BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G01770.1
Length=2362
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg470098 jgi|Araly1|470098|fgenesh2_kg.1__52__AT1G01770.1 3483 0.0
> Ahg470098 jgi|Araly1|470098|fgenesh2_kg.1__52__AT1G01770.1
Length=2298
Score = 3483 bits (1886), Expect = 0.0
Identities = 2155/2279 (95%), Gaps = 41/2279 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 89 TCA-AAAGCAGTCCGTGATCCATTGCATGATCCT-CTTCCTGTGGGA-TTCTTACTCTCA 145
||| |||||| ||||||||||||||||||||| | || | ||||| ||| ||||||||
Sbjct 39 TCAGAAAGCAATCCGTGATCCATTGCATGATCGTGATT--T-TGGGATTTC-TACTCTCA 94
Query 146 TGGCTAACCCAGACGTTAAAGAGATTCTCTGCGATTGTGTGATAAACTTGAGAGAGAATC 205
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 95 TGGCGAACCCAGACGTTAAAGAGATTCTCTGCGATTGTGTTATAAACTTGAGAGAGAATC 154
Query 206 CGAAGAGGCGAAGGGAGACGGTTTACGTCGGATGTGGTGCTGGATTCGGCGGCGATAGGC 265
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 155 CGAAGAGGCGAAGGGAGACGGTTTACGTCGGATGTGGTGCTGGATTCGGCGGCGATAGGC 214
Query 266 CACTGGCGGCTCTCAAACTGCTTCAGAGAGTTGAAGAGCTTAACTATCTTGTCCTTGAGT 325
||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 215 CACTGGCCGCTCTCAAACTGCTTCAGAGTGTCGAAGACCTTAATTATCTTGTCCTTGAGT 274
Query 326 GCTTAGCCGAACGAACTTTGGCTGATCGATGGCTTTCTATGGCATCTGGCGGTCTCGGCT 385
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 275 GCTTAGCCGAACGCACTTTGGCTGATCGCTGGCTTTCTATGGCATCTGGCGGTGTCGGCT 334
Query 386 ACGACCCTCGTGTTTCAGAGTGGATGCAGTTGTTGCTACCTTTGGCTGTGGAGAGAGGCA 445
|||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| | |||||
Sbjct 335 ACGATCCTCGTGTTTCAGAGTGGATGCATTTGTTACTACCTGTGGCTGTGGACAAAGGCA 394
Query 446 CTTGTATAATCACTAACATGGGTGCAATTGATCCCTCTGGGGCTCAGAAGAAAGTTCTCG 505
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 395 CTTGTATAATCACTAACATGGGTGCAATTGATCCCTCTGGGGCTCAGAAGAAAGTTCTCG 454
Query 506 AGGTAGCCGGTGAATTAGGTCTCACCATTTCCGTGGCTGTGGCTCATGAGGTGCATTTTG 565
|||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 455 AGGTAGCCAGTAAATTAGGTCTCACAATTTCCGTGGCTGTGGCTCATGAGGTGCACTTTG 514
Query 566 AAACAGGCTCGGGATCATCTTTTGGCGGTCAATATTGCTCTGCAGGGGGTACTAGCACTT 625
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 515 AAACAGGCTCGGGATCATCTTTTGGCGGTCAATATTGCTCCGCAGGGGGTACTAGCACTT 574
Query 626 ATCTTGGAGCAGCTCCTATTGTTGAATGCCTGGAGAAGTACCAACCAAACGTGATAATTA 685
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 575 ATCTTGGTGCAGCTCCTATTGTTGAGTGCCTGGAGAAGTACCAACCAGACGTGATAATTA 634
Query 686 CTTCAAGAGTGGCTGATGCCGCCTTATTTTTAGCACCAATGGTCTATGAACTAGGTTGGA 745
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 635 CTTCAAGAGTGGCTGATGCCGCCTTATTTTTAGCACCAATGGTCTATGAACTAGGTTGGA 694
Query 746 ATTGGAATGACTTGGAGCTGCTAGCTCAGGGAACTCTCGCTGGCCACCTTCTGGAGTGCG 805
