BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G02010.1
Length=2460
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg470074 jgi|Araly1|470074|fgenesh2_kg.1__28__AT1G02010.1 3831 0.0
> Ahg470074 jgi|Araly1|470074|fgenesh2_kg.1__28__AT1G02010.1
Length=2367
Score = 3831 bits (2074), Expect = 0.0
Identities = 2246/2323 (97%), Gaps = 35/2323 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 142 CTGTTTGGTTACCAATGTCGTTCTCCGATTCAGAGTCATCCTCTCACGGAGGAGGAGGAG 201
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 76 CTGTTGGGTTACCAATGTCGTTCTCCGATTCAGAGTCATCCTCTCAC------GGAGGAG 129
Query 202 GAGATTACAAGTTCTTTCGTCAGATCAGCCGCGATCGATTGCTCCACGAGATGCTTGGAT 261
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 130 GAGATTACAAGTTCTTTCGTCAGATCAGCCGCGATCGATTGCTACACGAGATGCTTGGAT 189
Query 262 CTACCAAAACCGGGGATTCTAAAGCTTGGAAGATACTAATAATGGATAGAGTTACGGTCA 321
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 190 CTACCAAAACCGGGGATTCTAAAGCTTGGAAGATACTAATAATGGATAGAGTTACGGTCA 249
Query 322 AAGTAATGTCTCAGTCTTGCAAGATGGCTGATATCACTGATCAAGGCATTTCCTTGGTAG 381
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 250 AAGTAATGTCTCAGTCTTGCAAGATGGCTGATATCACTGATCAAGGCATTTCCTTGGTGG 309
Query 382 AAGAACTTTTTAAGAGAAGGGAACCAATGCCTGGCATGGACGCTATCTACTTTATCCAAC 441
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 310 AAGAACTTTTTAAGAGAAGGGAACCAATGCCTGGCATGGACGCTATCTACTTTATCCAAC 369
Query 442 CTTCCAAAGAGAACATTGTCATGTTTCTATCCGACATGTCTGGCCGGGAACCCTTGTACA 501
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 370 CTTCCAAAGAGAACATTGTCATGTTTCTATCCGACATGTCTGGCCGGGAACCCTTGTACA 429
Query 502 GGAAGGCATTTATCTTTTTCAGTTCCACTATCCCCAAAGAATTGGTCAATCACATCAAAA 561
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 430 GGAAGGCATTTATCTTTTTCAGTTCCACTATCCCCAAAGAATTGGTCAATCACATCAAAA 489
Query 562 GTGATTCTAGCGTTTTACCACGCATTGGTGCTTTACGCGAGATGAACATGGAGTATTTCC 621
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 490 GTGATTCTAGCGTTTTACCACGCATTGGTGCTTTACGCGAGATGAACATGGAGTATTTCC 549
Query 622 CCATAGATAATCAGGGATTTCTAACTGATCATGAGCAAGCATTGGAAACGCTCTATGCTG 681
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 550 CCATAGATAATCAGGGATTTCTAACTGATCATGAGCAAGCACTGGAAACGCTCTATGCTG 609
Query 682 AAGATGCTGAGAATTCACGCCACTTTCATATTTGTTTGAATATTATGGCTACTAGAATTG 741
| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 610 ACGATGCTGAGAATTCACGCCACTTTAATATTTGTTTGAATATGATGGCTACTAGAATTG 669
Query 742 CTACCGTATTTGCTTCCCTCAAGGAACTACCCTTTGTTCGGTATCGAGCTGCTAAGTCCA 801
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 670 CTACCGTTTTTGCTTCACTCAAGGAACTACCCTTTGTTCGGTATCAAGCTGCTAAGTCCA 729
Query 802 CTGCTTCGAGGGACTTGGTTCCATCAAAGCTTGCTGCTGCAATTTGGGACTGTATCTCAA 861
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 730 CTGCTTCGAGGGACTTGGTTCCATCAAAGCTTGCTGCTGCAATTTGGGACTGTATCTCAA 789
Query 862 AATATAAAGCCATTCCCAACTTCCCCCAGACCGAAACATGTGAGCTGCTCATTGTGGATA 921
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 790 AATATAAAGCCATTCCCAACTTCCCCCAGACCGAAACATGTGAGCTGCTCATTGTGGATA 849
