BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G04020.1
Length=2397
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg470379 jgi|Araly1|470379|fgenesh2_kg.1__333__AT1G04020.1 3356 0.0
> Ahg470379 jgi|Araly1|470379|fgenesh2_kg.1__333__AT1G04020.1
Length=2349
Score = 3356 bits (1817), Expect = 0.0
Identities = 2215/2400 (92%), Gaps = 55/2400 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GAAGTGCATCTTCTCCTTCTCTTCTCGGTTTCAAGAGCTTTCGTCATTTAGATCTGGGTT 60
|||||||||||||||||| || | || | |||||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 1 GAAGTGCATCTTCTCCTTGTC-T-TCAGCTTCAAGAGCTTTCGTCGTTTAGATCT-GGTT 57
Query 61 TTGTACATCACCAATGGCGGAATTTACTAACATGCTAATGAATCCATGGGTTCTTCATCT 120
|| | || || ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 58 TT-TGGAT-ACTAATGGCGGAATTTACAAACATGCTGATGAATCCATGGGTTCTTCATCT 115
Query 121 CCAGAAGCTCGAGCTCGAGCTCAAGTGCCCTCTATGCTTAAAATTGCTTAATCGACCGGT 180
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 116 CCAGAAGCTCGAGCTCGAGCTCAATTGCCCTCTATGCTTGAAATTGCTTAATCGACCGGT 175
Query 181 GTTGCTTCCTTGCGACCACGTCTTCTGCGATTCATGTGTACACAAATCGTCGCAAGTTGA 240
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 176 GTTGCTTCCATGCGACCACGTCTTTTGCGATTCATGTGTACACAAATCGTCGCAAGTCGA 235
Query 241 ATCGGGATGTCCTGTCTGCAAATCTAAACATCCCAAAAAGGCTAGGA-GAGATCTTCGAT 299
| | || |||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||| || |||||| ||
Sbjct 236 AACAGGCTGTCCTGTCTGCAAATCTAAACATTCCAAAAAGTCTCGGAGGA-ATCTTCAAT 294
Query 300 TCATGGAGAGTGTTATAAGCATATACAAGAGCTTGAATGCAGCTGTTAGTGTTCATCTCC 359
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 295 TTATGGAGAGTGTTATAAGCATATACAAAAGCTTGAATGCAGCTGTTAGTGTTCATCTCC 354
Query 360 CACAATTACAGATTCCAAATGATTGCAACTACAAGAACGATGCATTGAACAATTCCAACA 419
|||||||||||||||| |||||||||||||||||| || | | | | |
Sbjct 355 CACAATTACAGATTCCGAATGATTGCAACTACAAG---GA--C---G----A-T---GC- 397
Query 420 GCCCTAAACATGGCGAATCTGAAGATTCTGAGATGACTGACAAGGATGTGAGCAAGCGCA 479
||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 398 -CCCTAAACACGGCGGATCTGAAGATTCTGAGATGACTGATAAGGATGTGAGCAAGCGCA 456
Query 480 GTGGTGGTACTGATT-CTTCTAGTCGTGATGGTTCTCCTCTTCCGACCTCAGAAGAAAGT 538
||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 457 GTGGTGGTACTGATTCCTCCT-GTCGTGATGGTTCTCCTCTTCCGACTTCAGAAGAAAGC 515
Query 539 GATCCAAGACCTAAGCATCAGGATTGGACTGAAAAGCAGTTGAGTGATCATCTCCTATTA 598
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 516 GATCCAAGACCTAAGCATCAGGATTGGACTGCTGAGCAGTTGCGTGATCATCTCTTATTA 575
Query 599 TATGAGTTTGAATCAGAGTATGATGCTGCCAATCACACTCCGGAAAGTTATACAGAACAA 658
|||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 576 TATGAGTTTGAATCAGAGAATGATGCTGGCAATCACACTCCGGAAAGTTATACAGGACAA 635
Query 659 GCTGCAAAAAATGTGAGGGACATCACTGCTTCTGAGCAGCCTAG-CAATGCTGCAAGGAA 717
|||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 636 GCTGCAAACAATGTGAGGGACATCAGTGCTTCTGAGCAGCCT-GCCAATGCTGCAAGGAA 694
Query 718 GCGGATATGTGGTGATTCCTTTATCCAGGAAAGCAGTCCGAATCCTAAGACTCAGGATCC 777
