BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G05380.1
Length=4115
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg470539 jgi|Araly1|470539|fgenesh2_kg.1__493__AT1G05380.2 5884 0.0
> Ahg470539 jgi|Araly1|470539|fgenesh2_kg.1__493__AT1G05380.2
Length=4075
Score = 5884 bits (3186), Expect = 0.0
Identities = 3850/4153 (93%), Gaps = 116/4153 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CCGTTTTGGTTTCCTCATC--TTT-TTGTACCGCTCCGTTGCG-C-CTCTCTCT-T-CTT 53
||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| | |||||||| | |||
Sbjct 1 CCGTTTTGGTTTCCTCATCATTTTGTTGTACCGCTCCGTTGCGCCTCTCTCTCTCTCCTT 60
Query 54 CCCTTCCTCTCTCTAGCGGCGGAGTTACATTGTCGGCCGCCGGGGAAACCGGCGACAGTG 113
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 61 CCCTTCCTCTCTCTAGCGGCGGAGTTACATTGTCGGCCGCCGAGGAAACCGGCGACAGTG 120
Query 114 GATTCTCTAAACTCTTAAACTCGCT-ACGTCGATTC-TTAAAGGATTCATCGCCGATAAC 171
| | | ||| ||| |||| | |||||||||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 121 G------T-ATCTC-TAAGCTCG-TCACGTCGATTCTTTAAAGGATTCATCGCCG---A- 167
Query 172 TTTTATACCTCCTTCTTTTCCGATAGGATCGGGACTCATTTTGTTTC-CAACACCCCGGA 230
|| | || || |||||||||||||||| ||||||| | ||||| | ||||||||||
Sbjct 168 ---TA-A-CT--TT-TTTTCCGATAGGATCGTGACTCATCTCGTTTCTC-ACACCCCGGA 218
Query 231 TCCGGTGATTTAGGGCGCTTTTTGATGCTTATCGATG-ATC-G-TTTATGGA---AG-GA 283
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||| | | | | ||||| || || ||
Sbjct 219 TCCGGTGATTTAAGGCGCTTTTTGATGCTTTTCGA-GTAACGGATTTATCGATTTAGTGA 277
Query 284 --GGTGGTGGTTC-TGGT-GAGCGTTCACGGATTGCTTCGAATACTCCTC-GAAGCTTGA 338
| | ||| | ||| | | |||| ||| |||| |||||||||||| | | ||||
Sbjct 278 TCGTTTATGGAACGGGGTGGTG-GTTC-CGG--TGCTGCGAATACTCCTCTG-ATTTTGA 332
Query 339 AGGAGAAGAGCGATGGGGTTGGTAGGACTGTGTCTTCTACTGAAACTAGGCAGAATTATC 398
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | || || | |
Sbjct 333 AGGAGAAGAGCGATGGGGTTGCTAGGACTGTGTCTTCTACTGGACCT----AG----A-C 383
Query 399 AGAAGAGATCCAGAATGGTTGTTAGTGATTCGGAATCAAGTGATGAGTTTATGAAACCAC 458
||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 384 AGAAGAGATCCAGAATGATTGTTAGTGATTCCGAATCAAGTGATGAGTTTATGAAACCAC 443
Query 459 CTCCACGTAGAAGTGGCGTTGACCGCAAAACCCTTGGAGCAAAAGAGAAGTTTGTTCGGA 518
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 444 CTCCACGTACAAGTGGCGTTGACCGCAAAACCCTTGGGGCAAAAGAAAAGTTTGTT---- 499
Query 519 AGAGGGATAGGGTTGAGCATGATCGAAATGGGTATGTGAGGAGGAACAACGAGGCGTCAG 578
|||| | ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 500 ---GGGA-A-----GAG--GGATCGAAATGGGTTTGTGAGGAGGAACAAAGAGGCGTCAG 548
Query 579 GAAGTTTTATGAAGATGAACAAGTTAGATATTTTTGAGTTTGATGAATACGATGGGTTTG 638
||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 549 GAAGTTTTATGAAGAGGGACAAGTTAGATGTTTTTGAGTTTGATGAATACGATGGGTTTG 608
Query 639 ATAGCGCCAATTTGATGAGGAAACGCTTTGATAATGGCAGTGTTGGTGTTAGAGGAAGAA 698
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
Sbjct 609 ATAGCGCCAATTTGATGAGAAAACGCTTTGATAATGGCACTGTTGGTGTTAGCGGAAGAA 668
Query 699 GCTCTTTTGCATCCAGAAGGGTTGATAGTAGTGTGGGAAGGTCTGGATCAGGCAGGGAGG 758
