BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G05960.2
Length=3685
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg910280 jgi|Araly1|910280|Al_scaffold_0001_534 4084 0.0
> Ahg910280 jgi|Araly1|910280|Al_scaffold_0001_534
Length=4905
Score = 4084 bits (2211), Expect = 0.0
Identities = 2488/2615 (95%), Gaps = 45/2615 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 557 TGCCTCTTTTTTCGTGTAGTTTGCTAAGCATTGTCAGAACTCTTTTGGAGCAAACAAAAG 616
||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 326 TGCCTCTATTTTCGTGTAGTTTACTAAGCATTGTCCGAACTCTTTTGGAGCAAACAAGAG 385
Query 617 AGGAAGAAGTTCAGATCTTGGGTTGCAATACTCTTGTCGACTTTATAAGTTTACAGACTG 676
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 386 AGGAAGAAGTTCAGATCTTGGGTTGCAATACGCTTGTTGACTTTATAAGTTTACAGACTG 445
Query 677 TGAATTCGCACATGTTCAACTTAGAAGGTCTAATCCCTAAACTTTGTCAACTTGCTCAAG 736
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 446 TGAATTCGCACATGTTCAACTTAGAAGGTCTAATCCCTAAACTTTGTCAACTTGCTCAAG 505
Query 737 AAATGGGTGATGATGAAAGATCACTCCAATTACGGTCAGCAGGAATGCAGGCTTTGGCAT 796
||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 506 AAATGGGGGATGATGAAAGATCACTCCGATTACGCTCAGCAGGAATGCAGGCTTTGGCGT 565
Query 797 TCATGGTATCTTTCATTGGTGAGCATTCCCAACTATCAATGGACTTGGATATGATTATTT 856
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 566 TCATGGTATCTTTCATTGGTGAGCATTCCCAACTATCAATGGACTTGGATATGATTATTT 625
Query 857 CTGTGATTCTGGAGAATTATATGGATTTGGAGAAGGGCCAAGAAGATACCAAAGA-AGTT 915
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 626 CTGTGATTCTGGAGAATTATATGGATTTGGAGAAGGGCCAAGAAGATACCAAAGACA-TT 684
Query 916 GATCAAATTTCAGATACGAAGATTCCCAACATGACTAAAAAGGTTTCTTTCAAACCTAAT 975
||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 685 GATCAAAATTCAGAAACGATGATTCCCAACATGACTAAAAAGGTTTCTTTCAAACCTAAT 744
Query 976 CCGGTGACTGACTATAAGTTGGAAAACATGGATATTTCGAAGAGCCCCTCATACTGGTCT 1035
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 745 CCGGTGACCGACTATAAGTTGGAAAACATGGATATTTCGAAGAGCCCCTCATACTGGTCT 804
Query 1036 ATGGTTTGCCTTTGCAATATAGCCAAATTAGCAAAGGAAACTACCACTGTTCGTCGGGTT 1095
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 805 ATGGTTTGCCTTTGCAATATAGCCAAATTAGCAAAGGAAACTACAACTGTTCGTCGGGTT 864
Query 1096 TTGGAACCGCTTCTGACTGCTTTTGACAGTGGAGATTACTGGTCTCCTCAGAAGGGCGTT 1155
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 865 TTGGAACCGCTTCTGACTGCTTTTGACAGTGGAGATTACTGGTCTCCCCAGAAGGGCGTT 924
Query 1156 GCCTCTTCTGTTTTATTGTTTCTGCAGTCTCGTCTGGAAGAATCAGGAGAAAATTGTCAT 1215
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 925 GCCTCTTCTGTTTTATTGTTTCTGCAGTCTCGTCTGGAAGAATCAGGAGAAAATTGTCAT 984
Query 1216 GTGTTGGTATCTTCTTTGATCAAGCACTTGGATCATAAGAATGTAATAAAGCAACAAGGT 1275
