BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G06290.1
Length=2375
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg470649 jgi|Araly1|470649|fgenesh2_kg.1__603__AT1G06290.1 3727 0.0
Ahg919346 jgi|Araly1|919346|scaffold_100627.1 2510 0.0
Ahg925655 jgi|Araly1|925655|scaffold_201216.1 220 3e-56
> Ahg470649 jgi|Araly1|470649|fgenesh2_kg.1__603__AT1G06290.1
Length=2365
Score = 3727 bits (2018), Expect = 0.0
Identities = 2243/2350 (95%), Gaps = 22/2350 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATCTTCCTTAAAACAACCACAACGTCACTTTCTTCCCGGATAATTGAAATCGGTGATCGG 60
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||| |||
Sbjct 1 ATCTTCCTTATAACAACCACAACGTCACTTTCTTCCCGGAAAATTGATATTGGTGAACGG 60
Query 61 AATCCCTAGAAATGTCGGATAATCGTGCACTCCGACGAGCTCATGTTCTCGCCAATCACA 120
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 61 AATCCCTAGAAATGTCGGATAATCGCGCACTCCGGCGAGCTCATGTTCTCGCCAACCACA 120
Query 121 TACTCCAATCAAATCCTCCATCTTCGAACC-CGTCCCTGTCGCGCGAGTTATGTTTGCAG 179
|||||||||||| |||||| || ||||||| | |||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 121 TACTCCAATCAACTCCTCCGTCATCGAACCTC-TCCCTGACGCGCGAGGTATGTTTGCAG 179
Query 180 TACTCTCCACCGGAGCTCAACGAGAGCTATGGATTCGATGTCAAGGAGATGAGAAAATTA 239
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 TACTCCCCACCGGAGCTCAACGAGAGCTATGGATTCGATGTCAAGGAGATGAGAAAATTA 239
Query 240 CTTGACGGACACAACGTGGTGGATCGGGACTGGATTTATGGACTCATGATGCAGAGCAAT 299
|| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 CTCGACGGACACAACCTCGTGGATCGGGACTGGATTTATGGACTCATGATGCAGAGCAAT 299
Query 300 CTGTTTAATCGGAAGGAGAGAGGAGGTAAGATTTTCGTGTCGCCGGATTACAATCAGACG 359
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 300 CTGTTTAATCGCAAGGAGAGAGGAGGTAAGATTTTCGTGTCGCCGGATTATAATCAGACG 359
Query 360 ATGGAGCAGCAGCGTGAGATCACAATGAAACGGATCTGGTACTTGCTTGAGAATGGGGTT 419
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 360 ATGGAGCAGCAGCGTGAGATCACTATGAAGCGGATCTGGTACTTGCTCGAGCATGGGGTT 419
Query 420 TTCAAAGGATGGTTGACGGAGACAGGTCCTGAGGCCGAGCTCAGGAAATTAGCTCTGCTT 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TTCAAAGGATGGTTGACGGAGACAGGTCCTGAGGCCGAGCTCAGGAAATTAGCTCTGCTT 479
Query 480 GAGGTTTGCGGGATTTATGATCACTCCGTCTCCATCAAAGTTGGTGTGCATTTCTTCCTG 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 480 GAGGTTTGCGGGATTTATGATCACTCCGTCTCCATCAAAGTTGGTGTTCATTTCTTCCTG 539
Query 540 TGGGGTAATGCTGTAAAGTTTTTTGGAACAAAGCGTCACCATGAAAAGTGGCTGAAGAAC 599
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TGGGGTAATGCTGTAAAGTTCTTTGGAACAAAGCGTCACCATGAAAAGTGGCTGAAGAAC 599
Query 600 ACCGAAGATTATGTTGTCAAGGGCTGTTTTGCTATGACTGAGCTAGGCCATGGAAGTAAT 659
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 ACCGAAGATTATGTTGTCAAGGGCTGTTTTGCAATGACTGAGCTAGGCCATGGAAGTAAT 659
Query 660 GTACGGGGAATTGAAACAGTGACAACTTATGACCCAAAAACTGAAGAGTTTGTGATAAAT 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 660 GTACGGGGAATTGAAACAGTGACAACTTATGACCCAACAACTGAGGAGTTTGTGATAAAT 719
