BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G03370.1
Length=3769
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg919005 jgi|Araly1|919005|scaffold_100286.1 3275 0.0
> Ahg919005 jgi|Araly1|919005|scaffold_100286.1
Length=5659
Score = 3275 bits (1773), Expect = 0.0
Identities = 1960/2053 (95%), Gaps = 2/2053 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 324 TTCATCAGCGTCGGCGAGATGAAGCTTCAGGTCCGAGTCGTGGAAGCGAGGAATCTACCG 383
||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2511 TTCCTCATCGTCGTCGAGATGAAGCTTCAGGTCCGAGTCGTGGAAGCGAGGAATCTACCG 2570
Query 384 GCTATGGATCTCAATGGGTTTAGCGACCCTTACGTTAGATTGCAGCTGGGAAAGCAAAGG 443
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||
Sbjct 2571 GCTATGGATCTCAATGGGTTTAGCGACCCTTACGTCAGATTGCAGCTGGGAAAACAGAGG 2630
Query 444 TCACGGACCAAAGTAGTGAAGAAGAACTTGAACCCCAAATGGACTGAAGATTTCAGTTTT 503
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2631 TCACGGACCAAAGTAGTGAAGAAGAACTTGAACCCCAAATGGGCTGAAGATTTCAGTTTT 2690
Query 504 GGCGTCGACGATTTGAACGACGAACTCGTCGTCTCTGTTCTTGATGAAGATAAATACTTC 563
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2691 GGCGTCGACGATTTGAATGACGAACTCGTCGTCTCTGTTCTTGATGAGGATAAATACTTC 2750
Query 564 AACGATGACTTCGTTGGGCAGGTTAGAGTTTCTGTTTCCCTTGTTTTCGATGCAGAGAAT 623
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2751 AACGATGACTTCGTTGGTCAGGTTAGAGTTTCTGTTTCCCTTGTTTTCGATGCAGAGAAT 2810
Query 624 CAATCTCTTGGCACTGTTTGGTATCCTCTTAATCCAAAGAAGAAAGGTTCCAAAAAGGAT 683
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2811 CAATCTCTTGGCACTGTTTGGTATCCTCTTAACCCAAAGAAGAAAGGTTCCAAAAAGGAT 2870
Query 684 TGTGGTGAGATACTTTTGAAGATATGTTTCAGTCAGAAGAACTCGGTTCTTGATTTGACT 743
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2871 TGTGGTGAGATACTTTTGAAGATATGTTTCAGTCAGAAGAACTCGGTTCTTGATTTGACT 2930
Query 744 TCTAGTGGGGATCAAACCTCTGCTTCGAGGAGTCCTGACTTGAGACTAGAATCACCTATT 803
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 2931 TCTAGTGGGGATCAAGCCTCTGCTTCGAGGAGTCCTGACTTGAGATTGGAATCACCTATT 2990
Query 804 GATCCCTCTACTTGTGCCTCTCCTTCTAGATCAGATGATGCTTCATCTATCCCCCAGACA 863
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2991 GACCCCTCCACTTGTGCCTCTCCTTCTAGATCAGATGATGCTTCCTCTATCCCCCAGACA 3050
Query 864 ACCTTTGCGGGTCGATTCACTCAGATTTTTCAGAAGAATGCTATCACCGCTACACCTACA 923
|||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 3051 ACCTTTGCCGGTCGATTCACTCAGATTTTTCACAAGAATGCTATTACCGCCACACCTACA 3110
Query 924 CAATCCAGTAGTAGGAGCATTGATGCATCTG-ACCTATCTGAGATCTCCAAACCTGTCTT 982
|| |||| |||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||| | ||| |||||
Sbjct 3111 CAGTCCACTAGTAGGAGCATTGATGCGTCTGAACC-ATCTGAGACCTCTAGACCAGTCTT 3169
Query 983 TTCCCTTGAGCTGTCTGAAGATGAATCATCTTCTACTTCCTTTGAGGAATTATTGAAGGC 1042
||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3170 TTCCCTTGAACTGTCTGAAGATGAGTCATCTTCTGCTTCCTTTGAGGAATTATTGAAGGT 3229