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 985 GTGTTGGTATCTTCTTTGATCAAGCACTTGGATCATAAGAATGTTATGAAGCAACAAGGT 1044
Query 1276 CTTCAAATTAACATGGTCAATGTAGCCACATGCCTTGCACTACATGCAAAGCAGCAGGCT 1335
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 1045 CTTCAAGTTAACATGGTCAATGTAGCCACATGCCTTGTGCTACATGCTAAGCAGCAGGCT 1104
Query 1336 TCAGGCGCGATGACTGCTGTAATAGCTGACTTGATTAAGCACTTGCGAAAATGCCTGCAA 1395
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1105 TCAGGCGCGATGACTGCTGTAATAGCTGACTTGATTAAGCACTTGCGAAAATGCCTGCAA 1164
Query 1396 AATGCAGCTGAATCAGATGTGTCTGTTGA-TAAAACAAAGCAGAACTCGGACCTCCAGCA 1454
|||||||||||||||||||||| ||| || | ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1165 AATGCAGCTGAATCAGATGTGTGTGT-GAATGAAACACAGCAGAACTCGGACCTCCAGCA 1223
Query 1455 TGCATTAGAAAATTGCATAGCAGAGCTCTCAAATAAGGTTGGGGATGCAGGGCCCATTCT 1514
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1224 TGCATTAGAAAATTGCATTGCAGAGCTCTCAAATAAGGTTGGGGATGCAGGGCCCATTCT 1283
Query 1515 TGATATGTTCGCAGTGGTTCTTGAGACAATTTCCACTAATGTAGTCCTTTCTAGGACCAC 1574
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1284 TGATATGTTGGCAGTGGTTCTTGAGACAATATCCACTAATGTAGTCCTTTCTAGGACCAC 1343
Query 1575 AGCATCAGCCATTCTCCGAGCTGCACATATAGTATCGGTGGTCCCAAATGTTTCTTACCA 1634
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1344 AGCATCAGCCGTTCTCCGAGCTGCACATATAGTATCGGTGGTCCCAAATGTTTCTTACCA 1403
Query 1635 CAAGAAAGTATTTCCGGATGCCTTGTTTCACCAACTGCTCCTTGCGATGTCCCATGCAGA 1694
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1404 CAAGAAAGTATTTCCGGATGCCTTGTTTCACCAACTGCTCCTTGCAATGTCCCATGCAGA 1463
Query 1695 TTGTACGACTAGAGTCGAGGCACACAATATTTTTTCCGTCGTGCTTCTTGGAACTCTTCG 1754
||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1464 TTGTAAGACTAGAGTCGAGGCACACAATATTTTATCCGTCGTGCTTCTTCGAACTCTTCG 1523
Query 1755 TTTGCCTTGGTCAGATCAACATAAGGAAACCTCAGAAGCTGTTTCTGGGTCATTGTCAGT 1814
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||
Sbjct 1524 TTTGCCTTGGTCAGATCAACATAAGGAAACCTCAGAAGTTGTTCCTGGGACATTGTCAGT 1583
Query 1815 TGATGGAATTTGTACAGTAAG------GA--AC-------CAGGAGGAAGAGAAAGAAAA 1859
||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||
Sbjct 1584 TGATGGAATTTGTACAGTAAGAAACCAGAGTACTAGTTTACAGGAGGAAGAGAAAGAAAA 1643
Query 1860 AGTTGAGAAATCCTTAAACAGTGAACTGTGTAAAGATGTAAACCACATATCTCGTCCAAG 1919
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1644 AGTTGAGAAATCCTTAAACAGTGAACTGCGTAAAGATGTAAACCACATATCTTATCCAAG 1703
Query 1920 TGTATCAGGACAGACCAGTCAACAGCTTAGCTG-TCAGTCCTTGGATAGCTTAAAGGATT 1978
||||||| |||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1704 TGTATCACGACATACCAGTCAACAGCTTAG-TGGTCAGTCCTTGGATAGTTTAAAGGATT 1762
Query 1979 TAGATGATGGTATAAAGTCGTTATGTTCACTCCGACTGAGTAGTCACCAAGTGAATATGC 2038
