BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G03750.1 Length=2683 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg910040 jgi|Araly1|910040|Al_scaffold_0001_294 4198 0.0 > Ahg910040 jgi|Araly1|910040|Al_scaffold_0001_294 Length=2631 Score = 4198 bits (2273), Expect = 0.0 Identities = 2520/2636 (96%), Gaps = 29/2636 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGTCGTTGTTACACACTTTCAAAGAGACATTGAAGCCCTGTGGTAGTTTTCCGTCATCA 60 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | |||||| ||||| Sbjct 1 ATGTCGTTGTTACACACTTTCAAAGAGACCTTGAAGCCTTGTGGCAATTTTCCATCATCT 60 Query 61 TCATCGTTGCGAGTTTCATCCACACAAGAATTGGAACCGTCGAGAAAACCTCCCAAATCG 120 |||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 61 TCATCGTTGCGAGTCTCATCTACCCAAGAATTTGAACCATCGAGAAAACCTCCCAAATCG 120 Query 121 TCGCTCTCGCAGCAGCTTCTGCGTCTCGATGATTCTTACTTTTTACCCTCAAAGCACGAA 180 || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 121 TCTCTCTCACAGCAGCTACTGCGTCTCGATGATTCTTACTTTTTACCCTCCAAGCACGAA 180 Query 181 TCTAAAATCTCAAAAACCCAAGTCGAAGATTTTG-ATCATAACGAAGATGATCACAAAAG 239 ||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||| Sbjct 181 TCTAAAATCTCAAAAACCCAAGTGGAAGATTTTGAAT-TTAACGAAGATGATCACAAAAG 239 Query 240 AAACATCAAGTTCGACG-A-A-GAAGAAGTA-GATGAAGACGATGAGAGATCAATTGAAT 295 |||||||||||| |||| | | ||||||| | |||||||||||||||| |||||| |||| Sbjct 240 AAACATCAAGTTTGACGAAGAGGAAGAAG-ATGATGAAGACGATGAGAAATCAATCGAAT 298 Query 296 TCGGGAGACCCGGGTTAAGCCGGGCTGAATTTGACTATTCCGGTCCTTATGAACCACTTA 355 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 299 TCGGGAGACCCGGGTTAAGCCGGGCTGAATTTGACTATTCCGGTCCTTATGAACCACTTT 358 Query 356 TGCTGTCATCAATTGGAGAGATTCCGATCATACATGTACCGGCTTCTATCAACTGTAGAT 415 ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 359 TGCTGTCATCAATGGGAGAGATTCCGATCATACAGGTACCGGCTTCTATCAACTGTAGAT 418 Query 416 TGCTTGAACATCAGCGAGAGGGAGTGAAGTTTATGTATAATCTCTATAAAAACAACCATG 475 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 419 TGCTTGAACATCAGCGAGAGGGAGTGAAGTTTATGTATAATCTCTATAAAAACAACCATG 478 Query 476 GTGGCATTCTTGGCGATGACATGGGGTTAGGCAAGACCATTCAGACAATTGCATTTCTTG 535 ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 479 GTGGCATTCTTGGCGATGACATGGGATTAGGCAAAACCATTCAGACAATTGCATTTCTTG 538 Query 536 CTGCAGTGTATGGAAAAGACGGTGACGCTGGTGAGTCATGTCTTTTAGAGTCTGATAAGG 595 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||| Sbjct 539 CTGGAGTGTATGGAAAAGACGGTGACGCTGGTGAGACGTCTCTTTTAGAGTCTGATAAGG 598 Query 596 GTCCTGTACTAATAATCTGTCCATCTTCGATTATTCACAACTGGGAGAGTGAGTTTTCTC 655 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 599 GTCCTGTACTAATTATCTGTCCATCTTCGATTATTCACAACTGGGAGAGTGAGTTTTCTC 658 Query 656 GATGGGCAAGCTTCTTCAAGGTTTCGGTGTACCACGGATCAAACAGAGATATGATTCTGG 715 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 659 GATGGGCAAGCTTCTTCAAGGTTTCGGTGTACCACGGATCAAACCGAGATATGATTCTGG 718 Query 716 AGAAACTCAAGGCACGCGGTGTTGAGGTACTTGTAACCAGCTTTGATACGTTTCGAATCC 775 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 719 AGAAACTCAAGGCACGCGGTGTTGAGGTACTTGTAACCAGCTTTGATACTTTTCGAATCC 778 Query 776 AAGGCCCCGTTTTGTCCGGGATTAATTGGGAGATAGTGATTGCTGATGAGGCACACCGGT 835 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 779 