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 669 GCTCTTTTGCATCCAGAAGGGTTGATAGTAGTGTGGGAAGGTCTGGATCAGGCAGGGACC 728
Query 759 GTCTATTTGATA-GA--AGAAGAAACACATTTGTAAATGGCACATGTAGTGCGAGCTCAC 815
|||||||| ||| || || ||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 729 GTCTATTTTATAGGAGGAGGAGACACACATTTGTAAATGGCACAGGTAGTACGAGCTCAC 788
Query 816 AGGAAGATTCGAGTAGTGAATCTGATTCTGATGAACCAATGAGGGTGCAAGGGATAAACG 875
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 789 AGGAGGATTCGAGTAGTGAATCTGATTCTGATGAACAAATGAGGGTGCAAGGGAGAAACG 848
Query 876 GTGTTCTGAAGGTGAAGGTCAACAATAAGACAAACACTCTTGCTGCCTCAATCAACCCCC 935
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 849 GTGTTCTGAAGGTGAAGGTCAACAATAAGACAAGCACTCTTGCTGCTTCAATCAACCACC 908
Query 936 GGGATGCAGAGATATATGAGAGACCGCCT-TCCTCCAGGAAGGCACAAAGGCGTGAGAAT 994
||| ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 909 AGGACGCAGAAATATATGAGAGACC-TCTCTCCTCTAGGAAGGCACAAAGGCGTGAGAAT 967
Query 995 GTTGTAGTTAAACCACCCTTTAGGAAATCAAATAATGTAGACAATAATTCAGAGTCAGAA 1054
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||
Sbjct 968 GTTGTAGTTAAACCAACCTTTAGGAAATCAAATAATGTGGAGAGTAATTCAGAGTCAGAA 1027
Query 1055 GAGAGCGACATGTCGAGGAAGTCAAAAAGGAAGAAATCAGAGTATAGTAAGCCCAAAAAG 1114
||||||||| || | | || |||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1028 GAGAGCGAC--GT-------G-C-----CGAGGAAATCAGAGTATAGTAAACCCAAAAAG 1072
Query 1115 GAGTTCAATACCAAATCAAAATCAACCTTTCCTGAATTGGTGAATCCTGATGTGAGAGAG 1174
||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 1073 GAGATCAATACCAAATCAAAATCAAACTTTCCTGAATCGGTGAAACCTGATGTGAGAGAG 1132
Query 1175 GAAAGAAGAGGAAGGCGTGGTGGTGGAACAGACAAGCAAAGATTACGTGAGCGAATTAAG 1234
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1133 GAAAGAAGAGGAAGGCGTGGTGGTGGAACAGAGAAGCAAAGATTACGTGAGCGAATTAAG 1192
Query 1235 GGAATGCTAACTGATGCAGGATGGACGATAGACTATAAACCTAGGAGAAATCAAAGTTAT 1294
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1193 GGAATGCTTACTGATGCAGGATGGACGATAGACTATAAACCTAGGAGGAACCAAAGTTAT 1252
Query 1295 CTGGATGCTGTATATGTAAACCCCTCAGGAACAGCATATTGGTCAATAATTAAGGCATAT 1354
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1253 CTGGATGCTGTATATGTAAACCCCTCAGGGACAGCATATTGGTCAATAATTAAAGCATAT 1312
Query 1355 GATGCACTTCTAAAGCAGTTAAAAGACGAGGGAGTTGATGCCAGGCCTAGGAAAGATACT 1414
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1313 GATGCACTTTTAAAGCAGTTAAAAGACGAGGGAGTTGATGCCAGGCCTAGGAAAGATACT 1372
Query 1415 GCTGCCGTTGCTTCAGTATCTGAGGAAATTGTGAACAAGTTAGCAAGGAAGGCAAAGAAG 1474
||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1373 GCTGCAGTTGCTTCAGTATCGGAGGATATTGTGAACAAGTTAGCAAGGAAGGCAAAGAAG 1432
Query 1475 ACCCGGTCTGAGATGAC-AAAGAAATGGAAACAAAATTCCAGTGGTAGTGATAGTGAAAA 1533
|||||| |||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1433 ACCCGGACTGAGATGACGAAA-AAATGGAAAAAAAATTCCAGTGGTAGTGAAAGTGAAAA 1491
Query 1534 CAAAAGTGAGGGAGGAGCCTACACTGATACCTCTGAAGAGAGGATACGTTCATCCATAAA 1593
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1492 CAAAAGTGATGGAGGAGCCTACACTGATACCTCTGAAGAGAGGATACGTTCATCCATAAA 1551
