BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G04210.1
Length=3986
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg919097 jgi|Araly1|919097|scaffold_100378.1 5441 0.0
> Ahg919097 jgi|Araly1|919097|scaffold_100378.1
Length=3390
Score = 5441 bits (2946), Expect = 0.0
Identities = 3248/3394 (96%), Gaps = 19/3394 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 270 GGAAGCTATTGGGTGCATTAAAATGGATTCGAAGATCAAAAAGCCTGCTAATTTAATCGA 329
|||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1 GGAAGCTATTGGGTGCGTTGAAATGGAATCGAAGATCAAAAAGCCTGCTAATTTTATCGA 60
Query 330 AGACGCAGACATTGATGGGGGTTCCGAGAGTGATTCTACCATTAGTAGCGTTTTAAGTTT 389
|||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 61 AGACGCAGACATTGATGGAGGTGCCGAGAGTGATTCTACCATTAGTAGCGTTATAAGTTT 120
Query 390 GGAAGATGACTCCGTGGTTGATGTTTCTGGTCAAAATCTGGAGTTTTCTCTTCTGGATAA 449
||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 121 GGAAGATGAGTCGGTGGTTGATGTTTCTGGTCAAAACCTGGAGTTTTCTCTTCTAGATAA 180
Query 450 TGTCGATGATTCTGTGAAAGGTCTCTACTTCTTCAGGAATGTATTCAATTTGATTCCCAA 509
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CGTCGATGATTCGGTGAAAGGTCTCTACTTCTTCAGGAATGTATTCAATTTGATTCCCAA 240
Query 510 ATCGATTGGAGGGCTTGGGAGATTAAGGAAGCTTAAGTTTTTCAGTAACGAGATCGATTT 569
||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 ATCGATTGGAGGGCTTGGGAGGTTAAGGAAGCTCAAGTTTTTCAGTAACGAGATCGATTT 300
Query 570 GTTTCCGCCGGAGTTAGGGAATTTGGTGAATTTGGAGTATCTTCAGGTCAAGATATCGTC 629
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GTTTCCGCCGGAATTAGGGAATTTGGTGAATTTGGAGTATCTTCAGGTCAAGATATCGTC 360
Query 630 ACCGGGTTTTGGCGACGGTTTATCGTGGGACAAGCTTAAGGGTTTGAAGGAGCTTGAGCT 689
||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 ACCGGGTTTTGGCGATGGCTTGTCGTGGGACAAGCTTAAGGGTTTGAAGGAGCTTGAGCT 420
Query 690 TACTAAAGTCCCTAAACGATCTTCGGCTTTGACCCTTTTGAGCGAGATTTCTGGGCTCAA 749
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TACTAAAGTCCCAAAACGATCTTCGGCTTTGACCCTTTTGAGCGAGATTTCTGGGCTCAA 480
Query 750 GTGTTTGACGAGGCTCTCTGTTTGTCACTTCTCAATTAGATATCTTCCCCCGGAGATTGG 809
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 481 GTGTTTGACGAGGCTCTCTGTTTGTCACTTCTCAATTAGATATCTTCCCGCGGAGATTGG 540
Query 810 ATGTCTTAAGAGTCTGGAGTATCTGGATCTCTCCTTTAACAAGATTAAGAGTTTGCCTAA 869
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 541 ATGTCTTAAGAGTCTGGAGTATCTGGATCTCTCTTTTAACAAGATCAAGAGTTTGCCTAA 600
Query 870 CGAGATAGGTTATCTGAGTTCATTAACGTTCTTGAAGGTTGCTCACAACAGACTGATGGA 929
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 601 CGAGATAGGTTATCTGAGTTCATTAACGTTCTTGAAGGTTGCTCACAACAAACTGATGGA 660
Query 930 GCTATCACCGGTATTAGCTTTATTACAAAACTTAGAAAGCCTGGACGTATCAAACAACCG 989
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GCTATCACCGGTTTTAGCTTTATTACAAAACTTAGAAAGCCTGGACGTATCAAACAACCG 720
Query 990 ATTGACAACTCTGCATCCTCTCGATCTAAACTTGATGCCTCGACTTCAAATTTTAAATTT 1049
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 ATTGACAAATCTGCATCCTCTCGATCTAAGCTTGATGCCTCGACTTCAAATTTTAAATTT 780
Query 1050 ACGGTACAATAAGCTCCCGAGTTATTGCTGGATTCCCACATGGATACAATGTAATTTTGA 1109
