BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G03540.1
Length=1830
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg919020 jgi|Araly1|919020|scaffold_100301.1 2830 0.0
> Ahg919020 jgi|Araly1|919020|scaffold_100301.1
Length=1872
Score = 2830 bits (1532), Expect = 0.0
Identities = 1730/1826 (95%), Gaps = 12/1826 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 11 TCATCCTGAAGCGCCATTTCAGTCAACACGCCTCTTTATGTCTCACGCCGTCAATTTCTT 70
||||||| |||||||| ||||||| |||||||||| | ||||| |||||||||| |||||
Sbjct 32 TCATCCTTAAGCGCCAATTCAGTCGACACGCCTCTCTGTGTCTGACGCCGTCAAATTCTT 91
Query 71 CCTCTGCTCCGACGAAACAATCCCGGATCCTGGAGCTTTGTAAATTGGGTCAGCTCACCG 130
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 92 CCTCTGCTCCGACGAAACAATCTCGGATCCTGGAGCTTTGTAAATTGGGTCAGCTCACCG 151
Query 131 AAGCCATTCGGATCCTAAACTCAACACACTCGTCTGAGATCCCCGC-AACGCCAAAGCTT 189
| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | || || | | |||||
Sbjct 152 ACGCCATTCGGATCCTAAACTCAACACACTCGTCCGAGATCTCTGCGAA-GTCGAAGCTC 210
Query 190 TATGCCTCTCTCTTGCAAACATGCA-ACAAAGTCTTCTCCTTTATCCATGGCATTCAGTT 248
|| || |||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 211 TACGCGTCTCTCTTACAAACATGCAGA-AAAGTCTTCTCCTTTATCCACGGCCTTCAGTT 269
Query 249 TCATGCCCATGTCGTCAAATCGGGTCTGGAAACGGACCGAAACGTTGGGAACAGCTTGCT 308
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||
Sbjct 270 TCATGCCCATGTCGTCAAATCGGGTCTGGAAACAGACCGGAACGTTGGGAACGGCTTGCT 329
Query 309 CTCTCTGTACTTCAAGTTGGGACCTGGTATGAGGGAGACTCGGAGAGTTTTCGATGGTA- 367
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 330 CTCTCTGTACTTCAAGTTGGGACCTGATATGAGGGAGACTCGGAGAGTTTTCGATGGAAT 389
Query 368 GATTCGTCAAAGACGCCATCTCGTGGACTTCGATGATGTCTGGATACGTTACCGGTAAAG 427
| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 390 G-TTCGTCAAAGACGCGATTTCGTGGACTTCGATGATGTCTGGATACGTTGCCGGTAAAG 448
Query 428 AACACGTTAAGGCGCTTGAGGTGTTTGTGGAGATGGTGAGTTTTGGTTTGGATG-CGAAT 486
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||
Sbjct 449 AACATGTTAAGGCGCTTGAGGTGTTTGTGGAGATGGTGAGTTTTGGTTTGCA-GCCGAAT 507
Query 487 GAGTTTACGTTGTCTTCGGCGGTTAAGGCTTGCTCTGAGCTTGGAGAAGTTAGGCTAGGG 546
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 508 GAGTTTACGTTGTCTTCGGCGGTTAAGGCTTGCTTTGAGCTTGGAGAAGTTAGGCTAGGG 567
Query 547 AGATGTTTCCATGGTGTTGTTATTACTCATGGGTTCGAGTGGAACCATTTTATCTCTAGC 606
|| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 568 AGGTGTTTCCATGGAGTTGTTATTACTCATGGGTTCGAGTGGAACCATGTTATCTCTAGC 627
Query 607 ACATTGGCGTATTTGTACGGTGTGAATAGAGAACCAGTAGATGCACGCCGAGTGTTCGAC 666
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 628 ACATTGGCGTATATGTACGGTGTGAATAGAGAACCAGTAGATGCACGCCGGGTGTTTGAT 687
Query 667 GAAATGCCTGAGCCAGATGTTATTTGTTGGACAGCTGTGCTTTCTGCGTTTTCTAAGAAC 726
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||
Sbjct 688 GAAATGCCTGAGCCAGATGTTATTTGTTGGACAGCTGTACTCTCTGCGTTTTCGAAGAAC 747
Query 727 GACTTGTACGAGGAAGCTTTGGGACTTTTTTATGCGATGCATAGAGGGAAAGGGTTGGTG 786
||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 748 GACTTGTACGAGGAAGCTTTGGGGCTTTTTTACGCTATGCACAGAGGAAAAGGGTTGGTG 807
Query 787 CCTGATGGGTCTACATTTGGAACGGTTTTGACTGCTTGTGGTAATCTGAGGAGGCTGAAG 846
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 808 CCTGATGGGTCTACATTTGGAACGGTTTTAACGGCTTGTGGTAATCTGAGGAGGCTGAAG 867
Query 847 CAAGGGAAAGAGATTCATGGGAAGCTTATTACAAATGGGATAGGTAGCAATGTGGTGGTC 906
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 868 CAAGGGAAAGAGATTCATGGGAAGCTTATTACAAATGGGATAGGTAGCAATGTGGTGGTC 927
