BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G06310.1
Length=2070
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg919346 jgi|Araly1|919346|scaffold_100627.1 3186 0.0
Ahg470649 jgi|Araly1|470649|fgenesh2_kg.1__603__AT1G06290.1 2591 0.0
Ahg925655 jgi|Araly1|925655|scaffold_201216.1 259 5e-68
> Ahg919346 jgi|Araly1|919346|scaffold_100627.1
Length=2068
Score = 3186 bits (1725), Expect = 0.0
Identities = 1948/2057 (95%), Gaps = 10/2057 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 10 AAATGTCCGAAAAT-GTTGAACTCCGGCGAGCCCATATTCTCGCTAATCACATACTCCGT 68
||||||| ||| || | || ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 19 AAATGTCGGAATATCG-TGGACTCCGGCGAGCCCACATTCTCGCCAATCACATACTCCGA 77
Query 69 TCACCTCGGCCTTCTTCAAACCCCTCCCTCACGCCGGAAGTATGTTTTCAGTACTCTCCA 128
||||||| || || || |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 78 TCACCTCCTCCGTCCTCGAACCTCTCCCTCACGCCGGAAGTATGTTTGCAGTACTCTCCG 137
Query 129 CCGGAGCTCAACGAGAGCTATGGATTCGAAGTCAAGGAGATGAGAAAACTACTCGACGGA 188
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 138 CCGGAGCTCAACGAGAGCTATGGATTCGATGTCAAGGAGATGAGGAAATTACTCGACGGA 197
Query 189 CACAACTTAGAGGAAAGAGACTGGCTTTATGGGCTCATGATGCAGAGCAATCTGTTTAAC 248
|||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 198 CACAACTTGGAGGACAGAGACTGGTTTTATGGGCTCATGATGCAGAGTAATCTGTTTAAC 257
Query 249 CCGAAACAGAGAGGAGGTCAGATTTTCGTCTCGCCCGATTACAATCAAACAATGGAGCAA 308
| |||| ||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||
Sbjct 258 CGGAAAGAGAGAGGAGGTAAGGTTTTCGTCTCGCCGGATTACAATCAGACGATGGAGCAA 317
Query 309 CAGCGCCAGATCAGTATGAAGCGGATCTTTTACTTGCTCGAAAAAGGGGTCTTTCAAGGA 368
|||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 318 CAGCGCCATATTAGCATGAAGCGGATCTTGTACTTGCTCGAAAATGGGGTCTTTCAAGGA 377
Query 369 TGGCTAACGGAGACAGGTCCTGAAGCTGAGCTCAAGAAGTTTGCTCTCTACGAAGTTTGC 428
||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 378 TGGTTGACGGAGACAGGTCCTGAGGCTGAGCTCAACAAGTTTGCTCTCTACGAAGTTTGC 437
Query 429 GGGATTTATGATTACTCCCTCTCCGCCAAACTCGGTGTTCACTTCTTGTTGTGGGGTAAT 488
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 438 GGGATTTATGATTACTCTCTCTCTGCCAAACTCGGTGTTCATTTCTTGTTGTGGGGTAAT 497
Query 489 GCTGTTAAGTTCTTTGGGACAAAGCGTCACCATGAAAAGTGGCTGAAAGACACTGAAGAT 548
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 498 GCTGTTAAGTTCTTTGGGACAGAGCGTCACCATGAAAAGTGGCTGAAAGACACCGAAGAT 557
Query 549 TATGTTGTCAAGGGCTGCTTTGCAATGACTGAGCTAGGCCATGGAACTAATGTACGGGGA 608
||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 558 TATCTTGTCAAGGGCTGCTTTGCTATGACTGAGCTAGGCCATGGAACCAATGTTCGGGGA 617
Query 609 ATTGAAACAGTGACTACTTATGACCCAACAACTGAAGAGTTTGTGATAAATACTCCTTGT 668
|||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 618 ATTGAAACAGTGACTACTTATGACACAAGAACTGAAGAGTTTGTGATAAATACTCCTTGT 677