Query 720 ACTCCTTGTGAATCTGCTCAGAAGTATTGGATTGGTGGGGCAGCTAATCATGCAACCCAC 779
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 720 ACTCCTTGTGAATCTGCTCAGAAGTATTGGATCGGTGGGGCAGCTAATCATGCAACACAC 779
Query 780 ACAATTGTGTTTTCACAGCTTCATATCAACGGAACCAACCAGGGGGTCCATGCCTTTATC 839
|| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 ACCATTGTGTTTTCACAGCTTCAAATTAACGGAACCAACCAGGGGGTCCATGCCTTTATC 839
Query 840 GCCCAAATCAGGGATCAAGATGGCAGCATATGTCCAAATATCCGCATTGCTGACTGTGGA 899
||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 840 GCCCAAATCAGGGATGAAGATGGCAACATATGTCCAAACATCCGCATTGCTGACTGTGGA 899
Query 900 CACAAAATTGGTCTAAATGGTGTTGACAATGGCCGGATCTGGTTTGATAATCTTCGAATT 959
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 CACAAAATTGGTCTAAATGGTGTTGACAATGGCCGGATCTGGTTTGATAATCTTCGAATT 959
Query 960 CCAAGAGAGAATTTGTTGAATGCAGTTGCTGATGTTTCGTCTGATGGGAAGTATGTTAGC 1019
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 CCAAGAGAGAATTTGTTGAACGCAGTTGCTGATGTTTCGTCTGATGGGAAGTATGTTAGC 1019
Query 1020 TCAATTAAAGATCCTGATCAGAGATTTGGAGCATTCATGGCCCCTTTGACTTCTGGCCGA 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 TCAATTAAAGATCCTGATCAGAGATTTGGAGCATTCATGGCCCCTTTGACTTCTGGCCGA 1079
Query 1080 GTCACAATTGCATCAAGTGCAATTTATTCTGCAAAGGTCGGATTATCTATTGCTATAAGG 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1080 GTCACAATTGCATCAAGTGCAATTTATTCTGCAAAGGTCGGATTAGCTATTGCTATAAGG 1139
Query 1140 TACTCATTATCGAGAAGAGCCTTCTCTGTTACAGCTAATGGTCCTGAAGTCCTCCTCCTT 1199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 TACTCATTATCGAGAAGAGCCTTCTCTGTTACAGCTAATGGTCCTGAAGTCCTCCTCCTT 1199
Query 1200 GATTACCCAAGCCATCAAAGGCGACTGCTACCACTCCTAGCAAAGACATATGCTATGAGT 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 GATTACCCAAGCCATCAAAGGCGACTGCTACCACTCCTAGCAAAGACATATGCTATGAGT 1259
Query 1260 TTTGCTGCAAATGAATTGAAGATGATTTACGTGAAGAGAACACCGGAGACCAACAAAGCC 1319
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TTTGCTGCAAATGAATTGAAGATGATTTACGTAAAGAGAACACCGGAGACCAACAAAGCC 1319
Query 1320 ATCCACGTTGTTTCAAGTGGGTTCAAAGCTGTTCTCACCTGGCACAATATGCACACACTT 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 ATCCACGTTGTTTCAAGTGGGTTCAAAGCTGTTCTCACCTGGCACAATATGCACACACTT 1379
Query 1380 CAGGAATGTCGAGAAGCTGTCGGAGGGCAAGGTGTGAAAACAGAAAATCTAGTTGGTCAG 1439
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 CAGGAATGTCGTGAAGCTGTAGGAGGGCAAGGTGTGAAAACAGAAAATCTAGTTGGTCAG 1439
Query 1440 TTGAAAGGTGAATTTGATGTGCAGACTACATTTGAGGGTGACAATAATGTATTGATGCAG 1499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 TTGAAAGGTGAATTTGATGTGCAGACTACATTTGAGGGTGACAATAATGTATTGATGCAG 1499
Query 1500 CAGGTGAGCAAGGCGCTTTTCGCTGAATATGTATCGTGTAAGAAGAGAAACAAACCTTTC 1559
|||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1500 CAGGTGAGCAAGGCCCTTTTTGCTGAATACGTATCGTGTAAGAAGAGAAATAAACCTTTC 1559
