BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G06220.2
Length=3543
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg470642 jgi|Araly1|470642|fgenesh2_kg.1__596__AT5G25230.1 5048 0.0
> Ahg470642 jgi|Araly1|470642|fgenesh2_kg.1__596__AT5G25230.1
Length=2964
Score = 5048 bits (2733), Expect = 0.0
Identities = 2881/2955 (97%), Gaps = 0/2955 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 299 AGCTTGTATGATGAGTTTGGTAACTATGTTGGACCTGAGATTGAGTCTGACAGAGATAGT 358
||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 10 AGCTTATATGATGAGTTTGGTAACTATATTGGACCTGAGATTGAGTCTGACAGAGACAGT 69
Query 359 GATGATGAAGTAGAAGATGAAGATCTCCAAGATAAGCATCTTGAAGAAAATGGTTCCGAT 418
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||
Sbjct 70 GATGATGAAATAGAAGATGAAGATCTCCAAGATAAGCAACTTGAAGAAAATGGATCGGAT 129
Query 419 GGCGAACAAGGGCCTGGGGGTTCTAATGGCTGGATTACCACTATCAATGATGTTGAGATG 478
|||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 130 GGCGAACATGGTCCTGGGGGTTCCAATGGCTGGATTACCACTATCAATGATGTTGAGATG 189
Query 479 GAGAACCAAATTGTTCTTCCTGAGGATAAGAAGTACTACCCTACTGCTGAGGAGGTTTAT 538
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 190 GAGAACCAAATTGTTCTTCCTGAGGATAAGAAGTACTACCCTACTGCTGAGGAGGTTTAT 249
Query 539 GGTGAGGATGTTGAGACCTTGGTTATGGATGAAGATGAGCAGCCTCTTGAGCAACCCATT 598
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 250 GGTGAGGGTGTTGAGACCTTGGTTATGGATGAAGATGAGCAGCCTCTTGAGCAACCCATT 309
Query 599 ATCAAACCTGTTAGAGATATTAGATTTGAGGTGGGGGTCAAAGATCAAGCAACGTATGTG 658
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||
Sbjct 310 ATCAAACCTGTTAGAGATATTAGATTTGAGGTGGGGGTCAAGGATCAATCAACCTATGTG 369
Query 659 TCAACACAGTTTCTTATCGGCCTCATGTCTAATCCTGCGCTTGTGAGGAATGTTGCTCTT 718
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 370 TCTACACAGTTTCTTATCGGCCTCATGTCTAATCCCGCGCTTGTGAGGAATGTTGCTCTC 429
Query 719 GTGGGGCATCTACAGCACGGCAAAACTGTCTTCATGGATATGTTGGTAGAGCAGACGCAT 778
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 430 GTGGGGCATCTACAGCACGGCAAAACTGTCTTCATGGATATGTTGGTAGAGCAGACGCAT 489
Query 779 CATATGTCTACTTTTAATGCTAAAAACGAGAAGCATATGAAATATACAGACACACGAGTC 838
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 490 CATATGTCTACTTTTAATACTAAAAACGAGAAGCATATGAAATATACAGACACAAGAGTC 549
Query 839 GATGAGCAGGAGAGAAATATATCAATCAAGGCGGTTCCAATGTCTCTTGTCCTTGAGGAC 898
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 550 GATGAGCAGGAGAGAAATATATCAATCAAGGCGGTTCCAATGTCTCTTGTCCTTGAGGAC 609
Query 899 AGTAGATCCAAATCATACCTGTGCAATATCATGGATACCCCTGGACATGTCAATTTCTCT 958
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 610 AGTAGATCCAAATCATACCTGTGCAATATCATGGATACCCCTGGACACGTCAATTTCTCT 669