Query 669 GAATCTGCTCAGAAGTATTGGATCGGTGAGGCAGCTAACCATGCAAACCATGCAATTGTG 728
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 678 GAATCTGCTCAGAAGTATTGGATCGGTGAGGCAGCTAACCATGCAAACCATGCAATTGTG 737
Query 729 ATTTCTCAGCTTAGTATGAATGGGACCAACCAGGGGATTCATGTCTTTATTGCTCAAATC 788
||||| ||||||||||| || || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 738 ATTTCACAGCTTAGTATAAACGGAACCAACCAGGGGGTTCATGTCTTTATTGCTCAAATC 797
Query 789 AGAGATCATGATGGCAACACATGTCCTAACGTCCGCATAGCTGACTGTGGACACAAAATT 848
|||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 798 AGAGATCAAGATGGTAACATATGTCCTAACGTCCGCATAGCCGACTGTGGACACAAAATT 857
Query 849 GGTTTGAATGGTGTTGACAATGGCCGTATATGGTTTGACAATCTTCGAATTCCAAGAGAG 908
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 858 GGTTTGAATGGTGTTGACAATGGCCGAATATGGTTTGACAATCTTCGAATTCCTAGAGAG 917
Query 909 AATTTATTGAACTCAGTTGCTGATGTTTTAGCTGATGGGAAGTATGTTAGCTCAATTAAA 968
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 918 AATTTATTGAACTCAGTTGCTGATGTTTTATCTGATGGGAAGTATGTTAGCTCAATTAAA 977
Query 969 GATCCTGATCAGAGATTTGGAGCATTCTTGGCCCCTTTGACATCTGGTCGTGTCACAATT 1028
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||
Sbjct 978 GATCCTGATCAGAGATTTGGAGCATTCTTGGCCCCTTTGACCTCAGGGCGTGTCACAATT 1037
Query 1029 GCTTCAAGTGCAATTTATTCTGCAAAGCTCGGATTAGCTGTTGCTATTAGATACTCACTA 1088
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1038 GCTTCAAGTGCAATTTATTCTGCAAAGCTCGGATTAGCTGTTGCTATAAGATACTCACTA 1097
Query 1089 TCGAGAAGAGCCTTCTCAGTTGCAGCCAATGGTCCTGAAGTTCTCCTTCTTGATTATCCA 1148
||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1098 TCGAGAAGAGCCTTCTCGGTTGCAGCCAATAGTCCTGAAATTCTCCTTCTTGATTATCCA 1157
Query 1149 AGCCATCAAAGACGACTTTTACCACTCCTAGCAAAGACATATGCTATGAGTTTTGCTGTA 1208
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1158 AGCCATCAAAGACGACTTTTACCGCTCCTAGCAAAGACATATGCTATGAGTCTTGCTGTA 1217
Query 1209 AATGACTTGAAGATGATTTACGTGAAGAGGACACCTGAGACCAACAAAGCCATCCATGTC 1268
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 1218 AATGACTTGAAGATGATTTATGTGAAGAGGACACCTGAGTCTAACAAAGCCATCCATGTC 1277
Query 1269 GTTTCAAGTGGATTCAAAGCTGTTCTCACTTGGCACAATATGCGAACGCTTCAGGAATGT 1328
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1278 GTTTCAAGTGGGTTCAAAGCTGTTCTCACTTGGCACAATATGCGAACACTTCAGGAATGT 1337
Query 1329 CGTGAAGCTGTTGGAGGCCAAGGTTTGAAAACAGAAAACCGAGTAGGTCATTTAAAAGGA 1388
|||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 1338 CGTGAAGCTGTTGGTGGGCAAGGTTTGAAAACAGAAAACCGAGTTGGTCATCTAAAAGGC 1397
Query 1389 GAATATGATGTGCAGACTACATTTGAGGGTGACAATAATGTACTCATGCAGCTGGTGAGC 1448
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1398 GAATATGATGTGCAGACTACATTTGAGGGTGACAATAATGTACTTATGCAGCTGGTGAGC 1457
Query 1449 AAGGCACTTTTTGCTGAATATGTATCGTGTAAGAAGAGAAATAAACCTTTCAAAGGATTG 1508