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 695 ATTGGAATGACTTGGAGCTGCTAGCTCAGGGAACTCTTGCTGGCCACCTTCTAGAGTGCG 754
Query 806 GTTGCCAGCTCACTGGTGGATACTTCATGCATCCAGGTGATCAGTATAGAGACATGGCTT 865
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 755 GTTGTCAGCTCACTGGTGGATACTTCATGCATCCAGGTGACCAGTATAGAGACATGGCTT 814
Query 866 TCCCTCTTCTCCAGGATTTGTCACTTCCTTATGCAGAGATTGGCTATGATGGTAAAGTAT 925
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 815 TCCCTCTTCTCCAGGGTTTGTCACTTCCTTATGCAGAAATTGGCTATGACGGTAAAGTAT 874
Query 926 GTGTATCAAAGGTTGAAGGTAGTGGTGGAATTTTAAATACCAGTACTTGCGCCGAGCAAC 985
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 875 GTGTATCAAAGGCTGAAGGTAGTGGTGGAATTTTAAATACCAGTACTTGCGCCGAGCAAC 934
Query 986 TTCTGTATGAAATTGCTGACCCTAGTGCCTACATTACACCTGATGTGGTAATCGATATTC 1045
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 935 TTCTGTATGAAATTGCTGATCCTAGTGCCTACATTACACCTGATGTGGTAATTGATATTC 994
Query 1046 GAGGTGTTTCTTTCCTTCCCCTGTCAGACTGCAAAGTACAATGCAGTGGAGCAAAACCAT 1105
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 995 GAGGCGTTTCTTTCCTTCCCCTGTCAGACTGCAAAGTACAATGCAGTGGAGCAAAACCAT 1054
Query 1106 CTTCTAACACTTCTGTGCCTGAGAAACTCTTGCGGTTAATTCCAAAGGAGTGTGGTTGGA 1165
|| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1055 CTGCTAACACTTCCGTGCCTGAGAAACTCTTGCGGTTAATTCCAAAGGAATGTGGTTGGA 1114
Query 1166 AAGGGTGGGGAGAGATATCTTATGGAGGAAATGGTTCTATACAACGTGCTAAAGCTTCAG 1225
|||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1115 AAGGTTGGGGAGAGATATCTTATGGAGGACATGGTTCTATTCAACGTGCTAAAGCTTCAG 1174
Query 1226 AGTTTCTGGTTCGATCTTGGATGGAAGAAACCATTCCTGGTGTTAACCATTGTATTCTTT 1285
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1175 AGTTTCTGGTTCGATCTTGGATGGAAGAAACCATTCCTGGTGTTAACCACTGTATTCTTT 1234
Query 1286 CTTATGTGATTGGGGTTGATAGCTTGAAGGCGACAAGCAACGGCACTGAATCTTGGCAGT 1345
|||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1235 CTTATGTGGTTGGGCTTGATAGCTTGAAGGCAACAAGCAACGGCACTGAATCTTGGCAGT 1294
Query 1346 CATGTGGAGATATTAGATTACGTATGGATGGTCTTTTTAAACTGAAGGAACATGCGGTCC 1405
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1295 CATGTGGAGATATTAGATTACGTATGGATGGTCTTTTCAAACTGAAGGAACATGCGGTCC 1354
Query 1406 AGTTAACAAAAGAGTTTACTGCTCTATATACAAACGGACCAGCTGGTGGTGGTGGAATTA 1465
||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1355 AGTTAACGAAAGAGTTTACTGCTCTATACACAAATGGGCCAGCTGGTGGTGGTGGAATTA 1414
Query 1466 GTACCGGACACAAGATGGAAATTGTTCTTGAAAAGCGTTTGGTCAGCCGTGAATCTGTAA 1525
||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1415 GTACCGGACACAAGATGGAAATTTTTCTTGAAAAGCTTTTGGTTAGCCGTGAATCTGTAA 1474
Query 1526 TGTGGAAAACTGGACTTCAGCACACCAACACTTCAGAGCCAGAGACCTCTGAACATCATT 1585
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 1475 TGTGGAAAACTGGACTTCAGCACACCAACACTTCAGAGTCAGAGACCCCTGAACATCATT 1534
Query 1586 CTCCAG-------AGA-AAA-T-GCCAAAGTTACCTAAGGAAAATCCAA-AGAACCTTAC 1634
