BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G04700.1 Length=3886 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg470456 jgi|Araly1|470456|fgenesh2_kg.1__410__AT1G04700.1 5337 0.0 > Ahg470456 jgi|Araly1|470456|fgenesh2_kg.1__410__AT1G04700.1 Length=3696 Score = 5337 bits (2890), Expect = 0.0 Identities = 3138/3255 (96%), Gaps = 27/3255 (1%) Strand=Plus/Plus Query 395 AATTTGGGGAGTTGAAGAACA-GA--AATTGGTTACTCAGAATCTGTGATACAAGAGATT 451 ||||||||||||||||||| | || |||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 298 AATTTGGGGAGTTGAAGAATAGGACTTGTTGGTTCCTCAGAATCTGTGATACAAGAGATT 357 Query 452 GTGCAGAAGAAAGAATAAAGCGTTTTTGGTTCTTGAGAACATGAGAATGGAGTTTCCTGG 511 ||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 358 GTGCACAAGAAAGAATAAGGC-TTTTTGGTTCTTGAGAACATGAGAATGGAGTTTCCTGG 416 Query 512 CAGCTCCAATCAGCATTTAGGTAGGGATAGGTTCAATGGAGAAGTTGGT--T-----GC- 563 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | || Sbjct 417 CAGCTCCAATCAGCATTTAGGTAGGGATAGGTTCAATGGGGAAGTCGGTAATAACACGCG 476 Query 564 -G--G-TAATAACTGTTCTCAGACAGGAGAGGAATTTTCAAATGAGTTTTTGAGGGATTT 619 | | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 477 TGATGATAATATCTGTTCTCAGACAGGAGAGGAATTTTCAAATGAGTTTTTGAGGGATTT 536 Query 620 TGGTGCTCAACGAAGACTACAACATGGTGGTGTTAACAGAAATGTTGAGGGTAATTATAA 679 |||||||||||||||| | ||| |||||||| | |||||| |||||||||| ||||| Sbjct 537 TGGTGCTCAACGAAGAGT---ACAGGGTGGTGTGAGTAGAAATATTGAGGGTAACTATAA 593 Query 680 TAATCGCCATCTTGTTTACGAGGATTTCAACAGAATTCTTGGCCTTCAAAGAGTTGATTC 739 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 594 TAATCGCCATCTTGTTTATGAGGATTTCAACAGAATTCTTGGGCTTCAAAGAGTTGATTC 653 Query 740 CAACATGTCAGAAGGTATTAATTCCTCGAATGGTTACTTTGCTGAGTCAAATGTTGCAGA 799 ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 654 CAACATGTCAGAAGGTATTAATTCCTCGAGTGGATACTTTGCTGAGTCAAATGTTGCAGA 713 Query 800 CTCACCTCGGAAGATGTTTCAAACTGCAATATCAGATGTTTATTTGCCTGAAGTATTGAA 859 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 714 CTCACCTCGGAAGATGTTTCAAACTGCAACATCAGATGTTTATTTGCCAGAAGTATTGAA 773 Query 860 GCTTCTTTGTAGCTTCGGGGGAAGGATCTTACAGCGGCCTGGTGATGGCAAGCTTAGATA 919 |||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| Sbjct 774 GCTTCTTTGTAGTTTCGGGGGAAGGATCTTACAGAGACCTGGTGATGGCAAGCTTAGATA 833 Query 920 CATTGGAGGGGAGACTCGGATTATCTCAATACGCAAACATGTTGGATTAAACGAATTGAT 979 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 834 CATTGGAGGGGAGACTCGGATTATCTCAATACGAAAACATGTTGGATTAAACGAATTGAT 893 Query 980 GCACAAGACTTATGCTTTGTGCAACCATCCGCATACAATCAAGTATCAATTACCAGGAGA 1039 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 894 GCACAAGACTTATGCTTTGTGCAACCATCCGCATACAATCAAGTATCAATTACCAGGAGA 953 Query 