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 781 ACGGTACAATAAGCTCCCGAGTTATTGCTGGATTCCAACATGGATACATTGTAATTTGGA 840
Query 1110 AGGGAACTATGAAGAGATGGGGGTTGATACTTGTAGCAGCTCTATGGTTGAAATGGATGT 1169
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 AGGGAACTATGAAGAGATGGGCGTTGATACTTGTAGCAGCTCTATGGTTGAAATGGATGT 900
Query 1170 ATTTGAAACCCCGTATGAGAACAACGTCATAACTGTTCCTCATAAAGGCTCCCACCGTAA 1229
|||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 ATTTGAAACCCCATATGAGAACAACACCATAACCGTTCCTCATAAAGGCTCCCACCGTAA 960
Query 1230 CCCATTAAATATGTCAACGGGAATCTCTTCCATCAGTAGATGCTTTTCGGCTCGAAAATC 1289
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 961 CCCATTAAATATGTCAACTGGAATCTCTTCCATCAGTAGATGCTTTTCGGCCCGAAAATC 1020
Query 1290 AAGTAAGAGGTGGAAGCGGAGACAATATTACTTCCAGCAAAGGGCAAGGCAAGAACGCTT 1349
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 AAGTAAGAGGTGGAAGCGGAGACAACATTACTTCCAGCAAAGGGCAAGGCAAGAACGCTT 1080
Query 1350 GAACAACAGCAGGAAATGGAAAGGGGAAGTCCCTCCAGAAGGTTTAAGTCTGAAGATGGA 1409
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1081 GAACAACAGCAGGAAATGGAAAGGGGAAGTCCCTCCAGAAGGATTAAGTCTGAAGATGGA 1140
Query 1410 AGTCGAAGAAACTGGGAAACAGGGCATGAAGGTTCCTCAGAACACTGACAGAGGTTCAGT 1469
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 AGTCGAAGAAACTGGGAAACAGGGTATGAAGGTTCCTGAGAACACTGACAGAGGTTCAGT 1200
Query 1470 TGATAACAGCTGCTCGGATGAGAATGATAAACTGTTCGAGGAGGCTTCTGTCATTACTTC 1529
||||| || || ||||| ||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 TGATAGCACCTACTCGGGTGACAATGATAAACTGTTAGAAGAGGCTTCTGTCATTACTTC 1260
Query 1530 T------GAAGAGGAAGAGAGCAGTCTTAAAGCTGATG-TTGTTTCTGACAATTCCCAAT 1582
| ||||||||||||||||||||||||||| | | ||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1261 TGAAGAGGAAGAGGAAGAGAGCAGTCTTAAAGCT-AAGTTTGCTTCTGACAATTCCCGAT 1319
Query 1583 GTGTGGAAACCCAATTAACGAGTGAAAGGGATAACTATGAAAGTTGTGAGATCAAGACAT 1642
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1320 GCGTGGAAACCCAATTAACGAGTGAAAGGGATAACAATGAAAGTTGTGAGATCAAGGCAT 1379
Query 1643 CTTCTCCCTCTTCAGGAGATGCACCTGGTACTGTAGACTATAATTCTTCTTCAGAGAGAA 1702
||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 CTTCTCCCTCTTCAGGAGATGCACCTGGTACGGCAGACTATAATTCTTCTTCAGAGAGAA 1439
Query 1703 AGAAGCCAAATAACAAGTCGAAGCGATGTAGTGAGAAGTATCTAGATAACCCAAAAGGCT 1762
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 1440 AGAAGCCAAATAACAAGTCGAAGCGATGTAGTGAGAAGTATCTGGATAATCCAAAAGGCT 1499
Query 1763 CTAAATGCCATAAACTATCTACCGATATTACTAATTTATCGCGCAAATACAGCAGCAACT 1822
|||||||||||| || ||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||| ||||
Sbjct 1500 CTAAATGCCATAGACCATCTACCGATATTGCTAATTTGTCGCACAAATACAGCAGAAACT 1559
Query 1823 CATTTTGCAGCACAGAAGATTCTCTTCCTGATGGCTTTTTTGATGCTGGACGTGATAGGC 1882
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 CATTTTGCAGCACAGAAGATTCTCTACCTGATGGCTTTTTTGATGCTGGACGTGATAGGC 1619
Query 1883 CCTTTATGACTCTTAGTAAATATGA-GAAAGTTTTGCCTCTTGATTCACGTGAAGTCATA 1941
|||||||| |||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 CCTTTATGTCTCTTAGTAAATATGAGGAAA-TGTTGCCTCTTGATTCACGTGAAGTCATA 1678
