BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G05120.1
Length=2731
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg470503 jgi|Araly1|470503|fgenesh2_kg.1__457__AT1G05120.1 3951 0.0
> Ahg470503 jgi|Araly1|470503|fgenesh2_kg.1__457__AT1G05120.1
Length=2675
Score = 3951 bits (2139), Expect = 0.0
Identities = 2522/2698 (93%), Gaps = 61/2698 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 GGACAGAGATGGAGCTTCGGTCCCGCAATAAGGCGATTCGTCCATCGACTG-A--AGTTG 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || | |||||
Sbjct 1 GGACAGAGATGGAGCTTCGGTCCCGCAATAAGGCGATTCCTCCATCGATTGAAGTAGTTG 60
Query 61 TGGATCTCGAGGAAGGAACTGGTATCAACCCTGATGAAGAACCTTATGCTATATCTTC-- 118
||||||||||||||| |||||||| |||| || |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TGGATCTCGAGGAAGAAACTGGTACCAACTCTAATGACGAACCTTATGCTATATCTTCAG 120
Query 119 A-GATGACGATTCAATCGGCTCTGAATTTCAAGGTGACgaggaggaggagga---ggagt 174
| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 121 ATGATGACGATTCAATCGGCTCTGATTTTCAAGGTGACGAGGAGGAGGAGGAGGTGGAGG 180
Query 175 tagaggaggTTGTTGCTAATGATGATTTACCAAATCCTGTA-C----C-TG----T---- 220
| |||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||| | | || |
Sbjct 181 TCGAGGAGGTCGATGCTAATGATGATATACCAAATCCTGTACCTGTTCTTGCCCCTGCGC 240
Query 221 -TTTGGCAATTGTAAACCTACCAAGAGCAAGCAAGAAAAGGAAAAAA-C--CTG-ATGC- 274
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| | || | ||
Sbjct 241 CTTTGGCAATTGTAAACTTACCAAGAGCAAGCAAGAAAAGAAAAAAAGCTTGTGCAAGCA 300
Query 275 ACG-CAAAGAGAAAGTAGTGCTATTGTGGGAGACTTGGGAAAAAGAGCAGAATAGCTGGA 333
| | |||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 301 AAGAGAAAGAGAAAGAAGTGCTAATGTGGGAGATTTGGGAAAAAGAGCAGAATAGATGGA 360
Query 334 TTGATGAACATATGTCAGAGGATGTTGATTTAGATCAGCACAATGCTGTGATTGCTGAAA 393
|||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| | ||||
Sbjct 361 TTGATGAACATATGGCAGAGGATGTTGATTTGGATCAGCAGAATGCTGTGATTACCGAAA 420
Query 394 CTGCTGAGCCGCCTTCAGATTTGATTATGCCGCTATTAAGGTACCAAAAGGAATTTTTGG 453
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 CTGCTGAGCCGCCTCCAGATTTGATTATGCCGCTATTAAGGTACCAAAAGGAATTTTTGG 480
Query 454 CCTGGGCAACAAAACAGGAACAATCTGTTGCAGGAGGGATTCTCGCGGATGAGATGGGAA 513
| |||||| ||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 CTTGGGCATCAAAACAGGAACAGTCAGTCGCAGGAGGGATTCTCGCGGATGAGATGGGAA 540
Query 514 TGGGAAAAACAATACAAGCCATCTCTCTTGTTCTTGCCAGACGAGAAGTTGACAGGGCAC 573
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TGGGAAAAACAATACAAGCCATCTCTCTTGTTCTTGCCAGACGAGAAGTTGACAGGGCAC 600
Query 574 AGTTTGGGGAAGCTGCGGGTTGTACTCTGGTTCTTTGTCCTCTTGTTGCTGTTTCTCAGT 633
||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 AGTTTGGGGAAGCAGTGGGTTGTACCCTGGTTCTTTGCCCTCTTGTTGCTGTTTCTCAGT 660
Query 634 GGTTAAATGAGATTGCTCGGTTTACATCCCCGGGAAGCACTAAGGTCCTTGTATACCATG 693
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GGTTAAATGAGATTGCTCGGTTTACATCCCCGGGAAGCACTAAGGTCCTTGTATACCATG 720
Query 694 GGGCAAAGAGAGCGAAGAATATTAAAGAGTTTATGAACTACGACTTTGTTTTGACAACAT 753
|||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GGGCGAAGAGAGAGAAGAATATTAAAGAGTTTATGAACTACGACTTTGTTTTGACAACAT 780
Query 754 ATTCCACTGTTGAGAGTGAATATAGGAGAAACATAATGCCGTCGAAGGTGCAATGTGCAT 813
||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||| | | || |||||||||||
