BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G04200.1
Length=2625
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg470396 jgi|Araly1|470396|fgenesh2_kg.1__350__AT1G04200.1 3812 0.0
> Ahg470396 jgi|Araly1|470396|fgenesh2_kg.1__350__AT1G04200.1
Length=2535
Score = 3812 bits (2064), Expect = 0.0
Identities = 2335/2466 (95%), Gaps = 17/2466 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 3 TTTAACAGTTTGAATCTTCAA-TTAATCTCAGATTTAGATCGAGAGAGACCAAATTGAGA 61
|||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||| |||
Sbjct 1 TTTATCAGTTTGAATCTTCAATTTAATCTCAGATTTAGATC--------CAAAATTCAGA 52
Query 62 GCAAGATCTTTGCATTGTTCATCTCTTGCTTTGTAATGCCGTTGTTCTTCATCGTAACCG 121
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||||
Sbjct 53 GCAAGATCTTTGCATTGTTCATCTCTTACTTTGTAATGCTGTTGTTCTTTATCGGAACCA 112
Query 122 ACTCGGTGGACGCGATCAATTGACTCGTTCTC-TTTTGGATCCTTGTTGACTCGGCGAGC 180
||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 113 ACTCGGTGGACGCGATCGATTGACTCGTTCTCTTTTTGGATCCTTGTTGACTCGGCGAGC 172
Query 181 TTGGCTTAGGAGACATGGGAGGTGTGCCTTCAACGCCGCGAAAAACCGGTGGTGATGATG 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 173 TTGGCTTAGGAGACATGGGAGGTGTGCCTTCAACGCCGCGAAACACCGGTGGTGATGATG 232
Query 241 TTTCGGTGGCCGAGTACCTCATTGCCACTTTTGTTGGGGAGAAATCGTTTCCTTTAGCGT 300
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 233 TTTCGGTGGCGGAGTACCTCATTGCTACTTTTGTTGGGGAGAAATCGTTTCCTTTGGCCT 292
Query 301 CTGATTTCTGGAACAAGCTACTTGAGCTTCCGTTGAGTTCTCGCTGGCCTAGTGATCGGG 360
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 293 CTGATTTCTGGAACAAGCTCCTTGAGCTTCCGTTGAGTTCTCGGTGGCCTAGTGATCGTG 352
Query 361 TTCAACAAGCCTGTGAACTTTTCGCACAAAGTAATGGCTACACTAGGCACCTTGCAAAAC 420
|||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 353 TTCAACAAGCCTGTGAACTTTTTGAACAAAGCAATGGCTACACTAGGCACCTTGCAAAAC 412
Query 421 TATTGATTCATCTGTCCTGGTGTTTGCAAGAGCTTCTTCAAGCTTCAGATGATCAGTCTT 480
||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 413 TATTGATTCATCTATCTTGGTGTTTGCAAGAGCTTCTTCAAGCTTCTGATGATCAGTCTT 472
Query 481 CTCTCTATAAGAAAGCTGTTAATGCAACATATATTTCATCCGTCTTTTTAAAGTATTTGA 540
|| ||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 473 CTATCTATAAGAAAGCTGTTAACGCTACATATATTTCTTCCGTGTTTTTGAAGTATTTGA 532
Query 541 TTGAGAATGGAAAAAGTGACAGTCTTCAGGAGTTGCATCTTTCTCTGGACGAAAGTGAAC 600
||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 533 TTGAGAATGGAAAAATTGACAGTCTCCAGGAGTTACATCTCTCTCTGGACGAAAGTGAAC 592
Query 601 CAGTTCCACATGGATTTGTAATGGATCAAGACATCCAAAATTTTGTCATGCATAGTGTTC 660
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 593 CAGTCCCACATGGCTTTGTAATGGATCAAGACATCCAGAATTTTGTCATGCATAGTGTGC 652
Query 661 TGAGCTTCATTGGATCAAATGAAGTGAGTCCCAACTCGTATGTTCTACATCAGGAACTTC 720
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 653 TGAGCTTCATTGGATCAAATGAAGTGAGTCCCAATTCGTATGTTCTACACCGGGAACTTC 712
Query 721 TCAACTTCATGCTTGTTACAATGTCGACACAGCTTCTCT-CTGGACCTTCACATGGACCA 779
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||| |||| |||||||
