BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G01950.3
Length=3058
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg470079 jgi|Araly1|470079|fgenesh2_kg.1__33__AT1G01950.1 3048 0.0
> Ahg470079 jgi|Araly1|470079|fgenesh2_kg.1__33__AT1G01950.1
Length=2900
Score = 3048 bits (1650), Expect = 0.0
Identities = 1736/1778 (98%), Gaps = 3/1778 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 95 ATGGCTATGGCTTCTTCGAGAAATGGTGCGGTTAGAGGATCCATGAGACCAGTCTCTGGA 154
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1 ATGGCAATGGCTTCTTCGAGAAATGGTGCGGTTAGAGGATCCATGAGACCAATCTCTGGA 60
Query 155 GCTAATTCATCCAATCTCAGATCGTCTTCTTTCAAATCCAGGATTCCTTCCTCGGCGCCT 214
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 61 GCTAATTCTTCCAATCTCAGATCGTCTTCTTTCAAATCCAGGATTCCTTCCTCCGCGCCT 120
Query 215 GCTCCCCGTCGGAGCT---CCTCTGCTTCTATCGGAGCCGCAGACAATGGAGTGCCTGGG 271
||||||||||||| || |||||||| || |||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 121 GCTCCCCGTCGGAACTCCACCTCTGCTGCTCTCGGAGCCGCTGACAATGGAGTTCCTGGG 180
Query 272 AGAGTTCGAGTGGCTGTAAGATTACGACCTCGCAATGCAGATGAGTCAGTCGCAGATGCT 331
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 181 AGAGTTCGAGTGGCTGTAAGATTACGACCTCGAAATGCAGATGAGTCTGTCGCAGATGCT 240
Query 332 GATTTTGCTGATTGTGTCGAGTTGCAACCTGAGCTTAAAAGGTTGAAACTCAGGAAAAAC 391
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GATTTTGCTGATTGTGTTGAGTTGCAACCTGAGCTTAAAAGGTTGAAACTCAGGAAAAAC 300
Query 392 AATTGGGATACTGAGACCTATGAGTTTGATGAGGTGCTTACTGAAGCTGCTTCACAGAAG 451
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TATTGGGATACTGAGACCTACGAGTTTGATGAGGTGCTTACTGAAGCTGCTTCACAGAAG 360
Query 452 CGAGTCTACGAAGTGGTTGCCAAGCCTGTTGTTGAGAGTGTTCTTGAGGGTTACAATGGA 511
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CGAGTCTACCAAGTGGTTGCCAAGCCTGTTGTTGAGAGTGTTCTTGAGGGTTACAATGGA 420
Query 512 ACTGTGATGGCTTATGGTCAGACTGGTACTGGCAAGACTTTTACCCTTGGAAGATTAGGA 571
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ACTGTGATGGCTTATGGTCAGACGGGTACTGGCAAGACTTTTACCCTTGGAAGATTAGGA 480
Query 572 GATGAAGATACTGCTGCTCGTGGTATCATGGTTCGATCAATGGAAGATATCATTGGAGGC 631
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GATGAAGATACTGCTGCTCGTGGTATCATGGTTCGATCAATGGAAGATATCATTGGAGGC 540
Query 632 ACTTCTCTAGACACTGATTCTATCTCTGTCTCATATTTGCAGCTTTATATGGAGACCATC 691
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 541 ACTTCCCTAGACACTGATTCTATCTCTGTCTCATATTTACAGCTTTATATGGAGACCATT 600
Query 692 CAAGATCTCTTAGATCCAACTAATGACAATATCGCTATTGTCGAAGACCCCAGAACTGGA 751
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 CAAGATCTCCTAGATCCAACTAATGACAATATCGCTATTGTCGAAGACCCCAGAACTGGA 660
