BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G04200.1 Length=2625 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg470396 jgi|Araly1|470396|fgenesh2_kg.1__350__AT1G04200.1 3812 0.0 > Ahg470396 jgi|Araly1|470396|fgenesh2_kg.1__350__AT1G04200.1 Length=2535 Score = 3812 bits (2064), Expect = 0.0 Identities = 2335/2466 (95%), Gaps = 17/2466 (1%) Strand=Plus/Plus Query 3 TTTAACAGTTTGAATCTTCAA-TTAATCTCAGATTTAGATCGAGAGAGACCAAATTGAGA 61 |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||| ||| Sbjct 1 TTTATCAGTTTGAATCTTCAATTTAATCTCAGATTTAGATC--------CAAAATTCAGA 52 Query 62 GCAAGATCTTTGCATTGTTCATCTCTTGCTTTGTAATGCCGTTGTTCTTCATCGTAACCG 121 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||| Sbjct 53 GCAAGATCTTTGCATTGTTCATCTCTTACTTTGTAATGCTGTTGTTCTTTATCGGAACCA 112 Query 122 ACTCGGTGGACGCGATCAATTGACTCGTTCTC-TTTTGGATCCTTGTTGACTCGGCGAGC 180 ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 113 ACTCGGTGGACGCGATCGATTGACTCGTTCTCTTTTTGGATCCTTGTTGACTCGGCGAGC 172 Query 181 TTGGCTTAGGAGACATGGGAGGTGTGCCTTCAACGCCGCGAAAAACCGGTGGTGATGATG 240 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 173 TTGGCTTAGGAGACATGGGAGGTGTGCCTTCAACGCCGCGAAACACCGGTGGTGATGATG 232 Query 241 TTTCGGTGGCCGAGTACCTCATTGCCACTTTTGTTGGGGAGAAATCGTTTCCTTTAGCGT 300 |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || | Sbjct 233 TTTCGGTGGCGGAGTACCTCATTGCTACTTTTGTTGGGGAGAAATCGTTTCCTTTGGCCT 292 Query 301 CTGATTTCTGGAACAAGCTACTTGAGCTTCCGTTGAGTTCTCGCTGGCCTAGTGATCGGG 360 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | Sbjct 293 CTGATTTCTGGAACAAGCTCCTTGAGCTTCCGTTGAGTTCTCGGTGGCCTAGTGATCGTG 352 Query 361 TTCAACAAGCCTGTGAACTTTTCGCACAAAGTAATGGCTACACTAGGCACCTTGCAAAAC 420 |||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 353 TTCAACAAGCCTGTGAACTTTTTGAACAAAGCAATGGCTACACTAGGCACCTTGCAAAAC 412 Query 421 TATTGATTCATCTGTCCTGGTGTTTGCAAGAGCTTCTTCAAGCTTCAGATGATCAGTCTT 480 ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 413 TATTGATTCATCTATCTTGGTGTTTGCAAGAGCTTCTTCAAGCTTCTGATGATCAGTCTT 472 Query 481 CTCTCTATAAGAAAGCTGTTAATGCAACATATATTTCATCCGTCTTTTTAAAGTATTTGA 540 || ||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| Sbjct 473 CTATCTATAAGAAAGCTGTTAACGCTACATATATTTCTTCCGTGTTTTTGAAGTATTTGA 532 Query 541 TTGAGAATGGAAAAAGTGACAGTCTTCAGGAGTTGCATCTTTCTCTGGACGAAAGTGAAC 600 ||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 533 TTGAGAATGGAAAAATTGACAGTCTCCAGGAGTTACATCTCTCTCTGGACGAAAGTGAAC 592 Query 601 CAGTTCCACATGGATTTGTAATGGATCAAGACATCCAAAATTTTGTCATGCATAGTGTTC 660 |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | Sbjct 593 CAGTCCCACATGGCTTTGTAATGGATCAAGACATCCAGAATTTTGTCATGCATAGTGTGC 652 Query 661 TGAGCTTCATTGGATCAAATGAAGTGAGTCCCAACTCGTATGTTCTACATCAGGAACTTC 720 |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||| Sbjct 653 TGAGCTTCATTGGATCAAATGAAGTGAGTCCCAATTCGTATGTTCTACACCGGGAACTTC 712 Query 721 TCAACTTCATGCTTGTTACAATGTCGACACAGCTTCTCT-CTGGACCTTCACATGGACCA 779 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||| |||| ||||||| Sbjct 713 