Query 922 GATCAGTGGATCAGATCGCTCCTATCATACACGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATG 981
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 850 GATCAGTGGATCAGATCGCTCCTATCATACATGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATG 909
Query 982 ATTTGCTTGACATGGAGGGGAATAAACATGTCATTGAGGTTCCCAGTAAAACTGGTGGGC 1041
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 910 ATTTGCTTGACATGGAGGGGAATAAACATGTCATTGAGGTTCCCAGTAAAACTGGTGGGC 969
Query 1042 CTCCGGAGAAAAAGGAGATAGTGCTTGAAGATCATGATCCAGTGTGGCTTGAGCTTCGAC 1101
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 970 CTCCGGAGAAAAAGGAGATAGTTCTTGAAGATCATGATCCAGTGTGGCTTGAGCTTCGAC 1029
Query 1102 ACACACATATAGCAGATGCTAGCGAGCGTTTGCATGAGAAAATGACCAACTTTGCTTCAA 1161
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1030 ACACACATATAGCAGATGCCAGCGAGCGTTTGCATGAGAAAATGACCAACTTTGCTTCAA 1089
Query 1162 AAAACAAAGCCGCACAAATGAGATCAAGGGACGGTAGCGAGTTGTCTACACGAGATCTAC 1221
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1090 AGAACAAAGCCGCACAAATGAGATCAAGGGACGGTAGCGAGTTGTCTACACGAGATCTAC 1149
Query 1222 AGAAAATAGTTCAGGCTTTGCCGCAATATGGAGAACAAGTTGACAAACTCTCCACTCATG 1281
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1150 AGAAAATAGTTCAGGCTTTGCCGCAATATGGAGAACAAGTTGACAAACTCTCCACTCATG 1209
Query 1282 TAGAGCTAGCTGGAAAAATTAATAGAATAATCAGAGACACAGGACTTCGGGATCTTGGGC 1341
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1210 TAGAGCTAGCTGGAAAAATTAATAGAATAATCAGAGACACAGGACTTCGGGATCTAGGGC 1269
Query 1342 AGCTGGAACAAGATCTTGTTTTTGGAGATGCAGGTGCCAAGGACGTTATCAACTTTCTGA 1401
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1270 AGCTGGAACAAGATCTTGTTTTTGGAGATGCAGGTGCCAAGGACGTTATCAACTTTCTGA 1329
Query 1402 GGACGAATCAGGACACAAACCCGGAAAACAAATTACGGCTTTTGATGATTTATGCAACAG 1461
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1330 GGACAAATCAGGACACAAACCCGGAAAACAAATTACGGCTATTGATGATTTATGCAACAG 1389
Query 1462 TGTACCCCGAGAAGTTTGAAGGTGACAAGGGTGTGAAGCTAATGCAGCTTGCTAGATTAT 1521
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1390 TGTACCCCGAGAAGTTTGAAGGTGACAAGGGTGTAAAGCTAATGCAGCTTGCTAGATTAT 1449
Query 1522 CACCTGTGGATATGAAGGTTATAAGCAACATGCAATTGATAGCTGGATCCCCAGAAAACA 1581
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1450 CACCTGTGGATATGAAGGTTATAAGCAACATGCAATTGATAGCTGGATCTCCAGAAAACA 1509
Query 1582 AAGCTAAGTCCGGTAGTTTCTCCCTCAAATTTGACGCTGGAAAGACAAAACAAGCAAACA 1641
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1510 AGGCTAAGTCCGGTAGTTTCTCCCTCAAATTTGACGCTGGAAAGACAAAACAAGCAAACA 1569
Query 1642 GGAAAGATCGATCTGGTGAAGAAGAAACATGGCAACTGTTCCGGTTTTATCCCATGATCG 1701
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1570 GGAAAGATCGATCTGGTGAAGAAGAAACATGGCAACTGTTCCGGTTTTATCCCATGATAG 1629
Query 1702 AGGAGCTGCTTGAGAAACTCGTGAAAGGCGATCTATCTAAAAGCGACTATCTATGTATGA 1761
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1630 AGGAGCTGCTTGAGAAACTCGTGAAAGGCGATCTATCTAAAAGCGACTATCTATGTATGA 1689
