BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G03000.1
Length=3100
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg470277 jgi|Araly1|470277|fgenesh2_kg.1__231__AT1G03000.1 4608 0.0
> Ahg470277 jgi|Araly1|470277|fgenesh2_kg.1__231__AT1G03000.1
Length=2952
Score = 4608 bits (2495), Expect = 0.0
Identities = 2789/2928 (95%), Gaps = 32/2928 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 85 GAATTCGATTTGATTCCGTTGCAATGGTGGAGAGACGGAATCCTCTGGTTCTATCATCCA 144
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1 GAATTCGATTTGATTCCGTTGCAATGGTGGAGAGACGGAATCCTTTGGTTCTATCATCCA 60
Query 145 CAAGAAGTACTCTCCGTTCAGTGCTCAATTCGTCACAACCCAGCTCTGCCGACGGCGACC 204
| ||||| || ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 61 CCAGAAGCACACTCCGTTCAGTGCTCGGTTCGTTACAACCCAGCTCTGCCGATGGTGACC 120
Query 205 GAGTTCTGAAT-A--A----A--------GACGG-T--GACTTGTTACGAGGGAACGCTA 246
||||||||||| | | | | ||| | ||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 121 GAGTTCTGAATCACGACGGGATTGTTTTGGGCGGATCCGACTTGTCACGAGGGAACGTTA 180
Query 247 GGTTGTCTGCGGGCATTCTCCGGTGGCGGAAGGACGGAGAAAATGTTTCCGATGCAAAAT 306
||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ATTTGTCTGCGGGAATTCTCCGGTGGCGGAGGGACGGAGAAAATGTTTCCGATGCAAAAT 240
Query 307 TGGATTCTTTAGATGACTCTGCATTGGTTGGACTCTCCACTCAATTGCTTAAGAGACTAT 366
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TGGATTCTTTAGATGACTCTGCATTGGTTGGGCTCTCCACTCAATTGCTTAAGAGACTAT 300
Query 367 CTATCAACTCTGGTTCTTTGGTTGTTGTCAAGAACATTGAGATAGGCATTCAAAGGGTTG 426
||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 301 CTATCAATTCTGGTTCTTTGGTTGTTATCAAGAACATTGAGATAGGCATTCAACGGGTTG 360
Query 427 CGCAAGTTGTTGTACTTGATCCTCCCAAGACGACGCTGGAAGATGCATCTCTCACTCAAG 486
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 361 CGCAAGTTGTTGTACTTGATCCTCCCAAGACGACGCTGGAAGATGCATCTGTCACTCAAG 420
Query 487 TACCTGTTTCGGACTCTCTTCATACGATGCTTGTCTTTCCCACTTATGATTTGATGGGCC 546
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 421 TGCCTGTTTCGGACTCTCTTCATACGATGCTTGTCTTTCCCACTTATGATTTGATGGCCC 480
Query 547 AGCAGTTATTAGATCAAGAGGTTGCTTACTTGTCCCCAATGTTAGCTTTTAATCTTAGCT 606
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 AGCACTTGTTAGATCAAGAGGTTGCTTACTTGTCCCCAATGTTAGCTTTTAATCTTAGCT 540
Query 607 TGCACATATCTTGCCTGAAATCCCTCGTACATCGAGGGAACGGGGTCTTAGAGAAGTATT 666
|||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TGCATATATCTTGCCTGAAATCCCTCGTCCACCGAGGGAACGGGGTCTTAGAGAAGTATT 600
Query 667 TTGAAGCTAAGTGTGATGAGGAGTTTATCGGAAAATCTGCAGAAGATGGGTCGAAGATTG 726
|||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||
Sbjct 601 TTGAAGCTAAGTTTGACGAGGAGTTTATCGGAAAATCTGCGGCAGATGGGTTGAAGATTG 660
