BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G03530.1
Length=2601
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg311450 jgi|Araly1|311450|fgenesh1_pm.C_scaffold_1000230 3210 0.0
> Ahg311450 jgi|Araly1|311450|fgenesh1_pm.C_scaffold_1000230
Length=2415
Score = 3210 bits (1738), Expect = 0.0
Identities = 2245/2469 (91%), Gaps = 117/2469 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 54 ATGGTTGGATTTCCCGCTAATCAAGCAAAAACCGTTGAAGAAGAGCTACCTTTGCAAGTC 113
||||||||||||||| |||||| ||| | ||| ||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1 ATGGTTGGATTTCCCCCTAATCCAGCTATAACAGTTAAAGAAGAGCTAGCTTTGCAAGTT 60
Query 114 GTAGCCGATCAAGACCCCAAGGTAAAAACTTTCAAGGACTCTTTTGATTTCCCTTCCATC 173
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||
Sbjct 61 GTAGTCGATCAAGACCCCAAGGTAAAAACTTTCAAGGACTCTATCGATTTCCCCTCCATC 120
Query 174 GATTCCTTTCCGGATTTCGATTCTATCACTTGGTCT-GAGAGTAATCGGAACGTTGAGGA 232
||||||| || |||||||||||| ||||||||| | | || | ||||||||||||||||
Sbjct 121 GATTCCTATCTGGATTTCGATTCCGTCACTTGGT-TGGGGAATTATCGGAACGTTGAGGA 179
Query 233 TTTTAGCATAGAAGATACGGACTTTGATTTCTTTGAGTAC-CACATGGAGATACCTCAAG 291
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||
Sbjct 180 GTTTAGCATAGAAGATACGGACTTTGATTTCTTTGAGGACGGA-ATGGAGATACCTCAAG 238
Query 292 AAGATGTTGTTACTGTTAGCGATGTAATGTGTCCGGAGAATCAGACTACTGTTAATTCTG 351
||| ||||||||||||||| | |||| ||| | | | | |||
Sbjct 239 AAGGCGTTGTTACTGTTAGC---G----GTGT------AAT--G----C-G----TCCTG 274
Query 352 AGTCGATTGAGGGAAAGCTTGAGGTCTTTAATGATGACATGTCTGGGGAAGTTGGTGTGA 411
|||||||||| | ||||| ||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 275 AGTCGATTGAAGTAAAGCCTGA-G-CTTT-GTGATGACATGTCTGGGGAAGTTGGTGTGA 331
Query 412 GTTCGGTTAGGTCTGAGTCGATGGTTGAAGTAAAGCCTGTGCTTTGTGATGTCATGTCTG 471
||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 332 GTTTGGTTAGGTCTGAGCCGATGGTTGAAGTAAAGCCTGTGCTTTGTGATGTCATGTCTG 391
Query 472 AGGAAGTTGGAGT--G--------AG-C----TC---GGTTGAGGTAGAGCCCAATGTTT 513
||||||||||||| | || | || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 392 AGGAAGTTGGAGTGAGCTCAATTAAGTCTGAGTCGTTGGTTGAGGTAGAGCCCAATGTTT 451
Query 514 GTGTTGAGATGTCTGCAAACGGTGGGGATGAACCAGCAGTAAAAGATTCAGAACCGGTTG 573
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 452 GTGTTGACATGTCTGCAAACGGTGGGGATGAACCAGCAGTGAAAGATTCAGAACCGGTTG 511
Query 574 TTTCTGAAAACTCGAGGTCAATGGAAGGTGAGACTGAGCCAGTTGTTGTGTCTGATGCGT 633
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 512 TTTCTGAAAACTCTAGGTCAATGGAAGGTGAGACTGAGCCAGTTGTTGTGTCTG-T---T 567
Query 634 CTGTTGCTTGTCCCACCATGGATTTGGATGAATCAGGGTTGAAGAAAACTGATGAGGGTT 693
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 568 C-----CTTGTCCCACCATGGATTTGGATGAATCAGGGTTGAAGAAAACAGATGAGAGTT 622
Query 694 TGGCTTGTTCTATTGAAGTAGGGTTGGAGAAGGTAAGTTTGGCCGTGGATGATGATGAGA 753
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 623 TGGCTTGTTCTATTGAAGTAGGGTTGAAGAAGGTAAGTTTGGCCATGGATGATGATGAGA 682
Query 754 AGAGTGATGAGGCTAAGGGGGAAATGGATTCTGCTGAGTCTGAGAGCGAAACCTCGAGCT 813
