BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G03190.1
Length=2578
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg470299 jgi|Araly1|470299|fgenesh2_kg.1__253__AT1G03190.1 4006 0.0
> Ahg470299 jgi|Araly1|470299|fgenesh2_kg.1__253__AT1G03190.1
Length=2437
Score = 4006 bits (2169), Expect = 0.0
Identities = 2358/2447 (96%), Gaps = 21/2447 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 127 GGAGG-A-AG-AAGATGATCTTTAAAATCGAAGACGTAACTGTCTACTTCCCTTATGACA 183
||||| | || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GGAGGAAGAGAAAGATGATCTTCAAGATCGAAGACGTAACTGTCTACTTCCCTTATGACA 60
Query 184 ACATATATCCAGAACAATATGAATACATGGTTGAATTGAAGCGAGCCCTAGACGCTAAGG 243
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ACATATACCCAGAACAATACGAATACATGGTTGAATTGAAGCGAGCCCTAGACGCTAAGG 120
Query 244 GACATTGTCTTCTCGAGATGCCTACCGGAACTGGTAAAACCATTGCTCTTCTCTCTCTAA 303
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GACATTGTCTTCTCGAGATGCCTACCGGAACTGGCAAAACCATTGCTCTTCTCTCTCTAA 180
Query 304 TCACCAGCTATCGACTCTCTCGTCCTGATTCTCCGATCAAGCTTGTTTACTGTACTCGTA 363
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 181 TCACCAGCTATCGACTCTCTCGTCCTGATTCTCCGATCAAGCTTGTCTACTGTACTCGTA 240
Query 364 CTGTCCACGAGATGGAGAAAACGTTAGGTGAGCTTAAGCTACTACATGACTACCAAGTAC 423
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CTGTCCACGAGATGGAGAAAACATTGGGTGAGCTTAAGCTACTACATGACTACCAAGTAC 300
Query 424 GCCATCTCGGCACCCAGGCTAAGATCCTCGCCCTTGGTCTTTCCTCTCGGAAGAATCTTT 483
||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GCCATCTCGGCGCCCAGGCTAAGATCCTCGCCATTGGTCTTTCCTCTCGGAAGAATCTTT 360
Query 484 GCGTTAATACTAAGGTTTTAGCAGCCGAGAATCGTGATTCTGTTGATGCGGCCTGTAGGA 543
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 361 GCGTTAATACTAAGGTTTTAGCTGCCGAGAATCGTGATTCTGTTGATGCCGCCTGTAGGA 420
Query 544 AACGAACTGCTAGCTGGGTTAGGGCTTTGTCCACGGAGAATCCAAATGTAGAACTCTGTG 603
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 AACGGACTGCTAGTTGGGTTAGGGCTTTGTCCACGGAGAATCCAAATGTAGAACTCTGTG 480
Query 604 ACTTCTTTGAGAACTATGAAAAGGCTGCTGAGAATGCGTTGTTGCCTCCTGGTGTTTATA 663
||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 ACTACTTTGAGAACTATGAAAAGGCTGCTGACAATGCGTTGTTGCCTCCTGGTGTTTATA 540
Query 664 CTTTAGAGGATCTAAGGGCGTTTGGTAAGAATCGTGGATGGTGCCCTTACTTTCTCGCGA 723
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CTTTAGAGGATCTAAGGGCGTTTGGTAAGAATCGTGGATGGTGCCCTTACTTTCTCGCGA 600
Query 724 GGCATATGATTCAGTTCGCCAACGTTATTGTTTACAGCTACCAATACCTACTGGATCCTA 783
|||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 601 GGCATATGGTTCAGTTCGCCAACGTTATTGTTTATAGCTACCAATACTTACTGGATCCTA 660
Query 784 AGGTTGCTGG-GTTCATATCAAAGGAGTTACAAAAAGAGTCAGTTGTAGTGTTTGACGAG 842
|||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 AGGTTGCTGGAATT-ATATCAAAGGAGTTACAAAAGGAGTCAGTTGTAGTGTTTGACGAG 719
Query 843 GCCCATAATATCGATAACGTGTGTATTGAAGCACTCAGCGTCAGTGTGAGGAGGGTTACA 902
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 GCCCATAATATCGATAACGTGTGTATTGAAGCACTCAGCGTCAGTGTGAGGAGGGTTACA 779