Sbjct 713 TGAACTTCATGCTTGTTACAATGTCGACACAGCTTCT-TGCCGGACCATCACCTGGACCA 771
Query 780 ACAGATGCGAACCCTTTTATTGATGCAGCAATGACTCAGGAAAAGTCTCTAGTTTCTCTA 839
| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 772 AGAGATGCGAACCCTTTTATTGATGCAGCAATGGCTCAGGAAAAGTCTATAGTTTGTCTC 831
Query 840 GTAGTCAGAAGGTTGCTACTTAATTATATTTCCCGACACCGTACTCCTCCAAATGCAAAA 899
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 832 GTAGTCAGAAGATTGCTACTTAATTATATTTCCCGACACCGTACTCCTCCAAATGCAATT 891
Query 900 TCCTATATGTATTCTGATGGAGATTCACAAGGCATTTTAGAG-AGAGTTGGTTCTGCAGC 958
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||
Sbjct 892 TCCTATATGTATTCTGATGGAGATTCACAAGGCATTTT-GGGAAGAGTTGGTTCTGCAGC 950
Query 959 TGCAAGTTTAGTGCTCTTGCCTTTGAACTATCTTGTAAGTAACAGTGGCGGATCTAAAAA 1018
||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 951 TGCGAGTTTTGTGCTCTTGCCTTTGAACTATCTTGTAAGTAACAGTGGCGGATCTAACAA 1010
Query 1019 TCCACTAGCGGAGTGCAGCCTGCATGTTTTACTTATCCTAATTAACTATCACAAGTCTAT 1078
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1011 TCCACTAGCAGAGTGCAGCCTTCATGTTTTACTTATCCTAATTAACTATCACAAGTCTAT 1070
Query 1079 CATGAGTGATGAGTCTATGACGGATAAAAGTGATGACAGTGCGACCTCAGAATCAGTTTC 1138
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||
Sbjct 1071 CATGAGTGATGAGTCTATGACGGATAAAAGTGATGACAGTGCTACTTCGGAATCAGTTTC 1130
Query 1139 TAAAGTCCATGTATTTTCCTCTGACAATACTTTTAGCAAGGCTCTAGCAAATGCTAGAGA 1198
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1131 TAAAGTCCATGTATTTTCCTCTGGCAATACTTTTAGCAAGGCTCTAGCAAATGCTAGAGA 1190
Query 1199 TGTTGAATTTGACCGCTCAGATGTGGAGGGAAATGCCCACCCTGCTGGTCCACATGTTCG 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1191 TGTTGAATTTGACCGCTCAGATGTGGAGGGAAATGTCCACCCTGCTGGTCCACATGTTCG 1250
Query 1259 GATACCATTTGCTTCACTATTTGATACTCTCGGCATGTTTTTAGCTGATGAGGGCGCCGT 1318
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 1251 GATACCATTTGCTTCACTATTTGATACTCTCGGCATGTGTTTAGCTGATGAGGGCGCTGT 1310
Query 1319 CTTGCTCCTCTACTCATTGTTGCAAGGGAATTCCGACTTTAAGGAGTATGTGTTGGTGCG 1378
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1311 CTTGCTCCTCTACTCACTGTTGCAAGGGAATTCCGACTTTAAGGAGTATGTGTTGGTGCG 1370
Query 1379 AACTGATTTGGATACTTTGTTGATGCCCATCCTGGAGACGCTGTATAACGCTTCAAAGAG 1438
|||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1371 AACTGATTTGGATACTTTGTTGATGCCCGTTCTGGAAACGCTATATAACGCTTCAAAGAG 1430
Query 1439 AACATCATCTAATCAAATATACATGATGCTAATTGTACTTCTCATACTTAGTCAGGATTC 1498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1431 AACATCATCTAATCAAATATACATGATGCTAATTGTACTTCTCATACTTAGTCAGGATTC 1490
Query 1499 ATCTTTCAATTCAAGCATTCACAAGATGATACTGCCAAGCGTGCCATGGTACAAGGAGCA 1558
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1491 ATCTTTCAATTCAAGCATTCACAAGATGATACTGCCTAGCGTGCCATGGTACAAGGAGCA 1550
Query 1559 TCTCCTTCATCAGACGTCTCTTGGTTCCTTAATGGTCATTATTCTCATAAGAACAGTGCA 1618
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1551 TCTCCTTCATCAGACGTCTCTTGGTTCCATAATGGTCATTATTCTCATAAGAACAGTGCA 1610