||||||||| || |||||| |||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 683 AGAGTGATGGGGATAAGGGAAAAATTGATTCTGCTGAGTCTGACAGTGAAACCTCGAGCT 742
Query 814 CTTCTGCAAGCAGTAGTGATAGTAGTAGCAGTGAAGAAGAGGAGAGTGATGAGGACGAGA 873
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 743 CTTCTTCAAGCAGTAGTGATAGTAGTAGCAGTGAAGAAGAGGAGAGTGATGAGGATGAGA 802
Query 874 GCGACAAAGAGGAAAATAAGAAGGAAGAAAAGTTTG-A-A-CACATGGTTGTGGGGAAAG 930
||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| | | ||||||||| |||||||||
Sbjct 803 GCGACGAAGAGGAAAAGAAGAAGGAAGAAAAGTTTGAAGATCACATGGTTATGGGGAAAG 862
Query 931 AGGATGATCTAGCAGGGGAACTTGAAGAGGGtgagatagagaatttagatgaggagaatg 990
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 863 AGGATGATTTAGCAGGGGAACTTGAAGAGGGTGAGATAGAGAATTTAGATGAGGAGAATG 922
Query 991 gggatgacgatattgaggatgaggatgatgatgatgatgatgatgatgatgacgatgatg 1050
|||||||||| ||||||||| || || | |||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 923 GGGATGACGAAATTGAGGAT---GACGA--A-GATGATGATGCTGATGATGAC---GATG 973
Query 1051 atgtgaatgagatggttgcttggagcaatgatgaggatgatgaCCTTGGTTTGCAAACAA 1110
| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 974 A--TGAA-GCGATGGTTGCTTGGAGCAATGATGAGGATGATGACCTCGGTTTACAAACAA 1030
Query 1111 AAGAACCTATCAGGTCAAAGAATGAGCTCAAGGAGCTTCCTCCAGTTCCTCCTGTGGATG 1170
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1031 AAGAACCTATAAGGTCAAAGAATGAGCTCAAGGAGCTTCCTCCAGTTCCAGCTGTGGATG 1090
Query 1171 TCACTCTGGAACCACACCATGCCACACTTCCTGTTGGAGTTGTTCTTTCGGTAATGAGCG 1230
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1091 TCACTCTGGAACCACATCATGCCACACTTCCTGTTGGAGTTGTTCTTTCGGTAATGAGCA 1150
Query 1231 CACAAGTAATAGTTGAGGGAATGGAAAAGCATAGTCCTTTGACTGAAGGTTCTATCCTTT 1290
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1151 AACAAGTAATAGTTGAGGGAATGGAAAAGCATAGTCCTTTGACTGAAGGTTCTATCCTTT 1210
Query 1291 GGATAACTGAAAAAAGAACGCCATTGGGACTGGTGGATGAGATCTTTGGACCCGTGAAGT 1350
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 1211 GGGTAACTGAAAAAAGAACGCCATTGGGACTGGTGGATGAGATCTTTGGACCAGTAAAGT 1270
Query 1351 GCCCTTAT-TATATTGTGAGGTTCAATTCAGAGAGTGAAGTGCCAGAAGGGGTTTGTCAA 1409
|||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1271 GCCCTT-TCTATATTGTGAGGTTCAATTCAGAGAGTGAAGTGCCAGAAGGGGTTAGTCAA 1329
Query 1410 GGGACACCTGTCTCATTTGTCGCCGATTTCGCTCAACATATTCTCAATATCAAGGAACTG 1469
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1330 GGGACACCTGTCTCATTTGTCGCCGATTTCGCTCAACATATTCTCAATATCAAGGAACTG 1389
Query 1470 CAGAAGAAAGGTTACGATGCATCTGGGGATAACGACGAGGAGATACCAGACGAGCTAGAG 1529
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1390 CAGAAGAAAGGTTACGATGCATCTGGTGATAACGACGAGGAGATACCAGACGAGCTAGAG 1449
Query 1530 TTCTCAGATGATGAAAAAGAAGCCGAATACAGAAGAATGCAGAAGTTGGAAAAGAGAGGA 1589
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1450 TTCTCAGATGATGAAAAAGAAGCCGAATACAGAAGAATGCAGAAGATGGAAAAGAGAGGA 1509
Query 1590 ATGATGAGTGACCAGAAAACCGGTAACACCAGGAACAAGAAGAAGAAAAACCGAGATCCC 1649
||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1510 ATGATGATTGACCAGAAAACGGGTAACACAAGGAACAAGAAGAAGAAAAACCGAGATCTC 1569
Query 1650 GGAAGGCCTACAAGCAGTTACTCAGGGGAATGGAC-GAAGAACCAGGGATCTAGTTCTCT 1708
