BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G04390.1
Length=2954
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg311525 jgi|Araly1|311525|fgenesh1_pm.C_scaffold_1000305 1341 0.0
> Ahg311525 jgi|Araly1|311525|fgenesh1_pm.C_scaffold_1000305
Length=2937
Score = 1341 bits (726), Expect = 0.0
Identities = 815/858 (95%), Gaps = 6/858 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 90 ATGGCGTCGTCAAAGGGAGGAAACACCACTGCCCACATCAATACTCTTCACCACCGTCTT 149
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1 ATGGCATCGTCAAAGGGAGGAAACACCACCGCCCACATCAATACTCTTCACCATCGTCTT 60
Query 150 TATCACGCTCTCAATCTTGGCTTCAGGGTTTGTGATGAGAAAGAGAAGAAGTGGAAGTGT 209
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TATCACGCTCTCAATCTTGGCTTCAGGGTATGTGATGAGAAAGAGAAGAAGTGGAAGTGT 120
Query 210 ACTGATATTGAGATACAGAGACATGTCGTGAAGTCGATTTCAGCTTTCCTTGATTGTTTT 269
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 121 ACTGATATCGAGATACAGAGACATGTCGTGAAGTCGATTTCAGCTTTTCTTGATTGTTTT 180
Query 270 TCTCGTGCAACAGCTAACAATCGTCTTATCAAGGATTCAATTTCTGATATAGCCGGGGCT 329
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TCTCGAGCAACAGCTAACAATCGTCTTATCAAGGATTCAATTTCTGATATAGCCGGGGCC 240
Query 330 TTGGTGTTTATTCTAGGGAGTAAAAACAGAGCAGTGGTTGGTTTGGCAGCCAATGTAGTT 389
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 241 TTGGTGTTTATTCTAGGGTGTAAAAACAGAGCAGTGGTTGGTTTAGCAGCCAATGTAGTT 300
Query 390 ATTAGGTTGATTCGTATTGTTCCTCCTTCTATCTTGCATTCATATTCTTTGGATCTCGTG 449
||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 ATTAGGTTGATCCGTATTGTTCCTCCTTCTATTTTGCATTCATATTCTTTGGATCTCGTG 360
Query 450 GAGTCTTTATCACCTCTGTTATGTTGTCAACAATTCGATGTTTCGCTTCCCTGTGCCGTT 509
||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GAGTCTTTATCACCTTTGTTAAGTTGTCAACAATTCGATGTTTCGCTTCCCTGTGCCGTT 420
Query 510 GCTTTGAACGCTATTCTTGTGAACGTGAGAGAAACTAAGGAAAAAGAAGTGTGGAAGATT 569
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 421 GCTTTGAACGCTATTCTTGTAAACGTAAGAGAAACGAAGGAGAAAGATGTGTGGAAGATT 480
Query 570 TTAGAGGATG-AGAAAACTGTGGTTTCTGTTGTTGGTAATTTGCAG-ATCTTTTCT-GAG 626
||||| || | | |||||||||||||| |||||||||||| ||||| || |||| | |||
Sbjct 481 TTAGAAGACGCA-AAAACTGTGGTTTCCGTTGTTGGTAATCTGCAGAAT-TTTT-TGGAG 537
Query 627 GGGAGTATGTCAGTGGAATGGTTTCAAGAGATGGCTTTGCTTCTGAGTACAATTATGTTG 686
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 GGGAGTATGTCAGTGGAATGGTTTCAAGAGATGGCTTTGCTTCTGAGTACAATTATGTTG 597
Query 687 AAGTGGCCTCAGTCTAGGTATTCTGTTTGGAACAACCCTGCCTTGATGGGTGTATTGGAG 746
|||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 598 AAGTGGCCTCGGTCAAGGTATTCTGTTTGGCACAACCCTGCCTTGATGGGTATATTGGAG 657
Query 747 AGTGTTAGTCAGAAGCCTGATATGGGTTTGACAGTTGCAACTTTGAAGCTCTATTCTTCT 806
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 658 AGTGTTAGTCAGAAGCCTGATATGGGTTTGAGAGTTGCAACTTTGAAGCTGTATTCTTCT 717
Query 807 CTAGCTCTTTGTGGCCATGGTGCCAATGAGCTTTTAGACAATGGGAAGCCTATGTTAGAT 866
|||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 CTAGCTCTGTGTGGACATGGTGCCAATGCGCTTCTAGACAATGGGAAGCCTATGTTAGAT 777
Query 867 ATGATGATTAGCTGCATGGAGGAGTCAAGCTCTCAAAATGCTCGAATTGAAGGGTTAAAG 926
||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 ATGATGATTAGCTGCATGGGGGAATCAAGCTCTCAAACTGCTCGAATTGAAGGGTTAAAG 837
