BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G04010.1
Length=2399
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg470378 jgi|Araly1|470378|fgenesh2_kg.1__332__AT1G04010.1 3934 0.0
> Ahg470378 jgi|Araly1|470378|fgenesh2_kg.1__332__AT1G04010.1
Length=2398
Score = 3934 bits (2130), Expect = 0.0
Identities = 2322/2411 (96%), Gaps = 28/2411 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCAACTCTCACCTTCAAGGTCCCCAACAACGCACACActctctctctctcctctctctTA 60
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TCAACTCTCACCTCCAAGGTCCCCAACAACGCACACACTCTCTCTCTCTCCTCTCTCTTA 60
Query 61 CTTTTCCTCCTAAACTCTGGCGATGAAAAGTAGTTAGAGACACCGAGCGATGGGAGCGAA 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CTTTTCCTCCTAAACTCTGGCGATGAAAAGTAGTTAGAGACACCGAGCGATGGGAGCGAA 120
Query 121 TTCGAAATCAGTAACGGCTTCCTTCACCGTCATCGCCGtttttttCTTGATTTGCGGTGG 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 121 TTCGAAATCAGTAACGGCTTCCTTCACCGTCATCGCCGTTTTTTTCTTGATTTGCTGTGG 180
Query 181 CCGAACTGCGGTGGAGGATGAGACCGAGTTTCACGGCGACTACTCGAAGCTATCGGGTAT 240
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 181 TGGAGCTGCGGTGGAGGATGAGACCGAGTTTCACGGCGACTACTCGAAGCTGTCGGGTAT 240
Query 241 AATCATTCCGGGATTTGCGTCGACGCAGCTACGAGCGTGGTCGATCCTTGACTGTCCATA 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AATCATTCCGGGATTTGCGTCGACGCAGCTACGAGCGTGGTCGATCCTTGACTGTCCATA 300
Query 301 CACTCCGTTGGACTTCAATCCGCTCGACCTCGTATGGCTAGACACCACTAAGCTTCTTTC 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CACTCCGTTGGACTTCAATCCGCTCGACCTCGTATGGCTAGACACCACTAAGCTTCTTTC 360
Query 361 TGCTGTCAACTGCTGGTTTAAGTGTATGGTGCTAGATCCTTATAATCAAACAGACCATCC 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TGCTGTCAACTGCTGGTTTAAGTGTATGGTGCTAGATCCTTATAATCAAACAGACCATCC 420
Query 421 CGAGTGTAAGTCACGGCCTGACAGTGGTCTTTCAGCCATCACAGAATTGGATCCAGGTTA 480
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 CGAGTGTAAGTCACGGCCTGACAGTGGTCTTTCAGCAATCACAGAATTGGATCCAGGTTA 480
Query 481 CATAACAGGTCCTCTTTCTACTGTCTGGAAAGAGTGGCTTAAGTGGTGTGTTGAGTTTGG 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 CATAACAGGTCCTCTTTCTACTGTCTGGAAAGAGTGGCTTAAGTGGTGTGTTGAGTTTGG 540
Query 541 TATAGAAGCAAATGCAATTGTCGCTGTTCCATACGATTGGAGATTGTCACCAACCAAATT 600
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TATAGAAGCTAATGCAATTGTCGCTGTTCCATACGATTGGAGATTGTCACCAACCAAATT 600
Query 601 GGAAGAGCGTGACCTTTACTTTCACAAGCTCAAGTTGACCTTTGAAACTGCTTTAAAACT 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GGAAGAGCGTGACCTTTACTTTCACAAGCTCAAGTTGACCTTTGAAACTGCTTTAAAACT 660
Query 661 CCGTGGCGGCCCTTCTATAGTATTTGCCCATTCAATGGGTAATAATGTCTTCAGATACTT 720
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 CCGTGGTGGCCCTTCTATAGTATTTGCCCATTCAATGGGTAATAATGTCTTCAGATACTT 720
Query 721 TCTGGAATGGCTGAGGCTAGAAATTGCACCAAAACATTATTTGAAGTGGCTTGATCAGCA 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||
