BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G03750.1
Length=2683
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg910040 jgi|Araly1|910040|Al_scaffold_0001_294 4198 0.0
> Ahg910040 jgi|Araly1|910040|Al_scaffold_0001_294
Length=2631
Score = 4198 bits (2273), Expect = 0.0
Identities = 2520/2636 (96%), Gaps = 29/2636 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTCGTTGTTACACACTTTCAAAGAGACATTGAAGCCCTGTGGTAGTTTTCCGTCATCA 60
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | |||||| |||||
Sbjct 1 ATGTCGTTGTTACACACTTTCAAAGAGACCTTGAAGCCTTGTGGCAATTTTCCATCATCT 60
Query 61 TCATCGTTGCGAGTTTCATCCACACAAGAATTGGAACCGTCGAGAAAACCTCCCAAATCG 120
|||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TCATCGTTGCGAGTCTCATCTACCCAAGAATTTGAACCATCGAGAAAACCTCCCAAATCG 120
Query 121 TCGCTCTCGCAGCAGCTTCTGCGTCTCGATGATTCTTACTTTTTACCCTCAAAGCACGAA 180
|| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 121 TCTCTCTCACAGCAGCTACTGCGTCTCGATGATTCTTACTTTTTACCCTCCAAGCACGAA 180
Query 181 TCTAAAATCTCAAAAACCCAAGTCGAAGATTTTG-ATCATAACGAAGATGATCACAAAAG 239
||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TCTAAAATCTCAAAAACCCAAGTGGAAGATTTTGAAT-TTAACGAAGATGATCACAAAAG 239
Query 240 AAACATCAAGTTCGACG-A-A-GAAGAAGTA-GATGAAGACGATGAGAGATCAATTGAAT 295
|||||||||||| |||| | | ||||||| | |||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 240 AAACATCAAGTTTGACGAAGAGGAAGAAG-ATGATGAAGACGATGAGAAATCAATCGAAT 298
Query 296 TCGGGAGACCCGGGTTAAGCCGGGCTGAATTTGACTATTCCGGTCCTTATGAACCACTTA 355
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 TCGGGAGACCCGGGTTAAGCCGGGCTGAATTTGACTATTCCGGTCCTTATGAACCACTTT 358
Query 356 TGCTGTCATCAATTGGAGAGATTCCGATCATACATGTACCGGCTTCTATCAACTGTAGAT 415
||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 TGCTGTCATCAATGGGAGAGATTCCGATCATACAGGTACCGGCTTCTATCAACTGTAGAT 418
Query 416 TGCTTGAACATCAGCGAGAGGGAGTGAAGTTTATGTATAATCTCTATAAAAACAACCATG 475
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 TGCTTGAACATCAGCGAGAGGGAGTGAAGTTTATGTATAATCTCTATAAAAACAACCATG 478
Query 476 GTGGCATTCTTGGCGATGACATGGGGTTAGGCAAGACCATTCAGACAATTGCATTTCTTG 535
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 GTGGCATTCTTGGCGATGACATGGGATTAGGCAAAACCATTCAGACAATTGCATTTCTTG 538
Query 536 CTGCAGTGTATGGAAAAGACGGTGACGCTGGTGAGTCATGTCTTTTAGAGTCTGATAAGG 595
||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||
Sbjct 539 CTGGAGTGTATGGAAAAGACGGTGACGCTGGTGAGACGTCTCTTTTAGAGTCTGATAAGG 598
Query 596 GTCCTGTACTAATAATCTGTCCATCTTCGATTATTCACAACTGGGAGAGTGAGTTTTCTC 655
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 GTCCTGTACTAATTATCTGTCCATCTTCGATTATTCACAACTGGGAGAGTGAGTTTTCTC 658
Query 656 GATGGGCAAGCTTCTTCAAGGTTTCGGTGTACCACGGATCAAACAGAGATATGATTCTGG 715
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 659 GATGGGCAAGCTTCTTCAAGGTTTCGGTGTACCACGGATCAAACCGAGATATGATTCTGG 718
Query 716 AGAAACTCAAGGCACGCGGTGTTGAGGTACTTGTAACCAGCTTTGATACGTTTCGAATCC 775
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 719 AGAAACTCAAGGCACGCGGTGTTGAGGTACTTGTAACCAGCTTTGATACTTTTCGAATCC 778
Query 776 AAGGCCCCGTTTTGTCCGGGATTAATTGGGAGATAGTGATTGCTGATGAGGCACACCGGT 835