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1458 AAGGCACTTTTTGCTGAATATGTATCGTGTAAGAAGAGAAATAAACCTTTCAAAGGATTA 1517
Query 1509 GGATTGGAGCACATGAACAGTCCACGTCCTGTATTGCCGACTCAACTCACATCATCTACA 1568
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1518 GGATTGGAGCACATGAACAGTCCACGTCCTGTATTGCCGACTCAACTCACATCATCTACC 1577
Query 1569 CTAAGATGCAGCCAGTTCCA-GAAAAGTGTGTTTTGCTTAAGAGAGCGAGATCTTCTAGA 1627
|| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1578 CTCAGATGCAGCCAGTTCCAGGAAAA-TGTGTTTTGCTTAAGAGAGCGAGATCTTCTGGA 1636
Query 1628 ACGGTTTACTTCTGAAGTTGCAGAGCTTCAAGGGAGAGGAGAAAGCAGAGAGTTCT-TAT 1686
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1637 ACGGTTTACTTCTGAAGTTGCAGAGCTTCAAGGGAGAGGAGAAAGCAGAGAGTTCTCCA- 1695
Query 1687 TCCTTTTGAATCATCAACTTTCTGAAGACTTAAGTAAAGCTTTCACAGAAAAAGCAATAC 1746
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1696 TCCTTTTGAATCATCAACTTTCTGAAGACTTAAGTAAAGCTTTCACAGAAAAAGCAATAC 1755
Query 1747 TGCAAACCGTTTTGGATGCTGAGGCCAAATTGCCTCCTGGCTCAGTTAAGGATGTGTTGG 1806
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1756 TGCAAACCGTTTTGGATGCTGAGGCCAAATTGCCTCCTGGCTCAGTTAAGGAAGTGTTGG 1815
Query 1807 GTCTTGTAAGATCAATGTACGCATTGATCAGCTTGGAAGAAGATCCATCGCTGCTAAGAT 1866
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1816 GTCTTGTAAGATCAATGTATGCATTGATCAGCTTGGAAGAAGATCCATCACTGCTAAGAT 1875
Query 1867 ATGGTCACCTCTCAAGGGATAATGTTGGAGATGTGAGGAAAGAAGTTTCAAAGCTCTGTG 1926
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 1876 ATGGTCACCTCTCAAGGGATAATGTTGGAGATGTGAGGAGAGAAGTAGGTAAGCTCTGTG 1935
Query 1927 GAGAGCTTAGACCTCACGCACTTGCACTCGTGGCTTCATTCGGGATTCCAGACGCCTTCT 1986
||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 1936 GAGAGCTTAGACCTCACGCGCTTGCACTTGTGGCTTCATTCGGGATTCCAGATGCGTTCT 1995
Query 1987 TGAGTCCAATTGCATTCAACTGGGTCGAAGCCAACGCTTGGTCTTCACTTTAGTTACTTG 2046
|||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1996 TGAGTCCAATTGCATTCAACTGGGTCAAAGCTAACGCTTGGTCTTCACTTTAGTTACT-- 2053
Query 2047 CTAGTAATAATCTCTTC 2063
|||||||||||||||
Sbjct 2054 --AGTAATAATCTCTTC 2068
> Ahg470649 jgi|Araly1|470649|fgenesh2_kg.1__603__AT1G06290.1
Length=2365
Score = 2591 bits (1403), Expect = 0.0
Identities = 1862/2083 (89%), Gaps = 33/2083 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AATCCCTAGAAATGTCCGAAAAT-GTTGAACTCCGGCGAGCCCATATTCTCGCTAATCAC 59
|||||||||||||||| || ||| | | |||||||||||| ||| ||||||| || |||
Sbjct 61 AATCCCTAGAAATGTCGGATAATCG-CGCACTCCGGCGAGCTCATGTTCTCGCCAACCAC 119
Query 60 ATACTCCGTTCACCTCGGCCTTCTTCAAACCCCTCCCTCACGCCG-GAAGTATGTTTTCA 118
||||||| ||| ||| || || || |||| |||||| ||| || || |||||||| ||
Sbjct 120 ATACTCCAATCAACTCCTCCGTCATCGAACCTCTCCCTGACG-CGCGAGGTATGTTTGCA 178
Query 119 GTACTCTCCACCGGAGCTCAACGAGAGCTATGGATTCGAAGTCAAGGAGATGAGAAAACT 178