Sbjct 721 TCTGGAATGGCTGAGGCTAGAAATTGCACCAAAACATTACTTGGAGTGGCTAGATCAGCA 780
Query 781 TATCCATGCTTATTTCGCTGTTGGAGCTCCTCTTCTTGGTTCTGTTGAGGCAATCAAATC 840
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 781 TATCCATGCTTATTTCGCTGTTGGAGCTCCTCTTCTTGGTTCAGTTGAGGCAATTAAATC 840
Query 841 TACTCTCTCTGGTGTAACGTTTGGCCTTCCTGTTTCTGAGGGAACTGCTCGGTTGTTGTC 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TACTCTCTCTGGTGTAACGTTTGGCCTTCCTGTTTCTGAGGGAACTGCTCGGTTGTTGTC 900
Query 901 CAATTCTTTTGCGTCGTCATTGTGGCTTATGCCATTTTCAAAGAATTGCAAGGGTGATAA 960
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 CAATTCTTTTGCCTCTTCATTGTGGCTTATGCCATTTTCAAAGAATTGCAAGGGTGATAA 960
Query 961 CACATTCTGGACGCATTTTTCTGGGGGTGCTGCAAAGAAAGATAAGCGCGTATACCACTG 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 961 CACATTCTGGACGCATTTTTCTGGGGGTGCTGCAAAGAAGGATAAGCGTGTATACCACTG 1020
Query 1021 TGATGAAGAGGAATATCAATCAAAATATTCTGGCTGGCCGACAAATATTATTAACATTGA 1080
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1021 TGATGACGAGGAATATCAATCAAAATATTCTGGCTGGCCGACGAATATCATTAACATTGA 1080
Query 1081 AATTCCTTCCACTAGCGTTACAGAAACAGCTCTAGTCAACATGACCAGCATGGAATGTGG 1140
||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 AATTCCTTCCACTGGCGTTACAGAAACAGCTCTAGCCAACATGACCAGCATGGAATGTGG 1140
Query 1141 CCTTCCCACCCTTTTGTCTTTCACAGCCCGTGAACTAGCAGATGGGACTCTTTTCAAAGC 1200
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TCTTCCCACCCTATTGTCTTTCACAGCCCGTGAACTAGCAGATGGGACTCTTTTCAAAGC 1200
Query 1201 AATAGAAGACTATGACCCAGATAGCAAGAGGATGTTACACCAGTTAAAGAAGTTGTATCA 1260
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 AATCGAAGACTATGACCCAGATAGCAAGAGGATGTTACACCAGTTAAAGAAGTTGTATCA 1260
Query 1261 TGATGACCCTGTTTTTAATCCTCTGACTCCTTGGGAGAGACCACCTATAAAAAATGTATT 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 TGATGACCCTGTTTTTAATCCTCTGACTCCTTGGGAGAGACCACCTATAAAAAATGTATT 1320
Query 1321 TTGCATATATGGTGCTCATCTAAAGACAGAGGTTGGTTATTACTTTGCCCCAAGTGGCAA 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 TTGCATATATGGTGCTCATCTAAAGACAGAGGTTGGTTATTACTTTGCCCCAAGTGGCAA 1380
Query 1381 ACCTTATCCTGATAATTGGATCATCACGGATATCATTTATGAAACTGAAGGTTCCCTCGT 1440
|||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1381 ACCTTATCCTGATAATTGGATCATTACGGATGTCATTTACGAAACTGAAGGTTCCCTTGT 1440
Query 1441 GTCAAGGTCTGGAACTGTGGTTGATGGGAACGCTGGACCTATAACTGGGGATGAGACGGT 1500
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 GTCAAGGTCTGGAACTGTGGTTGATGGGAATGCTGGACCTATAACTGGGGATGAGACGGT 1500
Query 1501 ACCCTATCATTCACTCTCTTGGTGCAAGAATTGGCTCGGACCTAAAGTTAACATAACAAT 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 ACCCTATCATTCACTCTCTTGGTGCAAGAATTGGCTCGGACCTAAAGTTAACATAACAAT 1560
Query 1561 GGCTCCCCAGCCAGAACACGATGGAAGCGACGTACATGTGGAACTAAATGTTGATCATGA 1620
||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1561 GGCTCCCCAGCCAGAACACGATGGAAGTGATGTACATGTGGAACTAAATGTTGAACATGA 1620