Query 1560 AAGGGACTGGGATTGGAGCACATGAACAGTCCACGTCCTGTATTACCGACTCAACTCACA 1619
|| ||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1560 AAAGGATTAGGATTGGAGCACCTGAACAGTCCACGTCCTGTATTGCCGACTCAACTCACA 1619
Query 1620 TCATCAACCCTCAGATGCAGCCAATTCCAGACAAATGTGTTCTGCTTAAGAGAGCGAGAT 1679
|| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 TCGTCTACCCTCAGATGCAGCCAGTTCCAGACAAATGTGTTCTGCTTAAGAGAGCGAGAT 1679
Query 1680 CTTCTGGAGCAATTTACTTCTGAAGTTGCACAGCTTCAAGGGAGAGGAGAAAGTCGAGAA 1739
|||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1680 CTTCTGGAACGATTTACTTCTGAAGTTGCACAGCTTCAAGGTAGAGGAGAAAGTCGAGAG 1739
Query 1740 TTCTCTTTCCTCCTGAGTCATCAACTTGCTGAAGACTTAGGTAAAGCTTTCACAGAGAAA 1799
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 TTCTCTTTCCTCCTGAGTCATCAACTTGCTGAAGACTTAGGTAAAGCTTTCACAGAGAAG 1799
Query 1800 GCAATACTTCAAACCATTTTGGATGCTGAGGCAAAACTACCTACTGGCTCAGTAAAGGAT 1859
|||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1800 GCAATACTGCAAACCATTTTGGATGCTGAAGCCAAACTACCTGCTGGCTCAGTAAAGGAT 1859
Query 1860 GTGTTGGGTCTTGTAAGATCAATGTACGCATTGATCAGCTTGGAAGAAGATCCATCGTTG 1919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1860 GTGTTGGGTCTTGTAAGATCAATGTACGCATTGATCAGCTTGGAAGAAGATCCGTCGTTG 1919
Query 1920 CTGCGATATGGTTACCTATCTCAGGATAATGTTGGAGATGTGAGGAGAGAAGTTTCAAAG 1979
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1920 CTGCGGTATGGTTACCTTTCTCAGGATAATGTTGGAGATGTGAGGAGGGAAGTTTCAAAG 1979
Query 1980 CTCTGTGGAGAGCTTAGACCACACGCGCTTGCACTCGTCACTTCATTCGGCATTCCAGAC 2039
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 CTCTGTGGAGAGCTGAGACCTCACGCGCTTGCACTCGTCACTTCATTCGGCATTCCAGAC 2039
Query 2040 TCCTTCTTGAGTCCAATTGCATTCAACTGGGTCGAAGCCAATGCTTGGTCTTCAGTTTAG 2099
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2040 TCCTTCTTGAGTCCAATTGCATTCAACTGGGTGGAAGCCAACGCTTGGTCTTCAGTTTAG 2099
Query 2100 TTAC---CTGCTAGTAACAATCTCTTCCATAATTCCCATATATCTCTTATAAAAGTTATG 2156
|||| |||||||||| |||||||||||| ||||||| || |||||| ||| ||||||
Sbjct 2100 TTACTTGCTGCTAGTAATAATCTCTTCCATGATTCCCACAT--CTCTTA-AAA-GTTATG 2155
Query 2157 TTTCCACAATATCTACAGAAACTGTTGTAAGCTCGTCATAATAAA--A---GGGTATATA 2211
||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||| |||
Sbjct 2156 TTTTCACGATATCTACAGAAACTGTTGTAAGCTCTTCATAATAAATTAAAAGGGG-TATG 2214
Query 2212 TGATATGTATCCAGGGTTTATTCTTTACTTAAACTGGTCCAAACAAAAATGTTTGGTAAT 2271
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 2215 TGATATGTATCCAGGGTTTATTCTTTACTCAAACTGGTCCAAACAAAAAGGTTTGGTGAT 2274
Query 2272 AATTT-CAAATTCTTATAAT-AATTGTTATTATTATGATTCTTGATTGGT-T-TGAGTTG 2327
|||| ||||||||||||| ||||||| |||| ||||||| |||||| | |||||||
Sbjct 2275 CATTTTCAAATTCTTATAAACAATTGTTGTTAT---GATTCTTAATTGGTATATGAGTTG 2331
Query 2328 TGGATAAAtt 2337
||||||||||
Sbjct 2332 TGGATAAATT 2341
> Ahg919346 jgi|Araly1|919346|scaffold_100627.1
Length=2068
