BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G04110.1
Length=2328
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg470387 jgi|Araly1|470387|fgenesh2_kg.1__341__AT1G04110.1 3842 0.0
> Ahg470387 jgi|Araly1|470387|fgenesh2_kg.1__341__AT1G04110.1
Length=2337
Score = 3842 bits (2080), Expect = 0.0
Identities = 2259/2343 (96%), Gaps = 21/2343 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAACCCAAA-CCTTTCTTTCTCTGCATTA----TCTT-TC-T-TC-TATT-TTGTTC 50
|||||||||||| || ||| | |||||||||| |||| || | || | || || |||
Sbjct 1 ATGGAACCCAAATCC-TTCCTACTCTGCATTATCTTTCTTCTCTTCTCTTCTTCTTCTTC 59
Query 51 TTCTTCGTCAGAGATCCTGCAGAAGCAGACTTACATTGTTCAGCTTCATCCTAATAGCGA 110
|||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 60 TTCTTCCTCAGAAATCCTGCAGAAACAGACTTACATTGTTCAGCTTCATCCTAATACCGA 119
Query 111 AACCGCTAAAACCTTTGCCTCAAAGTTTGATTGGCATCTTTCTTTTCTCCAAGAAGCGGT 170
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 AACCGCTAAAACATTTGCCTCAAAGTTTGATTGGCATCTTTCTTTTCTCCAAGAAGCGGT 179
Query 171 TTTAGGTGTTGAAGAAGAAGAGGAAGAGCCTTCTTCTCGACTTCTCTACTCCTATGGCTC 230
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 TTTGGGTGTTGAAGAAGAAGAGGAAGAGCCTTCTTCACGACTTCTCTACTCCTATGGCTC 239
Query 231 TGCGATTGAAGGATTTGCTGCTCAGTTGACTGAATCAGAAGCCGAGATACTGAGATATTC 290
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 240 TGCGATTGAAGGATTTGCTGCTCAGTTGACTGAGTCAGAAGCCCAGATGCTGAGATATTC 299
Query 291 ACCTGAAGTTGTTGCAGTGAGACCTGACCATGTTCTTCAGGTTCAAACCACTTACTCTTA 350
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 300 ACCTGAAGTTGTTGCAGTGAGACCTGACCATGTTCTTCAAGTTCAAACCACTTACTCTTA 359
Query 351 CAAGTTCTTGGGACTCGACGGTTTTGGAAACTCCG-GTGTATGGTCTAAATCTCGGTTTG 409
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 CAAGTTCTTGGGACTCGACGGTTTTGGAAACT-CGAGTGTATGGTCTAAATCTCGGTTTG 418
Query 410 GTCAAGGCACAATTATCGGCGTGCTTGATACTGGAGTTTGGCCTGAAAGTCCTAGCTTTG 469
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 GTCAAGGCACAATTATCGGCGTGCTTGATACTGGAGTTTGGCCTGAAAGTCCTAGCTTTG 478
Query 470 ACGATACCGGAATGCCTTCGATTCCACGGAAATGGAAAGGGATTTGCCAAGAAGGAGA-A 528
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 479 ACGATACCGGAATGCCTTCGATTCCACGGAAATGGAAAGGGATTTGCCAAGAAGGAGAGA 538
Query 529 AGTTTCAGTTCTTCGAGCTGTAACCGGAAGCTAATCGGTGCTAGATTCTTCATCAGAGGA 588
| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 A-TTTCAGTTCCTCGAGCTGTAACCGGAAGCTAATCGGTGCTAGATTCTTCATCAGAGGA 597
Query 589 CACCGTGTCGCTAATTCACCAGAGGAATCACCAAACATGCCTCGTGAATACATTTCCGCA 648
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 598 CACCGTGTCGCTAATTCACCAGAGGAATCACCAAACATGCCCCGTGAATACATTTCCGCA 657
Query 649 AGAGATTCAACGGGACACGGGACTCACACCGCCTCAACAGTTGGTGGATCCTCTGTTTCG 708
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 AGAGATTCAACGGGACACGGGACTCATACCGCTTCAACAGTTGGTGGATCCTCTGTTTCG 717