Query 1043 AATGGAGTCGAAAGATCAGGGTAGTGAACCTCCTAGTAATCTATCAGGAGGTGTCGTTGT 1102
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | || |||||||||||
Sbjct 3230 AATGGAGTCGAAAGATCAGGGAAGTGAACCTCCTAGTAATCTACCTGGTGGTGTCGTTGT 3289
Query 1103 GGACCAGTTATTTATGATTTCCCCATCAGATCTTAACATTGTGCTTTTCGCATCGGATTC 1162
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3290 GGACCAGTTGTTTATGATTTCCCCATCAGATCTTAACATTCTGCTTTTCGCATCGGATTC 3349
Query 1163 AAGTTTCTATGCATCATTGACTGAACTGCAAGGGACCACGGAAGTTCAAATTGGACCATG 1222
|||||| ||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 3350 AAGTTTATATGCGTCATTTACTGAATTGCAAGGGACCACGGAAGTTCAGATAGGACCATG 3409
Query 1223 GAAAGCAGAAAATGATGGCGAGAGTGTTAAGCGTGTTGTAAGTTACCTCAAGGCTGCAAC 1282
||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 3410 GAAAGGTGAAAATGATGGCGAGAGCGTTAAGCGGGTTGTAAGTTACCTCAAGGCTCCTAC 3469
Query 1283 CAAACTTATTAAGGCTGTCAAAGGCACAGAGGAGCAGACATATCTCAAAGCGGACGGAGA 1342
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 3470 CAAACTTATTAAGGCTGTCAAAGGCACAGAGGAGCAGACATACCTCAAAGCAGACGGAGA 3529
Query 1343 GGTTTACGCAGTTTTAGCAAGTGTTGCCACTCCAGATGTCCCATTCGGAGGTACCTTCAA 1402
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 3530 GGTTTACGCAGTTTTAGCAAGTGTTGCCACTCCAGATGTCCCATTTGGAAGTACCTTCAA 3589
Query 1403 AGTTGAAGTGCTTTACTGCATCTCTCCTGGGCCTGAGCTGCCATCTGGTGAGCAGTGTTC 1462
|||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 3590 GGTTGAAGTTCTTTACTGCATCTCTCCTGGCCCTGAGTTGCCATCTGGGGAGCAGTGTTC 3649
Query 1463 ACGTTTGGTAGTTTCATGGAGATTGAATTTTCTTCAGAGCACCATGATGAGAGGTATGAT 1522
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||
Sbjct 3650 CCGTTTGGTAGTTTCATGGAGATTGAATTTTCTTCAGAACACTATGATGAAAGGTATGAT 3709
Query 1523 AGAGAATGGAGCTCGACAAGGTCTAAAAGACAACTTCGAACAGTATGCCAATTTGTTGGC 1582
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3710 AGAGAATGGAGCCCGACAAGGTCTAAAAGACAACTTCGAACAGTATGCCAATTTGTTGGC 3769
Query 1583 TCAAAGTGTAAAGCCTGTAGATTCTAAGGATATTGGGCTGAACAAGGAGCAAGCTCTCTC 1642
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||
Sbjct 3770 TCAAAGTGTAAAGCCTGTAGATTCAAAGGATATTGGGGTGAACAAGGAGCAAGCCCTCTC 3829
Query 1643 TTCCTTGCAAGCTGAGCCTCAATCAGACTGGAAATTGGCTGTACAGTATTTTGCCAATTT 1702
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3830 TTCCTTGCAAGCTGAGCCTCAATCAGACTGGAAATTGGCTGTACAATATTTTGCCAATTT 3889
Query 1703 CACCGTGTTATCCACTTTCTTGATTGGTATTTATGTATTTGTCCACATTGTGTTTGCCAT 1762
||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3890 CACTGTCTTCTCCACGTTCTTGATTGGTATTTATGTATTTGTCCATATTGTGTTTGCCAT 3949
Query 1763 ACCCAGTGCAATCCAAGGGCTTGAGTTTAATGGCCTTGATTTACCGGATTCAATTGGGGA 1822
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3950 ACCTAGTGCAATCCAAGGGCTTGAGTTTAATGGCCTTGATTTACCGGATTCAATTGGAGA 4009
Query 1823 GTTTGTTGTTAGTGGGGTTCTCGTTCTTCAATGTGAAAGAGTATTGCAACTGATTTCCCG 1882