Query 727 GTTTGGATTTGGAACCCGTGTCCCAAGTTCCAGGCTATGCATCACATCTGAGAGTTTCTT 786
|||||||||||||||| ||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GTTTGGATTTGGAACCTGTGTCTGATGTCCCAGGCTATGCATCACATCTGAGAGTTTCTT 720
Query 787 TTGTTAAAATCCCAGAGTGTGGTACCATCCCATCCCTGAAAGTCAATTCGTCATTTGAAG 846
|||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 721 TTGTTAAAATCCCAGAGTGTGGTACCATTCAATCCCTGAAACTCAATTCGTCATTTGAAG 780
Query 847 CTGAAGAGCGACAAGGGTTAATAGATTCTGCATTACAGAAGTATTTTGGAACTGATAGAC 906
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 CTGAAGAGCGACAAGGGTTAATAGATTCTGCATTACATAAGTATTTTGGAACTGATAGAC 840
Query 907 AGCTATCAAGAGGCGATATATTTCGCATTTACATTGACTGGAATTGTGGTTCAAGCATTT 966
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 AGCTGTCAAGAGGCGATATATTTCGCATTTACATTGACTGGAATTGTGGTTCAAGCATTT 900
Query 967 GTAATCCATGTAGTCAAAGGTTGTGCTCCGAAAGCGACGACTATATATATTTTAAGGTTA 1026
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 GTATTCCATGTAGTCAAAGGTTGTGCTCCGAAAGCGACGACTATATATATTTTAAGGTTA 960
Query 1027 TTGCGATGGAACCTTCTAATGAGAGGTTTCTTCGAGTGAATCACTCCCAAACCGCCCTTG 1086
| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TCGCGATGGAACCTTCTAATGAGAGGTATCTTCGAGTCAATCACTCCCAAACCGCCCTTG 1020
Query 1087 TCCTTGGAGGAACTGTATCTTCTGGTCTTCCACCAGATTTACTGGTGTATAGATCAAAGG 1146
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1021 TCCTTGGAGGAACTGTATCTTCTGGTCTTCCACCAGATTTGCTGGTGTATAGATCAAAGG 1080
Query 1147 TTCCTATGCCATTGCAGGAGGAGACAGTAAATATTTTGGCATCGGTGCTTTCACCACCTC 1206
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1081 TTCCTATGCCCTTGCAGGAGGAGACAGTAAATATTTTGGCATCAGTGCTTTCACCACCTC 1140
Query 1207 TCTGCCCATCAGCACTCGCCTCAAAACTCAGGGTTGCTGTTTTACTGCATGGTATACCAG 1266
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 1141 TCTGCCCATCAGCACTCGCCTCAAAACTCAGGGTTGCTGTTTTACTGCATGGTCTGCCAG 1200
Query 1267 GGTGTGGGAAGAGAACTGTTGTTAAATATGTTGCTAGGAGGTTGGGGCTGCATGTAGTTG 1326
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GGTGCGGGAAGAGAACTGTTGTTAACTATGTTGCTAGGAGGTTGGGGCTGCATGTAGTTG 1260
Query 1327 AATTTAGCTGCCACAGTTTATTAGCATCATCTGAGAGGAAAACATCTACTGCTTTGGCCC 1386
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 AATATAGCTGCCACAGTTTATTAGCATCATCTGAGAGGAAAACATCTACTGCTTTGGCCC 1320
Query 1387 AGACTTTTAATATGGCACGAAGGTATTCACCAACGATACTTTTGCTTCGCCATTTCGATG 1446
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1321 AGACTTTTAATATGGCACGAAGGTATTCACCAACGATACTTCTGCTTCGCCATTTCGATG 1380
Query 1447 TTTTTAAAAATCTGGGCTCTCAGGATGGTTCACTGGGTGACCGAGTTGGTGTGTCCTTTG 1506
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
Sbjct 1381 TTTTTAAAAATCTGGGCTCTCAGGATGGTTCACTGGGTGATCGAGTTGGTGTGTCCTCTG 1440