Query 709 ATGGCGAATGTTCTTGGCAATGGAGCTGGTGTGGCTCGTGGGATGGCTCCTGGAGCTCAC 768
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 ATGGCGAATGTTCTTGGCAATGGAGCTGGTGTGGCTCGTGGGATGGCTCCTGGAGCTCAC 777
Query 769 ATTGCAGTCTATAAAGTCTGTTGGTTCAATGGTTGTTACAGCTCTGACATTCTAGCAGCT 828
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 ATTGCAGTCTATAAAGTCTGTTGGTTCAATGGTTGTTACAGCTCTGACATTCTAGCAGCT 837
Query 829 ATAGATGTAGCGATTCAAGATAAAGTCGATGTTCTTTCGCTTTCCCTTGGCGGTTTCCCT 888
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 838 ATAGATGTAGCGATTCAAGATAAAGTCGACGTTCTTTCTCTTTCCCTTGGCGGTTTCCCG 897
Query 889 ATTCCTTTGTATGATGACACAATCGCCATTGGAACATTCCGAGCCATGGAACGCGGTATA 948
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 898 ATTCCTTTGTATGATGACACAATCGCCATTGGAACATTCCGAGCCATGGAACGTGGTATA 957
Query 949 TCTGTAATCTGTGCAGCTGGTAACAACGGTCCAATCGAAAGCTCTGTTGCAAACACAGCT 1008
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 TCTGTAATATGTGCAGCTGGTAACAACGGTCCAATCGAAAGCTCTGTTGCAAACACAGCT 1017
Query 1009 CCTTGGGTCTCAACCATTGGCGCAGGCACGCTTGATCGAAGATTTCCCGCTGTGGTCAGA 1068
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1018 CCTTGGGTCTCAACCATTGGCGCAGGCACGCTTGATCGAAGATTTCCCGCTGTGGTCCGA 1077
Query 1069 TTAGCCAACGGAAAGCTTCTCTATGGAGAGTCATTGTAT-CCGGGAAAAGGTATAAAGAA 1127
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||| |||||| |||||||
Sbjct 1078 TTAGCCAACGGAAAGCTTCTGTATGGAGAGTCGTTGTATCCCGGG-AAAGGTTTAAAGAA 1136
Query 1128 TGCCGGGAGAGAGGTTGAGGTGATTTACGTCACAGGAGGAGATAAAGGAAGTGAGTTCTG 1187
||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 TGCTGAGAGAGAGGTTGAGGTGATTTACGTCACAGGAGGAGATAAAGGAAGTGAGTTCTG 1196
Query 1188 TTTGAGAGGGTCACTTCCAAGAGAAGAAATCCGAGGCAAAATGGTGATTTGTGATCGCGG 1247
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1197 TTTGAGAGGGTCACTTCCAAGAGAGGAAATCCGAGGCAAAATGGTTATTTGTGATCGCGG 1256
Query 1248 AGTCAATGGAAGATCGGAGAAAGGAGAAGCGGTTAAAGAAGCTGGAGGAGTTGCAATGAT 1307
|||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1257 CGTCAATGGAAGATCTGAGAAAGGAGAAGCGATTAAAGAAGCAGGAGGAGTTGCAATGAT 1316
Query 1308 CTTAGCCAATACAGAGATCAACCAAGAAGAAGATTCTATTGACGTTCATCTCTTACCAGC 1367
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 CTTAGCCAACACAGAGATCAACCAAGAAGAAGATTCTATTGACGTTCATCTCTTACCAGC 1376
Query 1368 TACATTGATTGGTTACACTGAGTCAGTCCTTCTGAAGGCTTATGTTAATGCCACGGTGAA 1427
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 TACATTGATTGGTTACACCGAGTCAGTCCTTCTGAAAGCTTATGTTAATGCCACGGTGAA 1436
Query 1428 ACCAAAGGCGCGGATAATTTTTGGTGGTACGGTGATTGGGAGGTCACGAGCACCGGAGGT 1487
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||
Sbjct 1437 ACCAAAGGCGCGGATAATTTTTGGTGGTACAGTGATTGGGCGGTCACGAGCACCGGAAGT 1496
Query 1488 GGCTCAGTTTTCAGCTCGAGGACCGAGTTTAGCCAATCCTTCGATACTAAAACCGGATAT 1547
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 GGCTCAGTTTTCAGCTCGAGGACCGAGTTTAGCCAATCCTTCGATACTAAAACCGGATAT 1556
