BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G05500.1
Length=2110
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg470550 jgi|Araly1|470550|fgenesh2_kg.1__504__AT1G05500.1 2953 0.0
> Ahg470550 jgi|Araly1|470550|fgenesh2_kg.1__504__AT1G05500.1
Length=1955
Score = 2953 bits (1599), Expect = 0.0
Identities = 1691/1736 (97%), Gaps = 4/1736 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 106 TACGGACATTGCAATTTTTCTAAATCCGGCGATTA-AATATGGGTTTCATAGTCGGCGTT 164
|||||||||||||| ||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||
Sbjct 76 TACGGACATTGCAA-TTTTCGAAATCCGGCGA-TATAA-ATGGGTTTCATAGTCGGCGTT 132
Query 165 GTAATCGGACTCCTCGTCGGAATCGCAATCATCATCGGCTTTGTCAAGTTGGAGAATTCT 224
|| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 133 GTGATCGGACTCGTCGTCGGAGTCGCAATCATCATCGGCTTTGTCAAGTTGGAGAATTCT 192
Query 225 CGATCCAAGCTTCGCTCTGAACTTGCGAATACGGTGGCTGCTTTTGCGAGGATGACGGTG 284
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 193 CGATCCAAGCTTCGCTCTGAACTTGCGAATACGGTGGCTGCTTTTGCGAGGATGACGGTG 252
Query 285 GAGGATTCCAGGAAGCTTTTGCCTCCTGAGTTTTATCCTTCCTGGGTTGTCTTCTCCGAG 344
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 253 GAGGATTCCAGGAAGCTTTTGCCTCCTGAGTTTTATCCTTCCTGGGTTGTCTTCTCCGAG 312
Query 345 CGTCAGAAGTTGACTTGGCTCAACCATCACTTGACAAAGATCTGGCCTTATGTTGATGAG 404
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 313 CGTCAGAAGTTGACTTGGCTCAACCATCACTTGACAAAGATCTGGCCTTATGTTGATGAG 372
Query 405 GCAGCCTCTGAGCTTATAAAGGCATCCGTGGAGCCTGTTCTTGAGCAATATAGACCTGCC 464
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 373 GCAGCCTCTGAGCTTATAAAGGCATCCGTGGAGCCTGTTCTCGAGCAATATAGACCTGCC 432
Query 465 ATTGTGGCCTCCTTAACATTTTCTAAGCTTACTCTCGGTACAGTGGCACCTCAATTTACA 524
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 433 ATAGTGGCCTCCTTAACGTTTTCTAAGCTTACTCTCGGTACAGTGGCGCCTCAATTTACA 492
Query 525 GGTGTTTCCGTTATCGACGGTGATAAAAATGGGATTACCTTGGAACTTGATATGCAATGG 584
||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 493 GGTGTTTCCATTATCGACGGTGATAAAAATGGGGTGACCATGGAACTTGATATGCAATGG 552
Query 585 GATGGAAACCCAAATATAGTACTTGGCGTCAAGACCTTAGTTGGTGTATCCCTCCCCATT 644
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 553 GATGGAAATCCAAATATAGTACTTGGCGTCAAGACCTTAGTTGGTGTATCTCTCCCAATT 612
Query 645 CAGGTGAAAAACATCGGATTCACTGGTGTTTTCAGGCTAATTTTTAGGCCACTAGTTGAG 704
||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 613 CAGGTGAAAAATATTGGATTCACTGGTGTTTTCAGGCTGATTTTTAGGCCACTAGTTGAA 672
Query 705 GACTTTCCCTGCTTTGGAGCTGTCAGCGTTTCTCTTAGAGAAAAGAAAAAATTGGACTTC 764
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 673 GACTTTCCTTGCTTTGGAGCTGTCAGCGTTTCTCTTAGAGAAAAGAAAAAATTGGACTTC 732
Query 765 ACCCTTAAGGTTGTTGGAGGTGATATTTCAGCAATTCCTGGACTTTCTGAAGCTATTGAG 824
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 733 ACCCTTAAGGTTGTTGGAGGTGATATTTCAGCAATTCCTGGACTTTCTGAAGCCATTGAG 792
Query 825 GAAACAATTCGGGATGCCGTGGAAGATTCTATCACATGGCCTGTTCGGAAGGTCATCCCA 884
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 793 GAAACAATTCGGGATGCCGTGGAAGATTCTATCACATGGCCTGTTCGGAAGGTCATCCCA 852
Query 885 ATTATACCTGGTGATTATAGCGATCTGGAGCTAAAGCCTGTTGGAATGTTAGAGGTGAAG 944
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 853 ATTATACCTGGTGATTATAGCGATCTGGAGCTAAAGCCTGTTGGAATGTTGGAGGTGAAG 912