Query 1507 AGATTGCATCGGTTATTAGGGAACTCACTGAGCCAGTTTCTAATGG-G--GACAGTTCCA 1563
|||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 1441 AGATTGCATCCGTGATTAGGGAACTCACTGATCCAGTTTCTAATGGTGAAAACAGTTCCA 1500
Query 1564 TGGAAGAAAAATCGAATAGCAATTTCTCTGAAAATGAAGTTGGAAAGTTTAGGGGACATC 1623
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1501 TGGAAGAAAAATCGAATAGCAATTTCTCTGAAGATGAAGTTGGGAAGTTTAGGGGACATC 1560
Query 1624 AAGTGCTGCTAATCGCATCTGCTGAAAGTACTGAGGGTATCTCTCCAACAATCAGGCGTT 1683
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1561 AAGTGCTATTAATCGCATCTGCTGAAAGTACTGAGGGTATCTCTCCAACAATTAGGCGTT 1620
Query 1684 GCTTTAGCCATGAAATACGTATGGGTTCTTTGAATGACGAACAGAGATCTGAAATGCTGT 1743
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 GCTTTAGTCATGAAATACGTATGGGTTCTTTGAATGACGAACAGAGATCTGAAATGCTGA 1680
Query 1744 CTCAGTCCCTCCAAGGCGTTTCTCAATTCCTTAATATTAGCTCAGATGAATTTATGAAAG 1803
||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1681 CTCAGTCCCTCCAAGGCGTCTCTCAATTCCTTAATACCAGCTCAGATGACTTTATGAAAG 1740
Query 1804 GATTGGTGGGACAGACTTCTGGCTTCCTTCCCCGGGACTTGCAAGCTCTTGTAGCTGATG 1863
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1741 GATTGGTGGGACAGACTTCTGGCTTCCTTCCTCGGGACTTGCGTGCTCTTGTAGCTGATG 1800
Query 1864 CTGGTGCCAACTTATACATCAGTCAAGAGTCCGAGACCAAGAAAATTAACTCTCTGTCAG 1923
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1801 CTGGTGCCAACTTATATATCAGTCAAGAGTCCGAGACCAAGAAAGTTAACTCTCTGTCAG 1860
Query 1924 ATGATCTTCATGGAGTTGATATACACCAGGCAAGCCAAATAGATAACAGCACTGA-GAAA 1982
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| || ||| | ||| | |
Sbjct 1861 ATGATCTTCATGGAGTTGATGTACACCAGGCAAGCCAATTAGGTATCAGTAGTGATG-CA 1919
Query 1983 TTAACAGCTAAGGAAGACTTTACCAAAGCTTTGGATCGATCAAAGAAGAGAAATGCATCA 2042
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 TTAACAGCTAAGGAAGACTTTACCAAAGCTTTAGATCGATCAAAGAAGAGAAATGCATCA 1979
Query 2043 GCCCTTGGTGCTCCTAAGGTTCCAAATGTGAAATGGGATGATGTTGGTGGGCTTGAGGAT 2102
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 GCCCTTGGTGCTCCTAAGGTTCCAAATGTGAAATGGGATGATGTTGGTGGGCTTGAGGAT 2039
Query 2103 GTGAAGACATCGATATTGGACACAGTTCAACTACCTCTCCTGCATAAAGATTTATTTTCG 2162
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 GTGAAGACATCGATATTGGACACAGTTCAATTACCTCTCCTGCATAAAGATTTATTTTCG 2099
Query 2163 TCCGGATTGCGTAAACGTTCTGGTGTACTTCTCTATGGCCCTCCAGGAACAGGGAAAACT 2222
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 TCCGGATTGCGTAAACGTTCTGGTGTACTTCTCTATGGCCCTCCAGGAACAGGGAAAACT 2159
Query 2223 TTACTGGCAAAAGCTGTGGCGACAGAGTGCTCCTTAAATTTCCTCAGTGTAAAGGGTCCA 2282
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 TTACTGGCAAAAGCTGTGGCGACAGAGTGCTCCTTAAATTTCCTCAGTGTAAAGGGTCCA 2219