1040 AGATCTTGATGCCCTTATATCGGTTTGCTCAGATGAGGATCTTCTTCATATGATTGAAGA 1099 |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 954 AGATCTTGATGCACTAATATCGGTTTGCTCAGATGAGGATCTTCTTCATATGATTGAAGA 1013 Query 1100 GTATCAAGAAGCTGAAACAAAGGCTGGATCCCAGAGGATTAGGGTCTTTCTTGTACCTTC 1159 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1014 GTATCAAGAAGCTGAAACAAAGGCTGGATCCCAGAGGATTAGGGTCTTTCTTGTATCTTC 1073 Query 1160 CACAGAATCATCAGAGAGTCCTAAA-ATTTTCCATGAAAGGAATATGAACATAAACCGAA 1218 |||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1074 AACAGAATCATCAGAGAGTCC-AAAGATTTTCAATGAAAGGAATATGAACATAAACCGAA 1132 Query 1219 ACACGAACCAGCAGACGGATATAGATCATTATCAGTATGTTTCAGCTCTTAATGGTATTG 1278 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| Sbjct 1133 ACACGAACCAGCAGACTGATATAGATCATTATCAGTATGTTTCAGCTCTTAATAATGTTG 1192 Query 1279 TAGATGTGAGTCCTCAAAAGAGTTCCAGCGGCCAAAGTGGAACAAGTCAGACCACACAAT 1338 | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||| Sbjct 1193 TGGATGTGAGTCCTCAAAAGAGTTCCAGCGGGCAAAGTGGGACAAGTCAGACAACACAAT 1252 Query 1339 TTGGGAATGCTTCAGAATTTAGCCCTACATTTCATCTTCGAGACTCGCCTACTTCTGTTC 1398 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1253 TTGGGAATGCTTCAGAATTTAGCCCTACATTTCATCTTCGAGACTCGCCTACTTCTGTTC 1312 Query 1399 ATACATGGGAACACAAAGAC-AGCAACAGTCCAACCTTCATGAAACCATATGGGAACACG 1457 |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1313 ATACATGGGAACACAAAGACTA-CAACAGTCCAACCTTCATGAAACCATATGCGAACACG 1371 Query 1458 AATGCTGTTCATTTTATGCCGAAAATGCAGATTCCCAGGAACTCGTTTGGTCAACAATCT 1517 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1372 AATGCTGTTCATTTTATGCCGAAAATGCAGATTCCGAGGAACTCGTTTGGTCAACAATCT 1431 Query 1518 CCTCCAACATCTCCTTTTTCAGTC-CACAAGAGAGCAAACACCGACGTTCCTTATTTTGC 1576 |||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1432 CCTCCAGCATCTCCTTTTTCAG-CTCACAAGAGAGCAAATACCGACGTTCCTTATTTTGC 1490 Query 1577 CGATCAAAATGGTTTCTTTGACCCTTACTTGGCTGCTCCAAACTTCCCACAGCAAAATAG 1636 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| Sbjct 1491 TGATCAAAATGGTTTCTTTGACCCTTACTTGGCTGCTCCAAACTTCCCTCAGCAACATAG 1550 Query 1637 GTTCTTTTTTGAGACTACTACACAAAAGCAGAAGCATCCAGAAGTGAATCTTCATGACCG 1696 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1551 GTTCTTTTTTGATACTACTACACAAAAGCAGAAGCATCCAGAAGTGAATCTTCATGACCG 1610 Query 1697 GAGGCCAAGCGATGATATTTACCCCCATGGCCAAGCTTATATCGGAGCCGAGAAAATGAC 1756 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| Sbjct 1611 GAGGCCAAGCGACGATATTTACCCCCATGGCCAAGCTTATATGGGAGCCGAGAAATTGAC 1670 Query 1757 GCTTAAGAAAAACGCTCTTTCTGATCCGCAGCTGCATGATGAGAGCCAAATCAACAATGG 1816 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1671 GCTTAAGAAAAACGCTCTTTCTGATCCCCAGCTGCATGATGAGAGCCAAATCAACAATGG 