Query 927 CTAGCACAAAGGCTTGCG 944
||||| ||||||||||||
Sbjct 838 CTAGCGCAAAGGCTTGCG 855
Score = 1243 bits (673), Expect = 0.0
Identities = 771/819 (94%), Gaps = 4/819 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1288 GCTGGTATCAAAGGAATTGGGAAAATATTGGAGCATCAAGTTTTGCTCCTTCTTCCCAGA 1347
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1601 GCTGGTATCAAAGGAATTGGAAAAATATTGGAGCATCAAGTTTTGCTCCTTCTCCCCAGA 1660
Query 1348 GCATCACTGAAAAGAGGATATGCTGCTGGGTATGTACGGAAGACTGGGACAACAAAGATG 1407
||| | |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1661 GCACCTCTGAAAAGAGGATATGTTGTTGGGTATGTACGGAAGACTGGGACAACAAAGATG 1720
Query 1408 CCTTTCTTCTATACGCTCTCTTGGCTTTGGCCGAGTTGGTAAATCATTCATTCTTTGGAC 1467
| |||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1721 CTTTTCTTCTATACTCTCTGTTGGCTTTGGCTGAGTTGGTAAATCATTCATTCTCTGAAC 1780
Query 1468 AGAATCACGCTGA-AGAACTTTCAATGAAGAGCGGAAATTTGAAAGATCGGTTATGCACC 1526
||||||||||| | |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1781 AGAATCACGCT-ATAGAACTTTCAGTGAAGAGCGAAAATTTGAAAGATCGGTTATGCACC 1839
Query 1527 ACACTTAAGGAAATCCGCGATGGAACATATGGCTCTGGTCCAAGGTGGTATGCTGCACAC 1586
||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1840 ACACTTAAGGAGATCCGAGATGAAACTTATGGCTCTGGTCCAAGGTGGTATGCTGCACAC 1899
Query 1587 ATCCTAAGCTATTTTGGATACTACGGCTTCGAACATAAGTTGGGGAAAAGGCTCATGTGT 1646
|||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1900 ATCCTAAGCTATCTTGGATACTATGGCTTCCAACATAAGTTGGGGAAAAGGCTCATGGGA 1959
Query 1647 GCTTATGAAGATGAGGAATATAGTGATATGCGACTCCTTTTTGCTAGTGGAAATAGTGCG 1706
||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1960 GCTTATGAAGATGAGGAATTTAGTGATATGCGACTCGTTTTTGCTAGTGGGAATAGTGCG 2019
Query 1707 AGTGTAAACAAAGTTATTATCGCG-GTCAGGTGTCCAATGCTACTGCCTCCCAAGGAAGG 1765
|||||||||||||||||||| | | ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 2020 AGTGTAAACAAAGTTATTATTG-GTGTCAGTTGTCCAATGTTGCTGCCTCCCAAGGAAGG 2078
Query 1766 AGCTCACAGTAGCTCAACTATATCAACTGAGAAATCTCAGAGAACCGTTCAAGAAATCCG 1825
|||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2079 AGCTCACAGTGGCTCGACTATATTAACTGAGAAATCTCAGAGAACCGTTCAAGAAATCCG 2138
Query 1826 CATGTCTGCCAATGTGGATATTTTGGCACTTGTTAAATTATTGGAATTTGCTTACTCTGG 1885
|||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2139 CATGTCTGCCAATGTGGATACTTTGGCGCTTGTTAAATTATTGGAATTTGCTTACTCCGG 2198
Query 1886 TTATGTGGAAGTAGAAAGCACGACACTGAAAAAGCTGAAACCTTTGGCGAAACATTGTAA 1945
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 2199 GTATGTGGAAGTAGAAAGCACGACTCTGAAAAAGCTGAAAACTTTGGCGAGACATTGTAA 2258
Query 1946 GGCAAAGGTTCTGCTGCAGATGCTCTGCAGAAGAAGACCCAAGTGGGGATCTTCAATACC 2005
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2259 GGCAAAGGTTCTGCTGCAGATGCTCAGCAGAAGAAGACCCAAGTGGGGATCTTCAATACC 2318
Query 2006 CGAAATTGATATACCCCTTGCCCTCACTCCTAAACTCATCCACTTCTCGGATGTGATATT 2065
|| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2319 CGTAATTGATTTACCCCTTGCCCTCACTCCTAAACTCATCCACTTCTCGGATGTGATATT 2378
Query 2066 AGTACCTAAAGAAACAAACGTGGCTTGCTTCAACTGCCG 2104
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2379 AGTACCTAAAGAAACAAACGTGGCTGGCTTCAACTGCCG 2417
Score = 769 bits (416), Expect = 0.0