Query 959 GACGAAATGACTGCTTCTTTAAGACTTGCTGATGGTGCTGTTCTGATTGTTGATGCTGCT 1018
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 670 GACGAAATGACTGCTTCTTTAAGACTTGCTGATGGTGCTGTTCTGATTGTTGATGCTGCT 729
Query 1019 GAAGGAGTGATGGTTAACACAGAGAGAGCTATACGGCATGCAATCCAGGACCATCTCCCT 1078
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 730 GAAGGAGTGATGGTAAACACAGAGAGAGCTATACGGCATGCAATCCAGGACCGTCTCCCT 789
Query 1079 ATTGTAGTTGTTATCAATAAGGTTGACAGGCTCATAACTGAGCTCAAACTACCTCCAAGG 1138
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 790 ATTGTTGTTGTCATCAATAAGGTTGACAGGCTCATAACTGAGCTCAAACTACCTCCAAGG 849
Query 1139 GATGCTTACTACAAGCTGAGGCATACAATTGAAGTCATTAATAACCACATATCTGCTGCT 1198
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 850 GATGCTTACTACAAGCTGAGGCATACAATTGAAGTCATTAACAACCACATATCTGCTGCT 909
Query 1199 TCAACAACTGCTGGAGACTTACCTCTTATAGACCCTGCAGCTGGAAATGTATGTTTTGCC 1258
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 910 TCAACAACTGCTGGAAACTTACCTCTTATAGACCCTGCAGCTGGAAATGTATGTTTTGCC 969
Query 1259 AGTGGTACAGCCGGATGGTCCTTCACATTACAATCTTTTGCTAAAATGTATGCCAAGCTT 1318
||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 970 AGTGGCACAGCCGGATGGTCGTTCACATTGCAATCTTTTTCTAAAATGTATGCCAAGCTT 1029
Query 1319 CATGGTGTGGCCATGGACGTGGATAAGTTTGCATCTCGACTTTGGGGAGATGTATATTAT 1378
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1030 CATGGGGTGGCCATGGACGTGGATAAGTTTGCATCTCGACTTTGGGGAGATGTTTATTAT 1089
Query 1379 CACTCTGATACTAGGGTATTCAAGAGAAGTCCTCCAGTAGGTGGTGGAGAAAGAGCATTT 1438
||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1090 CACCCTGATACTAGGGTATTCAAGAGAAGTCCTCCTGTAGGTGGTGGAGAAAGAGCATTT 1149
Query 1439 GTTCAGTTTATTCTGGAGCCCCTATACAAGATATACAGCCAAGTGATAGGTGAACATAAG 1498
|||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1150 GTTCAGTTTATTCTGGAGCCTCTGTACAAAATATACAGCCAAGTGATAGGTGAACATAAG 1209
Query 1499 AAGAGTGTAGAGACCACCCTTGCAGAATTAGGAGTGACTCTGAGTAATAGTGCATATAAG 1558
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1210 AAGAGTGTAGAGACAACCCTTGCAGAATTAGGAGTGACTCTGAGTAATAGTGCATATAAG 1269
Query 1559 CTGAACGTCAGACCTCTACTTAGGTTAGCCTGTAGTTCAGTGTTTGGTTCGGCATCAGGG 1618
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1270 CTGAACGTCAGACCTTTACTTAGGTTAGCCTGTAGTTCAGTTTTTGGTTCGGCATCAGGG 1329
Query 1619 TTCACTGATATGTTGGTAAAGCACATTCCTTCACCCAGAGAGGCTGCAGCTAGGAAGGTC 1678
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1330 TTCACTGATATGTTGGTAAAGCACATTCCTTCCCCCCGAGAGGCCGCAGCTAGGAAAGTC 1389
Query 1679 GACCATTCATATACCGGAACCAAAGATTCCCCCATTTATGAATCAATGGTAGAATGTGAT 1738
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1390 GACCATTCATACACTGGAACCAAAGATTCCCCCATTTATGAATCAATGGTAGAATGTGAT 1449