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 179 GTACTCCCCACCGGAGCTCAACGAGAGCTATGGATTCGATGTCAAGGAGATGAGAAAATT 238
Query 179 ACTCGACGGACACAACTTAGAGGAAAGAGACTGGCTTTATGGGCTCATGATGCAGAGCAA 238
|||||||||||||||| | | ||| | |||||| ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 239 ACTCGACGGACACAACCTCGTGGATCGGGACTGGATTTATGGACTCATGATGCAGAGCAA 298
Query 239 TCTGTTTAACCCG-AAACAGAGAGGAGGTCAGATTTTCGTCTCGCCCGATTACAATCAAA 297
||||||||| || || ||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| ||||| |
Sbjct 299 TCTGTTTAA-TCGCAAGGAGAGAGGAGGTAAGATTTTCGTGTCGCCGGATTATAATCAGA 357
Query 298 CAATGGAGCAACAGCGCCAGATCAGTATGAAGCGGATCTTTTACTTGCTCGAAAAAGGGG 357
| |||||||| ||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||| | ||||
Sbjct 358 CGATGGAGCAGCAGCGTGAGATCACTATGAAGCGGATCTGGTACTTGCTCGAGCATGGGG 417
Query 358 TCTTTC-AAGGATGGCTAACGGAGACAGGTCCTGAAGCTGAGCTCAAGAAGTTTGCTCT- 415
| |||| |||||||| | ||||||||||||||||| || ||||||| ||| || |||||
Sbjct 418 T-TTTCAAAGGATGGTTGACGGAGACAGGTCCTGAGGCCGAGCTCAGGAAATTAGCTCTG 476
Query 416 CTACGAAGTTTGCGGGATTTATGATTACTCCCTCTCCGCCAAACTCGGTGTTCACTTCTT 475
|| || |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| | |||||||| |||||
Sbjct 477 CT-TGAGGTTTGCGGGATTTATGATCACTCCGTCTCCATCAAAGTTGGTGTTCATTTCTT 535
Query 476 GTTGTGGGGTAATGCTGTTAAGTTCTTTGGGACAAAGCGTCACCATGAAAAGTGGCTGAA 535
|||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 536 CCTGTGGGGTAATGCTGTAAAGTTCTTTGGAACAAAGCGTCACCATGAAAAGTGGCTG-A 594
Query 536 AG-ACACTGAAGATTATGTTGTCAAGGGCTGCTTTGCAATGACTGAGCTAGGCCATGGAA 594
|| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 AGAACACCGAAGATTATGTTGTCAAGGGCTGTTTTGCAATGACTGAGCTAGGCCATGGAA 654
Query 595 CTAATGTACGGGGAATTGAAACAGTGACTACTTATGACCCAACAACTGAAGAGTTTGTGA 654
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 655 GTAATGTACGGGGAATTGAAACAGTGACAACTTATGACCCAACAACTGAGGAGTTTGTGA 714
Query 655 TAAATACTCCTTGTGAATCTGCTCAGAAGTATTGGATCGGTGAGGCAGCTAACCATGCAA 714
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |
Sbjct 715 TAAATACTCCTTGTGAATCTGCTCAGAAGTATTGGATCGGTGGGGCAGCTAATCATGC-A 773
Query 715 AC-CATGCAATTGTGATTTCTCAGCTT-AGTATGAATGGGACCAACCAGGGGATTCATGT 772
|| || | |||||| |||| |||||| | || || || |||||||||||| | ||||
Sbjct 774 ACACACACCATTGTGTTTTCACAGCTTCA-AATTAACGGAACCAACCAGGGGGTCCATGC 832
Query 773 CTTTATTGCTCAAATCAGAGATCATGATGGCAACACATGTCCTAACGTCCGCATAGCTGA 832
|||||| || |||||||| ||| | |||||||||| |||||| ||| ||||||| |||||
Sbjct 833 CTTTATCGCCCAAATCAGGGATGAAGATGGCAACATATGTCCAAACATCCGCATTGCTGA 892
Query 833 CTGTGGACACAAAATTGGTTTGAATGGTGTTGACAATGGCCGTATATGGTTTGACAATCT 892
||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||
Sbjct 893 CTGTGGACACAAAATTGGTCTAAATGGTGTTGACAATGGCCGGATCTGGTTTGATAATCT 952