Score = 2510 bits (1359), Expect = 0.0
Identities = 1843/2074 (89%), Gaps = 44/2074 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 70 AAATGTCGG-ATAATCGTGCACTCCGACGAGCTCATGTTCTCGCCAATCACATACTCCAA 128
||||||||| || |||||| |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 19 AAATGTCGGAAT-ATCGTGGACTCCGGCGAGCCCACATTCTCGCCAATCACATACTCCGA 77
Query 129 TCAAATCCTCCATCTTCGAACC-CGTCCCTGTCG-CGCG-AGTTATGTTTGCAGTACTCT 185
||| |||||| || ||||||| | ||||| || || | || |||||||||||||||||
Sbjct 78 TCACCTCCTCCGTCCTCGAACCTC-TCCCTCACGCCG-GAAG-TATGTTTGCAGTACTCT 134
Query 186 CCACCGGAGCTCAACGAGAGCTATGGATTCGATGTCAAGGAGATGAGAAAATTACTTGAC 245
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 135 CCGCCGGAGCTCAACGAGAGCTATGGATTCGATGTCAAGGAGATGAGGAAATTACTCGAC 194
Query 246 GGACACAACGTGGTGGATC-GGGACTGGATTTATGGACTCATGATGCAGAGCAATCTGTT 304
||||||||| ||| ||| | | |||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 195 GGACACAACTTGGAGGA-CAGAGACTGGTTTTATGGGCTCATGATGCAGAGTAATCTGTT 253
Query 305 TAATCGGAAGGAGAGAGGAGGTAAGATTTTCGTGTCGCCGGATTACAATCAGACGATGGA 364
||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 254 TAACCGGAAAGAGAGAGGAGGTAAGGTTTTCGTCTCGCCGGATTACAATCAGACGATGGA 313
Query 365 GCAGCAGCGTGAGATCA-CAATGAAACGGATCTGGTACTTGCTTGAGAATGGGGT-TTTC 422
||| ||||| | || | | ||||| ||||||| ||||||||| || |||||||| ||||
Sbjct 314 GCAACAGCGCCATATTAGC-ATGAAGCGGATCTTGTACTTGCTCGAAAATGGGGTCTTTC 372
Query 423 AAAGGATGGTTGACGGAGACAGGTCCTGAGGCCGAGCTCAGGAAATTAGCTCTGCT-TGA 481
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || || ||||| || ||
Sbjct 373 -AAGGATGGTTGACGGAGACAGGTCCTGAGGCTGAGCTCAACAAGTTTGCTCT-CTACGA 430
Query 482 GGTTTGCGGGATTTATGATCACTC-CGTCTCCATCAAAGTTGGTGTGCATTTCTTCCTGT 540
|||||||||||||||||| |||| | |||| |||| | ||||| |||||||| |||
Sbjct 431 AGTTTGCGGGATTTATGATTACTCTC-TCTCTGCCAAACTCGGTGTTCATTTCTTGTTGT 489
Query 541 GGGGTAATGCTGTAAAGTTTTTTGGAACAAAGCGTCACCATGAAAAGTGGCTG-AAGAAC 599
||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 490 GGGGTAATGCTGTTAAGTTCTTTGGGACAGAGCGTCACCATGAAAAGTGGCTGAAAG-AC 548
Query 600 ACCGAAGATTATGTTGTCAAGGGCTGTTTTGCTATGACTGAGCTAGGCCATGGAAGTAAT 659
|||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 549 ACCGAAGATTATCTTGTCAAGGGCTGCTTTGCTATGACTGAGCTAGGCCATGGAACCAAT 608
Query 660 GTACGGGGAATTGAAACAGTGACAACTTATGACCCAAAAACTGAAGAGTTTGTGATAAAT 719
|| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 609 GTTCGGGGAATTGAAACAGTGACTACTTATGACACAAGAACTGAAGAGTTTGTGATAAAT 668
Query 720 ACTCCTTGTGAATCTGCTCAGAAGTATTGGATTGGTGGGGCAGCTAATCATGCAACCCAC 779
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||| |||
Sbjct 669 ACTCCTTGTGAATCTGCTCAGAAGTATTGGATCGGTGAGGCAGCTAACCATGCAAACCAT 728
Query 780 ACAATTGTGTTTTCACAGCTTCA-TATCAACGGAACCAACCAGGGGGTCCATGCCTTTAT 838
|||||||| ||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 729 GCAATTGTGATTTCACAGCTT-AGTATAAACGGAACCAACCAGGGGGTTCATGTCTTTAT 787
