BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G06260.1
Length=1051
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg919340 jgi|Araly1|919340|scaffold_100621.1 1796 0.0
> Ahg919340 jgi|Araly1|919340|scaffold_100621.1
Length=1073
Score = 1796 bits (972), Expect = 0.0
Identities = 1025/1051 (98%), Gaps = 1/1051 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AACTTTTAAACAAACAAAAATGCTGAATGTACTTCGAAATTCTAACCTGACCCTTGCCGT 60
||| || ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3 AAC-TTAAAACAAATAAAAATGCTGAATGTACTTAGAAATTCTAACCTGACCCTTGTCGT 61
Query 61 TTTGATTTGCTTTGTCTTGATAGCTTCAAAGCTATGTTCCGTCGATTCCTCTGTGTATGA 120
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 62 TTTGATATGCTTTGTCTTGATAGCTTCAAAGCTATGTTCCGTCAATTCCTCTGTGTATGA 121
Query 121 CCCACACAAAACCCTGAAGCAGCGGTTCGAGAAGTGGCTTAAAACCCACAGCAAATTATA 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 122 CCCACACAAAACCCTGAAGCAGCGGTTCGAGAAGTGGCTTAAAACCCACAGCAAACTATA 181
Query 181 TGGAGGAAGGGATGAGTGGATGCTACGGTTTGGGATATATCAGTCTAACGTCCAGTTGAT 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 182 TGGAGGAAGGGATGAGTGGATGCTACGGTTTGGGATATACCAGTCTAACGTCCAATTGAT 241
Query 241 TGACTACATCAACTCCCTCCACTTGCCCTTTAAGCTAACGGATAATAGATTTGCAGATAT 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 242 TGACTACATCAACTCCCTCCACTTGCCCTTTAAGCTAACGGATAACAGATTTGCAGACAT 301
Query 301 GACCAATTCTGAGTTTAAGGCCCATTTTCTCGGGTTGAACACGTCTTCCTTGAGGTTACA 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 302 GACCAATTCTGAGTTTAAGGCCCATTTTCTCGGGTTGAACACGTCTTCCTTGAGGTTACA 361
Query 361 CAAGAAGCAGAGACCAGTTTGTGACCCAGCAGGCAATGTCCCGGACGCTGTGGACTGGAG 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 362 CAAGAAGCAGAGACCAGTTTGTGACCCAGCAGGCAATGTCCCGGACGCTGTGGACTGGAG 421
Query 421 GACTCAAGGTGCTGTGACTCCTATCAGAAATCAAGGAAAATGCGGAGGTTGCTGGGCATT 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 422 GACTCAAGGTGCTGTGACTCCTATCAGAAATCAAGGAAAATGCGGAGGTTGCTGGGCATT 481
Query 481 CTCTGCAGTAGCAGCTATTGAAGGCATCAACAAGATTAAAACAGGGAATTTAGTGTCTCT 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 482 CTCTGCAGTAGCAGCTATTGAAGGCATCAACAAGATTAAAACAGGGAATTTAGTGTCTCT 541
Query 541 CTCAGAACAACAACTCATAGATTGTGATGTCGGCACTTACAACAAAGGCTGTAGTGGCGG 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 542 CTCAGAACAACAACTCATAGATTGTGATGTCGGCACTTACAACAAAGGCTGTAGTGGCGG 601
Query 601 ATTAATGGAAACAGCATTTGAATTCATCAAAACCAATGGTGGACTCGCCACGGAGACCGA 660
||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 602 ATTAATGGAAACAGCCTTTGAATTCATCAAAAGCAATGGTGGACTCACCACCGAGACCGA 661
Query 661 CTACCCATACACAGGCATAGAGGGTACCTGCGACCAAGAAAAATCCAAAAATAAGGTAGT 720
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 662 CTACCCATACACAGGCATAGAGGGTACCTGCGATCAAGAAAAAGCCAAAAATAAGGTAGT 721
Query 721 TACGATACAAGGATACCAAAAGGTAGCCCAAAACGAGGCGAGCCTACAAATCGCTGCAGC 780
||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 722 TACGATACAAGGATACCAAAAAGTAGCCCAGAACGAGGCGAGCCTACAAATCGCTGCAGC 781
Query 781 TCAACAGCCAGTATCAGTTGGAATCGATGCTGGTGGGTTTATCTTTCAGCTCTACTCCTC 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 782 TCAACAGCCAGTATCAGTTGGAATCGATGCTGGTGGGTTTATCTTTCAGCTCTACTCTTC 841
Query 841 CGGTGTTTTCACAAATTACTGTGGAACAAATCTCAACCATGGAGTGACTGTTGTTGGATA 900
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 842 TGGTGTTTTCACAAGTTACTGTGGAACAAATCTCAACCATGGAGTGACTGTTGTTGGATA 901
Query 901 TGGAGTAGAAGGCGATCAAAAGTACTGGATCGTAAAGAATTCATGGGGAACTGGCTGGGG 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 902 TGGAGTAGAAGGCGATCAAAAGTACTGGATCGTAAAGAATTCATGGGGAACTGGCTGGGG 961
Query 961 TGAAGAAGGCTACATACGGATGGAGCGTGGTGTAAGTGAAGACACGGGTAAATGTGGTAT 1020
||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 962 TGAAGAAGGCTACATACGGATGGAGCGTGGTATAAGCGAAGACACGGGTAAATGTGGTAT 1021
Query 1021 TGCTATGATGGCAAGCTATCCCTTGCAGTGA 1051
||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1022 TGCTATGCTGGCAAGCTATCCCTTGCAGTGA 1052
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 39114112842
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5