BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G05670.1
Length=3227
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg470571 jgi|Araly1|470571|fgenesh2_kg.1__525__AT1G05670.1 3422 0.0
> Ahg470571 jgi|Araly1|470571|fgenesh2_kg.1__525__AT1G05670.1
Length=3500
Score = 3422 bits (1853), Expect = 0.0
Identities = 2041/2134 (96%), Gaps = 3/2134 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 321 TCAG-TTTCTCAACTTTAACCGATACGAGACCTTTTCCTGATTATTCACCAAAGAAAGCT 379
|||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1368 TCAGATTTCTCAACTTTAACCGATACTAGACCTTTTCCTGATTATTCACCAAAGAAATCT 1427
Query 380 TCAGTGAGAGACACTGAATTTGTACATCAAATCACTAATGTGATTAAGCTTCGTAGGGCT 439
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 1428 TCAGTGAGAGACACTGAGTTTGTACATCAAATCACCAATGTGATTAAGCTGCGTCGGGCT 1487
Query 440 GAGCCTTTGAGGAGGAGTTTAAAGCCTTATGAATGCAAATTCAAAACTGATCATTTGATT 499
|||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 1488 GAGCCTCTGAGGCGGAGTTTAAAGCCTTATGAATGCAAGTTCAAGACTGATCATTTGATT 1547
Query 500 TGGGTTCTGATGAAGATTAAGTGTGATTACAGGTTGGTTCTTGACTTCTTTGATTGGGCT 559
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1548 TGGGTTCTGATGAAGATTAAGTGTGATTACAGGTTGGTTCTTGATTTCTTTGATTGGGCT 1607
Query 560 CGCTCCCGCAGAGACTCCAACCTTGAATCTCTTTGCATTGTTATTCATTTGGCTGTGGCG 619
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1608 CGCTCCCGCAGAGACTCCAACCTTGAATCCCTTTGCATTGTTATTCATTTGGCTGTGGCG 1667
Query 620 TCTAAGGATCTAAAAGTGGCTCAGTCTCTTATAAGTAGTTTCTGGGAGAGACCAAAGTTG 679
||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1668 TCTAAGGATCTAAAAGTGGCTCAGTCTCTCATTAGCAGTTTTTGGGAGAGACCAAAGTTG 1727
Query 680 AATGTTACTGATTCCTTTGTACAGTTTTTTGATCTTTTAGTATACACTTACAAGGACTGG 739
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1728 AATGTTACTGAATCCTTTGTACAGTTTTTTGATCTTTTAGTATATACTTACAAGGACTGG 1787
Query 740 GGTTCGGATCCTCGTGTATTCGATGTTTTCTTCCAAGTACTTGTTGATTTCGGATTGCTC 799
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||| |||||
Sbjct 1788 GGTTCGGATCCTCGTGTATTCGATGTTTTCTTCCAAGTACTCGTCGAATTCGGAATGCTC 1847
Query 800 CGTGAGGCGAGAAGAGTATTTGAGAAGATGTTGAACTACGGATTGGTTTTGTCTGTTGAT 859
| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1848 CCTGAGGCGAGAAAAGTCTTTGAGAAGATGTTGAATTACGGATTGGTTTTATCTGTTGAT 1907
Query 860 TCTTGCAACGTGTACCTTACCCGTCTTTCTAAAGATTGCTATAAAACTGCAACAGCAATC 919
||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1908 TCTTGCAACGTATACCTTGCCCGTCTTTCGAAAGATTGCAATAAAACTGCAACAGCAATT 1967
Query 920 ATAGTATTCAGGGAGTTTCCGGAAGTGGGTGTTTGCTGGAATGTTGCTTCTTATAACATC 979
||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1968 ATAGTGTTCAGGGAATTTCCGGAAGTGGGTGTTTGTTGGAATGTTGCTTCTTATAACATC 2027
Query 980 GTCATTCATTTTGTTTGTCAACTTGGGAGAATAAAAGAAGCCCACCATCTACTCCTGCTT 1039
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2028 GTTATTCATTTTGTTTGTCAACTTGGGAGGATAAACGAAGCCCACCATCTACTCCTGCTT 2087
Query 1040 ATGGAGTTGAAGGGCTACACACCTGATGTAATCAGTTACAGTACAGTGGTAAATGGATAC 1099
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2088 ATGGAGTTGAAGGGCTACACCCCTGATGTAATCAGTTACAGTACAGTGATAAATGGATAT 2147
Query 1100 TGTAGGTTTGGGGAACTTGACAAGGTTTGGAAGCTCATTGAAGTAATGAAACGGAAAGGG 1159
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||
Sbjct 2148 TGTAGATTTGGGGAACTTGACAAGGTTTGGAAGCTCATTGAAGAAATGAAACAG-AAGGG 2206
Query 1160 -CTGAAGCCGAATTCTTATATTTATGGTAGTATAATTGGTTTGCTCTGCAGAATTTGTAA 1218
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2207 CCTGAAGCCGAATTCTTATACTTATGGTAGTATAATTGGTTTGCTCTGCAGGATTTGTAA 2266
Query 1219 GCTAGCCGAAGCAGAGGAGGCTTTTTCAGAGATGATAAGGCAGGGAATACTTCCTGACAC 1278
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2267 GCTAGCCGAAGCAGAGAAGGCTTTTTCAGAGATGATAGGGCAGGGCATACTTCCTGACAC 2326
Query 1279 TGTAGTATACACAACTCTTATTGATGGTTTTTGCAAGCGAGGGGATATTCGGGCTGCATC 1338
| |||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2327 TATAGTGTACACAACTCTTGTTGATGGTTTCTGCAAGCGAGGGGATATCCGGGCTGCATC 2386
Query 1339 GAAGtttttttATGAGATGCACTCTCGGGATATTACACCAGATGTTTTGACATATACTGC 1398
