BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G06230.1
Length=3194
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg333928 jgi|Araly1|333928|fgenesh1_pg.C_scaffold_1000493 3443 0.0
> Ahg333928 jgi|Araly1|333928|fgenesh1_pg.C_scaffold_1000493
Length=2304
Score = 3443 bits (1864), Expect = 0.0
Identities = 2174/2320 (94%), Gaps = 35/2320 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 432 ATGGCTTCGGAGCCTGTTAACGGAGGAGAAGGTATCGATGGAGCTAGAGAGAAGCAAATC 491
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 1 ATGGCTTCGGAGCCTGTTAACGTAGGAGAAGGTATCGATGGAGCTAGAGATAAGCAAAAC 60
Query 492 ATCAAAGTTTATAAGAGGAAAGGCAAAGGTCAAAGAAAACAGTCATCTTTCTTTGCCCTT 551
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 61 ATTAAAGTTTATAAGAGGAAAGGCAAAGGTCAGAGAAAACAGTCACCTTTCTTTGCCTTT 120
Query 552 GAGGC---------TGCCATCGAGAAACCTGAGGGGCTATTAGAAAACGAGAATGATAAC 602
||||| ||||||||| ||||| ||||||| |||||| ||| | | |
Sbjct 121 GAGGCTAGTGTTGGTGCCATCGATAAACCAGAGGGGCAATTAGATAAC--G-A-G----- 171
Query 603 AATGATGTGAGTCCTGCC-GAAACTCTAGCTCCAGAGTTTGAGGATCCTATAGT-TGTGG 660
||||||||||||||| || ||||| ||||||| ||||| | |||||||||| | |||||
Sbjct 172 AATGATGTGAGTCCT-CCTGAAACCCTAGCTCGAGAGTCGGTGGATCCTATA-TCTGTGG 229
Query 661 TGAAGAATTCTATCGAAGAGGCTGCTCTTGGGACTAATTCTCATGGAGACAAAAACTTAA 720
||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |
Sbjct 230 TGAAGAATTCTGTTGAAGAAGCTGCTCTTGGGACTAACTCTCAGGGAGACAATGTGGCCA 289
Query 721 CTGA-AG-CGCCTTCTGAAAAC-CTGCCTGGTGATGATTCAGACAAAGTCATTGACAAGC 777
|| | || | || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 290 CT-ATAGCCAAAAACT--CAACTGTGCTTGGTGATGATTCAGACAAAGTCATTGACAAGC 346
Query 778 CTCTTGTCGAAGCATTTTCTCAAGCTC-AACCACAGGATGATGCCAGTTTGGCCGCTATG 836
||||| ||||||||||| ||||||| | |||| ||||||||| | ||||||| |||||||
Sbjct 347 CTCTTATCGAAGCATTTCCTCAAGC-CGAACCTCAGGATGATACGAGTTTGGTCGCTATG 405
Query 837 GACAA-GTCTGAAGAAGTACCTTCTCAGATCCCCAAAGCTCAAGATGATGTCAATACAGT 895
|| || ||||| |||||||| ||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 406 GA-AACGTCTGTCGAAGTACCCTCTCAGAGACACAAAGCTCAAGATGATGTGAATACAGT 464
Query 896 GGTTGTTGATGAAAACTCTATCAAGGAACCTCCTAAAAGCCTTGCCCAAGAAGATGTTAC 955
|||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||
Sbjct 465 GGTTGTCGATGAGAACTCTATCAAGGAACCTCCTAAAATCCTTGCCCATGAAGATGATAC 524
Query 956 CACTGTGATTGTTGACAAGAACCCTATCGAAGCACCTTCTCAAACCCTATCCCTGGAAGA 1015
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| |||||||
Sbjct 525 TACTGTGATTGTTGACAAGAACCCTATTGAAGCACCTTCTCAAACTCTGTCCGTGGAAGA 584
Query 1016 TGGTGATACTCTTGTTGTTGACAAGAATCCCATTGAAGTGTCTTCTGAGGAAGATGTCCA 1075
||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 585 TGGCAATACTCTTGTTGTCGACAAGAATCCCATTGAAGTGTCTTCTGAGGAAGATGTCCA 644
Query 1076 CGTGATAGATGCAGATAATCTAATAAAAGAAGCTCATCCTGAAAACTTTGTGGAAAGAGA 1135