Sbjct 781 ATTCCACAGTTGAGAGTGAATATAGGAGATACATTATGCCGCCCAGGGAGCAATGTGCAT 840
Query 814 ATTGCAGCAAGTCATTTTACCCGAAGAAGCTTGTGATCCACCTGCGATATTTTTGTGGAC 873
|||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 841 ATTGCACCAAGTCATTTTACCCGAAGAAGCTTTTGATCCACCAGCGATATTTTTGTGGAC 900
Query 874 CTTCGGCTGTCAAAACGGCAAAACAATCTAAGCAGAAAAGGAAGAAGACTTCAGATTCAT 933
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| |||||
Sbjct 901 CTTCGGCTGTCAAAACAGCAAAACAATCTAAGCAGAAAAGTAAGAAGTCTACAGCTTCAT 960
Query 934 CCTCACAGCAAGGCAAGGAGGCTGATGCAGGAGAGGATAAGAAATTAAAGAAAT-CTAAG 992
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||| ||| |||||
Sbjct 961 CCTCACAGCAAGGCAAGGAGGCTGATGCAGGAGAGGATAACAAAATGAAG-AATACTAAG 1019
Query 993 AAGAAGACCAAACAAACAGTAGAAAAAGATCAGTTAGGTTCAGATGACAAAGAGAAGTCT 1052
|||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1020 AAGAAGACCAAACAAACAGTGGAAGAAGATCAGTTAGGTTCAGATGACAGAGAGAAGTCT 1079
Query 1053 CTTTTGCACTCTGTTAAGTGGAATCGGATCATCTTGGATGAGGCTCATTACATCAAAGAA 1112
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 CTTTTGCACTCTGTTAAGTGGAATCGGATAATTTTGGATGAGGCTCATTACATCAAAGAA 1139
Query 1113 AGACGTAGCAATACTGCAAGAGCTGTTTTTGCTTTGGAGGCTACCTATAGATGGGCTTTG 1172
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1140 AGACGTAGCAACACGGCAAGAGCTGTTTTTGCTTTGGAGGCTACCTATAGATGGGCTCTG 1199
Query 1173 AGTGGCACTCCTCTCCAAAATCGTGTTGGAGAGCTTTACTCACTGATCCGCTTCTTGCAA 1232
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1200 AGTGGCACTCCTCTCCAAAATCGTGTTGGAGAGCTTTACTCCCTGATCCGCTTCTTACAA 1259
Query 1233 ATTCGCCCATACTCGTATTACTTTTGCAAGGATTGTGACTGTAGAATTCTTGATTACGTT 1292
|||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1260 ATTCGCCCATACTCATATTACTTTTGCAAGGGTTGTGACTGTAGAATTCTTGATTACGCT 1319
Query 1293 GCTCATCAAAGCTGCCCTCACTGTCCTCATAATGCAGTTCGACATTTCTGTTGGTGGAAC 1352
|| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GCGCATCAAAGCTGCCCTCACTGTCCTCATAATTTAGTTCGACATTTCTGTTGGTGGAAC 1379
Query 1353 AAGTATGTGGCCAAGCCAATAACAGTATATGGAAGCTTTGGACTGGGAAAAAGAGCCATG 1412
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||||
Sbjct 1380 AAGTATGTGGCCAAGCCAATAACAGTAAATGGAAGCTTCGGACTAGGAAAGAGAGCCATG 1439
Query 1413 ATATTGCTTAAACACAAAGTTCTGAAGGACATCCTTTTAAGACGTACTAAATTGGGCCGG 1472
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 ATATTGCTTAAACACAAAGTTCTGAAGGACATTCTTTTAAGACGTACTAAATTGGGCCGG 1499
Query 1473 GCAGCTGATCTTGCTCTTCCTCCTAGAATTATCACTTTGAGGCGGGATACACTAGATGTA 1532
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1500 GCAGCTGATCTTGCTCTTCCTCCTAGAATTATCTCTTTGAGGCGCGATACACTAGATGTA 1559
Query 1533 AAGGAGTTTGATTACTATGAATCACTATACAAAAACAGCCAGGCGGAATTTAATACGTAT 1592
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1560 AAGGAGTCTGATTACTATGAATCACTATACAAAAACAGCCAGGCAGAATTTAATACGTAT 1619
Query 1593 ATTGAGGCTGGGACATTAATGAATAACTATGCACATATATTTGATCTTCTCACCCGCCTG 1652
||||||||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1620 ATTGAGGCTGGTACATTGATGCATAACTACGCACATATATTTGATCTTCTCACCCGTCTG 1679
Query 1653 AGACA-GGCCGTTGATCATCCATACCTTGTGGTGTATTCCAATTCTAGTGGCGCTAATGC 1711
||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 AGA-ATGGCTGTTGATCATCCATACCTTGTGGTGTATTCCAATTCTAGTGGCGCTAATGC 1738
Query 1712 TAACTTGGTTGATGAGAACAAAAGTGAGCAAGAATGTGGTCTCTGCCACGATCCGGCCGA 1771