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 AAGGCCCCGTTTTGTCCGGGATTAATTGGGAGATAGTGATTGCTGATGAGGCACACCGGT 838
Query 836 TAAAGAATGAAAAATCGAAACTTTATGAAGCATGCCTTGAGATCAAGACTAAGAAGAGGA 895
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 TAAAGAATGAAAAATCGAAACTTTATGAAGCATGCCTTGAGATCAAGACTAAGAAGAGGA 898
Query 896 TTGGTCTCACGGGTACAGTGATGCAGAACAAGATCAGTGAGCTATTCAATCTTTTTGAGT 955
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 899 TTGGTCTCACGGGTACAGTGATGCAGAACAAGATCAGTGAGCTATTCAATCTATTTGAGT 958
Query 956 GGGTAGCACCGGGATCACTAGGCACTCGTGAACATTTCCGAGACTTCTATGATGAACCAC 1015
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 959 GGGTAGCACCGGGATCACTAGGCACTCGTGAACATTTCCGAGAATTCTATGACGAACCAC 1018
Query 1016 TTAAGCTAGGGCAGAGAGCTACTGCTCCGGAAAGATTTGTCCAGATTGCAGATAAGAGGA 1075
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 TTAAGCTAGGGCAGAGAGCTACTGCCCCGGAAAGATTTGTCCAGATTGCAGATAAGAGGA 1078
Query 1076 AACAGCATTTGGGCAGTCTTCTCCGTAAGTATATGTTGAGGAGGACAAAGGAGGAAACCA 1135
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 AACAGCATTTGGGCAGTCTTCTGCGTAAGTATATGTTGAGGAGGACAAAGGAGGAAACCA 1138
Query 1136 TTGGGCATCTCATGATGGGGAAAGAAGATAATGTAGTCTTTTGTCAAATGAGTCAATTGC 1195
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 TTGGGCATCTCATGATGGGGAAAGAAGATAATGTAGTCTTTTGTCAAATGAGTCAATTGC 1198
Query 1196 AGAGACGGGTTTATCAAAGAATGATTCAACTCCCAGAAATTCAGTGCCTTGTGAATAAGG 1255
||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 AGAGACGGGTTTATCAAAGAATGCTGCAACTCCCAGAAATTCAGTGCCTTGTGAATAAGG 1258
Query 1256 ACAATCCATGCGCTTGTGGAAGCCCGCTTAAGCAATCAGAGTGCTGCAGAAGGATTGTTC 1315
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 ACAATCCGTGCGCTTGTGGAAGCCCGCTTAAGCAATCAGAGTGCTGCAGAAGGATTGTTC 1318
Query 1316 CTGATGGAACCATCTGGAGTTACCTTCATCGAGACAACCACGATGGTTGTGATTCTTGTC 1375
|||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 CTGATGGAACTATCTGGAGTTACCTTCATCGAGGCAACCCCGATGGTTGTGATTCTTGTC 1378
Query 1376 CTTTCTGCTTGGTGCTTCCATGCCTTATGAAACTTCAGCAGATAAGCAATCATCTGGAGC 1435
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 CTTTCTGCTTGGTGCTTCCATGCCTTTTGAAACTTCAGCAGATAAGCAATCATCTGGAGC 1438
Query 1436 TTATTAAACCAAACCCAAAAGATGAGCCAGAGAAACAGAAGAAGGACGCAGAGTTTGTAT 1495
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1439 TTATTAAACCTAACCCAAAAGATGAGCCAGAGAAACAGAAGAAGGACGCAGATTTTGTAT 1498
Query 1496 CTACAGTGTTTGGGACAGATATTGATCTATTAGGCGGAATATCTGCAAGCAAGAGCTTCA 1555
|| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 1499 CTGCAGTGTTTGGGACAGATATTGATCTAGTAGGAGGAATTTCCGCAAGCAAGAGCTTCA 1558
Query 1556 TGGACCTTAGTGATGTTAAACATTGTGGGAAAATGAGAGCTTTGGAGAAGTTGATGGCTT 1615
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 TGGACCTGAGTGATGTTAAACATTGTGGGAAAATGAGAGCTTTGGAGAAGTTGATGGCTT 1618
Query 1616 CTTGGATTTCAAAGGGTGATAAGATACTTCTATTCAGTTACTCTGTCAGGATGCTGGACA 1675
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1619 CTTGGATTTCAAAGGGTGATAAGATACTTCTATTCAGTTACTCCGTCAGGATGCTGGACA 1678
Query 1676 TACTGGAAAAGTTTCTAATTAGAAAAGGTTATAGCTTTGCTAGACTTGATGGTTCTACTC 1735
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1679 TACTGGAGAAGTTTCTAATTAGAAAAGGTTATAGCTTTGCAAGACTTGATGGTTCTACTC 1738
Query 1736 CAACTAATCTGCGACAGTCTCTTGTGGATGATTTCAATGCGAGTCCTAGCAAACAGGTTT 1795