Query 839 CGCCCAAATCAGGGATCAAGATGGCAGCATATGTCCAAATATCCGCATTGCTGACTGTGG 898
|| |||||||| ||||||||||| | ||||||||| || ||||||| || ||||||||
Sbjct 788 TGCTCAAATCAGAGATCAAGATGGTAACATATGTCCTAACGTCCGCATAGCCGACTGTGG 847
Query 899 ACACAAAATTGGTCTAAATGGTGTTGACAATGGCCGGATCTGGTTTGATAATCTTCGAAT 958
||||||||||||| | |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||
Sbjct 848 ACACAAAATTGGTTTGAATGGTGTTGACAATGGCCGAATATGGTTTGACAATCTTCGAAT 907
Query 959 TCCAAGAGAGAATTTGTTGAA-TGCAGTTGCTGATGTTTCGTCTGATGGGAAGTATGTTA 1017
||| ||||||||||| ||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 908 TCCTAGAGAGAATTTATTGAACT-CAGTTGCTGATGTTTTATCTGATGGGAAGTATGTTA 966
Query 1018 GCTCAATTAAAGATCCTGATCAGAGATTTGGAGCATTCATGGCCCCTTTGACTTCTGGCC 1077
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || || |
Sbjct 967 GCTCAATTAAAGATCCTGATCAGAGATTTGGAGCATTCTTGGCCCCTTTGACCTCAGGGC 1026
Query 1078 GAGTCACAATTGCATCAAGTGCAATTTATTCTGCAAAGGTCGGATTATCTATTGCTATAA 1137
| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||
Sbjct 1027 GTGTCACAATTGCTTCAAGTGCAATTTATTCTGCAAAGCTCGGATTAGCTGTTGCTATAA 1086
Query 1138 GGTACTCATTATCGAGAAGAGCCTTCTCTGTTACAGCTAATGGTCCTGAAGTCCTCCTCC 1197
| |||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| ||| |||||||| | ||||| |
Sbjct 1087 GATACTCACTATCGAGAAGAGCCTTCTCGGTTGCAGCCAATAGTCCTGAAATTCTCCTTC 1146
Query 1198 TTGATTACCCAAGCCATCAAAGGCGACTGCTACCACTCCTAGCAAAGACATATGCTATGA 1257
||||||| |||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1147 TTGATTATCCAAGCCATCAAAGACGACTTTTACCGCTCCTAGCAAAGACATATGCTATGA 1206
Query 1258 GTTTTGCTGCAAATGAATTGAAGATGATTTACGTGAAGAGAACACCGGAGACCAACAAAG 1317
|| |||||| |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||| | |||||||
Sbjct 1207 GTCTTGCTGTAAATGACTTGAAGATGATTTATGTGAAGAGGACACCTGAGTCTAACAAAG 1266
Query 1318 CCATCCACGTTGTTTCAAGTGGGTTCAAAGCTGTTCTCACCTGGCACAATATGC-ACACA 1376
||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||
Sbjct 1267 CCATCCATGTCGTTTCAAGTGGGTTCAAAGCTGTTCTCACTTGGCACAATATGCGA-ACA 1325
Query 1377 CTTCAGGAATGTCGAGAAGCTGTCGGAGGGCAAGGTGTGAAAACAGAAAATCTAGTTGGT 1436
|||||||||||||| |||||||| || ||||||||| ||||||||||||| | |||||||
Sbjct 1326 CTTCAGGAATGTCGTGAAGCTGTTGGTGGGCAAGGTTTGAAAACAGAAAACCGAGTTGGT 1385
Query 1437 CAGT-TGAAAGGTGAATTTGATGTGCAGACTACATTTGAGGGTGACAATAATGTA-TTGA 1494
|| | | ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 1386 CA-TCTAAAAGGCGAATATGATGTGCAGACTACATTTGAGGGTGACAATAATGTACTT-A 1443
Query 1495 TGCAGCAGGTGAGCAAGGCGCTTTTCGCTGAATATGTATCGTGTAAGAAGAGAAACAAAC 1554
|||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1444 TGCAGCTGGTGAGCAAGGCACTTTTTGCTGAATATGTATCGTGTAAGAAGAGAAATAAAC 1503
Query 1555 CTTTCAAGGGACTGGGATTGGAGCACATGAACAGTCCACGTCCTGTATTACCGACTCAAC 1614
||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1504 CTTTCAAAGGATTAGGATTGGAGCACATGAACAGTCCACGTCCTGTATTGCCGACTCAAC 1563