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1763 TAGATGATGGTATAAAGTCGTTATGTTCACTCCGACTGAGTAGTCACCAAGTGAATATGC 1822
Query 2039 TTCTTTCATCCCTATGGATCCAAGCAACTTCTACCGACAATACCCCTGAAAATTTTGAGG 2098
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1823 TTCTTTCATCCCTATGGATCCAAGCAACTTCTACCGACAATACCCCTGAAAATTTTGAGG 1882
Query 2099 CCATGGCCAGCACATATCAAATCACTTTACTGTTTTCACTAGCAAAGAGATCAAATCACA 2158
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1883 CCATGGCCAGCACATATCAAATCACTTTACTGTTTTCACTAGCAAAGAGATCAAATCACA 1942
Query 2159 TGGCTCTGGTGCAGTGTTTTCAGCTGGCATTCTCTCTTCGAAATCTCTCATTGAATCAAG 2218
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1943 TGGCTCTGGTGCGGTGTTTTCAGCTGGCATTCTCTCTTCGAAATCTCTCATTGAATCAAG 2002
Query 2219 ATG------G--A----G--G-------TATGCAGCACTCTCGTAGAAGATCTATCTTCA 2257
||| | | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2003 ATGATTTCTGGTATAATGTTGAAGGAGGTATGCAGCACTCTCGTAGAAGATCTATCTTCA 2062
Query 2258 CTTTTGCATCATATATGCTCATTTTCGGTGCCAAGATTTCCAATATTCTGGAGCTAGTTC 2317
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2063 CTTTTGCATCATATATGCTCATTTTCGGTGCCAAGATTTCAAATATTCTGGAGCTAGTTC 2122
Query 2318 CAATTATCAAAGAATCTTTAACTGCCCAAATGGTTGATCCTTATCTTGTGCTGGAAGGAG 2377
||||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2123 CAATTGTTAAAGAATCTTTGACAGCCCAAATGGTTGATCCTTATCTTGTGCTGGAAGGAG 2182
Query 2378 ATATCAGACTGCGTGCTGTATGTTCTGGATTTCCACAGGAAGAAACGTATGGATCTGACA 2437
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2183 ATATCAGACTGCGTGCTGTATGTTCTGGATTTCCACAGGAAGAAGCGTATGGATCTGACA 2242
Query 2438 AAGATGATAGTGCTGCTCTCAATTCTTCAGTGATTGTCACAGATGATAGACGCCTGAAGG 2497
||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||
Sbjct 2243 AAGATGATAATGCTGCTCTCAATTCTTCAGTGATTATTGCAGATGATAGACGTCTGAAGG 2302
Query 2498 AAATCGTGATAACTCATTTTACATCGAAATTGCAGACATTATCTGAGGAGGAGCAATTAA 2557
| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 2303 AGATCGTAATTACTCATTTTACATCGAAATTTCAGACATTATCCGAGGAGGAGCAATCAA 2362
Query 2558 ATTTGAGAAAGGAAATTCAGTCAGATTTTTCCCTAGATGATGCACATTCGCTTGGTGGAC 2617
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 2363 ATTTGAGAAAGGAAATTCAGTCAGATTTTTCCCGAGATGATACACATCCGCTTGGTGGAA 2422
Query 2618 AATTATTCACGGATACACCAGGACCTAGTTCTCCTCTTAATCAAACAGAACTTCCAGCTT 2677
|||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2423 AATTGTTTACGGATACACCAGGACCTAGTTCTCCTCTTAATCAAACAGAACTCCCAGCTT 2482
Query 2678 TTGAAGAGGTTGAGCTTTCAGACATAGCGGCATTTGAAGGAATATCCCCAGGGGCCAGTG 2737
| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 2483 TCGAAGAGGTTGAGCTTTCAGACATAGTGGCATTTGAAGGAATTTCCCCAGGGGCTAGTG 2542
Query 2738 GGAGTCAGTCTGGCCACAGAACATCATTGTCCACAAACACTAACCCAGTAGATGTTCTGA 2797