Query 1762 ACCAATCAAGTCATAAGGAGGAGAGTGAAGCAAGAACAGGATCTGTCAGGAAGAGTTCTG 1821
| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || || |||||||||||||
Sbjct 1690 ATCAATCAAGTCATAAGGAGGAGAGTGAACCAAGAACAGGGTCAGTAAGGAAGAGTTCTG 1749
Query 1822 CTCCTACAGCGGTTCCAGAGAGAAAAGCCACCCCTCATTCTATGAGATCAAGACGAACTG 1881
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1750 CTCCTACAGCGGTTCCAGAGCGAAAAGCCACCCCTCATTCTATGAGATCAAGACGAACTG 1809
Query 1882 CAACTTGGGCGCGTCCTCATTCTTCTGACGATGGATATTCCAGTGACTCAGTGTTGAAAA 1941
|||||||||||||||||||| ||| | | |||| | || ||||
Sbjct 1810 CAACTTGGGCGCGTCCTCAT------GAC--T-------C-AGTG--T---TG---AAAA 1845
Query 1942 GTGCTTCTACGGAGTTCAAGAAGCTGGGGCAACGCATCTTTGTATTCATAATTGGTGGGG 2001
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1846 GTGCTTCTACGGACTTCAAGAAGCTGGGGCAGCGCATCTTTGTATTCATTATTGGTGGGG 1905
Query 2002 CAACTCGATCCGAGCTCCGAGTTTGCCACAAGTTGACAAGCAGTTTGAGGAGAGAAGTGG 2061
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1906 CAACTCGATCCGAGCTCCGAGTTTGCCACAAGTTGACAAGCAGTTTGAGGAGAGAAGTGG 1965
Query 2062 TACTAGGCTCCACTAGTTTCGATGATCCCCCACAGTACATCACGAAGCTGAAATTGCTGT 2121
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1966 TACTAGGCTCCACTAGTTTCGACGATCCCCCACAGTACATCACGAAGCTGAAATTGCTGT 2025
Query 2122 CGGAAAAAGACATACAAGGGGCTCCTGCTCAGCCCTTCAAACCACAATACTGGTGAATTT 2181
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2026 CGGAAAAAGACATACAAGGGGCTCCTGCCCAGCCCTTCAAACCACAATACTGGTGAATTT 2085
Query 2182 GACACAGCTTGAGTCTCAAAAATGTATTTAGGAGAAGTaaaaaaaaaGGCTAATAATTTT 2241
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 2086 GACACAGCTTGAGTCTCAAAAATGTATTTAGGAGAAG-AAAAAATAAGGCTAATAATTTT 2144
Query 2242 GCAATTGAAAGAAGAGTGGATAAGTAAACCTTGTCCAGAGACAAGACTTGGGATCAGGTT 2301
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2145 GCAATTGAAAGAAGAGTGGATAAGTAAATCTTGTCCAGAGACAAGACTTGGGATCAGGTT 2204
Query 2302 AGTAGAAACGTTATGGTGAAGACTTATTTTTT---GTTCTTGCTTCTCCTTGACCCCAAA 2358
||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 2205 AGTAGAAACGTTATGGTGAAGACTTTTTTTTTATTGTTCTTGTTTCTCCTTGATCCCAAA 2264
Query 2359 CCGTCGCCTTTCCCTTAttttttttCTTCATATGGGTCATTT-GGTTCATACTCTATATA 2417
|| ||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2265 CCCTCGCCTTTCGCTTATTTTTATTCTTCATATGGATCATTTTGGTTCATACTCTATATA 2324
Query 2418 CTTTTGTGTCACAATTTAACTCTATATATTAGTCTCTACGTCG 2460
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2325 CTTTTGTGTCACAATTAAACTCTATATATTAGTCTCTACGTCG 2367
Score = 67.6 bits (36), Expect = 4e-10
Identities = 72/87 (83%), Gaps = 12/87 (14%)
Strand=Plus/Plus
Query 36 TGTTCCCAATTTGTAAGCGGAGCCATACAAACAATTTGATGAATTGATGATGAAGATGAA 95
||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| | ||| ||||||
Sbjct 1 TGTTCCCAAATTGTAAGCGGAGCCATACAAAC---------AATT--T-CTGACGATGAA 48
Query 96 AATGAAATCACTCCCCGTCTCCTCTTC 122
|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 49 AATGAAATCACTCCCCGTCTCCTCTTC 75
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 92711656330
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5