Query 1594 GCTGGGTGGGAAATCCACCAAAAAGGGAAGAAATGGAGCCGATTGGGATGAGTTACACAA 1653
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |
Sbjct 1552 GCTGGGTGGGAAATCGACCAAAAAGGGAAGAAATGGAACTGATTGGGATGAGTTACAC-A 1610
Query 1654 GAAA-AGTAAAAGATCATTATATTATAATAA-TGCAAGGCCATCATGTGGATCAGATTCA 1711
||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 1611 CAAAGAGTAAAAGATCATTATATTATAA-AAGTGCAAGGCCATCCTCTGGATCAGATTCA 1669
Query 1712 CATTATCTACATGGACGaaaaaccaaaaaaaTTGGAAGATGTACTTTGTTGGTGCGTAGT 1771
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1670 CATTATCTACATGGACGAAAAAGCAAAAAAATTGGAAGATGTACTTTGTTGGTGCGTAGT 1729
Query 1772 TCTAAGGATAAAAAGAATCCAGCGATTAATGGGTTCAATCCATACTCTGGAAAAAGGACA 1831
||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1730 TCTAAGGATAAAAAGAATCCAGCGATTGACGGGTTCAATCCATACTCTGGAAAACGGACA 1789
Query 1832 TTGCTCTCTTGGTTGATTGAATCTGGAGTTGTCCAACTAAGACAAAAAGTGCAATACATG 1891
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 1790 TTGCTCTCTTGGTTGATTGAATCTGGAGTTGTCCAACTCAGACAAAAGGTGCAATACATA 1849
Query 1892 AGGCGTCGAGGTGCAAAGGTGATGCTGGAGGGATGGATAACAAGAGAGGGGATTCATTGT 1951
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1850 AAGCGTCGAGGTGCAAAGGTGATGCTGGAGGGATGGATAACAAGAGAGGGGATTCATTGT 1909
Query 1952 GATTGCTGCAGTAAAATACTCACAGTCTCCAGGTTTGAGATTCATGCTGGGAGCAAGTCA 2011
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1910 GATTGCTGCAGTAAAATTCTCACAGTCTCCAGGTTTGAGATTCATGCTGGGAGCAAGTCA 1969
Query 2012 TGTCAGCCTTTCCAAAATATTTATCTGGAATCTGGCGCTTCTCTTCTTCAATGCCAAGTC 2071
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1970 TGTCAGCCTTTCCAAAATATTTATCTGGAATCTGGCGCTTCTCTTCTTCAATGCCAAGTC 2029
Query 2072 AGAGCGTGGAATATGCAGAAAGATGCTACGAATCTTGCTCTCCATCAAGTGGACACTGAC 2131
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2030 AGAGCGTGGAATATGCAGAAAGATGCTACGAATGTTGGTCTCCATCAAGTGGACACTGAC 2089
Query 2132 GGGGATGATCCAAATGATGATGCTTGTGGTATATGCGGTGATGGTGGAGATTTGATTTGC 2191
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2090 GGGGATGATCCAAATGATGATGCTTGTGGTATCTGCGGAGATGGTGGAGATTTGATTTGC 2149
Query 2192 TGTGATGGTTGTCCATCAACATATCATCAAAACTGCCTTGGTATGCAGGTGCTTCCTTCG 2251
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2150 TGTGATGGTTGTCCATCAACATATCATCAAACCTGCCTAGGTATGCAGGTGCTTCCTTCG 2209
Query 2252 GGTGATTGGCATTGTCCAAATTGCACATGCAAGTTTTGTGATGCAGCTGTGGCTTCTGGT 2311
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2210 GGTGATTGGCATTGTCCAAATTGCACATGCAAGTTTTGTGATGCAGCTGTGGCTTCTGGT 2269
Query 2312 GGCAAGGACGGGAATTTTATATCATTACTTTCCTGCGGCATGTGTGAGAGAAGATATCAC 2371
||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2270 GGCAAGGACGGAAATTTTTTATCATTACTTTCCTGCAGCATGTGTGAGAGAAGATATCAC 2329
Query 2372 CAGTTATGCCTGAATGATGAAGCTCACAAGGTTCAATCTTTTGGTTCAGCTTCTTCGTTT 2431
|| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2330 CAATTATGCCTGAGTGATGAAGCTCAGAAGGTTCAATCTTTTGGTTCAGCTTCTTCATTT 2389
Query 2432 TGTGGGCCTAAGTGCTTAGAGCTCTTCGAAAAGTTACAGAAGTATCTTGGTGTCAAAACT 2491
