BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G05600.1
Length=1650
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg470562 jgi|Araly1|470562|fgenesh2_kg.1__516__AT1G05600.1 2473 0.0
> Ahg470562 jgi|Araly1|470562|fgenesh2_kg.1__516__AT1G05600.1
Length=1552
Score = 2473 bits (1339), Expect = 0.0
Identities = 1465/1527 (96%), Gaps = 3/1527 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 55 GAGTTATCATGAGTGTTGTTAGATGGCCAAGAGTTCTAACGCCAAGTCTTCTTTCTCAAA 114
||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 29 GAGTTGTCATGA--G-TGTTAGATGGCCAAGAGTTCTAACGCCAAGTCTTCTTTCTCAAA 85
Query 115 TCCTAAAGAAGCAGAAGAATCCAGTGACAGCACTTAAGCTTTTTGAGGAAGCGAAAGAGA 174
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||| ||
Sbjct 86 TCCTAAAGAAGCAGAAGAATCCAGTGACCGCACTTAAACTCTTTGAGGAAGCGAAAGTGA 145
Query 175 GGTTTCCGAGTTACGGTCACAATGGCTCGGTGTATGCTACCATGATTGACATTCTCGGTA 234
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 146 GGTTTCCGAGTTACGGTCACAATGGCACGGTGTATGCCACCATGATTGACATCCTCGGTA 205
Query 235 AATCTAACCGTGTGTTGGAAATGAAATATGTCATTGAGAGAATGAAGGAAGATTCTTGTG 294
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 206 ATTCTAACCGTGTGTTGGAAATGAAATATGTCATTGAGAGAATGAAGGGTGATTCTTGTG 265
Query 295 AATGTAAAGATTCGGTTTTTGCATCGGTTATTCGTACATTCTCCAGAGCTGGAAGGCTGG 354
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 266 AATGTAAAGATTCGGTTTTTGCATCGGCTATTCGTACATTCTCCAGAGCTGGAAGGCTGG 325
Query 355 AAGATGCTATTTCTCTCTTCAAGAGCCTTCATGAGTTCAATTGTGTGAATTGGAGTCTAT 414
| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 326 ATGATGCCATTTCTCTCTTCAAGAGCCTTCATGAGTTCAATTGTGTGAATTGGACTCTAT 385
Query 415 CTTTCGATACTCTTTTACAGGAGATGGTTAAAGAATCCGAGCTCGAAGCTGCTTGTCATA 474
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 386 CTTTTGATACTCTTTTACAGGAGATGGTTAAAGAATCAGAGCTCGAAGCTGCTTGTCATA 445
Query 475 TCTTCAGAAAGTATTGTTATGGTTGGGAGGTGAATTCTCGAATAACGGCTCTGAATTTGC 534
| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 446 TATTCCGAAAGTATTGTTATGGTTGGGAGGTGAATTCTCGAATAACGGCTCTGAATTTGC 505
Query 535 TTATGAAGGTTCTTTGCCAGGTCAATCGCTCTGACCTTGCGTCTCAGGTTTTTCAAGAGA 594
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 506 TTATGAAGGTTCTTTGCCAGGTCAATCGCTCTGACCTTGCGTCTCAGGTTTTTCAAGAGA 565
Query 595 TGAATTACCAGGGTTGTTATCCGGACAGAGACAGTTACAGGATTTTGATGAAGGGGTTTT 654
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 566 TGAATTACCAGGGTTGTTATCCGGACAGAGACAGTTACAGGATTTTGATGAAAGGGTTTT 625
Query 655 GTCTAGAGGGGAAACTTGAGGAAGCCACTCACCTGTTGTATTCAATGTTCTGGAGGATCT 714
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 626 GTCTAGAGGGGAAACTTGATGAAGCCACGCACCTGTTGTATTCAATGTTCTGGAGGATCT 685
Query 715 CACAGAAAGGTTCAGGTGAGGACATTGTGGTTTATAGAATTCTATTGGATGCATTATGTG 774
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
Sbjct 686 CACAGAAAGGTTCAGGTGAGGACATTGTGGTTTATAAAATTCTACTGGATGCATTATGTG 745
Query 775 ATGCTGGTGAGGTTGATGATGCTATTGAAATTCTTGGTAAAATCTTGAGAAAAGGATTAA 834