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 CGACTAATCTGCGACAGTCTCTTGTAGATGATTTCAATGCGAGTCCTAGCAAACAGGTTT 1798
Query 1796 TTCTGATATCAACTAAAGCTGGTGGGTTGGGACTAAACCTTGTGAGCGCGAACCGTGTGG 1855
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1799 TTCTGATATCAACTAAAGCTGGTGGGTTGGGACTAAACCTAGTGAGCGCGAACCGTGTGG 1858
Query 1856 TTATATTTGACCCAAATTGGAACCCGTCTCATGACTTGCAAGCGCAAGATAGATCATTTC 1915
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 TTATATTTGACCCAAATTGGAACCCGTCTCATGACTTGCAAGCGCAAGATAGATCATTTC 1918
Query 1916 GGTATGGACAGAAACGTCATGTGGTGGTTTTTCGTTTGTTGAGTGCTGGTTCCCTTGAGG 1975
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 GGTATGGACAGAAACGTCATGTGGTGGTTTTTCGTTTGTTGAGTGCTGGTTCCCTTGAGG 1978
Query 1976 AACTAGTTTATACAAGACAAGTATACAAACAACAGCTCTCAAACATTGCGGTTGCAGGGA 2035
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 AACTAGTTTATACAAGACAAGTATACAAACAACAGCTCTCAAACATTGCGGTTGCAGGGA 2038
Query 2036 AAATGGAGACAAGGTACTTTGAAGGCGTCCAGGACTGTAAAGAGTTTCAAGGCGAGCTAT 2095
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2039 AAATGGAGACAAGGTACTTTGAAGGCGTCCAGGACTGTAAACAGTTTCAAGGCGAGCTAT 2098
Query 2096 TCGGGATTTCAAATCTGTTCCGTGATCTCTCTGATAAGCTCTTCACTAGCGATATTGTTG 2155
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 TCGGGATTTCAAATCTGTTCCGTGATCTCTCTGACAAGCTCTTCACTAGCGATATTGTTG 2158
Query 2156 AGTTGCATAGGGATAGTAACATCGATGAGAATAAGAAGAGATCACTGCTTGAGACAGGTG 2215
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||
Sbjct 2159 AGTTGCATAGGGATAGTAACATCGATGAGAATAAGA-GA--TCATTGCTTGAGACAGGTG 2215
Query 2216 TTTCAGAAGATGAAAAAGAAGAAGAGGTCATGTGCTCTTACAAACCCGAAATGGAGAAAC 2275
||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||| || |||||||
Sbjct 2216 TTTCAGAAGATGAAAAAGAAGAAGAGGTCTTGTGTTCTTATAAACCCGAGATAGAGAAAC 2275
Query 2276 CTATCCTTAAGGACTTGGGCATTGTGTATGCACATCGAAATGAAGACATCATCAACATTG 2335
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2276 CTATCCTTAAGGACTTGGGCATTGTGTATGCACATCGAAATGAAGACATCATCAACGGTG 2335
Query 2336 GAGAGACAACAACATCAACATCTCAGAGGTTAAATGGAGAC-G-G----T-A--A---C- 2382
||||||| |||| |||||||||||||||| || |||||||| | | | | | |
Sbjct 2336 GAGAGACGACAATATCAACATCTCAGAGGCTATATGGAGACAGTGACAGTGATGAGAACT 2395
Query 2383 -AG--TG--CGGATCGAAAGAAAAAGAAGAGAAAAGGTTGTAGTGAAGAGGAGGATATGT 2437
|| || ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2396 TAGAGTGTGCGGATCGAAAGAAGAAGAAGAGAAAAGGTTGTGGTGAAGAGGAGGATATGT 2455
Query 2438 CTTCTTCAAATAGGGAACAAAAACGAGAGAAGTACAAGATGTTAGCCGAGTTTAAAGGCA 2497
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2456 CTTCTTCAAACCGGGAACAAAAACGAGAGAAGTACAAGATATTAGCCGAGTTTAAAGGCA 2515
Query 2498 TGGAGATATTGGAGTTTAGTAGATGGGTATTGTCAGCGTCTCCATTTGACAGAGAGAAGC 2557
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||
Sbjct 2516 TGGAGATATTAGAATTTAGTAGATGGGTATTGTCAGCTTCTCTATCTGACAGAGAGAAGC 2575
Query 2558 TACTTCAAGACTTTTTAG-AAAGAGTCAAGTAACAATGTCAGAtttttttATGTAG 2612
|||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| || || |||
Sbjct 2576 TACTTCAAGACTTTTTTGGAAAGAGTCAAGTAACAATATCAGATTTCTTGATTTAG 2631
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 101205780965
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5