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 2390 TGTGGGCCTAAGTGCTTAGAGCTCTTCGAAAAGTTACAGAAGTATCTTGGTGTGAAAAAT 2449
Query 2492 GAAATAGAAGGTGGCTACTCGTGGTCTCTTATACATAGGGTGGACACTGATTCAGATACA 2551
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2450 GAAATAGAAGGTGGCTACTCGTGGTCTCTTATACATAGGGTGGACACTGATTCAGATCCA 2509
Query 2552 AATTCCCAAATGTCGGCACAAAGGATCGAAAATAATTCAAAGCTAGCTGTCGGGCTGGCT 2611
||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2510 AATTCTCAATTGTCAGCACAAAGGATCGAAAATAATTCAAAGCTAGCTGTCGGGCTGGCT 2569
Query 2612 ATCATGGATGAATGCTTTTTGCCCATAGTTGACAGAAGGAGTGGGGTAGATCTGATTCGC 2671
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2570 ATCATGGATGAATGCTTTTTGCCCATAGTTGACAGAAGGAGTGGGGTAAATCTGATTCGC 2629
Query 2672 AATGTCCTTTATAATTGCGGATCCAATTTCAACCGGATAAATTATACTGGCTTCTACACT 2731
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2630 AATGTCCTTTATAATTGTGGATCCAATTTCAACCGGATAAATTATACTGGCTTCTACACT 2689
Query 2732 GCTATCCTAGAGAGAGGAGACGAAATTATATCCGCGGCATCTCTCAGGTTCCATGGTATG 2791
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2690 GCTATCCTAGAGAGAGGAGATGAAATTATATCTGCGGCATCTCTCAGGTTCCATGGTATG 2749
Query 2792 CAATTGGCGGAGATGCCATTTATTGGAACCAGGCACATATATAGGCGACAAGGAATGTGT 2851
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 2750 CAATTGGCGGAGATGCCATTTATTGGAACCAGGCACATATACAGGCGTCAAGGAATGTGT 2809
Query 2852 CGTCGCCTTTTTGATGCGATTGAATCGGCTATGCGTTCTCTGAAGGTTGAGAAATTGGTT 2911
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2810 CGTCGCCTTTTTGATGCGATTGAATCGGCTATGCGTTCTCTCAAGGTTGAGAAATTGGTT 2869
Query 2912 ATCCCTGCCATTCCAGACTTCTTGCATGCATGGACTGGTAACTTTGGATTTACTCCTCTT 2971
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2870 ATCCCTGCCATTCCAGACTTCTTGCATGCATGGACTGGTAACTTTGGATTCACTCCTCTT 2929
Query 2972 GATGACTCAGTTAGAAAAGAGATGAGGTCCCTGAACACATTGGTATTCCCTGGAATAGAC 3031
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2930 GATGACTCAGTTAGAAAAGAGATGAGGTCCCTGAACACATTGGTATTCCCTGGAATAGAC 2989
Query 3032 ATGTTACAGAAACCGCTGCTCCATGAAGAAAACATTATAGCTCCTGCAGCTGCAGGTGAT 3091
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2990 ATGTTACAGAAACCGCTGCTCCATAAAGAAAACATTATAGCTCCTGCAGCTGCAGGTGAT 3049
Query 3092 GCCATGATTTCAGAGGTAGAGACAGAAAAGAAATCAGAATTTACCTCTTCTGTTGAAATT 3151
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 3050 GCCATGATTTCAGAGATAGAGACAGAAAAGAAATCAGAAGTTGCCTCTTCTGTTGAAATT 3109
Query 3152 GGTCCATACGCAGTAGAGGGTGATGAGTTTGTCGCTGATGCTGCAAACTGCTACAAAGAT 3211
||||||||| | || ||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 3110 GGTCCATACTCCGTTGAGGGTGCTGAATTTGTCGCTGGTGCTGCAAACTGCTACAAGGAT 3169
Query 3212 ATTCTTGCTTCTGATGAAGACAATATTCTGGTATCAGTTGAAACAGCCATGGGCACAATT 3271
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3170 ATTCTTGCTTCTGATGAAGACAATATTCTGGTACCAGTTGAAACAGCCATGGGCACGATT 3229
Query 3272 TGCAAGCCAAAGGATGAATTGAGTAGACATTTTCGCGGTGAAGAAAGTGGCATTAGCTCT 3331
| |||| | ||||||| |||||||| |||||| ||| ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3230 TCCAAGTCGGAGGATGAGTTGAGTAGGCATTTTTGCGCTGAAGAATGTGGCATTAGCTCT 3289