|||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 645 CGTGGTAGATGCAGATAATCTTATAAAAGAAGCTCATCCTGAAAACTTTGTGGAAAGAGA 704
Query 1136 TACCACTGATGCCCAACAGCCCGCTGGGCTTACCTCTGATTCTGCTCATGCTACTGCTGC 1195
| |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 705 TGCCACTGATGCCCAACAACCCGCAGGGCTTACTTCTGATTCTGCTCGTGCTACTGCTGC 764
Query 1196 TGGAAGCATGCCAATGGAGGAGGACGCAGATGGACGTATTAGGATACATGTAGCCTCCAC 1255
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 765 TGGAAGCATGCCAATGGAGGAGGACGCAGATGGACGTATTAGGATACATGTAGCTTCCAC 824
Query 1256 AACGAAGCAACAGAAAGAGGAGATCAGGAAGAAGCTTGAAGATCAGCTTAACGTAGTCAG 1315
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 825 AACGAAGCAACAGAAAGAAGAGATCAGGAAGAAGCTTGAAGATCAGCTTAGCGTGGTCAG 884
Query 1316 AGGAATGGTAAAGAAGATAGAGGATAAAGAGGGCGAGATTGGTGCATATAACGATTCTCG 1375
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 885 AGGAATGGTAAAGAAGATAGAGGATAAAGAGGGCGAGATTGGTGCATATAACGATTCTCG 944
Query 1376 TGTTTTGATTAACACTGGTATTAATAATGGAGGAGGGAGGATTCTGTCAGGGTTTGCATC 1435
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 945 TGTTTTGATTAACACTGGTATTAATAATGGAGGAGGAAGGATTCTGTCAGGGTTTGCCTC 1004
Query 1436 AGCTGGACTTCCTCGTGAGGTCATTAGAGCACCAAGGCCTGTAAATCAACTAAGTATATC 1495
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1005 AGCTGGACTTCCTCGTGAGGTCATCAGAGCACCAAGGCCTGTAAATCAACTAAGTATATC 1064
Query 1496 AGTGTTGGAGAATACTCAGGGAGTCAATGAGCATGTGGAAAAGGAGAAAAGAACACCCAA 1555
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1065 AGTGTTGGAGAATACTCAGGGAGTCAATGAGCATGTGGAAAAGGAGAAAAGAACACCCAA 1124
Query 1556 GGCAAATCAGTTTTATAGAAATTCAGAGTTTTTACTTGGTGACAAGTTACCACCTGCAGA 1615
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1125 GGCAAATCAGTTTTATAGAACTTCAGAGTTTTTACTAGGTGACAAGTTACCACCTGCAGA 1184
Query 1616 GAGTAACAAGAAATCAAAATCGAGTTCAAAGAAGCAAGGAGGGGACGTTGGGCATGGTTT 1675
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1185 GAGTAACAAGAAATCAAAATCGAGTTCAAAGAAGCAAGGAGGGGATGTTGGGCATGGTTT 1244
Query 1676 TGGTGCAGGGACTAAAGTTTTCAAGAATTGCAGTGCTCTGCTTGAAAGGCTGATGAAGCA 1735
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1245 TGGTGCAGGGTCTAAAGTTTTCAAGAATTGCAGTGCTCTGCTTGAAAGGCTGATGAAGCA 1304
Query 1736 TAAGCATGGTTGGGTGTTCAATGCTCCAGTAGACGTGAAGGGTCTAGGTTTACTTGATTA 1795
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1305 TAAGCATGGTTGGGTGTTCAATGCTCCAGTAGACGTGAAGGGTCTAGGTTTGCTTGATTA 1364
Query 1796 TTACACCATTATCGAGCACCCTATGGATTTGGGAACTATCAAGTCTGCGTTAATGAAGAA 1855
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1365 TTACACCATTATCGAGCACCCTATGGATTTGGGAACTATCAAGTCTGCGTTAATGAAGAA 1424
Query 1856 TTTGTACAAGTCACCAAGAGAATTTGCAGAGGATGTTAGACTTACTTTCCACAATGCTAT 1915
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1425 TTTGTACAAGTCACCAAGAGAATTTGCAGAGGATGTTAGACTTACTTTCCACAATGCCAT 1484
Query 1916 GACTTACAACCCAGAAGGACAAGATGTCCATCTCATGGCGGTTACGCTATTACAGATCTT 1975