|||||| ||| ||| | | |||| | |||||||||| || || | ||||||||
Sbjct 1535 CTCCAGTTGCTCGAGAGAAAATCGG-AAAGATCCCTAAGGAAAGTC-AAGATAACCTTAC 1592
Query 1635 AATGAGAGGCTATCAATCTGGATTTCATCACTCTCCTGCTCCATCTGGCCAAAAGATCCC 1694
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1593 AATGAGAGGCTATCAATCTGGATTTCATCACTCTCCTGCTCCATCTGGCCAAAAGATCCC 1652
Query 1695 ACTCTACTCTGTTGCACATAGCCGGGCTGGCGATAAAGGAAACGACATAAACTTCTCAAT 1754
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1653 ACTCTACTCTGTTGCTCATAGCCGGGCTGGTGATAAAGGAAACGACATAAACTTCTCAAT 1712
Query 1755 AATCCCGCATTATTCCCCAGATGTCGAGCGTCTGAAACTCATAATTACTCCTCAATGGGT 1814
|||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1713 AATCCCACATTATTCCCCAGATATTGAGCGTCTGAAACTCATAATCACTCCTCAATGGGT 1772
Query 1815 AAAGCATGTGATGTCAGTTCTGTTATCAACCTCTTCGTTTCTGGAA-TTGGATGCAAAAC 1873
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 1773 AAAGCATGTGATGTCAGTTCTGTTATCAACCTCTTCGTTTCTGGAAATTG-ATGCAAAAC 1831
Query 1874 CAATGGATGAAAATGTGTCAGTAGAGATATATGACGTTGAAGGCATTCATGCTATGAATG 1933
|| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1832 CAGTCGATGAAAATGTGTCAGTAGAGATATATGATGTTGAAGGCATTCATGCTATGAATG 1891
Query 1934 TTGTCGTACGGAACATATTAGATGGTGGAGTCAACTGTTCCAGGAGGATCGACCGACACG 1993
|||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1892 TTGTCGTAAGGAATATATTAGATGGTGGAGTCAACTGTTCCAGGAGGATCGATCGACACG 1951
Query 1994 GAAAGACAATCTCAGATCTCATCTTGTGTCAACAAGTTGTGTTG-A---TCTGACTGACA 2049
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 1952 GAAAGACAATCTCAGATCTCATCCTGTGTCAACAAGTTGTGTTGTAAGATCTGACTGACA 2011
Query 2050 TGGGTTGCACCACCTCAGAGACAGTTGGCTTAAAGTAACAATCCCTTATTGGATTGAAAT 2109
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2012 TGGGTTGCACCACCTCAGAGACAGTTGGCTTAAAGTAACAATCCCTTATTGGGTTGAAAT 2071
Query 2110 TGTCAGAAACCACAACCCTTCTTTTGCTCAACTCCAATCACTTTGCCACCCAATTTTATC 2169
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2072 TGTCAGAAACCACAACCCTTCTTTTGCTCAACTCCAATCAATTTGCCACCCAATTTTATC 2131
Query 2170 TCATTCATTTTGCAAAAAAGATCAAagagagagagagagagagagagaaagaaaaaaag- 2228
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2132 TCATTGATTTTGCAAAAAAGATCAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAAAAAAAAAAA 2191
Query 2229 gaaa-aaaC-CTTCCTCCGTTACAACCTCACAATTGCAACAAAGTTTCATATAAAAGAGG 2286
|||| ||| ||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||
Sbjct 2192 GAAAGAAAAACTTCCTCCGTTACAACCTCACAA---C-------T--CATATAAAAGAGG 2239
Query 2287 ACAGAAATTTCGCAGGTTCCTCCGTTGTCTGAGGATCTTGGAGAAGGAAGGAAACAACA 2345
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2240 ACAGAAATTTCGCAGGTTCCTCCTTTGTCTGAGGATCTTGGAGAAGGAAGGAAACAACA 2298
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 88978812320
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5