Query 893 TCGAATTCCAAGAGAGAATTTATTGAACTCAGTTGCTGATGTTTTAG-CTGATGGGAAGT 951
||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||| | ||||||||||||
Sbjct 953 TCGAATTCCAAGAGAGAATTTGTTGAACGCAGTTGCTGATG-TTTCGTCTGATGGGAAGT 1011
Query 952 ATGTTAGCTCAATTAAAGATCCTGATCAGAGATTTGGAGCATTCTTGGCCCCTTTGACAT 1011
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 1012 ATGTTAGCTCAATTAAAGATCCTGATCAGAGATTTGGAGCATTCATGGCCCCTTTGACTT 1071
Query 1012 CTGGTCGTGTCACAATTGCTTCAAGTGCAATTTATTCTGCAAAGCTCGGATTAGCTGTTG 1071
|||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1072 CTGGCCGAGTCACAATTGCATCAAGTGCAATTTATTCTGCAAAGGTCGGATTAGCTATTG 1131
Query 1072 CTATTAGATACTCACTATCGAGAAGAGCCTTCTCAGTTGCAGCCAATGGTCCTGAAGTTC 1131
|||| || |||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||| |
Sbjct 1132 CTATAAGGTACTCATTATCGAGAAGAGCCTTCTCTGTTACAGCTAATGGTCCTGAAGTCC 1191
Query 1132 TCCTTCTTGATTATCCAAGCCATCAAAGACGACTTTTACCACTCCTAGCAAAGACATATG 1191
|||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1192 TCCTCCTTGATTACCCAAGCCATCAAAGGCGACTGCTACCACTCCTAGCAAAGACATATG 1251
Query 1192 CTATGAGTTTTGCTGTAAATGACTTGAAGATGATTTACGTGAAGAGGACACCTGAGACCA 1251
||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||
Sbjct 1252 CTATGAGTTTTGCTGCAAATGAATTGAAGATGATTTACGTAAAGAGAACACCGGAGACCA 1311
Query 1252 ACAAAGCCATCCATGTCGTTTCAAGTGGATTCAAAGCTGTTCTCACTTGGCACAATATGC 1311
||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1312 ACAAAGCCATCCACGTTGTTTCAAGTGGGTTCAAAGCTGTTCTCACCTGGCACAATATGC 1371
Query 1312 GA-ACGCTTCAGGAATGTCGTGAAGCTGTTGGAGGCCAAGGTTTGAAAACAGAAAACCGA 1370
| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||| | |
Sbjct 1372 -ACACACTTCAGGAATGTCGTGAAGCTGTAGGAGGGCAAGGTGTGAAAACAGAAAATCTA 1430
Query 1371 GTAGGTCATTTAAAAGGAGAATATGATGTGCAGACTACATTTGAGGGTGACAATAATGTA 1430
|| ||||| || ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1431 GTTGGTCAGTTGAAAGGTGAATTTGATGTGCAGACTACATTTGAGGGTGACAATAATGTA 1490
Query 1431 CTCATGCAGCTGGTGAGCAAGGCACTTTTTGCTGAATATGTATCGTGTAAGAAGAGAAAT 1490
| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1491 TTGATGCAGCAGGTGAGCAAGGCCCTTTTTGCTGAATACGTATCGTGTAAGAAGAGAAAT 1550
Query 1491 AAACCTTTCAAAGGATTGGGATTGGAGCACATGAACAGTCCACGTCCTGTATTGCCGACT 1550
||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1551 AAACCTTTCAAAGGATTAGGATTGGAGCACCTGAACAGTCCACGTCCTGTATTGCCGACT 1610
Query 1551 CAACTCACATCATCTACACTAAGATGCAGCCAGTTCCAGA-AAAGTGTGTTTTGCTTAAG 1609
||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||
Sbjct 1611 CAACTCACATCGTCTACCCTCAGATGCAGCCAGTTCCAGACAAA-TGTGTTCTGCTTAAG 1669
Query 1610 AGAGCGAGATCTTCTAGAACGGTTTACTTCTGAAGTTGCAGAGCTTCAAGGGAGAGGAGA 1669
||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 1670 AGAGCGAGATCTTCTGGAACGATTTACTTCTGAAGTTGCACAGCTTCAAGGTAGAGGAGA 1729