Query 1739 CCATCTGGACCTCTCATGGTTAATGTGACAAAGTTGTACCCCAAATCAGATACTAGTGTT 1798
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1450 CCATCTGGACCTCTCATGGTTAATGTGACAAAGTTGTACCCCAAATCAGATACTAGTGTT 1509
Query 1799 TTTGATGTGTTTGGAAGAGTTTATAGTGGTAGGCTTCAAACAGGGCAAAGCGTACGTGTA 1858
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1510 TTTGATGTGTTTGGAAGAGTTTATAGCGGTAGGCTTCAAACAGGGCAAAGCGTACGTGTA 1569
Query 1859 CTAGGAGAAGGGTATTCACCTGAGGATGAGGAGGACATGACTATAAAAGAAGTGACGAAG 1918
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1570 CTAGGAGAAGGGTATTTACCTGAGGATGAGGAGGACATGACTATAAAAGAAGTGACGAAG 1629
Query 1919 CTATGGATATATCAAGCTAGGTATAGAATACCAGTAAGCAGTGCCCCTCCCGGTTCCTGG 1978
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1630 CTATGGATATATCAAGCTAGGTATAGAATACCAGTAAGCAGTGCCCCTCCTGGTTCCTGG 1689
Query 1979 GTTTTAATTGAAGGTGTCGATGCATCCATCATGAAAACTGCGACTCTGTGTAATGCAAGC 2038
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1690 GTTTTAATTGAAGGTGTCGATGCATCCATCATGAAAACTGCGACTCTGTGTAATGCAAGC 1749
Query 2039 TATGATGAAGATGTCTACATATTCCGGGCTCTCCAATTTAATACCCTCCCAGTAGTCAAG 2098
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1750 TACGATGAAGATGTTTACATATTCCGGGCTCTCCAATTTAATACCCTCCCAGTAGTCAAG 1809
Query 2099 ACTGCAACTGAGCCTTTGAATCCTAGTGAGCTGCCTAAAATGGTGGAAGGGCTTAGGAAA 2158
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1810 ACTGCAACTGAGCCTTTGAATCCTAGTGAGCTGCCTAAAATGGTGGAAGGGCTTAGGAAA 1869
Query 2159 ATTAGCAAAAGCTATCCCCTTGCGATTACCAAAGTTGAGGAGTCTGGGGAACATACTATT 2218
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1870 ATTAGCAAAAGCTATCCCCTTGCGATTACCAAAGTCGAGGAGTCTGGGGAACATACTATT 1929
Query 2219 CTAGGCACAGGTGAGTTGTACTTGGATTCAATCATGAAGGACCTCAGGGAGCTCTATTCA 2278
|||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1930 CTAGGCACTGGTGAGTTGTACTTGGATTCCATCATGAAGGACCTCAGGGAACTCTATTCA 1989
Query 2279 GAGGTCGAAGTAAAGGTTGCAGATCCGGTGGTCTCCTTCTGTGAGACAGTGGTTGAATCT 2338
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1990 GAGGTCGAAGTAAAGGTAGCAGATCCGGTGGTCTCCTTCTGTGAGACAGTAGTTGAATCT 2049
Query 2339 TCGTCGATGAAGTGTTTTGCTGAGACACCAAACAAAAAGAACAAAATAACTATGATTGCA 2398
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2050 TCGTCGATGAAGTGTTTTGCTGAGACACCAAACAAAAAGAACAAAATAACTATGATTGCA 2109
Query 2399 GAGCCATTGGATAGAGGACTTGCAGAGGACATTGAGAATGGCGTTGTAAGCATTGACTGG 2458
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2110 GAGCCATTGGATAGAGGACTTGCAGAGGACATTGAGAATGGCGTTGTAAGCATTGACTGG 2169
Query 2459 AACAGAAAACAACTTGGTGACTTCTTCAGGACGAAATATGACTGGGATTTACTTGCTGCA 2518
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2170 AACAGAAAACAACTTGGTGACTTCTTCAGGACGAAATATGACTGGGATTTACTTGCTGCA 2229
