAGCACTCCCAAAAATAAGCTTACAGGAGAGGTCATTCTTGTTCATCGTGGTA 476
Query 508 AATGCAGTTTTACCACCAAAACTAAGGTTGCTGAAGCAGCTGGTGCCTCTGCCATCCTTA 567
|||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 477 AATGCAGTTTTACCGCTAAAACAAAGGTTGCTGAAGCAGCTGGTGCCTCCGCCATCCTTA 536
Query 568 TCATAAACAACAGTACAGATCTTTTCAAGATGGTCTGCGAGAAGGGTGAAAACGTTTTAG 627
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 537 TCATAAACAACAGTACAGATCTTTTCAAGATGGTCTGCGAGAAGGGTGAAAACGTTTTAG 596
Query 628 ATATTACTATTCCTGTTGTTATGCTACCTGTTGATGCTGGTAGAAGTCTGGAGAACATAG 687
| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 597 ACATAACTATTCCTGTTGTTATGCTACCCGTTGATGCTGGTAGAAGTCTGGAGGACATAG 656
Query 688 TCAAAAGTAACGCTATAGTTACTCTGCAGCTCTACTCGCCGAAACGTCCAGCAGTTGATG 747
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 TCAAAAGTAACTCTATAGTTACTTTGCAGCTCTACTCACCGAAACGTCCAGCAGTTGATG 716
Query 748 TGGCTGAGGTCTTTCTTTGGCTTATGGCTGTCGGTACCATTTTATGTGCTTCTTATTGGT 807
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 TGGCTGAGGTCTTTCTCTGGCTTATGGCTGTCGGTACCATTTTATGTGCTTCTTATTGGT 776
Query 808 CTGCGTGGACCGTCAGGGAAGAAGCTATTGAGCAAGACAAGCTGCTAAAGGACGGATCAG 867
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 CTGCGTGGACTGTCAGGGAAGAAGCTATTGAGCAAGACAAGCTGCTAAAGGACGGATCAG 836
Query 868 ATGAACTTTTGCAGTTATCAACCACCAGCTCTAGAGGTGTTGTTGAGGTCACCGTGATAT 927
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 ATGAACTTTTGCAGTTATCAACCACCAGCTCTAGAGGTGTTGTTGAGGTCACCGTGATAT 896
Query 928 CAGCAATTTTGTTTGTAGTGGTGGCTTCTTGTTTCCTGATCATGCTCTACAAGCTTATGT 987
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 CAGCAATTTTGTTTGTAGTGGTTGCTTCTTGTTTCCTGATCATGCTCTACAAGCTTATGT 956
Query 988 CATTCTGGTTTATAGAGGTGTTGGTGGTACTCTTTTGCATAGGTGGCGTAGAGGGGCTGC 1047
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 CATTCTGGTTTATAGAGGTGTTGGTGGTACTCTTTTGCATAGGTGGCGTAGAGGGGCTGC 1016
Query 1048 AAACTTGTTTGGTC-TCTCTACTCTCATGTTTCAGATGGTTCCGCCGCTTTGGAGAATCA 1106
|||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 AAACCTGTTTGGTCGCCT-TACTCTCATGTTTCAGATGGTTCCGCCGCTTTGGAGAATCA 1075
Query 1107 TATGTCAAAGTTCCTTTCCTGGGTGCTGTCTCATACTTGACTCTGGCTATTTGTCCCTTT 1166
||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1076 TATCTCAAAGTTCCTATCCTGGGTGCTGTCTCATACTTGACTCTGGCTATATGTCCCTTT 1135
Query 1167 TGCATAGCATTTGCTGTATTTTGGGCGGTTAAACGTCAATACTCTTATGCTTGGATAGGG 1226
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 TGCATAGCATTTGCTGTATTTTGGGCAGTTAAACGCCAATACTCTTATGCTTGGATAGGG 1195
Query 1227 CAAGATATACTTGGAATCTCACTGATAATCACGGTTCTTCAAATTGTCCGCGTACCAAAT 1286
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 CAAGATATACTTGGAATCTCACTGATAATCACGGTTCTTCAAATTGTCCGCGTACCAAAT 1255
Query 1287 CTTAAGGTCGGGTTTGTTCTTCTCAGCTGTGCCTTCATGTATGACATCTTCTGGGTTTTT 1346