Query 1670 AAG-CAGAGAGTTCT-TATTCCTTTTGAATCATCAACTTTCTGAAGACTTAAGTAAAGCT 1727
||| | ||||||||| | ||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1730 AAGTC-GAGAGTTCTCT-TTCCTCCTGAGTCATCAACTTGCTGAAGACTTAGGTAAAGCT 1787
Query 1728 TTCACAGAAAAAGCAATACTGCAAACCGTTTTGGATGCTGAGGCCAAATTGCCTCCTGGC 1787
|||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| | ||| |||||
Sbjct 1788 TTCACAGAGAAGGCAATACTGCAAACCATTTTGGATGCTGAAGCCAAACTACCTGCTGGC 1847
Query 1788 TCAGTTAAGGATGTGTTGGGTCTTGTAAGATCAATGTACGCATTGATCAGCTTGGAAGAA 1847
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1848 TCAGTAAAGGATGTGTTGGGTCTTGTAAGATCAATGTACGCATTGATCAGCTTGGAAGAA 1907
Query 1848 GATCCATCGCTGCTAAGATATGGTCACCT--CTCAAGGGATAATGTTGGAGATGTGAGGA 1905
||||| ||| |||| | |||||| |||| |||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1908 GATCCGTCGTTGCTGCGGTATGGTTACCTTTCTCA-GG-ATAATGTTGGAGATGTGAGGA 1965
Query 1906 AAGAAGTTTCAAAGCTCTGTGGAGAGCTTAGACCTCACGCACTTGCACTCGTGGCTTCAT 1965
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1966 GGGAAGTTTCAAAGCTCTGTGGAGAGCTGAGACCTCACGCGCTTGCACTCGTCACTTCAT 2025
Query 1966 TCGGGATTCCAGACGCCTTCTTGAGTCCAATTGCATTCAACTGGGTCGAAGCCAACGCTT 2025
|||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2026 TCGGCATTCCAGACTCCTTCTTGAGTCCAATTGCATTCAACTGGGTGGAAGCCAACGCTT 2085
Query 2026 GGTCTTCACTTTAGTTACTTGCT---AGTAATAATCTCTTCCA 2065
|||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2086 GGTCTTCAGTTTAGTTACTTGCTGCTAGTAATAATCTCTTCCA 2128
> Ahg925655 jgi|Araly1|925655|scaffold_201216.1
Length=347
Score = 259 bits (140), Expect = 5e-68
Identities = 240/284 (85%), Gaps = 23/284 (8%)
Strand=Plus/Plus
Query 116 TCAGTACTCTCCACCGGAGCTCAACGAGAGCTATGGATTCGAAGTCAAGGAGATGAGAAA 175
||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 32 TCACTACTCTCCGCCGGAGCTCAACGAGAGCTATGGATTCGATGTCAAGGAGATGAGGAA 91
Query 176 ACTACTCGAC-GGACACAACTTAGAGGAAAGAGACTGGCTTTATGGGCTCATGATGCAGA 234
| |||||||| || |||||||| ||||| | ||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 92 ATTACTCGACAGG-CACAACTTGGAGGACATAGACTGGCTTTCTGGGCTCATGATGCTGA 150
Query 235 GCAATCTGTTTAACCCGAAACAGAGAGGAGGTCAGATTTTCGTCTCGCCCGATTACAATC 294
||||| ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 151 GCAATTTGTTTAACCGGAAAGAGAGAGGAGGTAAGATTTTCGTCTCGCCGGATTACAATC 210
Query 295 AAACAATGGAGCAACAGCGCCAGATCAGTATGAAGCGGATCTTTTACTTGCTCGAAAAAG 354
| | | | ||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 211 AC-C--T-----------------T-AGTATGAAGCGGATCTTGTACTTGCTCGAAAATG 249
Query 355 GGGTCTTTCAAGGATGGCTAACGGAGACAGGTCCTGAAGCTGAG 398
||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 250 GGGTCTTTCAAGGATGGTTAACGGAAACAGGTCCTGAGGCTGAG 293
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 77856460780
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5