Query 1615 TCACATCATCAACCCTCAGATGCAGCCAATTCCAG-ACAAATGTGTTCTGCTTAAGAGAG 1673
|||||||||| ||||||||||||||||| |||||| | ||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1564 TCACATCATCTACCCTCAGATGCAGCCAGTTCCAGGA-AAATGTGTTTTGCTTAAGAGAG 1622
Query 1674 CGAGATCTTCTGGAGCAATTTACTTCTGAAGTTGCACAGCTTCAAGGGAGAGGAGAAAGT 1733
|||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1623 CGAGATCTTCTGGAACGGTTTACTTCTGAAGTTGCAGAGCTTCAAGGGAGAGGAGAAAG- 1681
Query 1734 C-GAGAATTCTCTTTCCTCCTGAGTCATCAACTTGCTGAAGACTTAGGTAAAGCTTTCAC 1792
| |||| ||||| |||| ||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1682 CAGAGAGTTCTCCATCCTTTTGAATCATCAACTTTCTGAAGACTTAAGTAAAGCTTTCAC 1741
Query 1793 AGAGAAAGCAATACTTCAAACCATTTTGGATGCTGAGGCAAAACTACCTACTGGCTCAGT 1852
||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| | ||| ||||||||||
Sbjct 1742 AGAAAAAGCAATACTGCAAACCGTTTTGGATGCTGAGGCCAAATTGCCTCCTGGCTCAGT 1801
Query 1853 AAAGGATGTGTTGGGTCTTGTAAGATCAATGTACGCATTGATCAGCTTGGAAGAAGATCC 1912
||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1802 TAAGGAAGTGTTGGGTCTTGTAAGATCAATGTATGCATTGATCAGCTTGGAAGAAGATCC 1861
Query 1913 ATCGTTGCTGCGATATGGTTACCTATCTCA-GG-ATAATGTTGGAGATGTGAGGAGAGAA 1970
||| |||| |||||||| |||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1862 ATCACTGCTAAGATATGGTCACCT--CTCAAGGGATAATGTTGGAGATGTGAGGAGAGAA 1919
Query 1971 GTTTCAAAGCTCTGTGGAGAGCTTAGACCACACGCGCTTGCACTCGTCACTTCATTCGGC 2030
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 1920 GTAGGTAAGCTCTGTGGAGAGCTTAGACCTCACGCGCTTGCACTTGTGGCTTCATTCGGG 1979
Query 2031 ATTCCAGACTCC-TTCTTGAGTCCAATTGCATTCAACTGGGTCGAAGCCAATGCTTGGTC 2089
|||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||
Sbjct 1980 ATTCCAGA-TGCGTTCTTGAGTCCAATTGCATTCAACTGGGTCAAAGCTAACGCTTGGTC 2038
Query 2090 TTCAGTTTAGTTACCTGCTAGTAACAATCTCTTC 2123
|||| ||||||||| | ||||| |||||||||
Sbjct 2039 TTCACTTTAGTTAC-T---AGTAATAATCTCTTC 2068
> Ahg925655 jgi|Araly1|925655|scaffold_201216.1
Length=347
Score = 220 bits (119), Expect = 3e-56
Identities = 159/178 (89%), Gaps = 4/178 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 180 TACTCTCCACCGGAGCTCAACGAGAGCTATGGATTCGATGTCAAGGAGATGAGAAAATTA 239
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 36 TACTCTCCGCCGGAGCTCAACGAGAGCTATGGATTCGATGTCAAGGAGATGAGGAAATTA 95
Query 240 CTTGAC-GGACACAACGTGGTGGATCGG-GACTGGATTTATGGACTCATGATGCAGAGCA 297
|| ||| || |||||| ||| ||| | |||||| ||| ||| |||||||||| |||||
Sbjct 96 CTCGACAGG-CACAACTTGGAGGA-CATAGACTGGCTTTCTGGGCTCATGATGCTGAGCA 153
Query 298 ATCTGTTTAATCGGAAGGAGAGAGGAGGTAAGATTTTCGTGTCGCCGGATTACAATCA 355
|| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 154 ATTTGTTTAACCGGAAAGAGAGAGGAGGTAAGATTTTCGTCTCGCCGGATTACAATCA 211
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 89473985505
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5