BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G05055.1
Length=1496
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg470495 jgi|Araly1|470495|fgenesh2_kg.1__449__AT1G05055.1 2285 0.0
> Ahg470495 jgi|Araly1|470495|fgenesh2_kg.1__449__AT1G05055.1
Length=1425
Score = 2285 bits (1237), Expect = 0.0
Identities = 1337/1386 (96%), Gaps = 3/1386 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTTGTAATTAGGTCTCTTAGACGGTGAGGTTAACGATGAGTAATCAAAGAAAGAGATCAA 60
|||||||||||||||||| | | ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTTGTAATTAGGTCTCTTTGGCTGTGAGATTAAGGATGAGTAATCAAAGAAAGAGATCAA 60
Query 61 ACG-ATGAAAGAGAAGAAGAGGACGACGAAGATGCGGAAGGTATCGGCGAGTGGGAGAGA 119
||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ACGCA-GAAAGAGAAGAAGACGACGACGAAGATGCGGAAGGTATCGGCGAGTGGGAGAGA 119
Query 120 GCTTATGTTGACGACCGATCCTGGGAGGAGTTGCAAGAGGATGAGTCTGGACTTTTACGG 179
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 GCTTATGTTGACGACAGATCCTGGGAGGAGTTGCAAGAGGATGAGTCTGGACTTTTACGC 179
Query 180 CCAATTGATAACAGTGCCATTTACCATGCTCAGTATCGCCGCCGTCTTCGTATGCTCTCC 239
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 180 CCAATTGATAACAGTGCCATTTACCATGCTCAGTATCGCCGCCGTCTCCGTATGCTCTCC 239
Query 240 GCCGCTGCTGCTGGTACTCGTATCCAAAAGGGACTTATTCGATATCTCTACATCGTCATT 299
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 240 GCCGCTGCTGCTGGTACTCGCATCCAAAAGGGGCTTATTCGCTATCTCTACATCGTCATT 299
Query 300 GACTTCTCTCGGGCAGCTGCGGAAATGGATTTCAGACCAAGCCGGATGGCTATAATGGCC 359
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 300 GACTTCTCTCGGGCAGCTGCAGAAATGGATTTCAGACCAAGCCGGATGGCCATAATGGCC 359
Query 360 AAACATGTCGAAGCTTTCATTAGAGAGTTCTTTGACCAGAATCCTCTGAGTCAAATTGGG 419
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 AAACATGTTGAAGCTTTCATTAGAGAGTTCTTTGACCAGAATCCTCTGAGTCAAATTGGT 419
Query 420 TTGGTCTCTATAAAAAATGGAGTTGCGCATACATTAACAGATCTTGGTGGTAGTCCTGAG 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TTGGTCTCTATAAAAAATGGAGTTGCGCATACATTAACAGATCTTGGTGGTAGTCCTGAG 479
Query 480 ACTCACATCAAAGCGTTGATGGGGAAGTTGGAAGCTTTGGGTGACTCCTCTTTGCAGAAC 539
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 ACTCACATTAAAGCGTTGATGGGAAAGTTGGAAGCCTTGGGTGACTCCTCTTTGCAGAAC 539
Query 540 GCTCTGGAACTTGTACATGAGCATCTCAACCAGGTTCCATCTTATGGTCACCGCGAGGTT 599
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 540 GCTCTGGAACTTGTACATGAGCATCTCAACCAGGTTCCATCTTATGGTCATCGCGAGGTT 599
Query 600 CTGATATTGTACTCAGCTTTATGCACATGTGATCCAGGCGATATCATGGAGACCATTCAA 659
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 CTGATATTGTACTCAGCTCTATGCACATGTGATCCAGGCGATATCATGGAGACCATTCAA 659
Query 660 AAATGCAAGAAATCCAAATTAAGATGTTCTGTAATTGGGCTCTCTGCAGAAATGTTCATA 719
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 660 AAATGCAAGAAATCCAAATTAAGATGCTCTGTAATTGGGCTGTCTGCAGAAATGTTTATA 719
Query 720 TGTAAACACCTCTGCCAGGAAACTGGCGGATTGTATTCAGTTGCAGTGGACGAGGTGCAT 779
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TGTAAACACCTCTGCCAGGAAACCGGTGGATTGTATTCAGTTGCAGTGGACGAGGTGCAT 779
Query 780 CTAAAGGATCTTCTGCTTGAACATGCGCCTCCACCTCCGGCAATAGCAGAATTTGCAATT 839
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 CTAAAGGATCTTCTGCTCGAACATGCGCCTCCACCTCCGGCAATAGCAGAATTTGCAATT 839
Query 840 GCAAATTTGATCAAGATGGGTTTCCCACAAAGAGCTGCTGAGGGTTCAATGGCGATTTGT 899
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 840 GCAAATTTGATCAAGATGGGTTTCCCACAGAGAGCTGCTGAGGGTTCAATGGCAATCTGT 899
Query 900 TCGTGTCATAAGGAAGTTAAGATTGGAGCTGGTTACATGTGCCCAAGATGCAAAGCTCGG 959
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 900 TCGTGCCATAAGGAAGTTAAGATTGGAGCTGGTTACATGTGCCCGAGATGCAAAGCTCGG 959
Query 960 GTATGTGACCTCCCTACGGAATGCACTATCTGCGGTCTAACACTTGTTTCTTCGCCGCAT 1019
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 960 GTATGTGACCTCCCTACGGAATGCACTATCTGCGGTCTAACACTTGTTTCATCGCCACAT 1019
Query 1020 TTGGCGAGATCATACCATCATCTCTTCCCGATTGCTCCATTTGATGAGGTGCCTGCACTT 1079
|| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1020 TTAGCGAGATCATACCATCATCTCTTCCCAATTGCTCCATTTGATGAGGTGCCTGCTCTT 1079
Query 1080 TCAAGTCTGAATGATAATCGGAGAAAATTGGGAAAGAGTTGTTTTGGTTGCCAACAGAGC 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 TCAAGTCTGAATGATAATCGGAGAAAATTGGGAAAAAGTTGTTTTGGTTGCCAACAGAGC 1139
Query 1140 CTAATTGGTGCAGGGAATAAACCCGTCCCATGCGTAACATGTCGTAAATGCAAGCACTAT 1199
|||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 CTAATTGGTGCAGGAAATAAACCCGGCCCATGCGTAACATGTCGTAAATGCAAGCACTAT 1199
Query 1200 TTCTGTCTGGACTGTGACATATACATCCACGAGAGCTTACACAACTGTCCTGGCTGTGAG 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 TTCTGTCTGGACTGTGACATATACATCCACGAGAGCTTACACAACTGTCCTGGCTGTGAG 1259
Query 1260 AGCATTCACCGTCCCAAATCAGTTTCTTTGATGGAAGAATGAGAGAATGAATGTGTTCAC 1319
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1260 AGCATTCACCGTCCCAAATCAGTTTCCTTGATGGAAGAATGAGAGAATGAATGTGTTTAC 1319
Query 1320 ACTTCCAATTATAAATCACAATTGAGATGATGAGAGGAAGCAAttttttttGTGATATAG 1379
|||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 1320 ACTTGCAATTACAA-TCACAATTGAGATGATGAGAGGAAGCAAATTTATTTGTGATATAG 1378
Query 1380 GATGTT 1385
||||||
Sbjct 1379 GATGTT 1384
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 55992660150
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5