BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G05790.1
Length=2184
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg311660 jgi|Araly1|311660|fgenesh1_pm.C_scaffold_1000440 1572 0.0
> Ahg311660 jgi|Araly1|311660|fgenesh1_pm.C_scaffold_1000440
Length=2880
Score = 1572 bits (851), Expect = 0.0
Identities = 936/975 (96%), Gaps = 13/975 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1092 TCATGTACATGGTATGGATACATCTCGCAAACACTATGGACATTCAGGAATAGTGGAAGC 1151
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1821 TCATGTACATGGTATGGATACATCTCGCAAACACTATGGGCATTCAGGAATAGTAGAAGC 1880
Query 1152 TGCAAGAGATCTATTTATGCAAATAGAAGGAGACCCCAAATCTGGAGAGTCAGAATCAAG 1211
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1881 TGCAAGAGATCTATTTATGCAAATAGAAGGAGACCCCAAATTTGGAGAGTCAGGATCAAT 1940
Query 1212 TGGGTTCTTGTCCTCATTGATTGGTGATGGTTGTGAGTGTGATGGCTACAGCATTCGCAT 1271
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1941 TGGGTTCTTGTCCTCATTGATTGGTGATGGGTGTGAGTGTGATGGCTACAGCATTCGCAT 2000
Query 1272 TGTTGGGCATTCTTTAGGAGGTGCTATCGCCTCATTACTGGGAATTAGACTTCGTTGCAG 1331
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2001 TGTTGGGCATTCTTTAGGAGGTGCTATCGCCTCATTACTGGGAATTAGACTTCGTCGCAG 2060
Query 1332 ATTCCCTAACCTATATGTATATGCCTATGGACCTCTCCCATGTGTAGATTCGGATGTGGC 1391
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 2061 ATTCCCTAACCTATATGTATATGCCTATGGACCTCTCCCAAGTGTAGATTCAGATGTGGC 2120
Query 1392 AGAGGCATGTTCAGAATTTGTTACAAGCATTGTACTCGATAACGAATTCTCATCACGACT 1451
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2121 AGATGCATGTTCAGAATTTGTTACAAGCATTGTACTCGATAACGAATTCTCATCACGACT 2180
Query 1452 TTCATATGGATCAATCCGCCGGCTCCAAGTAGCAGCAATCAAAGTACTGTCTCAAGACCC 1511
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2181 TTCATATGGATCAATCCGCCGGCTCCAAGTAGCAGCAATCAAAGTACTGTCTCAAGACCC 2240
Query 1512 AAAAGCTGATACAGCACTCATTTTCAGACTCGCACGCCGGTTCTTGTCTGCAAGCAAACG 1571
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 2241 AAAAGCTGATACAGCACTTATTTTCAGACTCGCACGCCGGTTTTTGTCTGCGAGCAAACG 2300
Query 1572 CCAACGAGAAAATGTTGAAGAAAAAACTTCAGAAGAAGCAAT---AG-A-T----GTTAA 1622
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | | | |||||
Sbjct 2301 CCAACGAGAAAATGTTGAAGAAAGAACTTCAGAAGAAGCAATGCCATCAATAATTGTTAA 2360
Query 1623 CAATTCACCGGAAAGCCAACACGATCAAATATACCCAATATGGGAAGAAGCTGAAGCAGA 1682
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2361 CAATTCACCGGAAAGCCAACAAGATCAAATATACCCAATATGGGAAGAAGCTGAAGCAGA 2420
Query 1683 AATGCAGCAAGAT-AGCGAAGAGTTCATAAACCCATTTCACGGTATGGCCTCAGAGGATA 1741
||||||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2421 AATGCAGCAAGATGA-CGAAGAATTCATAAACCCGTTTCACGGTATGGCCTCAGAGGATA 2479
Query 1742 ATCCCGTGTCTCAGTTTATGGAAACAGGACCAACAAAAGAAGACGATGATGAAGCTCCAG 1801
|||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2480 ATCCCGTGTCTCAGTTTATGGAAACAAGCCCAACAAGAGAAGACGATGATGAAGCTCCCG 2539
Query 1802 AGATGTTCATGCCCGGTTTAGTCATTCATATTGTACCCGAAGGAAACAACATGAGTGTGC 1861
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2540 AGATGTTCATGCCAGGTTTAGTCATTCATATTGTACCAGAAGGAAACAACATGAGTGTGC 2599
Query 1862 CGATATGGCGAGGATGGCCAATCTGTGATGTGACGGATGGTTACAAAGCTTATGTTGCAA 1921
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2600 CGATATGGCGAGGATGGCCAATCTGTGATGTGACTGATGGTTACAAAGCTTATGTTGCAA 2659
Query 1922 ACAGAGAGAGCTTCAAAGAAATTATGGTTTCTCCATCAATGTTCCTTGATCATCTTCCTT 1981
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2660 ACAGAGAGAGCTTCAAAGAAATTGTGGTTTCTCCATCAATGTTCCTTGATCATCTTCCTT 2719
Query 1982 GGAGATGTAGACACGCGCTGCAGAAGGTTCTAGAATCTCGGAATCTCTTCTTCGATCTGA 2041
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2720 GGAGATGTAGACACGCGCTGCAGAAGGTTCTAGAATCTCGGAATCTCTTCTTCGATCTGA 2779
Query 2042 CAAGTGAGA-CTGAT 2055
||||||| | |||||
Sbjct 2780 CAAGTGA-ATCTGAT 2793
Score = 1003 bits (543), Expect = 0.0
Identities = 569/581 (98%), Gaps = 3/581 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 516 GGGTGTTATTGAGGAAGACGAAGTGTGTTCAGTTGCAAGACTCTTAGGTGATCTTGTTTC 575