Query 907 GAGAGTAGTCTTCTTGATATGTATGGTAAATGTGGATCCGTACGGGAGGCTAGGCAAGTG 966
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 928 GAGAGTAGTCTTCTTGATATGTATGGTAAATGTGGATCAGTACGGGAGGCTAGGCAAGTG 987
Query 967 TTCAATGGAATGTCTAAGAAAAACAGTGTTTCTTGGTCTGCCTTACTCGGGGGATACTGT 1026
|||||||| ||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 988 TTCAATGGGATGTCTAAGAAGAACACCGTATCTTGGTCTGCCTTACTCGGCGGATACTGT 1047
Query 1027 CAGAATGGAGAGCATGAAAAAGCAATTGAGATTTTCAGGGAGATGGAAGAGAAAGATCTG 1086
||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1048 CAGAATGGAGAACATGAGAAAGCAATTGAGATGTTCAGGGAGATGGAAGAGAAAGATCTG 1107
Query 1087 TACTGTTTCGGCACTGTTCTTAAGGCGTGTGCTGGTTTGGCGGCAGTGAGACTTGGGAAA 1146
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 1108 TACTGTTTTGGCACTGTTCTTAAGGCGTGTGCTGGTTTGGCGGCAGTAAGACTTGGTAAA 1167
Query 1147 GAAATTCATGGCCAGTATGTGAGAAGAGGGTGTTTTGGTAATGTGATTGTAGAATCGGCT 1206
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1168 GAGATTCATGGCCAGTATGTGAGAAGAGGGTGTTTTGGTAATGTGATTGTAGAATCGGCT 1227
Query 1207 TTAATTGACTTGTATGGGAAATCCGGGTGCATTGATTCTGCTAGTCGTGTTTACTCCAAG 1266
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1228 TTAATTGACTTGTATGGGAAATCCGGGTGCATTGATTATGCTAGTCGTGTTTACTCCAAG 1287
Query 1267 ATGTCAATTAGGAACATGATAACGTGGAACGCAATGCTCTCTGCGCTTGCTCAGAATGGA 1326
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1288 ATGTCAGTTAGGAACATGATAACGTGGAACGCAATGCTCTCTGCGCTTGCTCAAAATGGA 1347
Query 1327 AGAGGTGAAGAAGCTGTTAGTTTCTTCAATGATATGGTTAAAAAGGGGATAAAGCCTGAC 1386
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1348 AGAGGTGAAGAAGCTGTTAGTTTCTTCAATGATATGGTTAAAAAGGGGATAAAGCCTGAT 1407
Query 1387 TACATCAGTTTTATTGCGATTCTTACTGCATGTGGTCATAC-GGGAATGGTTGACGAGGG 1445
|||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||
Sbjct 1408 TACATCAGTTTTATCGCGGTTCTCACTGCATGTGGTCATACAGGG-TTGGTTGAAGAGGG 1466
Query 1446 ACGGAATTACTTTGTGTTGATGGCTAAGAGTTACGGGATTAAACCAGGTACTGAGCATTA 1505
|||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1467 ACGGAATTACTTTGCGTTGATGGCTAAGAGTTATGGGATTAAACCAGGTACCGAGCATTA 1526
Query 1506 CAGTTGCATGATTGACCTTCTAGGACGTGCAGGTTTGTTTGAAGAAGCGGAGAATCTGTT 1565
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1527 CAGTTGCATGATTGACCTTCTAGGACGCGCAGGTTTGTTTGAAGAAGCGGAGAATCTGTT 1586
Query 1566 GGAGAGAGCAGAGTGTAGAAATGATGCGTCTCTGTGGGGAGTTCTGCTTGGACCTTGTGC 1625
||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1587 GGACAGAGCGGAGTGTAGAAATGATGCATCTCTGTGGGGAGTTCTGCTTGGACCTTGTGC 1646
Query 1626 TGCAAATGCAGATGCCTCCAG-AGTTGCAGAGCGGATTGCAAAGAGAATGATGGAGTTGG 1684
||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1647 TGCAAATACAGATGCCTCCAGTA-TTGCAGAGCGGATTGCAAAGAGAATGATGGAGTTGG 1705
Query 1685 AACCAAAGTACCACATGAGTTATGTGCTTCTCAGTAACATGTACAAGGCGATAGGTCGCC 1744
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1706 AACCAAAGTACCACATGAGTTATGTGCTTCTCAGTAACATGTACAAGGCGATAGGTCGCC 1765
Query 1745 ATGGTGATGCACTCAATATTCGTAAGTTAATGGTTAGACGAGGGGTAGCAAAGACTGTTG 1804
|||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1766 ATGGTGATGCTCTCAAGATTCGTAAGTTAATGGTGAGACGAGGAGTAGCAAAGACTGTTG 1825
Query 1805 GACAGAGCTGGATTGATGCTCACTAG 1830
|||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1826 GACAGAGCTGGATTGATGCTCATTAG 1851
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 68714801980
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5