Identities = 444/457 (97%), Gaps = 3/457 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2207 CCATTTGGATAGACTAAACGTTCCTGTGAGCTGGCTGGGGTTAACAAAACTTGTGAGTTG 2266
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2484 CCATTTGGATAGACTAAACGTTCCTGTGAGCTGGCTGGGGTTAACAAAACTTGTGAGTTG 2543
Query 2267 GTTCTACTCTGATGAGTTGCCAAAGCCTCCATCGGGTTGCAAGTGGAACAACATGGACAC 2326
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2544 GTTCTACTCTGATGAGTTGCCAAACCCTCCATCGGGTTGCAAGTGGAACAACATGGACAC 2603
Query 2327 TGAGGCAAAGCTGGATGAGCTTCAAGCTTATGTGGAGATATACTCGCTTTCTGAATGGTG 2386
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2604 TGAGGCAAAACTGGATGAGCTTCAAGCTTATGTGGAGATATACTCGCTTTCTGAATGGTG 2663
Query 2387 GATTATGGAAGAACTTCAAAACGATTGCGCTCATGTGATTCTCTCTTGCTTGGAATCCGC 2446
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2664 GATTATGGAAGATCTTCAAAACGATTGCGCTCATGTGATTCTCTGTTGCTTGGAATCCGC 2723
Query 2447 TAGAGAGTTATCTATCAAAACAATCGAATTAGCTGCGAGTTTCTCGATGTGGAAACTGGT 2506
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2724 TAGAGAGTTATCTATCAAAACAATTGAATTAGCTGCAAGTTTCTCGATGTGGAAACTGGT 2783
Query 2507 GGAAGCTGCTGCTAATCATGCAGCTCCTATTTATCATCAGCTTCGTGACTCAGGTGAGCT 2566
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2784 GGAAGCTGCTGCTAATCATGCAGCTCCTATATATCATCAGCTTCGTGACTCGGGTGAGCT 2843
Query 2567 CGATGAGCTAGACGACGAGCTGGTAAACTTGATCCGAACCGCCGCTGTTCAGTTTTCTCA 2626
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2844 CGATGAGCTAGACGACGAGCTGGTAAACTTGATCCGAACCGCCGCTGTTCAGTTCTCTCA 2903
Query 2627 ACAGGGTGGTTAAATTATCAACAGAAGCAAAAGTTAA 2663
||||||||||||||| ||||||||||||||| |||
Sbjct 2904 ACAGGGTGGTTAAAT---CAACAGAAGCAAAAGCTAA 2937
Score = 412 bits (223), Expect = 6e-114
Identities = 237/244 (97%), Gaps = 0/244 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 944 GGCTACCGTTCGGACCATGGGTAAGTGGTTCTTGAGCTCAGGAAAGCTTGAACTTGACCA 1003
||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 912 GGCTACCATTCAGACCATGGGTAAGTGGTTTTTGAGCTCAGGAAAGCTTGAACATGACCA 971
Query 1004 GATGTCTTTGCTTGTGGAGGCTTGTAAACTGGCTCTAATCACTCGTTGGGAAGGACAACA 1063
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 972 GATGTCTTTGCTTGTGGAGGCTTGTAAACTGGCTCTAATCACTCGTTGGGAAGGAAAACA 1031
Query 1064 TCATATTTATTTCTGGAAGTATCGGATCTCTGAAGCGCTTCTTAGTCTTGTTGTGGAGAA 1123
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1032 TCATATTTATTTCTGGAAGTATCGGATCTCTGAAGCGCTTCTTAGTCTTGTTGTGGAGAA 1091
Query 1124 CTTTCATAGTCAATCCTTGGATGGTTATGTATCTCTGGAAGAAGAAGTTTTAGTTGCTGA 1183
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1092 CTTTCATAGTCAATCCTTGGATGGTTATGTGTCTCTGGAAGAAGAAATTTTAGTTGCTGA 1151
Query 1184 GAAG 1187
||||
Sbjct 1152 GAAG 1155
Score = 174 bits (94), Expect = 3e-42
Identities = 100/103 (97%), Gaps = 0/103 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1186 AGCGAGTCAGCATCAAGAGCAGTGCTAATGATGATATGTTCTCCCTCCAAATACATATCA 1245
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1369 AGCGAGTCAGCATCAAGAGCAGTGCTAATGATGATATATTCTCCCTCCAAATACATATCA 1428
Query 1246 TCGAGGGCCCGAGTTACCCTGTCATTTATCCTAGAAGAAGGTG 1288
||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1429 TCGAGGGCCAGAGTTACCCTGTCATTCATCCTAGAAGAAGGTG 1471
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 111528237360
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5