Query 2519 CGTTCCATCTGGGCTTTTGGCCCTGACAAACAGGGGCCAAACATATTATTGGATGACACC 2578
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2230 CGTTCCATCTGGGCTTTTGGCCCTGACAAACAGGGGCCAAATATATTATTGGATGACACG 2289
Query 2579 CTTCCAACTGAGGTGGACAGGAACTTGATGATGGCAGTGAAAGACTCCATTGTTCAAGGG 2638
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2290 CTTCCAACTGAGGTGGACAGGAACTTGATGATGGCAGTGAAAGACTCCATTGTTCAAGGG 2349
Query 2639 TTCCAGTGGGGTGCTCGTGAAGGTCCCCTCTGTGATGAGCCCATCAGAAATGTAAAGTTC 2698
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2350 TTCCAGTGGGGTGCTCGTGAAGGTCCCCTCTGTGATGAGCCCATCAGAAATGTAAAGTTC 2409
Query 2699 AAGATTGTTGATGCACGGATAGCACCAGAGCCATTGCATAGAGGATCTGGTCAGATGATT 2758
||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2410 AAGATTGTTGATGCAAGGATAGCACCAGAGCCGTTGCATAGAGGATCTGGTCAGATGATT 2469
Query 2759 CCAACAGCAAGACGTGTTGCATATTCAGCTTTTCTAATGGCAACTCCAAGGCTAATGGAA 2818
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2470 CCAACAGCAAGACGTGTTGCATATTCAGCCTTTCTTATGGCAACTCCAAGGCTAATGGAA 2529
Query 2819 CCTGTCTACTATGTGGAGATACAAACACCAATCGACTGTGTAACTGCAATCTACACAGTT 2878
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2530 CCTGTCTACTATGTGGAGATACAAACGCCAATCGACTGTGTAACTGCAATCTACACAGTT 2589
Query 2879 TTGTCACGTAGACGTGGGCATGTCACATCTGATGTTCCTCAACCCGGTACTCCAGCTTAT 2938
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2590 TTGTCACGTAGACGTGGGCATGTCACATCTGATGTTCCTCAACCCGGTACTCCGGCTTAT 2649
Query 2939 ATCGTGAAGGCCTTTCTGCCTGTGATAGAGTCCTTTGGGTTTGAGACAGATCTGAGGTAC 2998
|| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2650 ATTGTGAAGGCTTTTCTGCCTGTGATAGAGTCATTTGGGTTTGAGACAGATCTGAGGTAC 2709
Query 2999 CACACTCAGGGACAAGCCTTTTGCCTATCTGTGTTTGATCACTGGGCCATTGTGCCAGGA 3058
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2710 CACACTCAGGGACAAGCCTTTTGCCTATCTGTGTTTGATCACTGGGCCATAGTGCCAGGA 2769
Query 3059 GACCCTCTAGACAAAGCCATCCAGTTGCGCCCACTTGAGCCCGCTCCTATTCAGCATCTA 3118
|||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2770 GACCCTCTAGACAAAGCCATACAATTGCGCCCACTTGAGCCCGCCCCTATTCAGCATCTA 2829
Query 3119 GCTCGGGAATTCATGGTCAAGACCCGCCGTAGAAAGGGAATGAGCGAAGACGTCAGCGGA 3178
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2830 GCTCGTGAATTCATGGTCAAGACCCGCCGTAGAAAGGGAATGAGCGAAGACGTCAGCGGG 2889
Query 3179 AATAAATTCTTTGATGAAGCGATGATGGTAGAGCTTGCCCAGCAAACAGGCGATCTCCAT 3238
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2890 AATAAATTCTTTGATGAAGCGATGATGGTAGAGCTTGCCCAGCAAACAGGCGATCTCCAT 2949
Query 3239 CTGCAGATGATTTGA 3253
|||||||||||||||
Sbjct 2950 CTGCAGATGATTTGA 2964
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 133810426668
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5