Query 752 GATGTCTCCTTGCCTGGGGCCACGCATGTAGAGATCAGGAACCAGCAAAATTTTCTTGAG 811
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 661 GATGTCTCCTTGCCAGGGGCCACCCATGTAGAGATCAGGAACCAGCAAAATTTCCTTGAG 720
Query 812 CTCCTTCAGCTTGGGGAAACACATAGAGTTGCAGCCAATACAAAATTGAATACTGAATCT 871
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 CTCCTTCAGCTTGGGGAAACACATAGAGTTGCAGCCAATACAAAATTGAATACTGAATCT 780
Query 872 TCTCGAAGTCATGCAATTCTCATGGTACATGTCAAGAGGTCGGTGGTGGAGAACGAGTTT 931
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 781 TCTCGAAGTCATGCAATTCTCATGGTACATGTCAAGAGGTCGGTGGTGGAGAACGAGGAT 840
Query 932 CCAGTCTCAAATGAAATGGAGAGCTCATCCCACTTTGTCAGACCATCCAAGCCATTGGTT 991
|||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 CCAGTCTCAAATGAAATGGAGAACTCATCTCACTTTGTCAGACCATCCAAGCCATTGGTT 900
Query 992 AGGAGAAGCAAGCTAGTTCTAGTAGATCTTGCTGGTTCTGAACGTGTTCACAAGTCGGGC 1051
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 AGGAGAAGCAAGCTAGTTCTAGTAGATCTTGCTGGTTCTGAACGTGTTCACAAGTCGGGC 960
Query 1052 AGCGAAGGACACATGCTGGAGGAAGCTAAATCCATTAATCTCTCACTTAGTGCTTTAGGG 1111
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 961 AGCGAAGGACACATGCTGGAGGAAGCTAAATCCATTAATCTCTCACTTAGTGCTCTAGGG 1020
Query 1112 AAATGCATAAATGCAATAGCTGAGAATAGCCCTCATGTTCCACTTCGTGATTCAAAACTT 1171
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 AAATGCATAAATGCAATAGCTGAGAATAGCCCTCATGTTCCACTTCGTGATTCAAAACTT 1080
Query 1172 ACTCGCTTGTTGAGAGATTCATTTGGTGGCACAGCAAGAACATCCCTAATTGTGACCATT 1231
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 ACTCGCTTGTTGAGAGATTCATTTGGTGGCACAGCAAGAACATCCCTAATTGTGACCATT 1140
Query 1232 GGTCCCTCTCCGCGTCATAGAGGAGAGACAACCAGTACTATATTATTTGGTCAAAGGGCC 1291
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 GGTCCCTCTCCGCGTCATAGAGGAGAGACAACCAGTACTATATTATTTGGTCAAAGGGCG 1200
Query 1292 ATGAAGGTAGAGAATATGTTAAAGATAAAGGAAGAATTTGATTACAAGAGTTTATCCAAG 1351
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 ATGAAGGTAGAGAATATGTTAAAGATAAAGGAAGAATTTGATTACAAGAGTTTATCCAAG 1260
Query 1352 AAACTTGAGGTCCAACTGGATAAGGTGATTGCTGAAAACGAAAGGCAGCTCAAAGCATTT 1411
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 AAACTTGAGGTCCAACTGGATAAGGTGATTGCTGAAAACGAAAGGCAGCTCAAAGCATTT 1320
Query 1412 GATGATGATGTGGAGAGAATAAATCGACAAGCACAAAATCGTATATCAGAAGTTGAAAAG 1471
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GATGATGATGTGGAGAGAATAAATCGACAAGCACAAAATCGTATATCAGAAGTTGAAAAG 1380
Query 1472 AACTTTGCAGAGGCCTTAGAGAAGGAGAAACTAAAGTGTCAAATGGAATATATGGAGTCA 1531
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 AACTTTGCAGAGGCCTTGGAGAAGGAGAAACTAAAGTGTCAAATGGAATATATGGAGTCA 1440
