BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G02420.1
Length=1476
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg470202 jgi|Araly1|470202|fgenesh2_kg.1__156__AT1G02420.1 2416 0.0
> Ahg470202 jgi|Araly1|470202|fgenesh2_kg.1__156__AT1G02420.1
Length=1473
Score = 2416 bits (1308), Expect = 0.0
Identities = 1420/1475 (96%), Gaps = 4/1475 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 ATGATGATCCTCAAGCCTTTATCTTCTCACCACGTTTCCAATTTCCGTCTCTCTGTATCG 63
|||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGATGATCCTCAAGCCTTTGTCGTCTCAGTGCGCTTCCAATTTCCGTCTCTCTGTATCG 60
Query 64 TTTCTTCACAGCGTGGCACTATCG-GATGCGAAGGTTCCTGTAGAAGAAGAAGGCGATGA 122
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 61 TTTCTTCACAGCGTGGCACTATCGTG-TGCGAAGGTTCCTGTAGAAGAAGAAGATGTTGA 119
Query 123 CGCAGAAACTGTTTTCCGGATGATAAATGGATCAAATCTGCAAGTG-GAATTGAAGGAAT 181
||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 120 CGCCGAAACTGTTTTCCGGATGATCAATGGATCAAATCTGCAAG-GAGAATTGAAGGAAT 178
Query 182 CGTTGAGCTCTAGTGGAATCCACTTGTCCAAGGACTTAATCGATAGGGTTTTGAAAAGGG 241
|||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 179 CGTTGAGCTCTAGTGGAATCCATTTGTCAAAGGACTTAATCGATAGGGTTTTGAAAAGGG 238
Query 242 TAAGGTTTAGTCATGGGAACCCAATTCAAACCCTAGAGTTTTACAGGTACGCTAGTGCTA 301
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 239 TAAGGTTTAGTCATGGAAACCCAATTCAAACCCTAGAGTTTTACAGGTACGCTGGTGCTA 298
Query 302 TAAGAGGGTTTTATCATTCTTCGTTTTCTCTAGATACAATGCTTTATATTCTCGGTAGAA 361
|||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 GAAGAGGGTTTTACCATTCTTCGTTTTCTCTTGATACAATGCTTTATATTCTCGGTAGAA 358
Query 362 ATCGAAAGTTCGATCAAATTTGGGAGCTTTTGATTGAGACTAAGCGTAAGGATCGATCTT 421
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 359 ATCGAAAGTTCGATCAAATTTGGGAGATTTTGATTGAGACTAAGCGAAAGGATCGATCTT 418
Query 422 TGATATCTCCAAGGACGATGCAAGTTGTGTTAGGTAGAGTTGCTAAGTTGTGTTCCGTTA 481
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 TGATATCTCCAAGGACGATGCAAGTTGTGTTAGGTAGAGTTGCTAAGTTGTGTTCCGTTA 478
Query 482 GACAAACTGTTGAATCTTTCTGGAAGTTTAAGAGATTGGTTCCTGATTTCTTTGACACGG 541
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 479 GGCAAACTGTTGAGTCTTTCTGGAAGTTTAAGAGATTGGTTCCTGATTTCTTTGATACGG 538
Query 542 CTTGTTTCAATGCTCTCTTGAGAACTCTTTGCCAAGAGAAGAGTATGACTGATGCTAGGA 601
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 CTTGTTTCAATGCTCTCTTGAGAACTCTTTGCCAAGAGAAGAGTATGACTGATGCTAGGA 598
Query 602 ATGTGTATCATAGCTTGAAGCATCAGTTTCAGCCTGATTTGCAGACTTTTAATATACTTT 661
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 599 ATGTGTATCATAGCTTGAAGCATCAGTTTCAGCCTGATTTGCATACTTTTAATATACTTT 658
Query 662 TATCGGGTTGGAAATCATCGGAAGAAGCGGAAGCTTTCTTCGAGGAAATGAAGGGAAAGG 721
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 659 TATCGGGTTGGAAATCATCGGAAGAAGCGGAAGCTTTCTTTGAGGAAATGAAGGGAAAGG 718