|||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 695 GCGGATTTGTGGTGATTCCTTTATCCAGGAAAGCAATCCAAATCCTAAGACTCAGGATCA 754
Query 778 GACTTTGCTGCGGTTGATGGAGAGCCTCCGGTCAGATGATCCCACTGATTATGTTAAAGC 837
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 755 AACTTTGCTGCGGTTGATGGAGAGCCTCCGGTCAGATGATCCCACTGATTATGTTAAATC 814
Query 838 ACAGAACCATCAGCAGTTACCCAAAAGTCATACAGAACAAGATTCAAAAAGGAAGCGTGA 897
|||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 815 ACAGAAACATCAGCCGTTACCCAAGAGTCATACAGAACAAGATACTAAAAGGAAGCGTGA 874
Query 898 CATCACCGCTTCTGATGCAATGGAAAATCATCTGAAGGTCCCCAAGAGGGAGAATAATCT 957
|||||||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||
Sbjct 875 CATCACCGCTTCCGAAGCAATGGAAAATCATCTGAAAGTTCCCAAGAGGGAGAAGAACCT 934
Query 958 GATGCAAAAATCTGCTGATATTGACTGCAATGGTAAATGCTCTGCAAACTCTGATGATCA 1017
|||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 935 GATGCAAAAAGCTGCTGATATTGACTTCAATGATAAATGCTCTGCAAACTCTGATGATCA 994
Query 1018 GCTAAGTGAGAAAATCTCAAAGGCATTAGAACAAA-CATCATCCAACATAACCATTTGTG 1076
|||| |||||||||||||||||||| || | ||| || ||||||||||||| |||||||
Sbjct 995 ACTAATTGAGAAAATCTCAAAGGCATCAG-ATAAACCACCATCCAACATAACTATTTGTG 1053
Query 1077 GTTTCTGCCAATCCGCTAGGGTATCTGAGGCCACTGGAGAAATGCTGCATTACTCTAGGG 1136
| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1054 GATTCTGCCAATCCGCTATGGTATCTGAGGCTACTGGAGAAATGCTGCATTACTCTAGGG 1113
Query 1137 GAAGACCGGTGGATGGAGATGACATCTTCCGCTCCAATGTTATCCATGTCCATAGCGCAT 1196
||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1114 GAAGACCAGTGGTTGGAGATGACATCTTCCACTCCAATGTTATCCATGTCCATAGCGCAT 1173
Query 1197 GTATCGAATGGGCACCGCAAGTTTACTATGAAGGTGACACAGTGAAGAACCTGAAAGCAG 1256
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1174 GTATCGAATGGGCACCGCAAGTTTACTATGAAGGTGACACAGTGAAGAACCTGAAAGCAG 1233
Query 1257 AACTGGCAAGGGGGATGAAAATCAAGTGCACTAAATGTAGTCTGAAAGGTGCTGCCTTAG 1316
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1234 AACTGGCAAGGGGGATGAAAATCAAGTGCACTAAATGTAGTCTGAAAGGAGCTGCCTTGG 1293
Query 1317 GCTGCTTTGTCAAGTCTTGCCGTCGAAGCTATCATGTTCCATGTGCAAGAGAGATTTCTA 1376
|||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1294 GCTGCTATGTCAAGTCTTGCCGCCGAAGCTATCATGTTCCATGTGCAAGGGAGATTTCCA 1353
Query 1377 GATGCCGTTGGGATTATGAAGATTTTCTTCTACTTTGTCCGGCTCATTCTTCTGTCAAAT 1436
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1354 GATGCCGTTGGGATTATGAAGACTTTCTTCTACTTTGTCCAGCTCATTCTTCTGTCAAAT 1413
Query 1437 TCCCGAACGAGAAGTCTGGACATCGCGTTTCCAGAGCCGAGCCCTTACCAAAAATAAATC 1496
|||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||| |||||
Sbjct 1414 TCCCAAACGAGAAGTCTGGACATCACGTATCCAGAGCTGAGCCCTTACCAAAAACAAATC 1473
Query 1497 CTGCTGAGCTATGTTCTTTGGAACAAACACCAGCTTTTACAAAAGAGCTTGTTCTCTGTG 1556
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1474 CTGCTGAGCTATGTTCTTTGGAAAAAACACCAGCTATTACAAAAGAGCTCGTTCTCTGTG 1533
Query 1557 GATCAGCACTCTCTAAAAGTGATAAGAAACTGATGGAAAGTTTAGCCGTTCGATTTAACG 1616