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||
Sbjct 1570 GGAAGGCCTACCAGCAGTTACTCAGGGGAATGGACAGA-GAACCAGGGATCTAGTTCCCT 1628
Query 1709 ATCGTCAAACCGTTCTGATCCTCAAATGGGTGGTCCGC-----------G-TCC---TC- 1752
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||
Sbjct 1629 ATCCTCAAACCGTTCTGATCCTCAAATGGGTGGTCCGCTTTCAAATCTTGGTCCGCGTCC 1688
Query 1753 --AAATGGACGGTTTTCCTCCAAACAATGCAGCATGGAGACCCCAGAGTAATCAGCAGAA 1810
||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 1689 TCAAACGGACGGTTTTCCTCCAAACAATGCAGCATGGCGGCCCCAGAGTAATCAGCAGAA 1748
Query 1811 CCCATATCAGCTTCCTCCTATACCTAATCAGATGGGAATGC--A-----G----A-T--A 1856
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | | |
Sbjct 1749 CCCATATCAGCTTCCTCCTATACCTAATCAGATGGGAATGCCCAATCTAGCCCCAATGCA 1808
Query 1857 ----CCTTTCATGGCAATGCAAAATCAAAATCAAATGATGTTCCAACCGCAGTTCAATGG 1912
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1809 GATACCTTTCATGGCAATGCAAAATCAAAATCAAATGATGTTCCAACCGCAGTTCAATGG 1868
Query 1913 TGGCCAGATGCCAATGCCAGGTGGACCGGGAGGCTTAAACTTCTTTCCAGGACAGGCTTC 1972
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1869 TGGCCAGATGCCAATGCCAGGTGGACCTGGAGGCTTAAACTTCTTTCCAGGACAGGCTTC 1928
Query 1973 AGCGCCATGGCCTGCAATGGTAGGTCAGAATTGTTTCAACCAAC-AGTTTGGGATGGGTC 2031
|||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 1929 AGCGCCATGGCCTGCATTGGTTGGTCAGAATTGTTTCAACCAACCA-TTTGGGATGGGTC 1987
Query 2032 GTGGTATTCAGCAGCAGCCATTACCAAATGAGCTGAGTTTTAATATGTTTTCTCAAGGTC 2091
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1988 GCGGTATTCAGCAGCAGCCATTACCAAATGAGCTGAGTTTTAATCTGTTTTCTCAAGGTC 2047
Query 2092 TTCAAATGCACCCACCACAGTCCCAAATGCACCGGCCACAGTCTCAAATGAATCCACAGT 2151
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2048 TTCAAATGCACCCGCCACAGTCCCAAATGCACCGGCCACAGTCTCAAATGAATCCACATT 2107
Query 2152 TCCAAATGCCACCACAGTTCCAGCCCCACCAGCAATCTCCAATGAACCCGCAGTACCAAA 2211
|||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2108 TCCAAATGCCACCACAGTTCCAAACCAACCCGCAATCTCCAATGAACCCGCAGTACCAAA 2167
Query 2212 TGATGCACCGACCACAGTCTCCAGCGAACCCGCAGTTCCAAATGCAAGCACAATCTGATG 2271
||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2168 TGATGCATCGACCACAGTCTCCAATGAACCCGCAGTTCCAAATGCAACCACAATCTGATG 2227
Query 2272 TGCGACCACTACAGTCACAAATCCCGCAGTCACCAAGTGATTTGCAGTCCCCAATGGAAC 2331
||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||
Sbjct 2228 TGCGACCACCACAGTCACAAATCCCGCAGTCCCCAACAAATCTGCAGTCCCCAATGGAAT 2287
Query 2332 CACAATCTCAAGGGTTTAGCAGCGGGCAGTCTTCTGAACGGGGAAGGGGCTTCCATGGTC 2391
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2288 CACAGTCTCAAGGGTTTAGCAGCGGGCAGTCTTCTGAACGGGGAAGGGGCTTCCGTGGTC 2347
Query 2392 GTGGTAGAGGTAGAGGG-CGGGGTCGCTTCGGACGTGGGCGAGGTAGAGGCCGGCAACAG 2450
|||| || ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2348 GTGGGAGGGGTAG-GGGTCGGGGTCGCTCCGGACGTGGGCGAGGTCGAGGCCGGCAACAG 2406
Query 2451 TCTGGATGA 2459
|||||||||
Sbjct 2407 TCTGGATGA 2415
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 98082380875
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5