Query 722 GGCTAAAACCTGATGTGGTTACGTATAACTCTTTGATTGATGTGTATTGCAAGGATAGAG 781
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 GGCTAAAACCTGATGTGGTGACGTATAACTCTTTGATTGATGTGTATTGCAAGGATAGAG 778
Query 782 AGATTGAGAAAGCTTATAAGTTGATAGATAAGATGCGAGAGGAGGAGGAAACTCCCGATG 841
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||
Sbjct 779 AGATTGAGAAAGCTTATAAGTTGATAGATAAGATGCGTGAGGAGGATGAAACTCCGGATG 838
Query 842 TTATAACTTATACAACTGTTATAGGTGGGTTGGGGTTAATCGGTCAGCCTGATAAAGCTA 901
|||||||||| |||||| ||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 TTATAACTTACACAACTATTATAGGCGGTTTGGGGTTGATCGGTCAGCCTGATAAAGCTA 898
Query 902 GAGAAGTTTTAAAGGAAATGAAGGAGTATGGGTGTTATCCTGATGTTGCGGCTTATAATG 961
|||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 GAGAGGTTTTAATGGAAATGAAGGAGTATGGATGTTATCCTGATGTTGCGGCTTATAATG 958
Query 962 CTGCTATTAGGAATTTTTGCATAGCGAGGAGGCTCGGGGATGCGGATAAGTTGGTGGATG 1021
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 CTGCTATTAGGAATTATTGCATAGCGAGGAGGCTCGGGGATGCGGATAAGTTGGTGGATG 1018
Query 1022 AGATGGTGAAGAAGGGTTTGTCTCCGAATGCGACTACTTATAATCTGTTTTTCCGTGTTT 1081
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 AGATGGTGAAGAAGGATTTGTCTCCGAATGCGACTACTTATAATCTGTTTTTCCGTGTTT 1078
Query 1082 TATCGTTGGCAAATGATTTGGGACGGTCTTGGGAGCTGTATGTGAGAATGTTGGGGAATG 1141
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 1079 TATCGTTGGCAAATGATTTGGGAAGGTCTTGGGAGCTGTATGAGAGAATGTTGGGGAACG 1138
Query 1142 AGTGTTTGCCGAATACACAATCCTGTATGTTCTTGATTAAGATGTTTAAGAGACACGAGA 1201
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 GGTGTTTGCCGAATACCCAATCCTGTATGTTCTTGATTAAGATGTTTAAGAGACACGAGA 1198
Query 1202 AAGTGGATATGGCGATGCGGTTGTGGGAAGATATGGTGGTAAAAGGTTTTGGTTCATATA 1261
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 AAGTGGATATGGCGATGCGGTTGTGGGAAGATATGGTGGTAAAAGGTTTTGGTTCATATA 1258
Query 1262 GTTTGGTTTCAGATGTGCTTTTGGATTTGCTTTGTGATTTGGCTAAAGTCGAAGAAGCTG 1321
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 GTTTGGTTTCAGATGTGCTTTTGGATTTGCTTTGTGATTTGGCTAAAGTCGAAGAAGCTG 1318
Query 1322 AGAAATGTTTGCTTGAGATGGTTGAGAAAGGTCATAGACCGAGTAATGTCTCGTTTAAAA 1381
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 1319 AGAAATGTTTGCTTGAGATGGTTGAGAAAGGTCATAGACCGAGCAATGTCTCATTTAAAA 1378
Query 1382 GGATCAAGTTGTTGATGGAGCTAGCAAATAAGCACGATGAGGTTAATAACTTGATACAAA 1441
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1379 GGATAAAGTTGTTGATGGAGCTAGCAAATAAGCATGATGAGGTTAATAACTTGATACAGA 1438
Query 1442 AGATGGCTATTTTCAGTACAGAGATTCCGCGTTAA 1476
|||||||||||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 1439 AGATGGCTATTTTCGGTACAGAGATTCCGCGATAA 1473
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 55230855250
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5