AAGGCCCCGTTTTGTCCGGGATTAATTGGGAGATAGTGATTGCTGATGAGGCACACCGGT 838 Query 836 TAAAGAATGAAAAATCGAAACTTTATGAAGCATGCCTTGAGATCAAGACTAAGAAGAGGA 895 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 839 TAAAGAATGAAAAATCGAAACTTTATGAAGCATGCCTTGAGATCAAGACTAAGAAGAGGA 898 Query 896 TTGGTCTCACGGGTACAGTGATGCAGAACAAGATCAGTGAGCTATTCAATCTTTTTGAGT 955 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 899 TTGGTCTCACGGGTACAGTGATGCAGAACAAGATCAGTGAGCTATTCAATCTATTTGAGT 958 Query 956 GGGTAGCACCGGGATCACTAGGCACTCGTGAACATTTCCGAGACTTCTATGATGAACCAC 1015 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| Sbjct 959 GGGTAGCACCGGGATCACTAGGCACTCGTGAACATTTCCGAGAATTCTATGACGAACCAC 1018 Query 1016 TTAAGCTAGGGCAGAGAGCTACTGCTCCGGAAAGATTTGTCCAGATTGCAGATAAGAGGA 1075 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1019 TTAAGCTAGGGCAGAGAGCTACTGCCCCGGAAAGATTTGTCCAGATTGCAGATAAGAGGA 1078 Query 1076 AACAGCATTTGGGCAGTCTTCTCCGTAAGTATATGTTGAGGAGGACAAAGGAGGAAACCA 1135 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1079 AACAGCATTTGGGCAGTCTTCTGCGTAAGTATATGTTGAGGAGGACAAAGGAGGAAACCA 1138 Query 1136 TTGGGCATCTCATGATGGGGAAAGAAGATAATGTAGTCTTTTGTCAAATGAGTCAATTGC 1195 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1139 TTGGGCATCTCATGATGGGGAAAGAAGATAATGTAGTCTTTTGTCAAATGAGTCAATTGC 1198 Query 1196 AGAGACGGGTTTATCAAAGAATGATTCAACTCCCAGAAATTCAGTGCCTTGTGAATAAGG 1255 ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1199 AGAGACGGGTTTATCAAAGAATGCTGCAACTCCCAGAAATTCAGTGCCTTGTGAATAAGG 1258 Query 1256 ACAATCCATGCGCTTGTGGAAGCCCGCTTAAGCAATCAGAGTGCTGCAGAAGGATTGTTC 1315 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1259 ACAATCCGTGCGCTTGTGGAAGCCCGCTTAAGCAATCAGAGTGCTGCAGAAGGATTGTTC 1318 Query 1316 CTGATGGAACCATCTGGAGTTACCTTCATCGAGACAACCACGATGGTTGTGATTCTTGTC 1375 |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1319 CTGATGGAACTATCTGGAGTTACCTTCATCGAGGCAACCCCGATGGTTGTGATTCTTGTC 1378 Query 1376 CTTTCTGCTTGGTGCTTCCATGCCTTATGAAACTTCAGCAGATAAGCAATCATCTGGAGC 1435 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1379 CTTTCTGCTTGGTGCTTCCATGCCTTTTGAAACTTCAGCAGATAAGCAATCATCTGGAGC 1438 Query 1436 TTATTAAACCAAACCCAAAAGATGAGCCAGAGAAACAGAAGAAGGACGCAGAGTTTGTAT 1495 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1439 TTATTAAACCTAACCCAAAAGATGAGCCAGAGAAACAGAAGAAGGACGCAGATTTTGTAT 1498 Query 1496 CTACAGTGTTTGGGACAGATATTGATCTATTAGGCGGAATATCTGCAAGCAAGAGCTTCA 1555 || |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| || |||||||||||||||| Sbjct 1499 CTGCAGTGTTTGGGACAGATATTGATCTAGTAGGAGGAATTTCCGCAAGCAAGAGCTTCA 1558 Query 1556 TGGACCTTAGTGATGTTAAACATTGTGGGAAAATGAGAGCTTTGGAGAAGTTGATGGCTT 1615 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1559 TGGACCTGAGTGATGTTAAACATTGTGGGAAAATGAGAGCTTTGGAGAAGTTGATGGCTT 1618 Query 1616 CTTGGATTTCAAAGGGTGATAAGATACTTCTATTCAGTTACTCTGTCAGGATGCTGGACA 1675 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1619 CTTGGATTTCAAAGGGTGATAAGATACTTCTATTCAGTTACTCCGTCAGGATGCTGGACA 1678 Query 1676 TACTGGAAAAGTTTCTAATTAGAAAAGGTTATAGCTTTGCTAGACTTGATGGTTCTACTC 1735 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1679 TACTGGAGAAGTTTCTAATTAGAAAAGGTTATAGCTTTGCAAGACTTGATGGTTCTACTC 1738 Query 1736 CAACTAATCTGCGACAGTCTCTTGTGGATGATTTCAATGCGAGTCCTAGCAAACAGGTTT 