Query 3332 TCTCCTTGTCAGATCACATTAAAGTCTGGCACTAAGCACGTATTAGGTCATATATGTGAT 3391
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3290 TCTTCTTGTCAGATCACATTAAAGTCTGGCACTAAGCACGTATTAGGTCATATATGTGAT 3349
Query 3392 GATACAGGATCATCATGTGAAGATGGCCTTACGGATGTGAATGTCGAAGCTGATGCTAGC 3451
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3350 GATACAGGATCATCATGTGAAGGTGGCCTTACGGATGTGAATGTCGAAGCTGATACTAGC 3409
Query 3452 TTACTCTCTCAGGAAATCCAACAAGCATCAGCTAGTTTTAAGGTTGAAAACAATCTCTCT 3511
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 3410 TTACTCTCTCAGGAAATCCAACAAGCATCAGCTAATTTTCAGGTTGAAAACAACCTCTCT 3469
Query 3512 TTATCTATTTCTGGTAGAGGATCATCAGATTTGAGCTCTATCTCCCAAGAAGTCAAGAGT 3571
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3470 TTATCTATTTCTGGTAGAGGATCATCAGATTTGAGCTCTATCTCCCAAGAAGCCAAGAGT 3529
Query 3572 GAACAAACCTCATCGAATTTAGACGGGGTTCCTTCATGTAAAGACTATAACATACTTGTT 3631
||||| || || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 3530 GAACATACATCTTCGAATTTAGACGGGTTTCCTTCATGTAAAGACTATAACATACTCGGT 3589
Query 3632 CCTGGTGCTAAGTTGGATAAATCAAAAGATGATGCATTCGCGGATGGTTTTCTTTTGTGA 3691
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3590 CCTGGTGCTAAGTTGGATAAATCGAAAGATGATGCATTCGCGGATGGTTTTCTTTTGTGA 3649
Query 3692 GGGGAAAAACCCCTTGCACTCGGGATGAAAATCTGAGCTCTTCATTTCAGTGACAGACCT 3751
|||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
Sbjct 3650 GGGGAAAAACCC-TTGTTCTCGGGATGAAAATCTGAGCTCTTCATTTAAGTGTCAGACCT 3708
Query 3752 GTTCTCCTAGAGGAGGTATAG-TAT--C-TC-CC-TGGATTTGTTGGGACATTTGGATTG 3805
|||||||||||||||||||| ||| | || || |||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3709 GTTCTCCTAGAGGAGGTATAACTATAACATCTCCCTGGATTTGTTTTGACATTTGGATTG 3768
Query 3806 TCATAACAGTCAAGCTGCATTATCCAGCAGTCGAGATTTAGTTTCACATATCCCATATAA 3865
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 3769 TCATGACTTTCAAGCTGCATTATCCAGCAGTCGAGATTCAGTTTCACATATCCCATA-A- 3826
Query 3866 GAGATTTGTC--GCCCCCCGTCTGAGCTGCTAATGATACTGTAGAATGGAAAAGCATATG 3923
||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| ||||| | ||
Sbjct 3827 GAGATTTGTGATGCCCCCCCTTTGAGCTGCTAATGATACTGTTGAATGGTAAAGCTTGTG 3886
Query 3924 ATAATATACTGTGGAATTCCAATATCTTTTAAGCCTGAGTGATCTCATATTCAACTCGAT 3983
|||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 3887 ATAATATACTGTGGAATTACAATATCTTTCAAGCCTGAGTGACCTCATATTCAGCTCGAT 3946
Query 3984 TAGTGTGGAAAGAGTCCTGTTGTTGTTGCTGCCTTTGCCTGTATTTATTTTTCACCCAGA 4043
||||||||||||||||||||||||||| | | ||| | |||||||||| ||||||||||
Sbjct 3947 TAGTGTGGAAAGAGTCCTGTTGTTGTTA-T-C-TTTACTTGTATTTATTATTCACCCAGA 4003
Query 4044 TTCAGGGTTTTACAACATTGTATTATATGAAGTTCCGATTA-TATATATGGGGCCATTCT 4102
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| ||| ||||||||
Sbjct 4004 TTCAGGGTTTTACAACATTGTATTATATGAAGTTCC-AGTAATATATTTGGAGCCATTCT 4062
Query 4103 AGTTTTGCATATC 4115
|||||||||||||
Sbjct 4063 AGTTTTGCATATC 4075
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 155579358424
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5