||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4010 ATTTGTTGTTAGTGGGGTTCTCGTTCTTCAGTGCGAAAGAGTATTGCAACTGATTTCCCG 4069
Query 1883 TTTCATGCAGGCAAGAAAACAGAAAGGCAGTGATCATGGCATCAAAGCGCATGGAGATGG 1942
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 4070 TTTCATGCAGGCAAGAAAACAGAAAGGCAGTGATCATGGCATCAAAGCACATGGAGATGG 4129
Query 1943 TTGGTTGCTAACTGTTGCTCTAATTGAGGGGGTCGATCTAGCAGCTGTAGATCCAAGCGG 2002
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4130 TTGGTTGCTAACTGTTGCTCTAATTGAGGGAGTCGATCTAGCAGCTGTAGATCCAAGCGG 4189
Query 2003 GCATTGTGATCCGTATATTGTATTTACTTCCAATGGGAAGACAAGAACCAGCTCCATCAA 2062
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4190 GCATTGTGATCCGTATATTGTATTTACTTCCAATGGGAAGACAAGAACCAGCTCCATCAA 4249
Query 2063 GTTCCAGAAATCTAATCCTCAGTGGAACGAAATATTTGAATTCGATGCAATGGCTGATCC 2122
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 4250 GTTCCAGAAATCTAATCCTCAGTGGAATGAAATATTTGAATTTGATGCGATGGCTGATCC 4309
Query 2123 TCCTTCTGTACTGAATGTTGAAGTTTTTGATTTCGATGGACCTTTTGACGAGGCTGTTTC 2182
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 4310 TCCTTCTGTACTGAATGTTGAAGTTTTCGATTTCGATGGACCTTTTGACGAAGCTGTTTC 4369
Query 2183 ATTGGGGCATGCTGAAGTCAACTTTGTGAGATCTAATATATCTGATTTAGCGGATGTTTG 2242
||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4370 ATTGGGGAATGCCGAAATCAACTTTGTGAGATCTAATATATCTGATTTAGCGGATGTTTG 4429
Query 2243 GGTTCCACTTCAAGGGAAACTAGCTCAGGCTTGTCAATCCAAACTTCACTTGAGGATTTT 2302
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 4430 GGTTCCACTTCAAGGGAAACTGGCTCAGGCTTGTCAATCCAAACTGCATTTGAGGATTTT 4489
Query 2303 CTTGGATCATACAGGAGGTGGAGATGTTGTCAGAGACTATTTAAATAAGATGGAGAAAGA 2362
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4490 CTTGGATCATACAGGAGGTGGAGATGTTGTCAGAGACTATTTAAATAAGATGGAGAAAGA 4549
Query 2363 GGTGGGCAAGAAG 2375
|||||||||||||
Sbjct 4550 GGTGGGCAAGAAG 4562
Score = 1744 bits (944), Expect = 0.0
Identities = 996/1022 (97%), Gaps = 0/1022 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2374 AGATTAATGTGCGGTCTCCTCAAACAAATTCAGCTTTTCAGAAGCTCTTTGGTCTCCCAC 2433
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4600 AGATTAATGTGCGGTCTCCTCAAACAAATTCAGCTTTTCAGAAGCTCTTTGGTCTCCCAC 4659
Query 2434 AAGAAGAATTTCTAATCAATGACTTTACATGTCACTTAAAGCGGAAAATGCCTTTGCAGG 2493
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4660 AAGAAGAATTTCTAATCAATGACTTCACATGTCACTTAAAGCGGAAAATGCCTTTGCAGG 4719
Query 2494 GTCGTCTTTTCCTGTCTGCAAGAATTGTTGGCTTTTATGCAAGCATTTTTGGTAACAAAA 2553
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 4720 GTCGTCTTTTCCTGTCTGCAAGAATTGTTGGCTTTTATGCAAGCCTTTTTGGTAACAAAA 4779
Query 2554 CAAAATTCTTTTTCCTGTGGGAAGATATAGAGGAAATTCAAGTGCTTCCTCCCACTCTTG 2613
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4780 CAAAATTCTTTTTCCTGTGGGAAGATATAGAGGATATTCAAGTGCTTCCTCCCACTCTTG 4839