Query 1621 GCATGGGTCAGACATCATAGCTAACATGACAAAAGCACCAAGGGTTAAGTACATAACCTT 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 GCATGGGTCAGACATCATAGCTAACATGACAAAAGCACCAAGGGTTAAGTACATAACCTT 1680
Query 1681 TTATGAAGACTCTGAGAGCATTCCGGGGAAGAGAACCGCAGTCTGGGAGCTTGATAAAAC 1740
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 TTATGAAGACTCTGAGAGCATTCCGGGGAAGAGAACTGCAGTCTGGGAGCTTGATAAAAC 1740
Query 1741 AAATCACAGGAACATAGTAAGATCTCCAGTTCTGATGAGGGAGTTATGGCTTCAGATGTG 1800
||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 AAATCACAGGAACATCGTTAGATCTCCAGTTCTGATGCGGGAGTTATGGCTTCAGATGTG 1800
Query 1801 GCATGACATTCAGCCTGGTGCAAAGTCCAAATTTGTCACCAAAGCCAAGCGCGGGCCACT 1860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1801 GCATGACATTCAGCCTGGTGCAAAGTCCAAATTTGTCACCAAAGCCAAGCGTGGGCCACT 1860
Query 1861 TAGAGATGCGGATTGCTACTGGGATTACGGGAAAGCCTGTTGTGCTTGGCAAGAATACTG 1920
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 TAGAGATACGGATTGCTACTGGGATTACGGGAAAGCCTGTTGTGCTTGGCAAGAATACTG 1920
Query 1921 TGAATACAGATACAGTTTTGGGGATGTTCACTTAGGACAAAGTTGTAGATTGAGGAACAC 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1921 TGAATACAGATACAGTTTTGGGGATGTTCACTTAGGACAAAGTTGTAGATTAAGGAACAC 1980
Query 1981 ATCTGCTAATATGCTTCTCCAGTACATATAAATTTCTTCGTTCAGCAAATGACCATTCCT 2040
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1981 ATCTGCTAATATGCTTCTCCAGTACATATAAATTTCCTCGTTCAGAAAATGACCATTCCT 2040
Query 2041 TCTTCTTCATTTTCTTCTCCCAGTAAGA-GGTaaaaaaaaaaGGGGTTTAAAACGGTCAA 2099
|| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 2041 TCCTCTTCATTTTCCTCTCCCAGTAAGATGGTAAAAAAAAAAAGGGTTCAAAACGGTCAA 2100
Query 2100 TTCTTATTGCTCTCTCTATTTCTCACGCAAAGGTATTCTTT-GTGAtttttttttCTATT 2158
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||
Sbjct 2101 TTCTTATTGCTCTCTCTATTTCTCACGCAAAGGTATTCTTTTGTGAAAAATTTT-CTATT 2159
Query 2159 ACGAG-CAATATGATAGACAGTTTGGG--TACAGCTAAGAGTGCAGTCACTTTGAACTTA 2215
||||| || ||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2160 ACGAGGCA-TATGATA-----TTTGGGAATACAGCTAAGAGTGCAGTTACTTTGAACTTA 2213
Query 2216 C-CGGCTAAAGTAGTAAATCCATATGAAAA-CAATGTAGAGtttttttttt-t-tAACTA 2271
|||||||||||||||| |||||| |||| |||| ||| |||||||||| | |||||
Sbjct 2214 AACGGCTAAAGTAGTAAACCCATAT-AAAATCAATATAG--TTTTTTTTTTCTCTAACTT 2270
Query 2272 CAAGTGCGATTTGGTCTCTTCCGTTTTGATGGAGAGAAACAGAACAATTCTGAGTATGT- 2330
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2271 CAAGTGCGATTTGGTCTCTTCCGTTTCGATGGAGAGAAACAGAACAATTCTGAGTATGTA 2330
Query 2331 TCT-T----GCTTTTGGTTGGTACCATTTCCCTCTTTAGCTTATTGGGTACAAAATTGTA 2385
| | | |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | |||||||||||||
Sbjct 2331 TGTGTTCTCGCTTTTGGTTGGTACCATTTCC-TCT--AGCTTATAGAGTACAAAATTGTA 2387
Query 2386 TGATGATTAAA 2396
||||||| |||
Sbjct 2388 TGATGATAAAA 2398
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 90388151385
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5