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1485 GACTTACAACCCAGAAGGACAAGATGTCCATCTCATGGCGGTAACACTATTACAGATCTT 1544
Query 1976 TGAGGAAAGATGGGCTGTAATAGAGGCAGATTATAATCGTGAAATGAGATTTGTCACTGG 2035
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1545 TGAGGAAAGATGGGCTGTAATAGAGGCAGATTATAATCGTGAAATGAGATTTGTCACTGG 1604
Query 2036 TTATGAAATGAACCTTCCAACTCCTACAATGAGGTCTAGACTGGGTCCTACAATGCCACC 2095
|||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1605 TTATGAAATGAATCTTCCAACTCATACAATGAGGTCTAGACTGGGTCCTACGATGCCGCC 1664
Query 2096 ACCACCTATCAATGTGAGGAATACGATAGACCGGGCAGACTGGAGTAATCGCCAACCAAC 2155
||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1665 ACCACCTATTAATGTGAGGAATACGATAGACAGAGCAGACTGGAGTAATCGCCAACCGAC 1724
Query 2156 TACAACACCTGGAAGAACACCGACCAGTGCAACACCTTCTGGAAGGACACCTGCTCTGAA 2215
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1725 TACAACACCTGGAAGAACACCGACCAGTGCAACACCTTCTGGAAGGACACCTGCTCTGAA 1784
Query 2216 GAAGCCAAAGGCAAACGAACCAAATAAAAGAGATATGACGTATGAGGAGAAGCAGAAGCT 2275
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1785 GAAGCCGAAGGCAAACGAACCAAATAAAAGAGATATGACGTATGAGGAGAAGCAGAAGCT 1844
Query 2276 TAGTGGCCATTTGCAGAACTTGCCTCCAGATAAACTAGATGCAATTGTACAAATCGTTAA 2335
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1845 TAGTGGCCACTTGCAGAACTTGCCTCCAGATAAACTAGATGCAATTGTACAAATTGTTAA 1904
Query 2336 CAAGAGGAATACTGCGGTGAAGCTACGGGATGAAGAAATTGAAGTTGATATTGATAGTGT 2395
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1905 CAAGAGGAATACTGCTGTGAAGCTACGGGATGAAGAAATTGAAGTCGATATTGATAGTGT 1964
Query 2396 TGATCCAGAGACCCTGTGGGAGTTGGACAGATTTGTAACCAACTATAAAAAGGGCTTGAG 2455
||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1965 TGATCCAGAGACCTTGTGGGAGTTGGACAGATTTGTGACCAACTATAAAAAGGGCTTAAG 2024
Query 2456 CAAGAAAAAGAGAAAAGCTGAGCTAGCTATTCAAGCTAGAGCAGAAGCCGAGAGGAATAG 2515
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2025 CAAGAAAAAGAGAAAAGCTGAGCTAGCTATTCAAGCTAGAGCAGAAGCCGAGAGGAATAG 2084
Query 2516 CCAACAACAGATGGCTCCAGCACCAGCGGCACATGAGTTTTCTAGAGAGGGTGGCAACAC 2575
||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2085 CCAACAACAGATGGCTCCAGCACTAGTGGCGCATGAGTTTTCTAGGGAGGGTGGCAACAC 2144
Query 2576 AGCTAAAAAGACACTACCTACGCCATTACCTTCTCAAGTGGAGAAGCAAAACAATGAGAC 2635
||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2145 AGCTAAAAAGACACTTCCTACACCACTACCTTCTCAAGTGGAGAAGCAAAACAATGAGAC 2204
Query 2636 AAGCAGATCAAGTAGTTCAAGCAGCTCTTCCAGT--T-CCAGCTCGTCTAGTGATTCAGA 2692
|||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 2205 AAGCAGATCAAGTAGTTCAAGCAGCTCTTCCAGTGGTTCCAGCTCTTCTAGTGATTCGGA 2264
Query 2693 CAGCGACAGCTCTTCATCATCTGGATCAGATCAGACCTAG 2732
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2265 CAGCGATAGCTCTTCGTCATCTGGATCAGATCAGACCTAG 2304
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 120669896160
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5