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 CTTAAGGTCGGGTTTGTTCTTCTCAGCTGTGCCTTCATGTATGACATCTTCTGGGTTTTT 1315
Query 1347 GTTTCAAAATGGTGGTTCCGTGAAAGCGTGATGATTGTGGTAGCCCGTGGTGACAGAAGC 1406
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 GTTTCAAAATGGTGGTTCCGTGAAAGCGTGATGATTGTGGTAGCCCGTGGTGACAGAAGC 1375
Query 1407 GGAGAGGACGGAATTCCAATGCTACTAAAGATCCCACGAATGTTTGATCCTTGGGGTGGC 1466
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 GGAGAGGACGGAATTCCAATGCTACTAAAGATCCCACGAATGTTTGATCCTTGGGGTGGC 1435
Query 1467 TACAGCATAATTGGATTTGGTGACATTATCTTACCAGGACTGCTTGTAACTTTCGCACTG 1526
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1436 TACAGCATAATTGGATTTGGTGACATCATCTTACCAGGACTGCTTGTAACTTTCGCACTG 1495
Query 1527 AGGTACGACTGGCTGGCGAACAAGAGGCTAAAGTCAGGGTACTTCCTTGGGACAATGTCT 1586
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 AGGTACGACTGGCTGGCGAACAAGAGGCTAAAGTCAGGATACTTCCTTGGGACAATGTCT 1555
Query 1587 GCTTATGGTCTAGGTCTTCTCATAACATACATAGCTCTAAACTTGATGGACGGACATGGG 1646
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 GCTTATGGTCTAGGTCTTCTCATAACATACATAGCTCTAAACTTGATGGACGGACATGGA 1615
Query 1647 CAACCGGCTCTGCTTTACATCGTCCCATTCATACTAGGTACTTTGTTCGTGTTGGGTCAC 1706
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 CAACCGGCTCTGCTTTACATCGTCCCATTCATACTCGGTACTTTGTTCGTGTTGGGTCAC 1675
Query 1707 AAGAGAGGTGACTTGAAGACGCTGTGGACAACAGGGGAACCCGACAGGCCATGCCCTCAC 1766
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 AAGAGAGGTGACCTGAAGACGCTGTGGACAACAGGGGAACCCGACAGGCCATGCCCTCAC 1735
Query 1767 GTTCGTCTTCAACCTCAATCGTCTTAAAACAACCTGCTATGTATCAGATGGGAACAGATA 1826
|||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1736 GTTCGTCTTCAACCTCAATCGTCTTAAAACAAGCTACTATGTATCAGATGAGAACAGATC 1795
Query 1827 AAAATCAGATGATCCTCTAGtttttttttATTGTTAATACAACACACCCCTTCTTAGGTC 1886
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 AAAATCAGATGATCCTCTAGTTTTTTTT-ATTGTTAATACAACACACCCCTTCTTAGGTC 1854
Query 1887 -A-ATATATATGTCTCTGTACGCTTTCACACAACTAGACAGGAGAGCCCATACCACATTT 1944
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1855 TATATATATATGTCTCTGTACGCTTTCACACAACTAGACAGGAGAGCCCATACCACATTT 1914
Query 1945 GCCTTAAATAACTCTTTTAACCTCTCTTGCTAGTT 1979
||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1915 GCCTTAA-TAACTCTTTTAACCTCTCTTGCTAGTT 1948
Score = 100 bits (54), Expect = 4e-20
Identities = 58/60 (97%), Gaps = 0/60 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2015 TTGGCTTCTTTTCCTGAGTCATGATGATCAGATTTTCTTCTATAACATACATATGTCCAA 2074
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 1947 TTGGCTTCTTTTCCTGAGTCATGATGATCAGATTTTCTTCTATGATATACATATGTCCAA 2006
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 80522777930
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5