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| || |
Sbjct 1534 GATCAGCACTCTCTAAAAGTGATAAGAACCTGATGGAAAGTTTAGCTGTTAAATTCAATG 1593
Query 1617 CGACCATATCAAGGTACTGGAACCCAAGTGTTACACATGTGATTGCTTCTACAGATGAAA 1676
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1594 CAACCATATCAAGGTACTGGAACCCAAGTGTTACACATGTGATTGCTTCTACAGACGAAA 1653
Query 1677 AAGGAGCTTGCACAAGAACTTTGAAGGTTCTTATGGGTATTCTCAATGGAAAATGGATTA 1736
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1654 AAGGAGCATGCACAAGAACTTTGAAGGTTCTTATGGGTATTCTCAATGGAAAATGGATTA 1713
Query 1737 TCAATGCAGCTTGGATGAAAGCAAGCCTAAAAGCTTCTCAACCTGTTGATGAAGAACCAT 1796
||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1714 TCAATGCAGATTGGATGAAAGCAAGCCTTGAAGCTTCTCAACCTGTTGATGAAGAACCAT 1773
Query 1797 TCGAGATTCAAATTGATACTCAAGGATGTCAAGATGGACCAAAAACCGCAAGACTCAGAG 1856
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1774 TTGAGATTCATATTGATACTCAAGGATGTCAAGATGGACCAAAAACCGCAAGACTCAGAG 1833
Query 1857 CAGAAACTAATAAACCAAAGCTCTTTGAGGGCTTGAAGTTCTATTTCTTTGGAGATTTCT 1916
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1834 CAGAAACTAATAAACCAAAGCTCTTTGATGGCTTGAAGTTTTATTTCTTTGGAGAATTCG 1893
Query 1917 ATAAAGGATACAAGGAAGACCTTCAGAATCTAGTCAAAGTCGCTGGTGGTACAATCTTGA 1976
||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||
Sbjct 1894 ATAAAGGATACAAAGAAGACCTTCAGAATCTAGTAAAAGTAGCTGGTGGGACGGCCTTGA 1953
Query 1977 ACACAGAGGATGAGCTTGGTGCAGAAAGCAGCAACAATGTCAATGACCAAAGATCATCAT 2036
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1954 ACACAGAGGATGAGCTTGGTGCAGAAAGCAGCAACACTGTCAATGACCAAAGATCATCAT 2013
Query 2037 CGATTGTGGTTTACAACATTGATCCTCCACATGGATGTGCCTTAGGTGAAGAAGTCACAA 2096
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2014 CGATTGTGGTTTACAACATTGATCCTCCACTTGGATGTGCCTTAGGTGAAGAAGTCACGA 2073
Query 2097 TCATTTGGCAACGAGCTAATGACGCAGAAGCTTTAGCAAGCCAAACTGGGTCTCGTCTCG 2156
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2074 TTATTTGGCAACGAGCTAATGACGCAGAAGCTTTAGCAAGCCAAACTGGGTCTCGTCTCG 2133
Query 2157 TTGGTCACACATGGGTCTTGGAGTCCATTGCTGGTTACAAGTTACATCCTGTGATTGGCT 2216
|||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2134 TTGGTCACACATGGCTCTTGGCGTCCATTGCTGGTTACAAGTTACATCCTGTGATTAGCT 2193
Query 2217 AATTTAAGAGGAAGAGACAAAAGACATTTCAATTTCCCTACACATATGTAACATAGTTTA 2276
||||| ||| || ||| |||| || | ||||||||||||| |||||
Sbjct 2194 AATTTT-GAG-AA-AGA-----GACA----AA-------A-ACATATGTAACATTGTTTA 2233
Query 2277 ATTTTACTATTTTTGATTTCGTAAGATAACAAAACAGATTCGTGTTTGAACGCATATAAA 2336
|||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 2234 ATTTCACT-TTTA--ATTTCGTAAGATAACAAAACAGATTCTTGTTTGTACGCATATAAA 2290
Query 2337 ATTCCAACTTTTACTTTCGAAAAACAAAGCTTTGTAACTTAAAGTTTGGAAATCTTACCG 2396
||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2291 TTTC-AACTTTTACTTTGGAAAAACAAAGCTTTGTAACTTAAATTTTGGAAATCTTACCG 2349
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 90311970895
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5