Query 1532 GTTAAAAAGCTTGAAGAAAAGCTGATATCGAACCAACGGAACCATGAGAATGGTAAACGT 1591
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1441 GTTAAAAAGCTTGAAGAAAAGCTGATATCGAACCAGCGGAACCATGAGAATGATAAACGT 1500
Query 1592 AATGGAGAGGTCAATGGAGTTGTTACAGCTAGTGAATTCACTAGGCTCAAAGAATCACTT 1651
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 AACGGAGAGGTCAATGGAGTTGTTACAGCTAGTGAATTCACTAGGCTCAAAGAATCACTT 1560
Query 1652 GAGAATGAAATGAAGTTAAGGAAGTCAGCTGAAGAGGAAGTCAGCAAAGTAAAAAGCCAG 1711
|||||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 GAGAATGAAATGAAATTAAGGAAGGCGGCTGAAGAAGAAGTCAGCAAAGTAAAAAGCCAG 1620
Query 1712 TCAACACTGAAGACAAGATCAGGGGAAGGCGAAGATGCTGGAATAACAAGACTACAAAAA 1771
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
Sbjct 1621 TCAACACTGAAGACAAGATCAGGGGAAGGCGAAGATGCTGGAATATCAAGACTACAGAAA 1680
Query 1772 CTGCTGGAGGATGAGGCTCTTCAGAAAAAGAAACTTGAAGAAGAGGTCACCATATTACGA 1831
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 CTGCTGGAGGATGAGGCTCTTCAGAAAAAGAAACTTGAAGAAGAGGTCACCATATTACGA 1740
Query 1832 AGTCAACTTGTGCAGCTTACTTTTGAAGCTGATCAGAT 1869
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 AGTCAACTTGTGCAGCTTACTTTTGAAGCTGATCAGAT 1778
Score = 1777 bits (962), Expect = 0.0
Identities = 1064/1110 (96%), Gaps = 19/1110 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1928 CAGATGAGAAGATGCTTGGACAGAGGTGCCCCAGGGAATTCGTACTCTGGCACAGACTCA 1987
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1774 CAGATGAGAAGATGCTTGGACAGAGGTGCCCCAGGGAATTCGTACTCTGGCACAGACTCA 1833
Query 1988 TTACCATCACGACATTCCCAAGCAAGAGAATCTGTGAACGGACAGAAGGCACCGTTTGCT 2047
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1834 TTACCATCACGACATTCCCAAGCAAGAGAATCTGTGAACGGTCAGAAGGCACCATTTGCT 1893
Query 2048 ACACTATGTGAGCAAGTGGGACTTCAAAAGATCTTGCAATTGCTTGAGTCAGATGATGCA 2107
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1894 ACACTATGTGAGCAAGTGGGACTTCAAAAGATCTTGCAATTGCTTGAATCAGATGATGCA 1953
Query 2108 AACATCAGAATTCATGCTGTGAAAGTTGTGGCCAATCTTGCAGCTGAAGAGGCAAATCAA 2167
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1954 AACATAAGAATTCATGCTGTGAAAGTTGTGGCCAATCTTGCAGCTGAAGAGGCAAATCAA 2013
Query 2168 GAAAAGATCGTTGAAGCTGGAGGCCTGACATCGTTGCTAATGCTTCTCAGAAGCTACGAA 2227
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2014 GAAAAGATCGTTGAAGCTGGAGGCCTGACATCGTTGCTAATGCTTCTCAGAAGCTACGAA 2073
Query 2228 GATGAAACTGTGCGAAGAGTTGCCGCTGGTGCGATCGCCAATCTCGCAATGAACGAAGTG 2287
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2074 GATGAAACTGTGCGAAGAGTTGCCGCTGGTGCGATCGCCAATCTCGCAATGAATGAAGTG 2133
Query 2288 AGTCAACAACTGATAGTGGACCAAGGTGGAATCAGCTTGCTATCTCTAACAGCTGCAGAT 2347