1730 Query 1817 GTTAGAAGCATTTACCAAACAACCATGGAAAATATTGAGAAAGAATCTACGTGTTGTGGC 1876 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1731 GTTAGAAGCATTTACCAAACAACCATGGAAAATATTGAGAAAGAATCTACATGTTGTGGC 1790 Query 1877 TACATCAAAGTGGGAAGATAGTGATGATATCTATTTCAATAATCCAGAAGGCAAGAGATG 1936 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1791 TACGTCAAAGTGGGAAGATAGTGATGATATCTATTTCAATAATCCAGAAGGCAAGAGAAG 1850 Query 1937 CAAGGAGCTTGAACTCACCAAGGAAGTTCCTAATAGTTGGATCAATCGCGATAATAATCC 1996 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||| Sbjct 1851 CAAGGAGCTTGAACTCACCAAAGAAGTTCCTAATAATTGGATCGATGGCGATCATAATCC 1910 Query 1997 CGATTCTTTTGATCAGGCAACAAAGAAAC-AGGATGGTAGTAACAGTAATAGCTCCTTCA 2055 || ||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1911 CGGTTCTTTTGACCAGGCAACAAAGAAACAAGG-TGGTAGTAACAGTAATAGCTCCTTCA 1969 Query 2056 GTCCGAATTATTTCAGTCCGAATCATCAACCAGCTGCTCAGATTACTTCAAGTGATTCAC 2115 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1970 GTCCGAATTATTTCAGTCCGAATCATCAACCAGCTGCTCAGGTTACTTCAAGTGATTCAC 2029 Query 2116 AAGATTCAGGAAGCTCAGTGTTCTCTTTATCAGTTAACACCAACGAAAATTATCTTGATT 2175 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2030 AAGATTCAGGAAGCTCAGTGTTCTCTTTATCAGTTAACACTAACGAAAATTATCTTGATT 2089 Query 2176 GTTCGAGGGAAAAATTTAATGGTTTCCAGCATGACATGTCACTAGATATTCTCATCAGAA 2235 |||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2090 GTTCGAAGGACAAATTCAATGGTTTCCAGCATGACATGTCACTAGATATTCTCATCAGAA 2149 Query 2236 GCCACACTTCAGCTACAGATCAACTATGTAGTACAACCAAGTCAAGTGATAAAGCAGATT 2295 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2150 GCCACACTTCAGCTACAGATCAACTATGTTGTACAACCAAGTCAAGTGATAAAGCAGATT 2209 Query 2296 ACTCCTCACCCAATACAAATTTCCCCGTGGTATTTCTGAGACAGGAACCTATGATTCCGA 2355 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2210 ACTCCTCACCCAATACAAATTTCCCCGTGGAATTTCTGAGACAGGAGCCTATGATTCCGA 2269 Query 2356 GACATGATTTGGAGACAAATAGCGATGATTCAGATACTCAAAAATCTCTTCCTAGAGAAG 2415 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2270 GACATGATTTGGAGACAAATAGCGATGATTCAGATACTCAAAACTCTCTTCCTAGAGAAG 2329 Query 2416 AGAGTATTCACTATAGTGGATTGCCACTTAGGAAGGTGGGAAGTAGAGAAACTACTTTTA 2475 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2330 AGAGTATTCACTATAGTGGATTGCCACTTAGGAAGGTGGGAAGTAGAGAAACTACTTTTA 2389 Query 2476 TGCACACGCAGGGGTCAGATGATTTCTTCAAAAGCAAGCTGCTTGGTCCACAGTTGATAG 2535 |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2390 TGCACACGCAGGAATCAGATGATTTCTTCAAAAGCAAGCTGCTTGGTCCACAGTTGATAG 2449 Query 2536 TTGAGGATGTGACGAACGAAGTAATTTCAGATAATCTCTTATCAGCTACTATTGTCCCTC 2595 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2450 