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1739 TAACTTGGTTGATGAGAACAAAACTGAGCAAGAATGTGGTCTCTGCCACGACCCGGCCGA 1798
Query 1772 GGACTACGTTGTGACTTCTTGTGCACATGTGTTCTGTAAAGCTTGTTTGATTGGTTTCTC 1831
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 GGACTACATTGTGACTACTTGTGCACATGTGTTCTGTAAAGCTTGTTTGATTGGTTTCTC 1858
Query 1832 CGCGTCCCTGGGAAAAGTCACCTGCCCGACATGCTCGAAACTACTGACTGTGGATTGGAC 1891
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 TACGTCCCTGGGAAAAGTCACCTGCCCGACATGCTCGAAACTACTGACTGTGGATTGGAC 1918
Query 1892 TACCAAAGCTGACACAGAGCATAAGGCGAGCAAGACAACACTTAAAGGATTTAGAGCCTC 1951
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 TACCAAAGCTGACACAGAGCATAAGGCAAGCAAGACAACACTTAAAGGATTTAGAGCCTC 1978
Query 1952 AAGCATTTTAAATCGTATAAAGCTTGATGATTTTCAGACAAGTACAAAGATTGAGGCTTT 2011
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 AAGCATTTTAAATCGCATAAAGCTTGATGATTTTCAGACAAGTACAAAGATTGAGGCTTT 2038
Query 2012 GAGAGAAGAAATTAGGTTCATGGTTGAAAGAGATGGGTCTGCCAAAGCAATAGTTTTCAG 2071
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 GAGGGAAGAAATTAGGTTCATGGTTGAAAGAGATGGGTCTGCCAAAGCAATAGTTTTCAG 2098
Query 2072 CCAGTTCACATCATTTTTGGACCTTATAAATTATACCCTTGGGAAGTGTGGGGTTAGTTG 2131
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 CCAGTTCACATCATTTTTGGACATTATAAATTATACCCTTGGGAAGTGTGGGGTTAGTTG 2158
Query 2132 TGTTCAACTGGTGGGAAGCATGACCATGGCAGCTAGAGATACTGCCATCAACAAATTCAA 2191
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2159 TGTTCAACTGGTGGGAAGCATGACCATGGCAGCTAGAGATACTGCTATCAACAAATTCAA 2218
Query 2192 AGAAGACCCAGATTGCAGAGTTTTCTTAATGAGCTTGAAAGCCGGAGGGGTTGCTCTTAA 2251
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219 GGAAGACCCAGATTGCAGAGTTTTCTTAATGAGCTTGAAAGCCGGAGGGGTTGCTCTTAA 2278
Query 2252 TTTAACTGTTGCTTCACATGTTTTTATGATGGACCCGTGGTGGAACCCAGCGGTTGAGAG 2311
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 TTTAACTGTTGCTTCACATGTTTTTATGATGGACCCGTGGTGGAACCCAGCGGTTGAGAG 2338
Query 2312 GCAAGCACAAGACAGAATTCATAGGATCGGACAGTACAAGCCAATCAGGGTTGTGAGATT 2371
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 GCAAGCACAAGACAGAATTCATAGGATCGGACAGTACAAGCCAATCAGGGTTGTGAGATT 2398
Query 2372 CATAATAGAGAACACAGTGGAGGAAAGGATTTTAAGGCTTCAG-AAGAAGAAGGAACTTG 2430
||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 2399 CATTATAGAGAACACAGTGGAGGAAAGGATTCTAAGGCTTCAGCAA-AAGAAGGAACTTG 2457
Query 2431 TGTTTGAAGGGACGGTTGGTGGCTCTCAGGAGGCTATAGGAAAGCTGACCGAGGAAGATA 2490
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2458 TGTTTGAAGGGACGGTTGGTGGCTCTCAGGAGGCTATAGGAAGGCTGACCGAGGAAGATA 2517
Query 2491 TGAGGTT-CTTGTTTACAACATAACTTTTTTCTAACAGATGAAAACGCTTTTGTATGACC 2549
||||||| || |||||||||||||||| || | | |||||||||||| |
Sbjct 2518 TGAGGTTTCT-GTTTACAACATAACTT------AA-A-A------CGCTTTTGTATGGTC 2562
Query 2550 ATG-AAGATCTGGTCTCGGTGTAGTAGTATGG-TGGTAATGGTATGTGT-TA-CTTAAGC 2605
|| || |||| |||| ||||||| |||| | |||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 2563 ATACAA-ATCTCGTCTGGGTGTAGAAGTA-GAATGGTAATGGTATGTGTGTAACTTAAGC 2620
Query 2606 CCGTTTTTAACTTCTTACATTCAGAGATTTTTTGATGATGATGACACATCTATGATTT 2663
|||||||| |||| | | | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2621 CCGTTTTTCACTTAT-A--TCCAGAGATTTTTTGATGATGTTGACACATCTATGATTT 2675
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 103034112725
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5