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2134 AGTCAACAACTGATAGTGGACCAAGGTGGAATCAGCTTGCTATCTCTAACAGCTGCAGAT 2193
Query 2348 GCAGAAGATCCACAGACTTTACGCATGGTTGCTGGGGCTATTGCTAATCTCTGTGGCAAC 2407
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2194 GCAGAAGATCCACAGACTTTACGCATGGTTGCTGGAGCTATTGCTAATCTCTGTGGCAAC 2253
Query 2408 GACAAACTGCAAGCAAGACTATGGTCGGATGGTGGAATAAAAGCGTTGTTAGGAATGGTT 2467
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2254 GACAAACTGCAAGCAAGACTATGGTCGGATGGTGGAATAAAAGCGTTGTTAGGAATGGTT 2313
Query 2468 AGATGCGGACATCCAGATGTTCTTGCTCAGGTGGCTCGCGGAATTGCAAACTTTGCCAAG 2527
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2314 AGATGCGGACATCCGGATGTTCTTGCTCAGGTGGCTCGCGGAATTGCGAACTTTGCCAAG 2373
Query 2528 TGCGAGTCCCGAGCAACCACTCAAGGTGTGAAGAGTGGAAGATCACTACTAATAGAAGAC 2587
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2374 TGCGAGTCACGAGCAACCACTCAAGGTGTGAAGAGTGGAAGATCACTACTAATAGAAGAC 2433
Query 2588 GGAGCTCTTCCGTGGATTGTACAACATGCGAACGATGAAGCTGCGCCAATCAGGCGACAC 2647
||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2434 GGAGCTCTTCCATGGATTGTACAACATGCTAACGATGAAGCTGCGCCAATCAGGCGCCAC 2493
Query 2648 ATAGAGCTGGCTTTATGCCATTTGGCCCAGCATGAGGTGAATGCAAAGGAGATGATAAGC 2707
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2494 ATAGAGCTGGCTTTATGCCATTTGGCCCAGCATGAGGTGAATGCAAAGGAGATGATAAGC 2553
Query 2708 GGAGGAGCATTGTGGGAGTTGGTGAGAATATCAAAGGAATGTTCAAGAGAAGACATTCGA 2767
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2554 GGGGGAGCATTGTGGGAGTTGGTGAGAATATCAAAGGAGTGTTCAAGAGAAGACATTCGA 2613
Query 2768 AGTTTGGCTCATCGTACTCTCTCTTCAAGTCCCGTCTTCCGTTCTGAGATCCGTCGCCTC 2827
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2614 AGTTTGGCTCATCGTACTCTCTCTTCCAGTCCCGTTTTCCGTTCTGAGATCCGTCGTCTC 2673
Query 2828 GGCATCCAGTTTTGACTTGTT-TTA-TGTTTTGTATCATATAATCATCATCTCTCTCAAC 2885
||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 2674 GGCATCCAGTTTTGACTTGTTCTTAATGTTT-GTATCATATAATTATCATCTCTCTTAAC 2732
Query 2886 GAGATTCACACATCATCACCATCTGtattct----attttattcattttata---gt--- 2935
|||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 2733 GAGATTCACACATCATCATCATCTGTATTCTTTCTATTTTATTCATTTTATAAATGTTGT 2792
Query 2936 a--a-ctatttcatttttctttgctttttcatttACTCTTGATTATAAAAA-GAATTACT 2991
| | ||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||| |||||| | |||||
Sbjct 2793 ACTAACTATTTCATTTCGCTTTGCTTTT-CATTTACTTTTGATTGTAAAAACGCCTTACT 2851
Query 2992 AGA-TCACGTTGTGTGATTCATTCAACCTC 3020
| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2852 AAAATCACGTTGTGTGATTCATTCAACCTC 2881
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 115489622840
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5