Query 1548 GATTGCTCCGGGAGTCAATATCATTGCGGCTTGGCCTCAAAATCTAGGACCAACCGGACT 1607
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 GATTGCTCCGGGAGTCAATATCATTGCGGCTTGGCCTCAAAATCTAGGACCAACCGGACT 1616
Query 1608 TCCTTATGATTCAAGAAGAGTTAACTTCACTGTAATGTCAGGAACTTCAATGTCTTGTCC 1667
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 TCCTTATGATTCAAGAAGAGTTAACTTCACTGTAATGTCAGGAACTTCAATGTCTTGTCC 1676
Query 1668 ACATGTTAGCGGAATCACTGCTCTTATCCGGTCTGCATACCCGAACTGGTCTCCAGCTGC 1727
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1677 ACATGTTAGCGGAATCACTGCTCTTATCCGGTCTGCATACCCGAACTGGTCTCCCGCTGC 1736
Query 1728 AATCAAATCCGCATTGATGACAACAGCGGATTTGTACGATCGTCAAGGGAAAGCGATAAA 1787
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 AATCAAATCCGCATTGATGACAACAGCGGATTTGTATGATCGTCAAGGGAAAGCGATAAA 1796
Query 1788 GGATGGTAACAAACCAGCCGGTGTGTTTGCGATTGGAGCAGGGCATGTGAATCCGCAAAA 1847
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 GGATGGTAACAAACCAGCAGGTGTGTTTGCGATTGGAGCAGGGCATGTGAATCCGCAAAA 1856
Query 1848 GGCGATAAACCCGGGATTGGTTTACAACATTCAACCAGTGGATTACATAACTTACCTCTG 1907
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1857 GGCGATAAACCCGGGATTGGTTTACAACATTCAACCAGTGGATTACATTACTTACCTCTG 1916
Query 1908 CACTCTTGGATTCACAAGATCAGATATTTTAGCAATCACTCATAAGAACGTGAGCTGCAA 1967
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 CACTCTTGGATTCACAAGATCAGACATTTTAGCAATCACTCATAAGAACGTGAGCTGCAG 1976
Query 1968 TGGAATATTGCGGAAAAACCCGGGTTTTAGTCTCAATTACCCGTCGATAGCCGTGATTTT 2027
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1977 CGGAATATTGCGGAAAAACCCGGGTTTTAGCCTCAATTACCCGTCGATATCCGTGATTTT 2036
Query 2028 CAAACGTGGCAAGACTACGGAGATGATCACAAGGCGTGTCACTAACGTTGGGAGTCCTAA 2087
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 2037 CAAACGTGGCAAGACTACAGAGATGATCACAAGGCGTGTGACTAACGTTGGGAGTCCAAA 2096
Query 2088 CTCGATATACTCAGTGAATGTCAAGGCTCCAGAGGGGATCAAAGTTATTGTCAATCCTAA 2147
||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 2097 CTCGATATACTCAGTGAATGTTGAGGCTCCAGAAGGGATCAAAGTGATTGTAAATCCTAA 2156
Query 2148 GAGACTTGTGTTCAAACACGTGGATCAGACGCTGAGCTATAGAGTATGGTTTGTATTGAA 2207
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2157 GAGACTTGTATTCAAACACGTGGATCAGACGCTGAGCTATCGAGTATGGTTTGTATTGAA 2216
Query 2208 GAAGAAAAACAGAGGAGGGAAGGTGGCTA-GCTTTGCACAAGGG-CAGTTGACTTGGGTC 2265
|||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 2217 GAAGAAAAACAGAGGAGGGAGGGTGGCTACG-TTTGCACA-GGGACAGTTGACTTGGGTC 2274
Query 2266 AACTCTCATAATCTGATGCAGCGAGTTAGAAGTCCAATCTCTGTAACCTTGAAGACTAAC 2325
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2275 AACTCTCAGAATCTGATGCAGCGAGTTAGAAGTCCAATCTCTGTAACCTTGAAGACTAAC 2334
Query 2326 TGA 2328
|||
Sbjct 2335 TGA 2337
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 87683743990
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5