Query 1942 CTCTTGGACAGGGCAAAGGATGAAGTGTTGGATGCAATCACTCTCTCTGCTCGAGCCTTG 2001
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1679 CTCTTGGACAGGGCAAAGGATGAAGTGTTGGATGCAATCACTCTCTCTGCTCGAACCTTG 1738
Query 2002 GTAGCTAGGTTGAAGAAATTGAACTGTTTAACTCCAGATGTAGATCAAGTTTCCATCGAC 2061
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 GTAGCTAGGTTGAAGAAATTGAACTGTTTAACTCCAGATGTAGATCAAGTTTCCATCGAC 1798
Query 2062 AACTTGCAAGTTGCATCATTTCTTGCCCTTTTTGTTTCGGATCACTTTGGGGGGAGTGAC 2121
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 AACTTGCAAGTTGCATCATTTCTTGCCCTTTTTGTATCAGATCACTTTGGGGGGAGTGAC 1858
Query 2122 AGAACTGCTATTATCGAAAGAACCCGAAAGGCAGTGTCTGGTACAAACTACCAGAAACCT 2181
|| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 AGGACTGCTATTATTGAAAGAACCCGAAAGGCAGTGTCTGGTACAAACTACCAGAAACCC 1918
Query 2182 TTTATTTGCACCTGTTTGACCGGGAACCAAGACGACTTGGCTGCTCTCAACAAACAGGTC 2241
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 TTTATTTGCACCTGTTTGACTGGGAACCAAGACGACTTGGCTGCTCTCAACAAACAGGTC 1978
Query 2242 TCAACAACGGCTGAAGATG-CAATTTTGTCTGATGTGTGTGAAAAATCTCTGCGTTCTAT 2300
||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1979 TCAACAACGGCTGAAGATGTCA-TTTTGTCTGATGTGTGTGAAAAATCTCTGCGGTCTAT 2037
Query 2301 TAAGTCCAAGCGGAACTCTATAGTGGTTCCTCTAGGTAAACTGCAATTTGGCATCTGTAG 2360
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 TAAGTCCAAGCGGAACTCTATAGTGGTTCCTCTAGGGAAACTGCAATTTGGCATCTGTAG 2097
Query 2361 GCACAGGGCCTTACTTATGAAGTACCTTTGTGATCGCATGGAGCCTCCTGTACCATGTGA 2420
|||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2098 GCACAGGGCCTTGCTCATGAAGTACCTTTGTGATCGCATGGAGCCTCCTGTACCCTGTGA 2157
Query 2421 ACTTGTTAGAGGCTATCTAGATTTCATGCCACATGCCTGGAATATTGTCCCTGTGAAGCA 2480
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2158 ACTTGTTAGAGGCTATCTAGATTTCATGCCACATGCCTGGAACATTGTCCCTGTGAAGCA 2217
Query 2481 AGGTTCCTCGTGGGTTCGTATGGTAGTTGATGCTTGTCGTCCTCATGATATCAGAGAAGA 2540
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2218 AGGTTCCTCATGGGTTCGTATGGTAGTTGATGCTTGTCGTCCTCATGATATCAGGGAAGA 2277
Query 2541 TACAGATCAAGAATATTTCTGCAGGTACATTCCCCTTAATCGGCTAAATGAATCCATTCG 2600
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2278 TACAGATCAAGAATATTTCTGCAGGTACATTCCCCTTAATCGGCTAAACGAATCCATTCG 2337
Query 2601 CATTAAGGAAAAGTTGGAACCAGGATGTTCTGTTTCTTCTCTGTCAACGGGAAAAGGAGT 2660
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 2338 CACAAAGGAAAATTTGGAACCAGGATGTTCTGTTTCTTCTCTGTTAACGGGCAAAGGAGT 2397
Query 2661 TGAAAGAGCTAATAGTAGTCTTATCCGATGCAAGCTAGGCTCAACTGAAGCAGTTGTGAA 2720
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2398 TGAAAGAGCTAATAGTAGTCTTATCCGATGCAAGCTTGGCTCAACTGAAGCAGTTGTGAA 2457
Query 2721 GATGCGCACATTAGAGGTTTCTGGAGCTTCCTTAGATGACATTAGGACTTTTGAGTATAC 2780
|||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2458 GATGCGTACATTAGAGGTTTCTGGAGCTTCCGTAGATGACATTAGAACTTTTGAGTATAC 2517
Query 2781 ATGCTTAGGAGAAGTACGGATTTTAGGAGCTTTGAAACATGACTGCATTGTGGAGTTATA 2840
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2518 TTGCTTAGGAGAAGTGCGGATTTTAGGAGCTTTGAAACATGACTGCATTGTGGAGTTATA 2577