||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 746 ATGCTGGTGAGGTTGATCAGGCTATTGAAATTCTTGGTAAAATCTTGAGAAAAGGACTAA 805
Query 835 AGGCTCCGAAACGATGTTACCATCATATTGAAGCTGGTCACTGGGAGAGTAGCAGTGAGG 894
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 806 AGGCTCCGAAACGATGTTACCATCAAATTGAAGCTGGTCATTGGGAGAGTAACAGTGAGG 865
Query 895 GTATAGAGCGGGTGAAACGATTGTTAACCGAGACTTTGATCCGAGGTGCAATTCCCTGTT 954
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 866 GTATAAAGCGGGTGAAACGATTGTTAACCGAGACTTTGATCCGAGGCGCAATTCCCAGTT 925
Query 955 TGGATAGCTATAGTGCCATGGCTACTGATCTTTTTGAGGAAGGTAAGCTTGTTGAAGGTG 1014
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 926 TGGATAGCTACAGTGCCATGGCTACTGATCTTTTTGAGGAAGGTAAGCTTGTTGAAGGTG 985
Query 1015 AAGAGGTGCTCCTTGCAATGCGAAGCAAAGGCTTTGAGCCTACACCATTTATTTATGGTG 1074
|||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 986 AAGAAGTGCTTCTTGCAATGCGAAGAAAAGGCTTTGAGCCAACACCATTTATTTACGGTG 1045
Query 1075 CCAAGGTTAAAGCACTCTGTAGAGCCGGGAAGCTTAAAGAAGCAGTTTCTGTAATCAATA 1134
||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1046 CCAAGGTTAAAGCACTCTGTAAAGCCGGAAAGCTTGAAGAAGCAGTTTCTGTAATCAATA 1105
Query 1135 AGGAGATGATGCAAGGTCATTGCCTTCCAACAGTTGGAGTGTATAACGTTCTTATAAAAG 1194
||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1106 AGGAGATGATGGAAGGTCATTGCCTTCCAACTGTTGGAGTGTATAACGTTCTTATAAAAG 1165
Query 1195 GTCTATGCGATGATGGAAAATCCATGGAGGCTGTTGGATATCTCAAAAAGATGTCTAAGC 1254
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1166 GGCTATGCGATGAAGGAAAATCCATGGAGGCTGTTGGATATCTCAAAAAGATGTCTAAGC 1225
Query 1255 AAGTTTCTTGTGTAGCGAACGAAGAAACATATCAAACTCTAGTGGATGGTCTGTGTCGAG 1314
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 1226 AAGTCTCTTGTGTAGCAAACGAAGAAACATATCAAACTCTAATGGATGGTCTATGTCGAG 1285
Query 1315 ATGGTCAATTTCTTGAGGCGAGTCAGGTCATGGAGGAGATGTTGATAAAATCACACTTTC 1374
|| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1286 ATAGTCAGTTTCTTGAGGCGAGTCAGGTCATGGAGGAGATGTTGATAAAATCACACTTTC 1345
Query 1375 CTGGTGTCGAAACTTACCATATGATGATAAAAGGTCTTTGTGATATGGACCGGCGATATG 1434
||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1346 CTGGTGTTGAAACTTACCATGTGATGATAAGAGGTCTTTGTGATATGGACCGGCGATATG 1405
Query 1435 AAGCTGTGATGTGGTTGGAAGAGATGGTTAGTCAGGATATGGTACCGGAATCTTCTGTGT 1494
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1406 AAGCTGTGATGTGGTTGGAAGAGATGGTTAGTCAGGATATGGTGCCGGAATCTTCTGTGT 1465
Query 1495 GGAAAGCTTTGGCTGAGTCTGTCTGCTTTTGTGCCATTGATGTTGTTGAGATACTTGAGC 1554
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1466 GGAAAGCTTTGGCTGAGTCTGTCTGCTTTTGTGCTATTGATGTTGTTGAGGTACTTGAGC 1525
Query 1555 ATCTAATTAGTAGCAAACGTTAATCAT 1581
||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1526 ATCTAATTAGTAGCAAACGTTGATCAT 1552
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 61858557880
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5