Query 945 CTTGTGCAAGCAAAGAACTTGACCAACAAAGATCTAGTTGGAAAATCAGACCCCTTTGCT 1004
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 913 CTTGTGCAAGCAAAGAACTTGACCAACAAAGATCTAGTTGGAAAATCAGACCCCTTTGCT 972
Query 1005 AAAATGTTTATACGCCCTTTGCGTGAAAAGACTAAAAGAAGCAAGACAATTAACAATGAC 1064
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 973 AAAATGTTTATACGCCCTTTGCGAGAAAAGACTAAAAGAAGCAAGACAATTAACAATGAC 1032
Query 1065 CTGAATCCCATCTGGAATGAGCATTTTGAATTTGTTGTGGAAGACGCGTCAACTCAACAT 1124
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1033 CTGAATCCCATCTGGAATGAGCATTTTGAATTTGTTGTCGAAGACGCGTCAACTCAACAT 1092
Query 1125 TTAGTGGTCAGAATATATGATGACGAGGGTGTACAAGCATCTGAGCTTATTGGTTGTGCC 1184
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1093 TTAGTGGTCAGAATATATGATGACGAGGGTGTACAAGCATCTGAGCTTATCGGGTGTGCC 1152
Query 1185 CAAATCCGGCTTTGTGAACTTGAACCTGGTAAAGTGAAAGACGTCTGGTTGAAGCTGGTC 1244
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1153 CAAATCCGGCTTTGTGAACTCGAACCTGGTAAAGTGAAAGACGTCTGGTTGAAGCTGGTC 1212
Query 1245 AAAGATTTGGAGATCCAGAGAGATACTAAGAACCGTGGAGAGGTTCACCTTGAGCTCCTT 1304
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1213 AAAGATTTGGAGATCCAGAGAGATACCAAGAACCGTGGAGAGGTTCACCTTGAGCTCCTT 1272
Query 1305 TACATCCCTTATGGTTCGGGAAACGGCATTGTAAATCCCTTTGTCACTTCATCGATGACG 1364
||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1273 TACGTCCCTTATGGTTCGGGAAACGGCATCGTAAATCCCTTTGTCACTTCATCGATGACT 1332
Query 1365 TCCTTAGAGAGGGTGCTCAAGAATGATACAACAGATGAAGAAAATGCATCAAGCCGTAAA 1424
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 TCCTTAGAGAGGGTGCTCAAGAATGATACAACAGATGAAGAAAATGCATCAAGCCGTAAA 1392
Query 1425 AGAAAAGATGTCATTGTAAGAGGAGTTCTCTCTGTGACAGTGATATCTGCAGAAGAGATA 1484
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1393 AGAAAAGATGTCATTGTAAGAGGAGTGCTCTCTGTGACAGTGATATCTGCAGAAGAGATA 1452
Query 1485 CCAATACAAGATCTGATGGGGAAAGCTGATCCATATGTTGTTCTCTCGATGAAGAAATCA 1544
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1453 CCAATACAAGATCTGATGGGGAAAGCTGATCCATATGTTGTTCTCTCGATGAAGAAATCA 1512
Query 1545 GGTGCCAAGAGCAAAACTCGGGTCGTCAATGACAGCTTGAACCCGGTATGGAACCAGACT 1604
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1513 GGTGCCAAGAGCAAAACTCGGGTCGTCAATGACAGCTTGAACCCGGTTTGGAACCAGACT 1572
Query 1605 TTTGATTTTGTAGTTGAAGACGGGTTACATGATATGCTAGTCCTTGAAGTCTGGGACCAC 1664
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1573 TTTGATTTTGTAGTTGAAGACGGGTTACACGATATGCTAGTCCTTGAAGTCTGGGACCAC 1632
Query 1665 GACACCTTTGGAAAGGACTACATTGGGAGATGTATCCTCACGTTGACAAGGGTTATAATG 1724
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1633 GACACCTTTGGAAAGGACTACATTGGCAGATGTATCCTCACGTTGACAAGGGTTATAATG 1692
Query 1725 GAAGAGGAGTACAAAGACTGGTACCCATTAGACGAATCCAAAACGGGCAAGCTTCAGCTG 1784
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1693 GAAGAGGAATACAAAGACTGGTACCCATTAGACGAATCCAAAACGGGCAAGCTTCAGTTG 1752
Query 1785 CATCTGAAGTGGATGGCTCAATCAATTTATCGTGATTCCTAAGCTTAATCGGTAGA 1840
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||
Sbjct 1753 CATCTCAAGTGGATGGCTCAATCAATTTATCGCGATTCCTAAGCTTAATGGGAAGA 1808
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 79380070580
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5