Query 2841 TGGACATGAGATATCGTCCAAGTGGATAACCTCAGAAAATGGAAATGAACATCGA-G--T 2897
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |
Sbjct 2578 TGGACATGAGATATCGTCCAAGTGGATAACCTCAGAAAATGGAGATGAACATCGACGCGT 2637
Query 2898 ATTGCAATCTTCTATTCTGATGGAACACATCAAAGGAGGATCTCTAAAGGGTCACATTGA 2957
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 2638 ATTGCAATCTTCTATTCTGATGGAACACATAAAAGGAGGATCTCTAAAGGGCCACATCGA 2697
Query 2958 GAAGCTCTCCGAAGCTGGTAAGCACCATGTCCCCATGGATCTAGCTTTGTCTATTGCAAG 3017
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2698 GAAGCTCTCGGAAGCTGGTAAGCACCATGTTCCCATGGATCTAGCCTTGTCTATTGCAAG 2757
Query 3018 AGATATCTCAGGGGCTTTGATGGAGCTGCACTCAAAGGATATAATTCACCGTGACATTAA 3077
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2758 AGATATCTCAGGGGCTTTAATGGAGCTGCACTCGAAGGATATAATTCACCGTGACATAAA 2817
Query 3078 AAGCGAAAACGTTTTGATCGATCTGGACAATCAAAGTGCAAATGGAGAACCCATTGTGAA 3137
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 2818 AAGCGAAAACGTTTTGATCGATCTGGACAATCAAAGTGCAAATGGAGAAGCCACTGTGAA 2877
Query 3138 GCTTTGTGATTTTGATAGAGCTGTTCCGCTTAGGTCTCACTTGCACGGGTGCTGTATTGC 3197
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2878 GCTTTGTGATTTTGATAGAGCTGTTCCACTTAGGTCTCACTTGCACGGGTGCTGTATTGC 2937
Query 3198 CCATGTGGGAATACCTCCTCCTAATATCTGTGTCGGCACACCACGTTGGATGTCCCCTGA 3257
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||
Sbjct 2938 CCATGTGGGAATACCTCCTCCTAATATCTGTGTCGGTACGCCACGATGGATGTCCCCTGA 2997
Query 3258 AGTCTTCAGAGCAATGCACGAACAAAACTTTTATGGACTTGAAGTGGATATCTGGTCATT 3317
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2998 AGTCTTCAGAGCAATGCATGAACAAAACTTTTACGGACTTGAAGTGGATATCTGGTCATT 3057
Query 3318 TGGTTGCTTAATCTTCGAGTTGTTGACACTACAAAATCCTTATTTTGATTTATCTGAGCT 3377
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3058 TGGTTGCTTAATCTTCGAGTTGTTGACACTACAGAATCCTTATTTTGATTTATCTGAGCT 3117
Query 3378 TCAGATTCATGAATCGCTACAGAATGGCAAAAGACCAAAGCTACCAAAGAAACTAGAGAC 3437
||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3118 TCAGATTCACGAATCCCTACAGAAGGGCAAAAGGCCAAAGCTACCAAAGAAACTAGAGAC 3177
Query 3438 ACTGATCTCTGAAACAGAGGAAGAAGAATCAACGAACAAGCTCTCTGAAGTGTTTGATCT 3497
||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| ||||| |||||| ||
Sbjct 3178 ACTGAGCTCTGAAACAGAGGAAGACGAATCAACAAACAAACTCTGTGAAGAGTTTGACCT 3237
Query 3498 AACCGAATCTGACTTAGACACAATGAGATTTCTGATTGACGTGTTTCACCAGTGCACTGA 3557
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3238 AACCGAATCTGACTTAGACACAATGAGATTTCTTATCGACGTGTTTCACCAGTGCACTGA 3297
Query 3558 GGAGTCTCCTTCAGACCGTCTAAACGCAGGAGACCTCCATGAAATGATTCTTTCACGGAA 3617
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3298 GGAGTCTCCTTCAGACCGTCTAAACGCAGGAGACCTCCATGAAATGATTCTTTCACGGAC 3357
Query 3618 AAAGAGAGAGTAAACCAATCTCCTTCAGGTACTT 3651
|||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3358 AAAGAGAGAGTAAA----TCTCCTTCAGGTACTT 3387
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 150669931507
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5