Query 903 CTTGAAGGAGCTAATCGAAATCTTAATAAGATAAGGCAAGAAATTGATAGGTTCAAGGCT 962
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 CTTGAAGGAGCTAATCGAAATCTTAATAAGATTAGGCAAGAAATTGATAGGTTCAAGGCT 839
Query 963 ACTGATGCAGGAAGATTGCGAGCTGAATACAACCGGCTGGTTGAGGGTTTAGCACTGAGA 1022
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 ACTGATGCAGGAAGATTGCGAGCTGAATACAACCGGCTGGTTGAGGGTTTAGCACTGAGA 899
Query 1023 GGGGACTTATCTGGAGGTGATCAATGGCTTGCAAACCCTGCACTGCCTCATGATATTCTA 1082
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 900 GGGGACTTATCTGGAAGTGATCAATGGCTTGCAAACCCTGCACTGCCCCATGATATTCTA 959
Query 1083 AAGGAGGCTGTCCCGGGGAATATTAGACGGGCTGAGCATTTTGTGCATGTTTTACGCCGA 1142
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 960 AAGGAGGCTGTCCCGGGGAATATCAGACGGGCTGAGCATTTTGTGCATGTTTTACGTCGA 1019
Query 1143 TTACTTCAGTACTTGGGGGTACGGCTGGACACTGAGAATGTAGAGAAAGAAAGCCCTGTT 1202
||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 TTACTTCAGTATTTGGGGGTACGGCTTGACACTGAGAACGTAGAGAAAGAAAGCCCTGTT 1079
Query 1203 AGCTTTGTATCGTCACTGAATTCTCAGGCTGGAATTGAGCAGAAAACACTGAAGTTCTGT 1262
|||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 AGCTTTGTATCGTCGCTGAATTCACAGGCTGGCATTGAGCAGAAAACACTGAAGTTCTGT 1139
Query 1263 TATGACCGGCTCCAGTCTCTCATGCTAACCCTTGAAATTACAGATACAGATGAGTTTTTG 1322
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 TATGACCGGCTCCAGTCTCTCATGCTAACCCTTGAAATTACAGATACAGATGAGTTTTTG 1199
Query 1323 CCTATCCAGACAGTGTGCGACTTTGCAACTCTTGTTGGGACATATGCCCGGGGATTTTCC 1382
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 CCTATCCAGACAGTGTGCGACTTTGCAACTCTTGTTGGGACATATGCCCGGGGATTTTCC 1259
Query 1383 ATCATCATCGAGCCTTATGACGAGAGAATGCCCCATATTCCAGATCCTATATTGCAGTTG 1442
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 ATCATAATTGAGCCTTATGACGAGAGAATGCCCCATATTCCAGATCCTATATTGCAGTTG 1319
Query 1443 AGCTGTCATGATGCGTCTCTGGCGATCAAACCGGTGTTTGATCGTTTCCAGTCAGTCGTG 1502
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1320 AGCTGTCATGATGCGTCTCTGGCGATCAAACCGGTGTTTGATCGTTTCCAATCAGTCGTG 1379
Query 1503 ATTACATCAGGCACATTGAGCCCAATTGATCTTTACCCCCGTCTTCTTAATTTCACTCCT 1562
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||
Sbjct 1380 ATTACATCAGGCACGTTGAGCCCAATTGATCTTTATCCACGTCTTCTTAGTTTCACTCCT 1439
Query 1563 GTTGTTAGTCGAAGCTTTAAGATGTCAATGACACGAGACTGCATCTGCCCTATGGTTCTA 1622
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 GTTGTTAGTCGAAGCTTTAAGATGTCAATGACACGAGACTGCATCTGCCCTATGGTTCTG 1499
Query 1623 ACTCGGGGAAGTGATCAGCTTCCTGTTAGCACCAAATTTGACATGAGAAGTGATCCTGGT 1682
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 ACTCGGGGAAGTGATCAGCTTCCTGTTAGCACCAAATTTGACATGAGAAGTGATCCTGGT 1559
Query 1683 GTTGTGAGGAATTACGGAAAGCTTTTGGTAGAGATGGTATCTATTGTTCCTGATGGAGTT 1742
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 GTTGTGAGGAATTACGGAAAGCTTTTGGTAGAGATGGTATCTATTGTTCCTGATGGAGTT 1619
Query 1743 GTCTGCTTCTTTGTTAGTTACTCATATATGGATGGCATTATTGCTACATGGAATGAAACT 1802