TTGAGGATGTGACGAACGAAGTAATTTCAGATAACCTCTTATCAGCTACTATTGTCCCTC 2509 Query 2596 AAGTAAATAGGGAGTCCGATGATGATCACAAATCCTACACAAGGGAGAAAGAGATTACAA 2655 | ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2510 ATGTACATAGTGAGTCAGATGATGATCACAAATCCTACACAAGGGAGAAAGAGATTACAA 2569 Query 2656 ATGCGGATCATGAATCAGAAATGGAGGAAAAGTACAAGAAAAGCAGAAACACCGATGATT 2715 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2570 ATGCGGATCATGAATCAGAAATGGAGGAAAAGTACAAGAAAAGCAGAAACACCGATGATT 2629 Query 2716 CATTCAGCGAAGCTGCAATGGTTGAAATCGAAGCTGGAATATATGGCTTACAGATAATTA 2775 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2630 CATTCAGCGAAGCTGCAATGGTTGAAATTGAAGCTGGAATATATGGCTTACAGATAATTA 2689 Query 2776 AAAACACTGATCTTGAAGACTTACACGAGCTTGGATCTGGTACATTTGGAACTGTTTACT 2835 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2690 AAAACACTGATCTTGAAGACTTACACGAGCTTGGTTCTGGTACATTTGGAACTGTTTACT 2749 Query 2836 ATGGGAAGTGGAGAGGAACTGATGTTGCTATCAAGAGGATAAAGAATAGTTGTTTCTCTG 2895 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2750 ATGGGAAGTGGAGAGGAACTGATGTTGCTATCAAGAGGATAAAGAATAGTTGCTTCTCTG 2809 Query 2896 GTGGATCATCCGAGCAAGCACGGCAGACTAAAGATTTCTGGAGAGAAGCTCGGATATTGG 2955 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2810 GTGGATCATCCGAGCAAGCACGGCAGACTAAAGATTTCTGGAGAGAAGCTCGGATATTGG 2869 Query 2956 CGAATCTTCACCATCCTAACGTAGTGGCCTTTTATGGAGTTGTACCAGATGGACCTGGTG 3015 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2870 CGAATCTTCACCATCCCAACGTAGTGGCCTTTTATGGAGTTGTACCAGATGGACCTGGTG 2929 Query 3016 GAACAATGGCAACAGTGACTGAGTATATGGTGAACGGATCTTTGAGGCATGTCTTGCAGA 3075 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2930 GAACAATGGCAACAGTGACTGAGTATATGGTGAACGGATCTTTGAGACATGTCTTGCAGA 2989 Query 3076 GAAAAGACAGATTACTTGATAGGCGCAAAAAACTGATGATAACTCTTGATTCTGCATTTG 3135 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2990 GAAAAGACAGATTACTTGATAGGCGCAAAAAACTGATGATAACTCTTGATTCTGCATTTG 3049 Query 3136 GCATGGAGTATCTACATATGAAAAATATTGTTCATTTTGATCTTAAATGCGATAACTTGC 3195 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3050 GCATGGAGTATCTACATATGAAAAATATTGTTCATTTTGATCTTAAATGCGATAACTTGC 3109 Query 3196 TTGTAAACTTGAGGGATCCACAACGACCCATTTGCAAGGTTGGAGATTTCGGATTGTCGA 3255 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3110 TAGTAAACTTGAGGGATCCACAACGACCCATTTGCAAGGTTGGAGATTTCGGATTGTCGA 3169 Query 3256 GAATAAAACGAAACACGCTTGTCTCTGGTGGAGTAAGAGGAACCCTTCCATGGATGGCAC 3315 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | Sbjct 3170 GAATAAAACGAAACACGCTTGTCTCTGGTGGAGTAAGAGGAACCCTTCCTTGGATGGCTC 3229 Query 3316 CAGAGCTGCTAAACGGAAGCAGCAATCGGGTCTCAGAGAAAGTCGATGTTTTCTCATTTG 3375 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3230 