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1095 GGGTGTTATTGAGGAAGACGAAGTGTGTTCAGTTGCAAGACTATTAGGTGATCTTGTTTC 1154
Query 576 ATATCGTGCATCTGGCACTGGCCATTTGGAATTTTTGGCAGGCCTTGCTCTGCTGCA-AA 634
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1155 ATATCGTGCATCTGGCACTGGCCATTTGGAATTTTTGGCAGGCCTTGCTCTGCTGCAGAA 1214
Query 635 GTAATAGCCAGTTTCCTGAATCATATGAGGACTGTATGGAAGCTCCAGCATTTCATCTTC 694
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1215 -TAATAGCCGGTTTCCTGAATCATATGAGGACTGTATGGAAGCTCCAGCATTTCATCTTC 1273
Query 695 AGGAGGCTGCTATGTTGCATAAATTTGCAGAAGCTGCTTATACTGGGCCGCTGCTTGATG 754
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1274 AGGAGGCTGCTATGTTGCATAAATTTGCAGAAGCTGCTTATACTGGGCCGCTGCTTGATG 1333
Query 755 TTGGGAGAAATCCTGCTTTATTTTTATGCACATGGATTTGTAGACAAGGGATTTTAACAC 814
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1334 TTGGGAGAAATCCTGCCTTATTTTTATGCACATGGATTTGTAGGCAAGGGATTTTAACAC 1393
Query 815 CTTGGAGCCGTAAATGGCGGCCTAAACTTGATGGTGATAATTGGTGGCGAGGTCATGCAG 874
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1394 CTTGGAGCCGTAAATGGCGGCCTAAACTTGATGGTGATAATTGGTGGCGAGGTCATGCAG 1453
Query 875 CTGCCTTCCTTAAGTTCATAAATTTTCCTGCTCATGTTCTTCGACGAGGCCGAATTTGTA 934
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1454 CTGCCTTCCTTAAGTTTATAAATTTTCCTGCTCATGTTCTTCGACGAGGTCGAATTTGTA 1513
Query 935 GGGAGAAGTGTAAAGCAACATACTTTGTTGTAGTCTTACATTATCTTAGATGTGTTGTAA 994
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1514 GGGAGAAGTGTAAAGCAACATACTTTGTTGTAGTCTTACATTATCTTAGATGTGTTGTAA 1573
Query 995 TTGCTGTTCGAGGAACTGAGACGGCTGAAGACCTCATAACTGATGGTTTAGGCCGTGCGT 1054
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1574 TTGCTGTTCGGGGTACTGAGACGGCTGAAGACCTCATAACTGATGGTTTAGGCCGTGCGT 1633
Query 1055 GTTCACTAACTGTTGAGGACTTGGATGGGCTAACAAA-TCA 1094
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 1634 GTTCACTAACTGTTGAGGACTTGGATGGACTAACAAAGTCA 1674
Score = 854 bits (462), Expect = 0.0
Identities = 498/516 (97%), Gaps = 0/516 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTGGATTTCGAGGTTGAAGAGAGTTAGGAGAACGATTATGGTTCTGGGCGTTGCCAAT 60
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 502 ATGTGGATTTCGAGGTTGAAGAGAGTTAGAAGAACGATTATGGTTCTAGGCGTTGCCAAT 561
Query 61 TTCGTCGTGATTGTTTCCGGCTGCGTTCTTACTCTCGTTTCTGACGCAGATTGCGACAGC 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 562 TTCGTCGTGATTGTTTCCGGCTGCGTTCTTACTCTGGTTTCTGACTCAGGTTGCGACAGC 621
Query 121 CCCGGACAACTATTTCCCCTCTTCGCCGTTTGTTTCGCTGCCGGCGTCAAACTCGCCGCC 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 622 GCCGGACAACTATTTCCCCTCTTCGCCGTTTGTTTCGCTGCCGGCGTCAAACTCGCCGCC 681
Query 181 ATGGTTAAGGTCGGTACTACTCAGGAACTCATGGCTATGACCATTATGGATTCTCCTACT 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 682 ATGGTTAAGGTCGGTACTACTCAGGAACTCATGGCTATGACCATTATGGATTCTCCTACT 741
Query 241 CAGAACAACCACCAAAGAAAGTTGAAGTATAAGACCTGGCTTTGGTGGACTCGGTTTGCA 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 742 CAGAACAACCACCAAAGAAAGTTGAAGTATAAGACCTGGCTTTGGTGGACTCGGTTTGCA 801
Query 301 ATGGTGATTACTGTATTGCAATTTATTGGTGCCACTTACCTTTTATTCCGTCTCGCCAAA 360
||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||| | ||||||
Sbjct 802 ATGGTAATTACTGTATTGCAATTTATTGGTGCAACTTACCTTATGTTCCGTGTGGCCAAA 861
Query 361 TATGTTTCCCGTGATGGATTGCCAAGGAATTGCGTTTTAGGGTTATCTCCGGACACTGGT 420
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 862 TATGTTTCCCGTGATGGATTGCCAAGGAATTGCGTTTTAGGGTTATCTCCAGACACTCGT 921
Query 421 GGGTGGAAGCAAACACTTCAGGTTACCTTCTTGATCACTGTTTGCTTTGTTGCGCTGGCA 480
|||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 922 GGGTGGAAGCAAACGCTTCAAGTTATCTTCTTGATCACAGTTTGCTTTGTTGCGCTGGCA 981
Query 481 CAATGCTTTACGGGATCAGATATATTGCAATGGCGG 516
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 982 CAATGCTTTACGGGATCAGATATATTGCAATGGCGG 1017
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 82198748710
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5