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 GTCTGCTTCTTTGTTAGCTACTCATACATGGATGGCATTATTGCTACATGGAATGAAACT 1679
Query 1803 GGAATTCTGAAGGAAATAATGCAACAGAAGCTTGTTTTCATTGAAACACAAGATGTTGTA 1862
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 GGAATTCTGAAGGAAATAATGCAACAGAAGCTTGTTTTCATTGAAACACAAGATGTTGTA 1739
Query 1863 GAAACAACATTGGCACTGGATAATTATCGCAGGGCTTGCGATTGCGGAAGAGGTGCAGTT 1922
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1740 GAAACAACATTGGCACTGGATAATTATCGCAGGGCTTGCGATTGCGGAAGAGGTGCTGTT 1799
Query 1923 TTCTTCTCTGTGGCCAGGGGGAAAGTTGCTGAAGGTATCGATTTTGATCGTCATTATGGA 1982
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 TTCTTCTCTGTGGCCAGGGGGAAAGTTGCTGAAGGTATCGATTTTGATCGTCATTATGGA 1859
Query 1983 AGACTGGTTGTAATGTACGGAGTACCATTCCAGTATACATTAAGCAAGATATTACGAGCA 2042
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 AGACTGGTTGTAATGTACGGAGTACCATTCCAGTATACATTAAGCAAGATATTACGAGCA 1919
Query 2043 AGATTGGAGTATTTGCACGATACATTTCAAATAAAAGAAGGCGATTTCCTAACTTTTGAT 2102
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 AGATTGGAGTATTTGCATGATACGTTTCAAATAAAAGAAGGCGATTTCCTAACTTTTGAT 1979
Query 2103 GCCTTGAGGCAAGCAGCTCAATGTGTAGGGCGAGTAATCCGGTCAAAGGCTGATTATGGG 2162
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1980 GCCTTGAGGCAAGCAGCTCAATGTGTAGGGCGAGTAATCCGGTCAAAGGCTGACTATGGG 2039
Query 2163 ATGATGATATTTGCAGACAAAAGATACAGCCGTCATGATAAGCGGTCCAAACTACCTGGT 2222
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 ATGATGATATTTGCAGACAAAAGATATAGCCGTCATGATAAGCGGTCCAAACTACCTGGT 2099
Query 2223 TGGATACTTTCGCATCTGCGTGATGCACACTTGAATCTAAGCACTGATATGGCTATTCAC 2282
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2100 TGGATACTTTCGCATCTGCGTGATGCACACTTGAATCTAAGCACTGACATGGCTATTCAC 2159
Query 2283 ATTGCTCGAGAGTTTCTTCGGAAAATGGCTCAACCGTATGATAAGGCGGGTACAATGGGA 2342
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 2160 ATTGCTCGCGAGTTTCTTCGGAAAATGGCTCAACCGTATGATAAGGCGGGGACTATGGGA 2219
Query 2343 AGGAAAACTCTGTTGACACAAGAAGATTTGGAGAAGATGGCTGAGACTGGTGTGCAAGAC 2402
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2220 AGGAAAACTCTGTTGACACAAGAAGATTTGGAGAAGATGGCTGAGACCGGTGTGCAAGAC 2279
Query 2403 ATGGCTTATTAGTAAATCAGTTTGTTTGTTATTTTTTGGTTTAGGTCAATCAAAAATTGT 2462
|||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| ||| | |||||| || |
Sbjct 2280 ATGGCTTATTAGTAAACCAGTTTGTGTGTTTTTTTTTTTTTTTT-T---TCAAAACTT-T 2334
Query 2463 TGTAGCAAAAATT-TTCACTGTAGG-T---AT-TTTGTTCTTTT-TCTTGATGATTTTCA 2515
||||||||| ||| || |||| | || ||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 2335 CATAGCAAAAAAAATTC-CTATAGGGTGCCATATTTGTTCTTTTGTC--GATGATTTTCA 2391
Query 2516 AGAATCGAATTGAAATTTAAGGCTCGTAAAAGTTTCGTTTTGGTTTT 2562
|||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||| |||
Sbjct 2392 AGAATCGAATTGAAATTTAAAGCTCGTAAAAGTT-CGGTTTGGGTTT 2437
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 97206305240
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5