TGAACTTCATGCTTGTTACAATGTCGACACAGCTTCT-TGCCGGACCATCACCTGGACCA 771 Query 780 ACAGATGCGAACCCTTTTATTGATGCAGCAATGACTCAGGAAAAGTCTCTAGTTTCTCTA 839 | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| Sbjct 772 AGAGATGCGAACCCTTTTATTGATGCAGCAATGGCTCAGGAAAAGTCTATAGTTTGTCTC 831 Query 840 GTAGTCAGAAGGTTGCTACTTAATTATATTTCCCGACACCGTACTCCTCCAAATGCAAAA 899 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 832 GTAGTCAGAAGATTGCTACTTAATTATATTTCCCGACACCGTACTCCTCCAAATGCAATT 891 Query 900 TCCTATATGTATTCTGATGGAGATTCACAAGGCATTTTAGAG-AGAGTTGGTTCTGCAGC 958 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||| Sbjct 892 TCCTATATGTATTCTGATGGAGATTCACAAGGCATTTT-GGGAAGAGTTGGTTCTGCAGC 950 Query 959 TGCAAGTTTAGTGCTCTTGCCTTTGAACTATCTTGTAAGTAACAGTGGCGGATCTAAAAA 1018 ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 951 TGCGAGTTTTGTGCTCTTGCCTTTGAACTATCTTGTAAGTAACAGTGGCGGATCTAACAA 1010 Query 1019 TCCACTAGCGGAGTGCAGCCTGCATGTTTTACTTATCCTAATTAACTATCACAAGTCTAT 1078 ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1011 TCCACTAGCAGAGTGCAGCCTTCATGTTTTACTTATCCTAATTAACTATCACAAGTCTAT 1070 Query 1079 CATGAGTGATGAGTCTATGACGGATAAAAGTGATGACAGTGCGACCTCAGAATCAGTTTC 1138 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| Sbjct 1071 CATGAGTGATGAGTCTATGACGGATAAAAGTGATGACAGTGCTACTTCGGAATCAGTTTC 1130 Query 1139 TAAAGTCCATGTATTTTCCTCTGACAATACTTTTAGCAAGGCTCTAGCAAATGCTAGAGA 1198 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1131 TAAAGTCCATGTATTTTCCTCTGGCAATACTTTTAGCAAGGCTCTAGCAAATGCTAGAGA 1190 Query 1199 TGTTGAATTTGACCGCTCAGATGTGGAGGGAAATGCCCACCCTGCTGGTCCACATGTTCG 1258 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1191 TGTTGAATTTGACCGCTCAGATGTGGAGGGAAATGTCCACCCTGCTGGTCCACATGTTCG 1250 Query 1259 GATACCATTTGCTTCACTATTTGATACTCTCGGCATGTTTTTAGCTGATGAGGGCGCCGT 1318 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || Sbjct 1251 GATACCATTTGCTTCACTATTTGATACTCTCGGCATGTGTTTAGCTGATGAGGGCGCTGT 1310 Query 1319 CTTGCTCCTCTACTCATTGTTGCAAGGGAATTCCGACTTTAAGGAGTATGTGTTGGTGCG 1378 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1311 CTTGCTCCTCTACTCACTGTTGCAAGGGAATTCCGACTTTAAGGAGTATGTGTTGGTGCG 1370 Query 1379 AACTGATTTGGATACTTTGTTGATGCCCATCCTGGAGACGCTGTATAACGCTTCAAAGAG 1438 |||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1371 AACTGATTTGGATACTTTGTTGATGCCCGTTCTGGAAACGCTATATAACGCTTCAAAGAG 1430 Query 1439 AACATCATCTAATCAAATATACATGATGCTAATTGTACTTCTCATACTTAGTCAGGATTC 1498 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1431 AACATCATCTAATCAAATATACATGATGCTAATTGTACTTCTCATACTTAGTCAGGATTC 1490 Query 1499 ATCTTTCAATTCAAGCATTCACAAGATGATACTGCCAAGCGTGCCATGGTACAAGGAGCA 1558 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1491 ATCTTTCAATTCAAGCATTCACAAGATGATACTGCCTAGCGTGCCATGGTACAAGGAGCA 1550 Query 1559 TCTCCTTCATCAGACGTCTCTTGGTTCCTTAATGGTCATTATTCTCATAAGAACAGTGCA 1618 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1551 TCTCCTTCATCAGACGTCTCTTGGTTCCATAATGGTCATTATTCTCATAAGAACAGTGCA 1610 Query 1619 GCATAACCTTTCTAAACTTCGGGATGTGTATCTGCAGACTACTTGCCTTGCTACGTTGGC 1678 