Query 2614 CCTCAATGGGGAGTCCCATTGTCGTCATGACTCTCAGACCAAATAGAGGACTGGACGCGA 2673
|||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 4840 CCTCAATGGGGAGTCCCATTATTGTCATGACTCTCAGACCAAATAGAGGAATGGACGCGA 4899
Query 2674 GGATAGGTGCAAAGACACATGATGAGGAAGGCAGGCTTAAGTTCCATTTCCACTCATTTG 2733
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4900 GGATAGGCGCAAAGACACATGATGAGGAAGGCAGGCTTAAGTTCCATTTCCACTCATTTG 4959
Query 2734 TGTCTTTCAATGTGGCACAAAAGACAATAATGGCTCTGTGGAAAGCAAAATCTTTGACTC 2793
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 4960 TATCTTTCAATGTGGCACAAAAGACAATAATGGCTCTGTGGAAAGCAAAATCCTTGACTC 5019
Query 2794 CAGAGCAGAAAGTGCAAGCTGTTGAAGAGGAATCAGAGCAGAAACTCCAAAGTGAAGAGA 2853
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5020 CAGAGCAGAAAGTGCAAGCTGTTGAAGAGGAATCAGAGCAGAAACTCCAAAGTGAAGAGA 5079
Query 2854 GTGGTCTGTTCTTGGGTGTTGATGATGTGCGATTCTCTGAGGTTTTCTCTTTGACTCTCC 2913
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 5080 GTGGTCTGTTCTTGGGTGTTGATGACGTGCGATTCTCTGAGGTCTTCTCTTTGACTCTCC 5139
Query 2914 CTGTCCCGGTAAGTTTCTTTATGGAGTTGTTTGGTGGAGGTGAAGTGGATCGTAAGGCTA 2973
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||
Sbjct 5140 CTGTCCCGGTAAGTTTCTTTATGGAGTTGTTTGGTGGGGGTGAAATGGATCGAAAGGCTA 5199
Query 2974 TGGAGAGAGCGGGTTGCCAGAGCTATTCATGCAGTCCATGGGAGTCAGAGAAGGATGATG 3033
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 5200 TGGAGAGAGCGGGTTGCCAGAGCTATTCATGCAGCCCATGGGAGTCAGAGAAGGCTGATG 5259
Query 3034 TGTATGAGAGGCAGACATACTACAGAGATAAGCGGATATCACGTTACAGAGGAGAAGTAA 3093
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 5260 TGTATGAGAGGCAGACATACTACAGAGATAAGAGGATATCACGTTATAGAGGAGAAGTAA 5319
Query 3094 CAAGTACACAGCAAAAGTCCCTAGTGCCAGAGAAGAATGGGTGGCTTGTCGAAGAGGTCA 3153
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5320 CCAGTACACAGCAAAAGTCCCTAGTGCCAGAGAAGAATGGGTGGCTTGTCGAAGAGGTCA 5379
Query 3154 TGACCCTCCATGGAGTTCCACTGGGTGACTATTTTAATCTCCATCTAAGATACCAAATGG 3213
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5380 TGACACTCCATGGAGTTCCACTGGGTGACTATTTTAATCTCCATCTAAGATACCAAATGG 5439
Query 3214 AAGAATCAACTTCAAAACCAAAGACGACATATGTGCGAGTATACTTTGGGATTGAATGGC 3273
||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5440 AAGAATCGGCATCAAAACCAAAGACAACATATGTGCGAGTATACTTTGGGATTGAATGGC 5499
Query 3274 TAAAGAGCACTAGACATCAGAAAAGGGTGACGAAAAACATCCTAGTAAATCTGCAAGATC 3333
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 5500 TAAAGAGCACTAGACATCAGAAAAGGGTGACGAAAAACATCCTAGTAAATCTGCAGGATC 5559
Query 3334 GTCTGAAGATGACATTTGGATTCTTGGAAAAGGAATATAGCAGCAGACAACAGCAACAAC 3393
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 5560 GTCTGAAGATGACATTTGGATTCTTGGAAAAGGAATATAGCAGCAGACAACAACAACAAC 5619
Query 3394 AA 3395
||
Sbjct 5620 AA 5621
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 142411438166
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5