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2387 GAAGTTTTTTTATGAGATGCACTCTCGGGATATTACACCAGATGTTTTGACATATACTGC 2446
Query 1399 TATTATATCAGGGTTTTGTCAGATTGGCGACATGGTAGAGGCTGGTAAACTATTTCATGA 1458
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2447 TATTATATCAGGGTTTTGTCAGATTGGCGACATGGTGGAGGCTGGTAAACTATTTCATGA 2506
Query 1459 AATGTTTTGCAAGGGTTTAGAGCCGGATAGCGTTACTTTTACTGAACTTATAAATGGATA 1518
|||| |||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2507 AATGCTTTGCAGGGGTTTAGAGCCGGATATCATTACTTTTACTGAACTTATGAATGGATA 2566
Query 1519 TTGCAAAGCAGGGCATATGAAAGATGCTTTTAGGGTCCACAATCACATGATTCAGGCTGG 1578
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2567 CTGCAAAGCAGGGCATATAAAAGATGCTTTTAGGGTCCACAATCACATGATTCAGGCTGG 2626
Query 1579 GTGCTCCCCAAATGTTGTTACATACACCACATTAATTGATGGGCTTTGTAAGGAAGGGGA 1638
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2627 GTGCTCCCCAAATGTTGTTACATACACCACATTAATTGATGGGCTTTGTAAGGAAGGGGA 2686
Query 1639 CTTAGATTCAGCGAATGAACTTCTCCATGAAATGTGGAAAATAGGTCTTCAGCCAAATAT 1698
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2687 CTTAGATTCAGCGAATGAACTTCTCCATGAAATGTGGAAAATAGGTCTTCAGCCAAATAT 2746
Query 1699 TTTTACTTATAATTCCATTGTCAATGGTCTATGTAAGTCGGGTAATATTGAGGAGGCAGT 1758
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2747 TTTTACTTATAATTCCATTGTCAATGGTCTATGTAAGTCGGGTAATATCGAGGAGGCAGT 2806
Query 1759 TAAACTTGTTGGAGAATTTGAAGCTGCGGGGCTTAATGCAGACACTGTAACTTATACAAC 1818
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2807 TAAACTCGTTGGAGAATTTGAAGCTGCGGGACTTAATGCAGACACTGTAACTTATACAAC 2866
Query 1819 CTTAATGGATGCCTACTGTAAATCAGGGGAGATGGATAAGGCTCAAGAGATTTTGAAGGA 1878
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2867 CTTAATGGATGCCTACTGTAAATCAGGGGAGATGGATAAGGCTCAAGAGATTTTGATGGA 2926
Query 1879 GATGCTCGGCAAAGGGCTTCAACCCACTATTGTCACATTCAACGTCCTAATGAATGGCTT 1938
||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 2927 GATGCTCGGGAAAGGGCTTCAACCTACTATTGTCACGTTCAACGTTCTAATGAATGGTTT 2986
Query 1939 TTGTTTGCATGGGATGTTGGAAGATGGTGAGAAGCTATTAAATTGGATGTTGGCAAAGGG 1998
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2987 TTGTTTGCATGGGATGTTGGAAGATGGTGAGAAGCTATTAAATTGGATGTTGGCAAAGGG 3046
Query 1999 TATAGCGCCTAATGCAACCACATTTAATTCTCTCGTGAAGCAATATTGTATTAGAAATAA 2058
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3047 TATAGCGCCTAATGCAACCACATTTAATTCTCTCGTGAAGCAATATTGCATTAGAAATAA 3106
Query 2059 CCTGAAGGCAGCAACTGCAATTTATAAGGACATGTGTTCGCGAGGAGTAGGACCTGATGG 2118
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 3107 CCTGAAGGCAGCAACTGCAATTTATAAAGACATGTGTTCGCGGGGAGTAGAACCTGATGG 3166
Query 2119 TAAGACGTATGAGAATTTAGTTAAAGGCCATTGCAAGGCTAGGAACATGAAGGAAGCATG 2178
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3167 TAAGACGTATGAGAATTTAGTTAAAGGCCATTGCAAAGCTAGGAACATGAAGGAAGCATG 3226
Query 2179 GTTTTTATTCCAAGAAATGAAAGGGAAAGGATTTAGTGTCTCTGTCAGCACATATAGCGT 2238
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3227 GTTTTTATTCCAAGAATTGAAAGGGAAAGGATTTAGTGTCTCTGTCAGCACATACAGCGT 3286
Query 2239 TCTCATTAAAGGTTTTTTGAAAAGGAAGAAATTCTTGGAGGCAAGAGAAGTGTTTGACCA 2298
|||||| |||| || || || |||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 3287 TCTCATCAAAGCATTCTTCAAGAGGAAGAAATTCGTGGAGGCGAGAGAAGTTTTTGACCA 3346
Query 2299 AATGAGAAGAGAAGGATTAGCTGCGGATAAAGAAATTTTTGACTTTTTCAGTGATACAAA 2358
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3347 AATGAGAAGAGATGGATTAGCTGCGGATAAAGAAATTTTTGACTTTTTCAGTGATACAAA 3406
Query 2359 ATACAAGGGCAAGAGGCCAGATACAATTGTAGATCCTATTGATGAAATAATAGAGAATTA 2418
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3407 ATACAAGGGCAAGAGGCCAGATACAATTGTAGATCCTATTGATGAAATAATAGAGAATTG 3466
Query 2419 CCTTGTAGATGAGCAACTAAGGGGAGCCAATTAG 2452
||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3467 CCTTGTAGATGAGCAACTAAGGGAAGCCAATTAG 3500
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 121784233600
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5