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1611 GCATAACCTTTCTAAACTTCGGGATGTGTATCTGCAGACTACTTGCCTTGCTACGTTGGC 1670 Query 1679 TAACATGGCACCTCATGCCCATCATTTAAGTGCATATGCCTCACAGAGGCTTGTCAGCCT 1738 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1671 TAACATGGCACCTCATGCCCATCATTTAAGTGCATATGCCTCACAGAGGCTTGTCAGCCT 1730 Query 1739 TTTCTACATGCTTTCTCGAAAGTATAACAAGTTATCGGACTTAACAGGTGATAAGCTCCA 1798 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| Sbjct 1731 TTTCTACATGCTTTCTCGAAAGTATAACAAGTTATCGGAGTTGACAGGTGATAAGGTCCA 1790 Query 1799 AAGTATCAAAATAAACTTGTCCGGAGAGGATGTTGGCGTTTCAGAAGATCTGGCAGCAGA 1858 ||| |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1791 AAGCATCAAAATTAACTTGTCAGGAGAGGATCTTGGCGTTTCAGAAGATTTGGCAGCAGA 1850 Query 1859 GTTGCAGATCTTTACTGATTTCCTGAGACTTGTCCTAGATATATTAAATGCAATTTTGAC 1918 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1851 GTTGCAGATCTTTACTGATTTCCTGAGACTTGTCCTAGATATATTAAATGCAATTTTGAC 1910 Query 1919 GTACGCATTGCCGAGAAATCCTGAGATTGTCTATGCGATTATGCACCGACAAGAAGTGTT 1978 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1911 ATACGCATTGCCGAGAAATCCCGAGATTGTCTATGCGATTATGCACCGACAAGAAGTGTT 1970 Query 1979 CCAACCTTTCAAGAATCATCCACGGTTCCATGAACTGGTGGAAAATATATATACAGTCTT 2038 ||||||||||||||| ||||||| ||||||||| || |||||||||||||| |||||||| Sbjct 1971 CCAACCTTTCAAGAACCATCCACAGTTCCATGAGCTAGTGGAAAATATATACACAGTCTT 2030 Query 2039 AGACTTTTTCAACAGCCGCATGGATTCTCAAAGATCAGATCGAGAATGGTCAGTGCAGAA 2098 ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2031 AGATTTTTTCAATAGCCGCATGGACTCTCAAAGATCGGATCGAGAATGGTCAGTGCAGAA 2090 Query 2099 AGTTCTTCAATTCATCATCAACAATTGCCGGTCTTGGCGAGGTGAAGGCATGAAGATGTT 2158 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2091 AGTTCTTCAGTTCATCATCAACAATTGCCGGTCTTGGCGAGGTGAAGGCATGAAGATGTT 2150 Query 2159 TACTCAGCTTCACTTCTCATATGAACAAGAGAGCCACCCGGAAGAGTTTTTTATTCCATA 2218 |||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| Sbjct 2151 TACTCAACTTCACTTCTCATACGAGCAAGAAAGCCACCCAGAAGAGTTCTTTATTCCATA 2210 Query 2219 TGTTTGGCAACTAGCTTTTTCCCGATGTGGATTCGGTTTTAACCCAGACGCCATCAACTT 2278 ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2211 TGTTTGGCAGCTAGCATTTTCCCGATGTGGATTCAGTTTTAATCCAGACGCCATCAACTT 2270 Query 2279 ATTCCCAGTGCCACACCCAGTTGAAAAAGAGATAGAAGACGAAAGAGGAGAAGAATCAGA 2338 |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||| || Sbjct 2271 ATTCCCAGTGCCACACCCAGCTGGAAAAGAGATAGAAGACGAAAGAGGGGAAGAATTGGA 2330 Query 2339 AGGGAAAGCGAAGGTACAAGAGTTGAACGAACAGAGAATCGTCTTCGACCCATAAATATT 2398 |||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||| Sbjct 2331 AGGGAAAGAGAAGGTGCAAGAGTTGAAAGAACAGAGAATCGTCTTCGATCCATAAGTATT 2390 Query 2399 TTTCGATATAGGAGAGCTTGGATTGGGGCCGTATGTGTATATATTTATACGGTTTAGGGT 2458 ||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 2391 TTTCGATATAGGAGAGCTTCGATGGGGGC-GTATGT--ATATATTTATACGGTTTAGGGT 2447 Query 2459 TCAAAT 2464 |||||| Sbjct 2448 TCAAAT 2453 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 98996546755 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5