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2543 GAAGTCAGTCTGGGCACAGAACATCATTGTCCACAAACACTAATCCAGTAGATGTTCTGA 2602
Query 2798 GTGTCAATGAGTTGTTAGAATCGGTATCAGAAACTGCTCGGCAAGTTGCAAGTCTCCCTG 2857
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2603 GTGTCAACGAGTTGTTAGAATCGGTATCAGAAACTGCTCGGCAAGTTGCAAGTCTCCCTG 2662
Query 2858 TTTCCTCCATTCCTGTACCTTATGACCAAATGATGAACCAGTGTGAAGCTCTTGTGACGG 2917
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2663 TTTCCTCCGTTCCTGTACCTTATGACCAAATGATGAACCAGTGCGAAGCTCTTGTGACGG 2722
Query 2918 GTAAGCAGCAAAAGATGTCTGTGCTTCGAAGTTTCAAACCCCAAGCAACCAAAGCTATAA 2977
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2723 GTAAGCAGCAAAAGATGTCTGTGCTTCGAAGTTTCAAACCCCAAGCAACCAAAGCTATAA 2782
Query 2978 CCT---CAGAAGACAATGAAAAGGACGAACAATATCTTCTCAAGGAGACAGAAGAAGCTG 3034
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2783 CCTTGTCAGAAGACGATGAAAAGGACGAACAATATCTTCTCAAGGAGACAGAAGAAGCTG 2842
Query 3035 GTGAAGATGATGAGAAGGCAATAATTGTGGCTGATGTTCAACCTCAAGGCCAGCTTGGAT 3094
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||
Sbjct 2843 GTGAAGATGATCAGAAGGCAATAATTGTGGCTGATGTTCAATCTCAAGGGCAGCTCGGAT 2902
Query 3095 TCTTCTCACAAGAAGTTCCACAAAATTCATTTCGG 3129
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2903 TCTTCTCACAAGAAGTTCCACAAAATTCATTTCGG 2937
Score = 564 bits (305), Expect = 2e-159
Identities = 319/326 (98%), Gaps = 0/326 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 169 ATGGGGGTTATGTCCAGACGGGTTTTGCCCGCCTGTGGTAACCTCTGTTTCTTCTGTCCT 228
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGGGGTTATGTCCAGACGGGTTTTGCCCGCCTGTGGTAACCTCTGTTTCTTCTGTCCT 60
Query 229 TCTTTGAGGGCAAGGTCTAGGCATCCCGTTAAACGCTACAAGAAAATGCTCGCTGAAATC 288
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TCTTTGAGGGCAAGGTCTAGGCATCCCGTTAAACGCTACAAGAAAATGCTCGCTGAAATC 120
Query 289 TTCCCTCGTAATCAGGAAGCTGAGCCTAATGATAGAAAAATCGGCAAGCTGTGTGAGTAT 348
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||
Sbjct 121 TTCCCTCGTAATCAGGAAGCTGAGCCCAATGATAGAAAAATTGGCAAGCTTTGCGAGTAT 180
Query 349 GCGTCTAGGAATCCTTTACGAATTCCAAAGATTACAGAGTACCTTGAGCAAAAATGTTAC 408
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GCGTCTAGGAATCCTTTACGAATTCCAAAGATTACAGAGTACCTTGAGCAAAAATGTTAC 240
Query 409 AAAGAATTGCGAAATGGAAATATTGGTTCAGTGAAAGTCGTCTTATGCATTTATAAGAAA 468
|||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AAAGAACTGCGAAATGGAAATATTGGATCAGTTAAAGTCGTCTTATGCATTTATAAGAAA 300
Query 469 CTGCTTTCATCATGTAAGGAGCAGAT 494
||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CTGCTTTCATCATGTAAGGAGCAGAT 326
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 139214602034
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5