CAGAGCTTCTAAACGGAAGCAGCAATCGGGTCTCAGAGAAAGTCGATGTTTTCTCATTTG 3289 Query 3376 GTATCGTGATGTGGGAGATCTTGACAGGCGAAGAACCCTATGCGAATCTGCATTGCGGTG 3435 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3290 GTATTGTGATGTGGGAGATCTTGACAGGCGAAGAACCCTATGCGAATCTGCATTGCGGTG 3349 Query 3436 CCATCATTGGTGGAATTGTGAACAATACGTTAAGACCTCCGGTGCCTGAACGGTGTGAAG 3495 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3350 CCATCATTGGTGGAATTGTGAACAATACGTTAAGACCTCCGGTGCCTGAACGGTGTGAAG 3409 Query 3496 CTGAGTGGAGGAAGTTGATGGAGCAATGCTGGTCATTCGATCCAGGAGTACGGCCATCGT 3555 | |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3410 CAGAGTGGAGGAAGCTGATGGAACAATGCTGGTCATTCGATCCAGGAGTACGGCCATCGT 3469 Query 3556 TTACGGAGATTGTTGAACGACTTCGATCAATGACTGTTGCCTTGCAACCCAAGCGAAGAA 3615 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3470 TTACGGAGATTGTTGAACGACTTCGATCAATGACTGTTGCCTTGCAACCCAAGCGAAGAA 3529 Query 3616 CCTAAAAGCCCTCTC 3630 ||||||||||||||| Sbjct 3530 CCTAAAAGCCCTCTC 3544 Score = 174 bits (94), Expect = 4e-42 Identities = 102/106 (96%), Gaps = 0/106 (0%) Strand=Plus/Plus Query 3718 TATAGATTTATGAGATTGTGTGGAGTCTGTAAATTAGTATTGAGAAGCATTTACCGGTTT 3777 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 3591 TATAGATTTATGAGATTGTGTGGAGTCTGTAAATTAGTATTGAGAGGCATTTACCGGTTT 3650 Query 3778 AGGTAAAAGTTGTATACCAAGAAAGTTGAGGGTCAATTGTGTaaaa 3823 |||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| Sbjct 3651 AGGTAAAAGTTGTATACCAAAAAAGTTGAAGGTCCATTGTGTAAAA 3696 Score = 159 bits (86), Expect = 1e-37 Identities = 225/283 (80%), Gaps = 45/283 (16%) Strand=Plus/Plus Query 1 GCGTTATTTTGAGAGCGCTtctctgcgtctctcttctctctctctctctcGCAAATCAAA 60 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1 GCGTTATTTTGAGAGCGCTTCTCTGCGTCTCTCTTCTTTCTCTCTCTCTCGCAAATCAAA 60 Query 61 AACCTC-AACTTTTGAAAAACTTCAATCTCTAGAAACATTCTTCTCTTTTACCCAAAAAT 119 |||||| ||| |||| |||| | | || | | || | ||| ||| Sbjct 61 AACCTCAAAC-TTTG-AAAA--AC-A--TC-----A-A------TC---T--CCAGAAA- 95 Query 120 CTCATCTTTTGTTTGTTTGTTATTCTTCTCCTTCATTGTTAATCTCATTGGCCATTTTTC 179 ||| ||||||||| || | | ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| Sbjct 96 --CAT-TTTTGTTTG--TG-T-TCCTTCTCCTTCATTGTTAATCTCATTGG-CAATTTTC 147 Query 180 CCTAGGGTAATTTCTGGTCTAATTCGTTTGAAT--G---AGA-CTCTGGTCTTTGTTTGA 233 || |||||| || | ||| ||||||||| | | | ||||||||| ||||||| Sbjct 148 CCCCGGGTAA-GTC----CCAATACGTTTGAATAAGAACAAATCTCTGGTCTCTGTTTGA 202 Query 234 TTTGGTATGATCTTGTAGCAATATACCCTGAAGATGTTTGTTG 276 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 203 TTTGGTATGATCTTGTAGCAATATACCCTGAAGATGTTTTTTG 245 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 146864174207 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5