1795 | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1739 CGACTAATCTGCGACAGTCTCTTGTAGATGATTTCAATGCGAGTCCTAGCAAACAGGTTT 1798 Query 1796 TTCTGATATCAACTAAAGCTGGTGGGTTGGGACTAAACCTTGTGAGCGCGAACCGTGTGG 1855 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1799 TTCTGATATCAACTAAAGCTGGTGGGTTGGGACTAAACCTAGTGAGCGCGAACCGTGTGG 1858 Query 1856 TTATATTTGACCCAAATTGGAACCCGTCTCATGACTTGCAAGCGCAAGATAGATCATTTC 1915 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1859 TTATATTTGACCCAAATTGGAACCCGTCTCATGACTTGCAAGCGCAAGATAGATCATTTC 1918 Query 1916 GGTATGGACAGAAACGTCATGTGGTGGTTTTTCGTTTGTTGAGTGCTGGTTCCCTTGAGG 1975 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1919 GGTATGGACAGAAACGTCATGTGGTGGTTTTTCGTTTGTTGAGTGCTGGTTCCCTTGAGG 1978 Query 1976 AACTAGTTTATACAAGACAAGTATACAAACAACAGCTCTCAAACATTGCGGTTGCAGGGA 2035 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1979 AACTAGTTTATACAAGACAAGTATACAAACAACAGCTCTCAAACATTGCGGTTGCAGGGA 2038 Query 2036 AAATGGAGACAAGGTACTTTGAAGGCGTCCAGGACTGTAAAGAGTTTCAAGGCGAGCTAT 2095 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2039 AAATGGAGACAAGGTACTTTGAAGGCGTCCAGGACTGTAAACAGTTTCAAGGCGAGCTAT 2098 Query 2096 TCGGGATTTCAAATCTGTTCCGTGATCTCTCTGATAAGCTCTTCACTAGCGATATTGTTG 2155 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2099 TCGGGATTTCAAATCTGTTCCGTGATCTCTCTGACAAGCTCTTCACTAGCGATATTGTTG 2158 Query 2156 AGTTGCATAGGGATAGTAACATCGATGAGAATAAGAAGAGATCACTGCTTGAGACAGGTG 2215 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||| Sbjct 2159 AGTTGCATAGGGATAGTAACATCGATGAGAATAAGA-GA--TCATTGCTTGAGACAGGTG 2215 Query 2216 TTTCAGAAGATGAAAAAGAAGAAGAGGTCATGTGCTCTTACAAACCCGAAATGGAGAAAC 2275 ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||| || ||||||| Sbjct 2216 TTTCAGAAGATGAAAAAGAAGAAGAGGTCTTGTGTTCTTATAAACCCGAGATAGAGAAAC 2275 Query 2276 CTATCCTTAAGGACTTGGGCATTGTGTATGCACATCGAAATGAAGACATCATCAACATTG 2335 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2276 CTATCCTTAAGGACTTGGGCATTGTGTATGCACATCGAAATGAAGACATCATCAACGGTG 2335 Query 2336 GAGAGACAACAACATCAACATCTCAGAGGTTAAATGGAGAC-G-G----T-A--A---C- 2382 ||||||| |||| |||||||||||||||| || |||||||| | | | | | | Sbjct 2336 GAGAGACGACAATATCAACATCTCAGAGGCTATATGGAGACAGTGACAGTGATGAGAACT 2395 Query 2383 -AG--TG--CGGATCGAAAGAAAAAGAAGAGAAAAGGTTGTAGTGAAGAGGAGGATATGT 2437 || || ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2396 TAGAGTGTGCGGATCGAAAGAAGAAGAAGAGAAAAGGTTGTGGTGAAGAGGAGGATATGT 2455 Query 2438 CTTCTTCAAATAGGGAACAAAAACGAGAGAAGTACAAGATGTTAGCCGAGTTTAAAGGCA 2497 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2456 CTTCTTCAAACCGGGAACAAAAACGAGAGAAGTACAAGATATTAGCCGAGTTTAAAGGCA 2515 Query 2498 TGGAGATATTGGAGTTTAGTAGATGGGTATTGTCAGCGTCTCCATTTGACAGAGAGAAGC 2557 |||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||| Sbjct 2516 TGGAGATATTAGAATTTAGTAGATGGGTATTGTCAGCTTCTCTATCTGACAGAGAGAAGC 2575 Query 2558 TACTTCAAGACTTTTTAG-AAAGAGTCAAGTAACAATGTCAGAtttttttATGTAG 2612 |||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| || || ||| Sbjct 2576 TACTTCAAGACTTTTTTGGAAAGAGTCAAGTAACAATATCAGATTTCTTGATTTAG 2631 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 101205780965 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5