Query 2283 GAATTAATCAACATGTATATTGGAGAGTCAGAGAAAAATGTTCGAGATATATTTGAAAAG 2342
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 GAATTAATAAACATGTATATTGGAGAGTCAGAGAAAAATGTTCGAGATATATTTGAAAAG 2279
Query 2343 GCAAGGTCAGCGCGACCTTGTGTGATCTTCTTTGATGAGCTTGATTCTCTTGCTCCAGCT 2402
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 GCAAGGTCAGCGCGACCTTGTGTGATCTTCTTTGATGAGCTTGATTCTCTTGCTCCAGCT 2339
Query 2403 CGAGGTGCTTCTGGTGATTCTGGAGGAGTCATGGATCGAGTGGTATCTCAGATGCTTGCA 2462
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2340 CGAGGTGCTTCTGGTGATTCTGGAGGAGTCATGGATCGAGTGGTCTCTCAGATGCTTGCA 2399
Query 2463 GAGATCGATGGACTCAGCGACTCTTCCCAGGATCTGTTTATTATAGGAGCAAGCAACAGA 2522
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2400 GAGATTGATGGACTCAGCGACTCTTCCCAGGATCTGTTTATTATAGGAGCAAGCAACAGA 2459
Query 2523 CCTGACTTGATTGATCCAGCTCTTTTACGGCCTGGCAGATTCGACAAACTTCTATATGTT 2582
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2460 CCTGACTTGATTGATCCAGCTCTTTTACGGCCTGGCAGATTCGACAAACTTCTGTATGTT 2519
Query 2583 GGAGTCAACGCTGATGCGTCTTACAGGGAAAGGGTACTTAAAGCACTGACTCGGAAATTT 2642
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||
Sbjct 2520 GGAGTCAACGCTGATGCGTCTTACAGGGAAAGGGTCCTCAAAGCACTAACTCGGAAATTC 2579
Query 2643 AAGTTAAGCGAAGATGTATCTCTTTATTCAGTAGCAAAGAAGTGTCCCTCTACATTCACC 2702
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2580 AAGTTAAGCGAAGATGTATCTCTTTATTCAGTAGCAAAGAAGTGTCCCTCTACATTCACC 2639
Query 2703 GGCGCTGATATGTACGCCTTGTGTGCTGATGCTTGGTTTCAGGCAGCTAAGCGAAAGGTG 2762
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2640 GGCGCTGATATGTACGCATTGTGTGCTGATGCTTGGTTTCAGGCAGCTAAGCGAAAGGTC 2699
Query 2763 TCAAAATCGGATTCAGGGGATATGCCTACAGAAGAAGATGATCCCGATTCAGTCGTTGTA 2822
|||||||| |||||||||||| | ||| ||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 2700 TCAAAATCAGATTCAGGGGATTTTCCTCCAGAAGA---TGATCCGGATTCAGTCGTTGTA 2756
Query 2823 GAGTATGTGGATTTTATAAAGGCAATGGATCAGCTCTCGCCATCACTCTCCATAACTGAG 2882
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2757 GAGTATGTGGATTTTATAAAGGCAATGGATCAGCTCTCGCCATCACTCTCCATAACTGAG 2816
Query 2883 CTTAAGAAGTATGAGATGCTTCGAGATCAATTTCAAGGCCGTTCGAGCTAAACCCCTCTC 2942
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |
Sbjct 2817 CTTAAGAAGTATGAGATGCTTCGAGATCAATTTCAAGGCCGTTCCAGCTAAACCCTTC-C 2875
Query 2943 AGTACATAA-AAATTAGC-T-TATAATGAAGACATTTCATAttttttt 2987
|| | || |||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2876 --TAAACAAGAAATTAGCATATATAATGGAGACATTTCATATTTTTTT 2921
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 117089413130
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5