Query 1619 GCATAACCTTTCTAAACTTCGGGATGTGTATCTGCAGACTACTTGCCTTGCTACGTTGGC 1678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1611 GCATAACCTTTCTAAACTTCGGGATGTGTATCTGCAGACTACTTGCCTTGCTACGTTGGC 1670
Query 1679 TAACATGGCACCTCATGCCCATCATTTAAGTGCATATGCCTCACAGAGGCTTGTCAGCCT 1738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1671 TAACATGGCACCTCATGCCCATCATTTAAGTGCATATGCCTCACAGAGGCTTGTCAGCCT 1730
Query 1739 TTTCTACATGCTTTCTCGAAAGTATAACAAGTTATCGGACTTAACAGGTGATAAGCTCCA 1798
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||
Sbjct 1731 TTTCTACATGCTTTCTCGAAAGTATAACAAGTTATCGGAGTTGACAGGTGATAAGGTCCA 1790
Query 1799 AAGTATCAAAATAAACTTGTCCGGAGAGGATGTTGGCGTTTCAGAAGATCTGGCAGCAGA 1858
||| |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1791 AAGCATCAAAATTAACTTGTCAGGAGAGGATCTTGGCGTTTCAGAAGATTTGGCAGCAGA 1850
Query 1859 GTTGCAGATCTTTACTGATTTCCTGAGACTTGTCCTAGATATATTAAATGCAATTTTGAC 1918
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 GTTGCAGATCTTTACTGATTTCCTGAGACTTGTCCTAGATATATTAAATGCAATTTTGAC 1910
Query 1919 GTACGCATTGCCGAGAAATCCTGAGATTGTCTATGCGATTATGCACCGACAAGAAGTGTT 1978
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1911 ATACGCATTGCCGAGAAATCCCGAGATTGTCTATGCGATTATGCACCGACAAGAAGTGTT 1970
Query 1979 CCAACCTTTCAAGAATCATCCACGGTTCCATGAACTGGTGGAAAATATATATACAGTCTT 2038
||||||||||||||| ||||||| ||||||||| || |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1971 CCAACCTTTCAAGAACCATCCACAGTTCCATGAGCTAGTGGAAAATATATACACAGTCTT 2030
Query 2039 AGACTTTTTCAACAGCCGCATGGATTCTCAAAGATCAGATCGAGAATGGTCAGTGCAGAA 2098
||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2031 AGATTTTTTCAATAGCCGCATGGACTCTCAAAGATCGGATCGAGAATGGTCAGTGCAGAA 2090
Query 2099 AGTTCTTCAATTCATCATCAACAATTGCCGGTCTTGGCGAGGTGAAGGCATGAAGATGTT 2158
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2091 AGTTCTTCAGTTCATCATCAACAATTGCCGGTCTTGGCGAGGTGAAGGCATGAAGATGTT 2150
Query 2159 TACTCAGCTTCACTTCTCATATGAACAAGAGAGCCACCCGGAAGAGTTTTTTATTCCATA 2218
|||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 2151 TACTCAACTTCACTTCTCATACGAGCAAGAAAGCCACCCAGAAGAGTTCTTTATTCCATA 2210
Query 2219 TGTTTGGCAACTAGCTTTTTCCCGATGTGGATTCGGTTTTAACCCAGACGCCATCAACTT 2278
||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2211 TGTTTGGCAGCTAGCATTTTCCCGATGTGGATTCAGTTTTAATCCAGACGCCATCAACTT 2270
Query 2279 ATTCCCAGTGCCACACCCAGTTGAAAAAGAGATAGAAGACGAAAGAGGAGAAGAATCAGA 2338
|||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 2271 ATTCCCAGTGCCACACCCAGCTGGAAAAGAGATAGAAGACGAAAGAGGGGAAGAATTGGA 2330
Query 2339 AGGGAAAGCGAAGGTACAAGAGTTGAACGAACAGAGAATCGTCTTCGACCCATAAATATT 2398
|||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 2331 AGGGAAAGAGAAGGTGCAAGAGTTGAAAGAACAGAGAATCGTCTTCGATCCATAAGTATT 2390
Query 2399 TTTCGATATAGGAGAGCTTGGATTGGGGCCGTATGTGTATATATTTATACGGTTTAGGGT 2458
||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2391 TTTCGATATAGGAGAGCTTCGATGGGGGC-GTATGT--ATATATTTATACGGTTTAGGGT 2447
Query 2459 TCAAAT 2464
||||||
Sbjct 2448 TCAAAT 2453
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 98996546755
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5